genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.302.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   

This is table  302  of  349  ( 41854 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101096203--101096246	19	2.3	19	92	0	70	29	9	9	52	1.64
101096621--101096711	45	2.0	45	100	0	182	50	18	13	17	1.78
101108099--101108182	26	3.2	26	64	12	73	45	1	13	40	1.51
101108085--101108190	52	2.0	52	100	0	212	42	1	15	40	1.57
101108089--101108169	26	3.2	24	63	13	63	43	2	16	38	1.61
101114436--101114509	29	2.5	29	88	4	103	50	16	14	18	1.79
101125115--101125148	17	2.0	17	88	0	50	35	14	2	47	1.60
101125190--101125350	54	3.1	53	77	10	170	39	6	1	52	1.36
101125190--101125333	49	2.8	50	83	9	155	39	6	0	52	1.33
101125487--101125598	51	2.2	51	85	0	143	31	16	10	41	1.83
101128766--101128965	43	4.7	43	79	8	201	24	16	26	33	1.96
101133941--101134112	45	3.9	45	86	6	228	23	21	29	26	1.99
101137991--101138020	15	2.0	15	93	0	51	56	16	0	26	1.40
101141977--101142166	42	4.4	43	72	9	154	27	15	24	32	1.95
101147830--101147984	27	5.7	26	85	10	195	18	24	20	36	1.95
101147818--101147984	54	3.1	54	89	4	248	18	23	21	35	1.95
101155894--101156060	27	6.2	26	82	9	192	18	23	21	36	1.95
101155894--101156060	81	2.0	82	85	7	225	18	23	21	36	1.95
101155894--101156060	54	3.1	54	89	2	246	18	23	21	36	1.95
101157867--101157957	19	4.9	19	84	8	125	36	8	16	38	1.80
101157918--101157977	18	2.9	21	79	16	63	36	10	15	38	1.80
101157867--101157977	35	2.9	36	81	13	107	35	9	16	39	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101157867--101157983	19	6.0	20	78	10	77	35	8	17	38	1.81
101170415--101170532	35	3.3	35	93	3	191	37	11	15	36	1.83
101176142--101176207	33	2.1	32	83	8	82	28	4	0	66	1.11
101176439--101176486	24	2.0	24	84	8	62	31	6	4	58	1.42
101176678--101176747	33	2.1	33	94	0	122	27	10	5	57	1.54
101180278--101180327	14	3.5	15	80	20	54	24	22	10	44	1.83
101182091--101182173	42	2.0	42	97	0	157	34	20	22	21	1.96
101187653--101187719	35	1.9	35	90	0	107	46	13	7	32	1.71
101193029--101193076	24	2.0	24	100	0	96	41	4	0	54	1.20
101194517--101194696	89	2.1	86	92	3	297	35	9	16	38	1.81
101194586--101194798	101	2.1	101	93	0	363	36	10	14	38	1.81
101200655--101200871	40	5.5	40	88	2	289	25	28	22	23	1.99
101208672--101208885	39	5.5	40	87	6	280	25	28	22	23	2.00
101213930--101214081	27	5.6	27	93	3	241	26	13	28	30	1.94
101213930--101214081	55	2.8	55	94	0	259	26	13	28	30	1.94
101222059--101222207	27	5.4	27	93	3	235	26	13	28	31	1.94
101222059--101222207	55	2.7	55	94	0	253	26	13	28	31	1.94
101224537--101224582	20	2.2	21	92	7	85	50	17	0	32	1.47
101237816--101237849	17	1.9	18	88	5	52	82	0	8	8	0.85
101251979--101252151	46	3.7	46	73	10	163	22	19	26	31	1.97
101251978--101252146	93	1.8	93	86	0	248	22	18	27	31	1.97
101255205--101255239	15	2.4	15	90	4	54	17	0	2	80	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101257017--101257069	24	2.2	24	83	6	63	15	3	7	73	1.20
101265280--101265340	31	2.0	31	93	0	104	24	26	16	32	1.96
101265558--101265675	23	5.1	23	95	3	211	30	21	20	27	1.98
101265558--101265675	45	2.6	46	94	4	211	30	21	20	27	1.98
101265725--101265782	11	5.6	11	72	15	61	32	18	12	36	1.88
101265725--101265793	20	3.5	20	93	0	120	33	20	11	34	1.89
101265830--101265877	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
101268031--101268206	46	3.8	45	79	11	187	20	19	29	30	1.97
101268025--101268198	93	1.9	93	91	2	287	20	20	29	29	1.98
101276149--101276212	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
101276427--101276514	44	2.0	44	91	4	142	34	19	20	26	1.96
101276427--101276518	23	4.1	23	91	5	145	32	19	19	28	1.96
101276570--101276616	20	2.3	20	96	0	85	34	21	10	34	1.88
101276653--101276700	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
101278844--101278980	46	3.0	44	76	14	159	22	19	28	29	1.98
101281192--101281226	14	2.5	14	100	0	70	25	22	20	31	1.98
101287010--101287073	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
101287288--101287381	23	4.1	23	93	2	163	31	21	19	27	1.97
101287290--101287379	45	2.0	46	95	2	164	33	22	20	24	1.97
101287432--101287478	20	2.3	20	96	0	85	34	21	10	34	1.88
101295219--101295392	46	3.8	46	77	8	174	21	20	28	29	1.98
101299669--101299714	24	1.9	24	82	8	58	41	4	13	41	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101300704--101300812	43	2.6	42	75	5	112	26	22	19	31	1.98
101302028--101302063	17	2.1	17	100	0	72	25	11	27	36	1.90
101318917--101319343	95	4.5	92	74	11	285	29	14	16	40	1.88
101320396--101320475	41	2.0	41	85	5	108	27	16	17	38	1.91
101320467--101320509	20	2.2	20	86	0	59	30	25	18	25	1.98
101322760--101322927	46	3.6	46	76	6	160	30	18	27	23	1.98
101322854--101322968	46	2.5	44	86	6	142	27	16	29	26	1.97
101324077--101324132	28	2.0	28	85	3	76	19	23	41	16	1.90
101332754--101332801	25	2.0	25	87	4	71	58	8	0	33	1.28
101338756--101338794	19	2.1	19	90	0	60	35	30	5	28	1.79
101345759--101345822	28	2.3	28	91	5	103	32	29	7	29	1.86
101345928--101346017	28	3.2	27	82	7	110	21	24	22	32	1.98
101345938--101346009	27	2.6	27	86	4	99	23	26	18	31	1.97
101359574--101359621	24	1.9	26	83	8	64	18	29	8	43	1.79
101362900--101363075	46	3.8	45	80	10	203	21	21	28	28	1.98
101362897--101363067	93	1.8	93	93	0	297	21	21	29	27	1.99
101369715--101369758	23	1.9	23	86	9	63	40	15	6	36	1.74
101374317--101374409	24	3.8	24	77	8	82	23	20	19	36	1.95
101376315--101376386	36	2.0	36	94	0	126	52	31	0	15	1.43
101385111--101385137	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
101391388--101391480	27	3.4	27	84	0	96	33	22	9	34	1.87
101405329--101405354	11	2.4	11	100	0	52	19	42	7	30	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101409890--101410034	42	3.4	42	67	16	118	30	20	22	27	1.98
101409883--101410329	85	5.3	85	85	1	603	30	19	22	27	1.98
101409883--101410329	168	2.6	169	87	2	655	30	19	22	27	1.98
101409978--101410200	42	5.3	42	64	10	123	30	21	21	26	1.98
101410853--101410884	12	2.6	13	90	9	50	18	6	25	50	1.70
101411236--101411279	20	2.2	20	83	0	52	34	2	20	43	1.64
101414060--101414093	17	2.0	17	94	0	59	35	8	29	26	1.87
101416827--101417346	85	6.1	85	89	2	758	29	19	23	26	1.98
101416834--101417311	42	11.3	42	65	11	195	29	20	23	26	1.99
101416827--101417346	254	2.0	255	89	1	785	29	19	23	26	1.98
101417597--101417641	20	2.2	20	84	0	54	33	4	20	42	1.72
101418986--101419210	40	5.7	40	86	5	287	25	22	26	25	2.00
101418986--101419243	119	2.2	119	81	6	283	26	21	26	25	2.00
101425628--101425730	46	2.2	48	84	6	131	27	22	14	35	1.93
101429103--101429278	46	3.8	45	75	12	178	21	21	28	28	1.98
101429099--101429270	93	1.8	93	91	0	281	20	22	29	27	1.98
101433835--101433904	27	2.6	26	95	2	95	31	28	12	27	1.93
101433835--101433932	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
101434379--101434405	12	2.2	12	100	0	54	40	0	7	51	1.30
101442119--101442188	27	2.6	26	95	2	95	31	28	12	27	1.93
101442119--101442216	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
101442663--101442690	14	2.0	14	100	0	56	42	0	7	50	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101445090--101445129	16	2.5	16	84	11	55	15	20	12	52	1.74
101447682--101447851	91	1.9	91	82	8	220	22	21	29	26	1.99
101449669--101449836	43	4.0	42	75	9	144	29	24	19	27	1.98
101457416--101457490	39	1.9	39	86	5	107	13	16	32	38	1.87
101457817--101458007	43	4.6	42	76	13	189	29	29	15	25	1.96
101459524--101459612	25	3.6	25	76	15	80	43	5	0	50	1.25
101459621--101459667	14	3.5	14	77	5	53	38	2	0	59	1.09
101459906--101459988	20	4.1	21	73	14	68	31	2	0	66	1.05
101459936--101459988	19	2.6	21	82	14	67	33	0	0	66	0.92
101459939--101459990	24	2.1	25	86	10	72	32	0	0	67	0.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349