genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.32.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8894141--8894221	23	3.5	22	79	12	83	69	1	6	23	1.19
8894121--8894220	45	2.2	44	76	16	107	68	3	6	23	1.26
8895598--8895812	78	2.8	78	92	0	351	30	21	17	30	1.96
8895612--8895814	41	5.2	40	67	9	132	31	21	17	30	1.96
8895652--8895771	37	3.1	37	67	9	105	30	22	17	30	1.97
8897645--8897704	24	2.4	26	83	10	72	71	3	11	13	1.26
8899353--8899393	17	2.5	17	88	4	57	73	7	2	17	1.17
8905067--8905113	21	2.2	21	92	0	76	53	0	10	36	1.36
8908241--8908301	9	6.1	9	75	19	50	62	1	3	32	1.21
8909961--8909992	16	2.1	15	94	5	55	3	12	0	84	0.74
8909961--8909999	20	2.0	20	90	10	62	2	15	0	82	0.79
8910649--8910677	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
8912039--8912076	19	2.0	19	100	0	76	42	10	5	42	1.62
8912241--8912392	18	8.4	18	85	1	171	34	15	13	37	1.86
8912241--8912392	36	4.2	36	83	1	189	34	15	13	37	1.86
8912241--8912392	54	2.8	54	87	2	216	34	15	13	37	1.86
8912546--8912637	44	2.1	44	83	4	114	35	23	19	20	1.95
8913517--8913555	4	9.2	4	83	10	51	43	2	0	53	1.14
8917846--8918079	55	4.4	53	76	11	221	35	17	25	21	1.95
8917853--8918053	108	1.8	110	84	4	273	33	16	26	22	1.96
8925191--8925224	17	1.9	18	88	5	52	11	41	32	14	1.82
8931508--8931586	28	2.8	28	84	3	97	34	10	25	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8942654--8942680	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
8947761--8947795	13	2.7	13	100	0	70	5	31	45	17	1.71
8948890--8948921	9	3.7	9	91	8	57	56	6	12	25	1.59
8948995--8949044	23	2.1	24	85	3	66	60	0	10	30	1.30
8948995--8949051	24	2.4	23	85	2	69	57	0	12	29	1.35
8949039--8949095	22	2.6	22	83	5	71	56	0	10	33	1.34
8949274--8949327	15	3.6	16	74	20	53	61	1	9	27	1.37
8949373--8949621	131	1.8	139	81	10	320	58	5	5	30	1.43
8949599--8949726	3	42.7	3	72	12	68	59	2	9	28	1.41
8949373--8949615	133	1.8	132	80	9	289	58	5	5	30	1.44
8949711--8949759	18	2.7	18	78	9	55	61	6	4	28	1.38
8951912--8951968	21	2.7	20	78	10	60	49	17	17	15	1.81
8953666--8953756	27	3.4	27	93	0	155	40	1	31	26	1.63
8966160--8966250	37	2.4	38	87	1	121	16	14	41	27	1.87
8969167--8969191	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
8971056--8971143	37	2.3	38	84	1	115	18	14	38	28	1.90
8972028--8972057	8	3.8	8	100	0	60	40	0	36	23	1.55
8980361--8980443	13	6.2	13	73	8	67	21	22	22	32	1.98
8980363--8980453	28	3.3	27	77	9	96	21	23	20	34	1.97
8980361--8980453	41	2.3	41	77	3	98	21	22	22	33	1.97
8980460--8980627	23	7.2	23	68	15	80	35	14	20	29	1.93
8980552--8980653	45	2.2	45	81	11	111	35	14	22	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8983395--8983449	25	2.2	25	96	0	101	41	3	18	36	1.68
8984117--8984154	13	2.9	13	88	7	51	44	5	10	39	1.61
9002619--9002649	16	1.9	16	93	0	53	16	3	3	77	1.03
9003711--9003804	41	2.3	40	83	8	120	24	22	27	25	2.00
9004142--9004186	14	3.2	14	83	0	63	22	0	28	48	1.50
9004271--9004319	25	2.0	25	95	0	89	20	2	46	30	1.62
9005254--9005591	159	2.1	158	85	4	468	33	12	22	31	1.91
9007309--9007351	8	5.4	8	88	0	59	41	0	30	27	1.56
9008198--9008232	5	7.0	5	100	0	70	20	0	0	80	0.72
9008150--9008381	58	4.2	58	75	12	279	33	4	3	59	1.34
9008268--9008360	29	3.2	29	65	17	84	38	4	3	53	1.37
9008150--9008375	106	2.1	105	85	6	296	33	4	3	58	1.35
9008634--9008740	9	11.7	9	74	13	85	43	14	1	39	1.57
9008640--9008740	18	5.5	18	74	13	98	44	14	1	38	1.57
9013808--9013836	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
9014245--9014300	21	2.7	21	97	0	103	30	23	46	0	1.53
9014552--9014616	31	2.1	31	88	2	96	16	10	18	53	1.71
9015374--9015444	13	5.5	13	81	6	72	38	28	7	26	1.82
9018485--9018586	28	3.6	28	75	15	111	26	31	16	25	1.97
9018464--9018586	56	2.2	56	94	0	210	26	33	16	23	1.96
9026209--9026310	28	3.6	28	78	15	122	27	30	16	25	1.97
9026187--9026310	56	2.2	56	92	2	205	28	33	15	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9033703--9033733	16	1.9	16	100	0	62	48	12	19	19	1.81
9047130--9047442	46	7.0	46	87	5	390	21	23	14	41	1.89
9047130--9047428	92	3.3	92	88	3	434	20	22	15	41	1.89
9047082--9047442	138	2.6	138	85	6	452	21	22	14	41	1.89
9047340--9047415	38	2.0	38	94	0	134	21	21	13	44	1.85
9049524--9049562	16	2.4	16	82	0	51	0	33	0	66	0.92
9049591--9049631	17	2.4	18	88	8	59	7	17	0	75	1.02
9050499--9050537	6	6.5	6	100	0	78	0	30	0	69	0.89
9052556--9052589	7	4.6	7	89	10	50	41	0	11	47	1.40
9052936--9052973	20	1.9	20	89	10	60	57	2	10	28	1.45
9053903--9053951	26	2.0	25	84	8	64	69	2	6	22	1.21
9059075--9059113	16	2.3	18	86	8	55	64	2	0	33	1.08
9059086--9059138	26	2.1	26	85	3	72	54	1	0	43	1.11
9059100--9059159	17	3.3	18	77	15	61	58	3	0	38	1.15
9059100--9059139	17	2.3	17	86	4	62	55	2	0	42	1.13
9059736--9059790	27	2.0	28	82	10	69	56	3	0	40	1.17
9059869--9059906	21	1.9	19	85	15	51	63	2	0	34	1.09
9060457--9060526	27	2.8	25	87	12	83	35	12	2	48	1.56
9060456--9060511	27	2.1	27	100	0	112	39	10	3	46	1.56
9059044--9061505	838	3.0	811	93	3	4392	43	11	7	37	1.69
9061384--9061439	27	2.0	28	83	10	71	55	3	1	39	1.28
9083716--9083758	15	3.2	15	69	30	51	55	18	18	6	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9083707--9083758	25	2.1	25	100	0	104	57	19	15	7	1.62
9086150--9086189	19	2.1	19	85	4	53	52	2	12	32	1.52
9086714--9087040	164	2.0	164	84	4	428	33	15	20	30	1.94
9097768--9098366	249	2.3	252	82	5	704	34	6	6	53	1.52
9097765--9098386	126	4.9	127	84	4	738	33	5	7	53	1.52
9104162--9104214	19	2.7	20	77	11	56	1	28	0	69	0.99
9104263--9104306	22	2.0	22	82	8	54	2	50	0	47	1.13
9104271--9104321	22	2.4	21	83	9	59	1	47	0	50	1.12
9119234--9119339	53	2.0	53	94	0	185	41	12	19	26	1.87
9121373--9121415	21	2.0	21	95	0	77	30	27	13	27	1.95
9123621--9123706	43	2.0	43	97	0	163	26	11	24	37	1.90
9136535--9136585	24	2.1	24	92	0	84	35	1	39	23	1.66
9138003--9138114	27	4.1	27	84	7	138	14	25	23	36	1.93
9138003--9138114	54	2.1	54	88	3	163	14	25	23	36	1.93
9146524--9146587	30	2.2	29	97	2	119	25	17	23	34	1.96
9149425--9149503	41	1.9	41	100	0	158	27	26	0	45	1.54
9149582--9149875	47	6.2	48	74	13	193	24	29	20	25	1.99
9149627--9149932	94	3.3	92	80	5	321	25	30	18	25	1.98
9149582--9149841	139	1.9	141	84	7	350	24	30	19	25	1.98
9149616--9149932	141	2.3	140	79	9	324	25	30	19	24	1.98
9153178--9153231	15	3.7	14	82	7	54	46	35	0	18	1.50
9153191--9153234	7	6.1	7	84	5	61	45	36	0	18	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9153178--9153234	22	2.6	22	88	0	78	45	35	0	19	1.50
9154486--9154541	28	2.0	28	100	0	112	28	21	14	35	1.92
9161749--9161800	20	2.6	20	84	0	68	55	7	0	36	1.29
9167902--9167951	25	2.0	25	100	0	100	40	4	24	32	1.73
9168597--9168646	24	2.1	24	100	0	100	20	12	8	60	1.57
9170220--9170260	20	2.0	20	85	4	55	39	12	19	29	1.88
9175429--9175536	26	4.2	26	93	0	189	32	6	25	36	1.81
9177020--9177163	54	2.7	54	93	2	236	17	25	23	34	1.96
9177025--9177181	27	5.8	27	82	11	180	19	24	22	34	1.96
9177025--9177181	81	2.0	80	83	8	203	19	24	22	34	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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