genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.237.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78075224--78075379	57	2.7	57	93	2	260	24	21	23	30	1.99
78093846--78093876	6	5.2	6	100	0	62	0	32	0	67	0.91
78101856--78102100	122	2.0	122	98	0	472	19	24	16	39	1.92
78102725--78102782	29	2.1	27	83	6	71	25	13	31	29	1.94
78111163--78111194	16	2.0	16	93	0	55	50	28	6	15	1.68
78112429--78112490	8	7.8	8	85	0	52	51	19	19	9	1.74
78112723--78112814	28	3.2	28	77	7	96	30	14	28	27	1.95
78118420--78118593	46	3.7	46	82	6	217	26	20	29	23	1.98
78122080--78122251	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
78124068--78124107	9	4.3	9	84	6	53	30	20	35	15	1.93
78124072--78124108	19	2.0	18	89	5	56	32	16	32	18	1.93
78124189--78124266	29	2.8	28	79	13	88	24	15	33	26	1.95
78128409--78128483	8	9.6	8	71	9	57	50	18	21	9	1.74
78128408--78128483	23	3.3	23	77	3	89	50	19	21	9	1.75
78128687--78128761	29	2.6	29	80	4	80	32	20	28	20	1.97
78135442--78135466	13	1.9	13	100	0	50	16	4	16	64	1.44
78141342--78141388	23	2.1	21	81	14	51	53	14	2	29	1.53
78141711--78141915	48	4.4	47	75	8	177	26	22	21	29	1.99
78154487--78154555	30	2.3	30	90	5	104	21	24	33	20	1.97
78156788--78156873	8	11.6	8	82	11	69	46	34	0	18	1.50
78156788--78156873	7	11.7	7	82	7	82	46	34	0	18	1.50
78156788--78156861	22	3.4	22	83	7	80	48	32	0	18	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78160822--78161218	40	9.9	40	92	0	641	25	25	22	26	2.00
78161276--78161350	38	2.0	38	84	5	98	24	26	17	32	1.97
78163797--78164121	47	6.9	47	91	2	474	27	31	10	31	1.90
78164935--78165024	45	2.0	45	100	0	180	31	17	6	44	1.75
78167603--78167666	32	2.0	32	96	0	119	23	21	17	37	1.94
78170590--78170687	44	2.3	41	84	11	126	25	16	24	33	1.96
78173435--78173605	93	1.8	93	94	0	306	28	28	21	21	1.98
78173430--78173602	46	3.7	46	77	13	201	29	27	20	21	1.98
78176804--78177053	125	2.0	125	96	0	455	23	31	21	24	1.98
78182819--78182891	26	2.8	26	91	2	110	27	38	16	17	1.91
78183580--78183641	20	3.0	20	83	9	72	53	4	1	40	1.32
78197980--78198012	16	2.1	16	94	0	57	45	33	6	15	1.70
78201317--78201376	31	2.0	31	86	3	86	41	5	16	36	1.70
78205711--78205773	33	1.9	33	86	0	90	31	15	19	33	1.93
78223947--78224010	33	2.0	32	84	3	83	39	20	20	20	1.93
78224731--78224784	27	2.0	27	88	0	81	25	20	14	38	1.91
78224768--78224866	27	3.7	27	73	8	76	30	9	23	37	1.86
78224823--78224925	27	3.8	27	79	2	100	27	9	24	38	1.86
78231067--78231218	40	3.8	40	98	0	286	27	30	21	21	1.98
78234255--78234408	67	2.3	67	93	2	256	28	20	29	20	1.98
78234408--78234517	55	2.0	55	98	0	211	38	28	9	24	1.86
78234699--78234746	8	6.0	8	85	0	60	12	37	25	25	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78234699--78234746	16	3.0	16	87	0	69	12	37	25	25	1.91
78235164--78235321	27	5.9	27	76	4	104	31	10	20	37	1.86
78237277--78237453	40	4.4	40	89	2	268	29	26	20	23	1.99
78238805--78238982	40	4.5	40	95	2	297	24	28	23	23	1.99
78249339--78249374	18	2.0	18	88	0	54	25	13	41	19	1.88
78249443--78249560	29	4.1	29	82	2	123	30	13	26	29	1.94
78249443--78249561	58	2.1	58	84	3	152	30	13	26	29	1.94
78251096--78251203	26	4.2	26	92	0	180	31	7	25	36	1.83
78253844--78254082	40	6.0	40	90	1	338	23	22	27	27	1.99
78259343--78259519	27	6.6	27	83	5	205	27	14	27	30	1.95
78265627--78265867	40	6.1	40	90	2	353	22	22	27	26	1.99
78270567--78270597	16	1.9	16	100	0	62	51	19	6	22	1.69
78271821--78271866	24	1.9	24	90	0	74	52	15	19	13	1.75
78271836--78271871	16	2.2	16	90	0	54	55	13	19	11	1.68
78272094--78272199	29	3.7	29	84	3	144	27	16	31	25	1.96
78282795--78282880	28	3.0	28	83	8	102	26	16	36	20	1.94
78283802--78283955	27	5.8	26	86	3	175	35	20	24	19	1.96
78283800--78283955	80	2.0	80	82	5	190	35	20	23	19	1.96
78284857--78284983	64	2.0	63	98	1	245	57	1	18	22	1.49
78287319--78287359	20	2.0	21	90	9	68	41	9	9	39	1.71
78288198--78288310	27	4.2	27	86	3	131	38	21	23	17	1.94
78290793--78290850	27	2.1	28	83	3	73	39	17	20	22	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78299025--78299098	37	2.0	37	100	0	148	29	32	8	29	1.86
78301293--78301381	43	2.1	42	85	2	115	32	21	19	26	1.97
78301293--78301406	43	2.7	44	80	10	112	33	21	18	27	1.96
78307451--78307572	27	4.5	26	81	10	129	30	27	14	27	1.95
78549954--78550128	46	3.8	46	74	15	157	27	29	21	21	1.98
78549961--78550131	92	1.8	93	90	6	276	26	29	21	22	1.99
78555565--78555742	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
78555586--78555741	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
78557831--78557899	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
78557822--78557909	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
78559617--78559792	46	3.8	45	78	10	194	21	19	29	29	1.98
78559614--78559784	93	1.8	93	92	0	288	21	20	29	28	1.98
78565779--78566172	50	7.8	50	80	1	383	26	15	26	31	1.96
78571082--78571160	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
78571279--78571470	47	4.1	47	89	0	285	27	31	9	31	1.89
78576627--78576918	50	5.8	50	81	2	280	26	17	25	30	1.97
78576634--78576918	101	2.8	101	82	1	320	26	17	25	30	1.97
78576629--78576915	151	1.9	152	86	1	414	25	17	25	31	1.97
78578257--78578298	19	2.2	19	95	0	75	52	7	16	23	1.68
78587831--78588057	40	5.7	40	89	5	336	25	27	22	24	2.00
78587832--78588050	120	1.8	120	93	2	377	26	26	23	24	2.00
78604555--78604614	30	2.0	30	86	0	84	28	23	8	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78605484--78605736	40	6.4	37	82	7	218	26	26	20	26	1.99
78605510--78605743	40	5.8	40	86	5	323	26	27	20	25	1.99
78605510--78605736	120	1.9	120	90	3	368	26	26	21	25	1.99
78609002--78609145	44	3.3	43	77	10	134	34	25	15	25	1.95
78617111--78617168	29	2.0	30	86	3	82	43	0	36	20	1.52
78617210--78617255	9	5.1	9	89	0	65	30	10	10	47	1.73
78625355--78625443	44	2.0	44	100	0	178	24	15	26	32	1.96
78630273--78630371	43	2.3	43	91	3	155	20	36	23	20	1.95
78632363--78632399	13	2.8	13	95	4	65	16	8	16	59	1.59
78632359--78632394	13	2.4	16	73	26	51	19	5	19	55	1.62
78634801--78634867	25	2.7	24	81	4	89	16	19	7	56	1.63
78636437--78636505	13	5.3	13	79	10	70	39	14	0	46	1.45
78636423--78636531	53	2.1	53	81	10	125	34	15	0	48	1.52
78636449--78636531	13	6.3	13	73	2	67	33	16	1	48	1.55
78636591--78636650	25	2.4	25	88	0	84	33	21	20	25	1.97
78637270--78637302	14	2.4	14	94	0	57	27	24	21	27	1.99
78638819--78638877	30	2.0	30	100	0	118	38	13	20	27	1.90
78640694--78640892	39	5.1	39	93	0	335	23	30	23	22	1.99
78646343--78646572	39	5.9	39	91	0	379	22	25	28	23	1.99
78656160--78656203	23	1.9	23	100	0	88	22	13	22	40	1.89
78658245--78658311	35	1.9	35	90	0	107	35	13	17	32	1.89
78659404--78659457	22	2.5	22	93	0	90	42	24	18	14	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78659866--78660029	41	4.0	41	89	0	247	26	29	21	21	1.99
78660289--78660394	27	4.0	27	79	11	112	33	12	13	40	1.81
78660294--78660448	54	2.9	54	81	4	161	30	9	17	43	1.80
78660294--78660448	27	5.8	26	77	7	109	30	9	17	43	1.80
78662485--78662656	79	2.2	79	84	3	220	25	21	27	25	1.99
78662432--78662654	40	5.6	39	81	8	209	25	21	27	25	1.99
78662512--78662689	79	2.2	80	80	3	191	25	21	28	24	1.99
78668114--78668284	39	4.3	39	85	6	202	25	21	28	25	1.99
78668061--78668284	79	2.8	79	81	7	222	25	20	27	25	1.99
78668141--78668317	79	2.2	80	80	4	191	25	21	28	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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