Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   

This is table  72  of  349  ( 41854 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
21154361--21154409
14
3.5
14
91
0
80
63
6
14
16
1.49
21154386--21154707
163
2.0
161
86
5
452
34
21
15
28
1.94
21162928--21162972
22
2.0
22
91
0
72
48
4
17
28
1.66
21166893--21167117
22
9.7
25
67
28
92
57
6
2
33
1.38
21166936--21167000
20
3.2
20
89
6
103
56
4
3
35
1.35
21166932--21166996
21
3.2
20
89
6
103
56
4
4
33
1.40
21167110--21167196
27
3.2
25
82
9
93
54
5
5
34
1.48
21167736--21167811
22
3.5
22
75
18
70
63
1
2
32
1.17
21173229--21173270
18
2.4
17
84
4
57
11
14
45
28
1.80
21185949--21186227
134
2.1
135
84
3
357
30
21
11
35
1.89
21186132--21186325
98
2.0
98
84
6
259
31
23
9
35
1.87
21186704--21187062
133
2.7
134
84
4
465
30
18
13
37
1.89
21188359--21188391
16
2.1
16
94
0
57
60
0
0
39
0.97
21189355--21189412
31
1.9
31
86
10
84
55
13
12
18
1.69
21192721--21192753
15
2.2
15
89
10
50
36
6
6
51
1.51
21193741--21193787
24
2.0
24
83
8
60
53
4
2
40
1.32
21194296--21194445
39
3.9
38
85
4
185
28
16
5
49
1.68
21194296--21194445
78
1.9
78
85
4
205
28
16
5
49
1.68
21195659--21195744
45
1.9
45
90
4
138
25
31
13
29
1.94
21195958--21196381
210
2.0
210
90
1
672
30
22
19
28
1.98
21196232--21196528
147
2.0
150
94
2
528
34
22
17
26
1.96
21196379--21196718
179
1.9
176
96
1
635
30
22
17
28
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
21196432--21196730
92
3.3
92
66
15
251
29
23
17
29
1.97
21196532--21197116
205
2.8
208
85
6
826
31
22
17
28
1.97
21205040--21205070
15
2.1
15
100
0
62
6
38
0
54
1.26
21205114--21205163
15
3.5
14
79
15
50
42
8
24
26
1.82
21222720--21222750
15
2.1
15
100
0
62
6
38
0
54
1.26
21222794--21222843
15
3.5
14
79
15
50
42
8
24
26
1.82
21224095--21224178
26
3.2
26
96
0
150
33
4
25
36
1.77
21229302--21229385
26
3.2
26
91
6
134
34
5
22
36
1.79
21234949--21234995
24
2.0
24
83
8
60
53
4
2
40
1.32
21235503--21235657
39
4.0
38
89
3
195
29
18
5
47
1.70
21235671--21235709
19
2.0
19
85
5
51
51
12
0
35
1.40
21236563--21236607
23
1.9
23
82
13
56
11
2
37
48
1.51
21239017--21239065
25
2.0
25
85
14
68
48
0
2
48
1.12
21249575--21249629
22
2.5
21
80
8
56
47
3
3
45
1.38
21250082--21250123
13
3.0
14
80
19
52
40
2
0
57
1.12
21252848--21252892
22
2.2
20
88
8
63
26
11
0
62
1.29
21256431--21256623
72
2.7
70
86
7
248
61
3
7
27
1.39
21256552--21256672
53
2.3
53
87
4
174
60
2
9
28
1.40
21257904--21257940
18
2.1
18
90
5
58
5
2
13
78
1.03
21258127--21258530
44
9.1
44
78
8
309
29
20
16
34
1.94
21258127--21258531
89
4.6
89
80
2
377
29
20
16
34
1.94
21258127--21258530
133
3.0
131
76
4
382
29
20
16
34
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
21259058--21259125
34
2.1
30
86
10
91
52
35
2
8
1.47
21260301--21260349
19
2.6
17
78
15
53
34
6
0
59
1.22
21260541--21260866
3
107.7
3
68
12
91
28
8
1
61
1.35
21260531--21260583
12
4.3
12
80
4
61
28
11
0
60
1.31
21260531--21260612
25
3.2
25
87
10
112
26
10
0
62
1.29
21260695--21260853
13
12.1
13
69
20
73
27
7
1
63
1.32
21260717--21260767
25
2.0
26
88
3
77
27
7
0
64
1.21
21260663--21260820
66
2.3
67
79
8
151
26
9
2
61
1.40
21260812--21260879
28
2.3
32
80
12
74
27
2
2
66
1.21
21284819--21284874
26
2.2
26
100
0
112
30
7
26
35
1.83
21294217--21294470
85
3.0
83
84
5
337
29
18
20
31
1.96
21296870--21297060
41
4.7
40
88
4
249
35
20
23
21
1.96
21296870--21297060
80
2.3
81
85
5
251
35
20
23
21
1.96
21297075--21297109
18
1.9
18
88
0
52
57
20
0
22
1.41
21297065--21297190
48
2.7
47
90
2
198
50
27
0
22
1.50
21297295--21297358
7
9.0
7
77
3
56
23
1
28
46
1.61
21297311--21297361
15
3.5
15
81
2
59
21
1
29
47
1.62
21297663--21297732
7
9.9
7
72
9
52
17
1
38
42
1.58
21297688--21297727
14
2.7
15
88
7
64
20
0
47
32
1.50
21297637--21297712
21
3.6
21
68
7
55
22
1
40
35
1.62
21297797--21297838
18
2.6
16
81
11
50
47
0
4
47
1.23
21298289--21298417
37
3.5
37
92
0
204
13
49
13
23
1.77
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
21298743--21298774
16
2.0
16
93
0
55
71
3
0
25
1.00
21299364--21299392
14
2.1
14
100
0
58
0
6
41
51
1.28
21304624--21304746
63
2.0
62
91
1
201
24
18
26
30
1.98
21304691--21304789
42
2.3
42
84
5
119
25
19
27
28
1.98
21307563--21307587
8
3.1
8
100
0
50
12
0
52
36
1.39
21316738--21317274
271
2.0
272
96
0
986
37
11
14
36
1.83
21319859--21319901
16
2.6
17
77
7
52
44
6
4
44
1.52
21320044--21320100
30
2.0
30
86
6
82
33
8
5
52
1.55
21333094--21333151
19
3.1
19
87
9
91
48
8
15
27
1.74
21333488--21333747
134
1.9
132
80
6
301
28
13
15
42
1.85
21333747--21333849
51
2.0
51
96
0
188
29
16
16
37
1.91
21335361--21335395
13
2.6
14
86
9
54
60
0
0
40
0.97
21340699--21340736
3
12.7
3
100
0
76
0
31
0
68
0.90
21346639--21346814
46
3.8
46
79
12
207
21
21
28
28
1.98
21346636--21346807
93
1.8
93
94
0
308
21
21
29
27
1.99
21355158--21355219
31
2.0
31
100
0
124
35
3
22
38
1.71
21355339--21355388
24
2.1
24
100
0
100
38
0
16
46
1.47
21359130--21359200
24
3.0
24
95
0
124
35
0
36
28
1.58
21360617--21360701
27
3.1
27
88
5
111
16
23
23
36
1.94
21361758--21361791
10
3.3
10
84
8
50
29
8
8
52
1.62
21366954--21367022
24
2.9
24
95
0
120
34
1
37
26
1.65
21366954--21367047
48
1.9
49
81
10
113
35
4
36
24
1.75
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
21368440--21368528
27
3.3
26
78
7
88
15
25
22
35
1.94
21368451--21368552
27
3.8
27
78
8
82
15
24
20
39
1.92
21369684--21369791
39
2.8
39
89
0
162
32
21
25
21
1.98
21369683--21369811
39
3.3
39
85
1
161
30
20
26
23
1.98
21369782--21369886
38
2.8
38
79
2
122
21
22
25
29
1.99
21373812--21373879
16
4.2
16
90
7
102
27
0
33
38
1.57
21373812--21373879
32
2.1
32
94
0
118
27
0
33
38
1.57
21374009--21374318
157
2.0
157
94
0
539
44
3
4
47
1.41
21374072--21374321
76
3.1
81
63
24
186
46
4
3
45
1.39
21374055--21374376
157
2.0
155
81
5
349
46
4
4
44
1.44
21375198--21375227
13
2.3
13
94
0
51
60
10
6
23
1.52
21378405--21378508
27
3.9
27
86
9
133
34
21
25
19
1.96
21378612--21378687
26
2.8
27
80
5
91
34
10
18
36
1.85
21378614--21378687
28
2.7
27
81
4
87
35
8
18
37
1.81
21380121--21380228
26
4.2
26
91
0
180
35
24
7
33
1.83
21386831--21387579
292
2.6
293
92
2
1294
39
11
11
36
1.79
21386994--21387469
97
4.9
97
70
17
385
44
9
11
34
1.72
21388273--21388489
105
2.1
101
85
6
285
35
15
23
26
1.94
21388477--21388552
32
2.3
33
90
2
127
27
19
31
21
1.97
21391089--21391137
18
2.8
17
76
14
55
42
0
2
55
1.11
21395191--21395252
21
2.9
19
76
19
54
66
0
4
29
1.12
21395535--21395568
17
2.0
17
88
11
52
64
0
8
26
1.22
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
21397186--21398155
207
4.7
207
93
1
1606
28
21
18
31
1.97
21399573--21399639
33
2.0
33
100
0
134
29
28
20
20
1.98
21411063--21411349
137
2.1
137
96
0
538
31
24
19
25
1.98
21417805--21418200
176
2.2
176
88
1
587
33
20
22
23
1.98
21417812--21418200
89
4.4
89
84
3
482
32
20
23
23
1.98
21419887--21419929
24
1.9
23
86
13
63
27
6
4
60
1.43
21420743--21421053
131
2.4
129
86
2
421
29
16
18
35
1.93
21422224--21422256
15
2.1
16
88
5
50
60
0
18
21
1.36
21428106--21428142
17
2.2
17
90
0
56
35
5
0
59
1.20
21428107--21428183
39
2.0
38
82
9
95
32
3
2
61
1.28

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349