genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.232.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76510911--76511075	43	3.8	43	77	8	165	31	23	18	26	1.98
76510930--76511053	42	2.9	42	82	10	137	30	23	18	27	1.98
76514028--76514168	40	3.5	40	87	2	205	24	23	26	25	2.00
76521856--76521987	42	3.1	42	87	1	174	39	25	13	21	1.90
76526353--76526504	27	5.6	27	93	3	241	26	13	28	30	1.94
76526353--76526504	55	2.8	55	94	0	259	26	13	28	30	1.94
76534504--76534655	27	5.6	27	93	3	241	26	13	28	30	1.94
76534504--76534655	55	2.8	55	94	0	259	26	13	28	30	1.94
76536323--76536423	43	2.4	43	86	1	141	24	18	19	36	1.95
76538882--76539191	94	3.3	94	76	8	299	26	18	30	25	1.98
76539970--76540088	55	2.2	56	80	8	138	21	26	27	24	1.99
76541704--76541862	48	3.3	48	73	0	147	25	30	17	27	1.97
76543488--76544081	47	12.6	47	94	1	936	29	30	8	31	1.86
76547512--76547627	40	2.9	40	85	0	133	25	30	21	23	1.99
76547528--76547789	40	6.6	40	78	8	207	24	28	20	26	1.99
76547538--76547789	80	3.2	78	77	9	233	25	28	19	26	1.99
76548079--76548157	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
76548139--76548370	43	5.4	43	97	0	446	27	34	14	23	1.94
76550223--76550298	37	2.1	37	89	0	116	26	32	18	22	1.97
76550419--76551012	47	12.6	47	91	1	900	29	30	7	31	1.86
76550470--76550547	25	3.2	25	62	17	65	34	30	2	32	1.71
76554161--76554205	22	2.0	22	95	0	81	44	15	17	22	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76560858--76561127	48	5.7	46	76	6	254	22	26	21	30	1.98
76560858--76561140	95	3.0	96	86	3	340	22	26	20	30	1.99
76566142--76566215	29	2.6	29	86	4	96	27	16	31	25	1.96
76568871--76568969	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
76576873--76576971	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
76579492--76579531	20	2.0	20	100	0	80	20	10	30	40	1.85
76585484--76585557	29	2.6	29	86	4	96	27	16	31	25	1.96
76588177--76588357	40	4.6	40	88	2	258	25	24	24	25	2.00
76595226--76595262	19	2.0	18	89	5	56	24	16	40	18	1.90
76595338--76595449	29	4.0	27	70	10	80	29	14	30	25	1.95
76598066--76598111	20	2.2	20	84	3	56	50	4	13	32	1.61
76599669--76599695	13	2.1	13	100	0	54	22	44	33	0	1.53
76603799--76603958	48	3.3	48	81	8	150	28	18	29	23	1.98
76616422--76616453	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
76617188--76617233	21	2.3	20	78	14	51	45	17	6	30	1.73
76641234--76641409	80	2.2	79	90	2	282	40	3	18	36	1.68
76641686--76641963	48	5.8	48	78	7	253	28	17	25	28	1.98
76645919--76646014	40	2.4	40	81	8	106	31	11	25	32	1.91
76650490--76650677	81	2.3	81	75	0	196	32	22	7	37	1.83
76650535--76650666	27	4.9	27	89	0	183	28	21	8	40	1.82
76650667--76650909	27	9.0	27	82	2	256	37	20	17	23	1.94
76650667--76650909	81	3.0	81	86	1	290	37	20	17	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76651241--76651300	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
76651419--76651602	6	29.8	6	75	15	153	18	17	14	49	1.80
76651447--76651579	19	6.8	19	73	19	112	18	18	15	48	1.81
76651422--76651486	25	2.6	25	92	0	103	16	20	16	46	1.85
76651441--76651523	37	2.2	37	86	0	121	18	18	16	46	1.84
76651484--76651548	25	2.6	25	90	0	94	20	18	13	47	1.82
76651419--76651585	62	2.7	62	93	0	280	18	17	14	48	1.81
76651504--76651590	37	2.4	37	86	0	120	19	17	13	49	1.79
76651419--76651602	19	9.9	18	73	16	90	18	17	14	49	1.80
76654716--76654782	20	3.3	20	89	4	100	32	10	20	35	1.87
76654727--76654782	11	5.5	11	73	16	57	32	10	21	35	1.88
76654832--76654955	26	4.8	26	89	2	180	26	21	22	29	1.99
76661081--76661258	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
76661082--76661237	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
76661078--76661258	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
76665218--76665336	38	3.1	38	86	2	139	26	24	23	25	2.00
76666717--76666756	20	2.0	21	85	5	55	42	2	5	50	1.37
76669284--76669352	30	2.3	30	89	0	111	18	33	27	20	1.96
76675279--76675481	40	5.1	40	88	7	263	26	27	21	24	1.99
76675279--76675476	82	2.5	80	86	8	253	25	27	21	25	2.00
76683271--76683492	39	5.6	39	85	8	249	24	27	22	25	2.00
76683271--76683492	79	2.8	78	82	9	272	24	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76683271--76683492	118	1.9	118	82	10	285	24	27	22	25	2.00
76687448--76687483	16	2.4	14	90	9	54	47	2	0	50	1.15
76692538--76692647	29	3.9	29	82	7	127	29	29	14	27	1.95
76692871--76692913	16	2.7	16	81	0	50	11	23	16	48	1.78
76692863--76692909	24	2.0	24	86	0	67	10	25	19	44	1.82
76694187--76694218	16	2.0	16	93	0	55	15	6	31	46	1.71
76697345--76697375	15	2.1	15	93	0	53	41	25	9	22	1.84
76698347--76698524	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
76698348--76698503	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
76698344--76698524	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
76705154--76705331	27	6.6	27	85	3	214	26	14	28	30	1.95
76705155--76705310	82	1.9	81	89	3	242	26	14	28	30	1.95
76705151--76705331	82	2.2	81	84	2	238	27	14	27	30	1.95
76708315--76708456	71	2.0	71	100	0	284	32	19	23	23	1.98
76710426--76710577	42	3.6	43	79	8	161	23	17	26	32	1.97
76715862--76715944	27	3.1	26	78	16	89	32	15	19	32	1.93
76715935--76716329	27	14.6	27	80	5	316	39	18	9	31	1.84
76716588--76716711	41	3.0	41	86	0	167	21	20	28	29	1.98
76716850--76716911	22	2.9	21	78	7	61	20	25	20	32	1.98
76717114--76717167	22	2.5	22	84	0	72	14	24	20	40	1.90
76718509--76718608	27	3.7	26	87	9	137	37	21	25	17	1.94
76723761--76723918	42	3.7	42	80	12	164	22	19	27	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76728262--76728322	6	9.8	6	73	19	54	49	14	19	16	1.80
76728267--76728319	19	2.8	19	94	0	88	47	16	20	15	1.83
76728441--76728500	27	2.3	26	82	2	66	35	18	23	23	1.96
76728760--76729115	27	13.2	27	86	0	388	41	7	20	30	1.79
76729095--76729159	27	2.4	27	81	0	76	32	7	16	43	1.77
76728760--76729115	81	4.4	80	85	4	428	41	7	20	30	1.79
76729092--76729268	54	3.3	52	74	9	158	30	9	21	38	1.84
76729122--76729261	27	5.2	27	78	9	126	29	8	22	40	1.83
76734548--76734603	27	2.1	27	96	0	103	23	17	16	42	1.88
76735724--76735847	63	2.0	63	100	0	248	34	20	21	22	1.97
76746108--76746198	45	2.0	47	81	12	109	24	2	13	60	1.44
76750620--76750661	20	2.2	19	83	12	50	61	0	19	19	1.34
76753640--76753669	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
76764740--76764798	7	8.3	7	81	3	73	15	3	37	44	1.63
76780797--76780833	14	2.7	14	91	4	58	51	0	13	35	1.41
76783348--76783390	21	2.0	21	82	8	52	34	11	11	41	1.78
76786240--76786278	20	2.0	20	84	0	51	33	23	2	41	1.68
76786475--76786718	55	4.6	54	75	8	198	22	24	17	36	1.95
76788128--76788204	27	3.1	27	60	33	64	19	19	25	35	1.95
76788094--76788235	46	3.1	46	92	0	221	20	19	24	35	1.95
76793294--76793439	40	3.7	40	96	0	265	26	27	21	24	2.00
76794779--76794863	32	2.7	32	87	3	120	22	21	17	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76795085--76795157	26	2.8	26	93	0	119	26	20	23	30	1.99
76795215--76795271	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
76795207--76795283	20	3.8	20	96	0	145	33	19	11	35	1.88
76795207--76795282	11	7.5	11	74	16	83	32	19	11	35	1.88
76800465--76800573	48	2.3	48	85	4	148	30	20	25	23	1.98
76804223--76804335	43	2.7	43	75	9	115	27	22	21	29	1.99
76811753--76812010	39	6.7	40	87	9	308	25	27	22	24	2.00
76811753--76812010	77	3.3	79	85	8	327	25	27	22	24	2.00
76822399--76822484	27	3.2	26	83	4	82	23	23	17	36	1.95
76835796--76835923	65	1.9	70	88	7	203	27	20	27	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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