genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.346.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114054998--114055072	24	3.2	23	70	19	73	38	6	2	52	1.42
114054982--114055080	47	2.1	47	96	0	180	43	6	2	48	1.39
114055006--114055080	23	3.2	23	73	17	82	45	4	1	49	1.29
114060932--114060970	17	2.2	19	86	9	55	41	12	0	46	1.42
114067278--114067325	25	1.9	25	82	0	60	64	0	8	27	1.22
114068282--114068363	31	2.7	31	80	14	84	41	9	8	40	1.69
114069634--114069674	21	1.9	22	90	5	66	26	4	14	53	1.61
114070802--114070859	29	1.9	31	82	6	75	46	8	1	43	1.44
114073200--114073262	30	2.1	30	88	2	92	50	6	6	36	1.53
114074002--114074159	78	2.0	78	91	2	255	36	19	10	34	1.86
114077938--114077963	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
114090499--114090541	16	2.5	16	81	11	50	30	0	11	58	1.34
114091518--114091568	24	2.1	25	88	3	77	43	17	3	35	1.68
114100038--114100095	26	2.3	26	82	11	75	37	1	0	60	1.07
114100119--114100162	22	2.0	22	86	0	61	52	0	0	47	1.00
114100339--114100383	23	1.9	24	81	4	56	24	15	6	53	1.66
114103710--114103739	13	2.2	14	94	5	53	60	0	3	36	1.14
114105522--114105547	4	6.5	4	100	0	52	50	23	0	26	1.50
114108099--114108154	29	1.9	29	85	0	76	37	14	7	41	1.73
114111970--114112012	19	2.2	20	83	4	52	51	0	2	46	1.13
114131359--114131494	69	2.0	69	94	0	236	54	14	10	20	1.69
114141148--114141181	16	2.1	16	88	0	50	52	20	0	26	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114146076--114146122	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
114149325--114149391	18	3.9	18	71	15	61	49	0	5	44	1.27
114149365--114149407	21	2.1	20	82	4	50	48	0	2	48	1.14
114150381--114150429	23	2.1	23	88	0	71	48	14	12	24	1.77
114153162--114153289	39	3.3	39	94	0	220	15	25	21	38	1.92
114155387--114155433	22	2.2	21	88	3	67	25	2	8	63	1.34
114159446--114159728	18	15.3	18	69	12	144	36	15	12	36	1.85
114159446--114159728	36	7.6	36	71	11	196	36	15	12	36	1.85
114159527--114159728	72	2.8	71	81	5	228	37	15	11	35	1.84
114159833--114159863	6	5.2	6	96	0	53	48	16	19	16	1.81
114159902--114160079	45	4.0	45	93	0	284	40	20	19	19	1.92
114160500--114160534	10	3.5	10	88	0	52	31	28	0	40	1.57
114173716--114173758	20	2.1	21	86	4	61	41	0	0	58	0.98
114176399--114176485	25	3.4	25	79	4	93	18	11	12	57	1.64
114177581--114177620	21	2.0	20	85	14	55	37	0	10	52	1.35
114180305--114180330	6	4.3	6	100	0	52	19	0	19	61	1.35
114183420--114183449	4	7.5	4	100	0	60	73	0	0	26	0.84
114187196--114187229	15	2.2	16	89	5	52	67	2	2	26	1.19
114188498--114188576	37	2.2	35	80	8	88	46	18	10	24	1.80
114192264--114192297	16	2.1	16	88	0	50	47	0	2	50	1.16
114193676--114193700	3	8.3	3	100	0	50	68	0	32	0	0.90
114196712--114196738	14	1.9	14	100	0	54	14	11	37	37	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114205167--114205199	14	2.4	14	94	0	57	48	6	3	42	1.43
114206423--114206461	19	2.1	19	95	0	69	35	5	15	43	1.69
114211100--114211160	31	2.0	31	93	0	104	54	19	1	24	1.54
114211456--114211500	23	2.0	23	87	12	67	44	26	8	20	1.80
114212118--114212197	31	2.6	30	88	6	106	57	8	1	32	1.37
114212974--114213029	11	5.1	11	84	0	67	67	10	1	19	1.29
114220327--114220351	12	2.1	12	100	0	50	20	16	24	40	1.91
114230636--114230673	18	2.1	18	95	0	67	36	10	31	21	1.87
114242484--114242516	16	2.1	16	100	0	66	51	18	6	24	1.68
114244201--114244237	16	2.3	16	100	0	74	27	16	21	35	1.94
114262225--114262282	24	2.4	25	85	8	84	58	10	3	27	1.47
114277999--114278070	19	3.7	19	90	3	108	34	1	8	55	1.39
114280356--114280419	31	2.0	33	85	11	89	42	14	9	34	1.77
114288924--114289336	221	1.9	220	80	3	481	34	12	19	33	1.89
114293170--114293199	13	2.2	14	94	5	53	20	10	30	40	1.85
114296116--114296167	27	1.9	27	84	7	70	28	11	5	53	1.60
114306119--114306157	20	1.9	20	84	5	51	35	2	5	56	1.35
114307514--114307559	24	1.9	24	81	0	56	10	4	10	73	1.22
114307182--114308079	198	4.6	196	83	4	880	25	8	21	44	1.79
114312934--114312985	16	3.4	15	82	10	61	34	1	1	61	1.18
114318045--114318156	55	2.0	55	96	3	208	62	3	14	19	1.46
114321364--114321418	23	2.5	22	77	11	58	40	1	12	45	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114330966--114331118	76	2.0	76	97	0	288	33	16	13	35	1.89
114333656--114334355	348	2.0	347	99	0	1391	44	17	12	25	1.84
114337924--114338084	45	3.5	45	72	14	157	33	13	5	47	1.66
114342375--114342492	59	2.0	59	89	0	182	31	13	17	37	1.89
114355648--114355674	1	27.0	1	100	0	54	100	0	0	0	0.00
114356848--114357090	46	5.6	45	68	19	149	32	20	19	27	1.97
114356848--114357177	44	7.6	43	73	10	203	31	21	20	26	1.98
114359032--114359060	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
114359679--114359725	24	2.0	24	82	0	58	31	6	4	57	1.43
114366206--114366451	122	2.0	122	91	0	402	39	19	11	30	1.87
114368169--114368220	20	2.5	20	81	3	59	51	13	9	25	1.71
114369010--114369057	24	2.0	24	100	0	96	54	12	4	29	1.56
114369726--114370061	168	2.0	168	99	0	663	28	19	15	35	1.93
114377574--114377624	14	3.8	14	84	5	61	17	5	11	64	1.45
114381083--114381155	30	2.5	30	86	6	96	35	8	5	50	1.55
114381141--114381198	30	2.0	29	86	10	82	39	15	6	37	1.74
114382929--114383082	42	3.7	42	94	0	254	29	25	14	30	1.95
114383054--114383169	47	2.5	47	85	4	146	29	26	16	27	1.97
114383210--114383350	31	4.5	31	90	0	219	26	27	18	27	1.98
114383326--114383552	50	4.5	50	90	2	348	27	21	14	36	1.93
114387447--114387531	42	2.0	42	100	0	170	31	32	16	18	1.94
114387460--114387527	22	3.2	22	61	23	54	30	29	20	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114389061--114389391	168	2.0	168	90	0	518	25	27	21	25	1.99
114390059--114390127	28	2.5	28	75	11	70	47	5	2	43	1.42
114398001--114398031	3	10.3	3	100	0	62	64	0	0	35	0.94
114398623--114398690	21	3.5	19	72	22	52	67	1	5	25	1.21
114401932--114402221	106	2.7	103	82	8	341	26	9	13	50	1.71
114401932--114402229	107	2.8	106	82	8	340	26	9	13	51	1.70
114405304--114405504	106	1.9	105	82	4	253	27	9	12	49	1.72
114405591--114405918	109	3.0	108	83	5	381	22	13	13	50	1.77
114405591--114405874	109	2.6	109	86	3	387	23	13	14	48	1.79
114408549--114408612	30	2.0	31	85	11	85	48	6	12	32	1.66
114411824--114412329	267	1.9	266	86	1	717	31	15	14	38	1.88
114431698--114431867	92	1.9	90	85	4	234	36	10	10	42	1.74
114435302--114435346	23	2.0	22	83	12	56	60	0	13	26	1.34
114440701--114440739	20	2.0	20	85	10	53	33	10	7	48	1.66
114441029--114441082	23	2.3	24	96	3	101	38	0	18	42	1.50
114441044--114441093	23	2.2	23	85	3	66	44	2	18	36	1.61
114447264--114447340	30	2.5	31	82	4	93	33	12	6	46	1.68
114453321--114453351	15	2.0	16	93	6	55	41	0	6	51	1.27
114459144--114459308	88	1.9	88	100	0	330	38	16	26	18	1.92
114463126--114463167	16	2.7	16	85	3	59	33	0	2	64	1.07
114476152--114476181	15	2.0	15	93	0	51	30	0	3	66	1.07
114476834--114476858	13	1.9	13	100	0	50	76	0	8	16	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114477431--114477482	28	2.0	26	85	11	70	53	0	3	42	1.19
114479562--114479628	31	2.2	31	78	7	75	25	11	14	47	1.79
114481506--114481547	22	1.9	22	85	9	59	54	7	2	35	1.41
114487598--114487632	18	1.9	18	88	11	54	11	0	25	62	1.28
114499904--114499962	30	2.0	30	93	0	100	25	11	15	47	1.79
114501014--114501038	13	1.9	13	100	0	50	8	16	0	76	1.02
114506256--114506294	20	1.9	21	89	5	62	53	10	5	30	1.56
114506691--114506715	12	2.1	12	100	0	50	8	56	20	16	1.65
114507883--114508019	50	2.6	51	85	6	168	40	15	20	24	1.91
114509818--114509879	33	1.9	32	84	15	83	38	0	0	61	0.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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