genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.298.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99775143--99775206	31	2.1	31	90	0	101	23	21	15	39	1.92
99775420--99775537	23	5.1	23	92	3	193	31	21	20	27	1.98
99775420--99775539	45	2.6	47	90	5	199	31	20	20	27	1.97
99775588--99775654	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
99775588--99775643	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
99779623--99779800	37	4.8	37	92	0	284	25	29	18	26	1.98
99779999--99780386	47	8.1	47	84	7	492	27	29	12	31	1.92
99779999--99780386	92	4.0	98	87	7	562	27	29	12	31	1.92
99783342--99783491	39	3.8	40	85	3	214	25	27	22	25	2.00
99784797--99784916	41	3.2	37	87	12	183	24	32	19	24	1.97
99785140--99785806	138	4.8	139	80	14	763	27	29	12	30	1.93
99785141--99785806	235	2.9	229	84	9	822	27	29	12	30	1.93
99786146--99786180	11	3.2	11	100	0	70	25	8	0	65	1.21
99789124--99789294	79	2.2	79	84	4	220	25	21	28	25	1.99
99789124--99789294	39	4.3	40	88	3	222	25	21	28	25	1.99
99789151--99789327	79	2.2	80	80	4	191	25	21	28	24	1.99
99791888--99792039	40	3.8	40	84	0	205	26	26	21	25	2.00
99793307--99793523	37	5.9	37	93	2	357	25	30	18	25	1.98
99793732--99794411	47	14.1	47	88	5	894	26	30	12	30	1.93
99793732--99794411	145	4.7	145	92	3	1104	26	30	12	30	1.93
99793732--99794411	98	7.0	95	86	6	877	26	30	12	30	1.93
99797385--99797567	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99797364--99797567	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
99805361--99805543	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
99805340--99805543	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
99806140--99806227	37	2.4	37	100	0	176	32	22	14	29	1.94
99811001--99811064	31	2.1	31	90	0	101	25	23	14	37	1.92
99811279--99811419	23	6.1	23	94	2	248	30	21	20	26	1.98
99811470--99811536	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
99811470--99811525	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
99831963--99832006	20	2.2	20	91	0	70	15	36	31	15	1.90
99835475--99835706	49	4.7	49	81	3	257	30	26	17	25	1.97
99835475--99835706	101	2.3	99	82	4	288	30	26	17	25	1.97
99838252--99838285	17	2.0	17	94	0	59	29	20	5	44	1.75
99844553--99844763	94	2.3	93	82	6	252	26	18	30	24	1.98
99852349--99852659	47	6.6	48	73	15	210	28	18	29	23	1.98
99852388--99852660	47	5.8	47	75	11	213	27	18	30	23	1.97
99853739--99853778	21	2.0	21	90	5	64	12	40	27	20	1.88
99856982--99857450	48	9.7	47	75	5	382	28	18	26	26	1.98
99856978--99857444	96	4.8	96	85	1	594	28	18	26	26	1.98
99856982--99857444	192	2.4	192	87	0	656	28	18	26	26	1.98
99867670--99867714	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
99868216--99868241	6	4.3	6	100	0	52	84	0	0	15	0.62
99868506--99868569	34	1.9	33	90	3	101	21	25	26	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99877050--99877225	46	3.8	45	79	10	203	21	20	29	28	1.98
99877046--99877217	93	1.8	93	93	0	299	20	20	30	27	1.98
99880784--99880825	22	1.9	22	90	9	68	30	26	0	42	1.55
99888539--99888571	16	2.1	16	100	0	66	42	27	6	24	1.78
99888862--99888951	45	2.0	45	100	0	180	51	11	8	28	1.68
99888886--99888951	16	4.3	15	68	27	50	51	10	9	28	1.67
99895622--99895652	16	1.9	16	100	0	62	12	38	35	12	1.82
99914695--99914993	44	6.9	44	82	7	326	25	20	28	25	1.99
99914690--99914939	89	2.8	88	91	3	403	24	22	28	25	1.99
99915099--99915182	42	2.0	42	95	0	150	34	2	20	42	1.65
99917078--99917130	17	3.1	17	78	13	54	24	1	0	73	0.93
99917087--99917146	16	3.7	16	70	12	50	20	5	0	75	0.99
99925933--99926150	40	5.5	40	94	2	361	25	27	23	23	2.00
99935548--99936089	47	11.6	45	72	13	318	24	27	18	29	1.98
99935548--99935994	93	4.8	93	86	2	576	24	27	18	29	1.98
99935568--99936043	186	2.6	186	84	4	595	24	27	18	30	1.98
99935601--99936089	140	3.5	139	75	11	360	24	27	18	29	1.98
99935786--99936094	46	6.6	46	70	20	162	23	28	18	29	1.98
99943112--99943235	47	2.6	47	84	2	142	30	25	14	29	1.95
99943239--99943267	7	4.1	7	100	0	58	13	27	13	44	1.82
99943266--99943474	31	6.7	31	91	0	310	26	26	19	28	1.99
99943452--99943580	50	2.5	51	90	5	199	25	21	17	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99944604--99944640	18	2.1	18	90	5	58	37	16	2	43	1.62
99946765--99947030	46	5.7	46	76	11	220	23	29	17	28	1.97
99946764--99947023	93	2.8	93	88	4	355	23	30	17	28	1.97
99946764--99947123	47	7.7	46	72	15	206	23	29	18	28	1.98
99946764--99947120	140	2.6	137	82	9	395	22	29	18	28	1.98
99946764--99947124	93	3.9	92	82	9	328	22	29	18	28	1.98
99953547--99953625	41	1.9	41	92	0	131	17	35	22	24	1.95
99954408--99954460	26	2.0	26	100	0	106	43	22	0	33	1.54
99954671--99954891	46	4.8	45	77	14	186	23	28	19	28	1.98
99958252--99958504	55	4.8	54	76	11	193	35	16	24	22	1.95
99958259--99958461	108	1.9	109	83	4	266	33	17	24	24	1.96
99963060--99963113	26	2.0	27	86	10	76	42	11	11	35	1.76
99965824--99966067	55	4.6	54	77	9	218	36	18	23	21	1.95
99965831--99966033	108	1.9	109	85	4	284	34	18	24	23	1.96
99971319--99971425	37	2.9	37	94	0	178	26	30	18	24	1.98
99971576--99971771	52	3.9	52	86	9	307	31	24	6	37	1.80
99971579--99971778	98	2.0	99	93	3	341	32	24	6	37	1.80
99976085--99976258	47	3.7	46	78	9	183	22	29	20	27	1.98
99976085--99976257	94	1.8	94	86	4	251	23	29	20	27	1.99
99980385--99980469	22	3.7	22	75	10	73	37	17	24	20	1.93
99981922--99981951	9	3.3	9	90	0	51	33	33	0	33	1.58
99981917--99981951	18	2.0	17	94	5	61	31	28	0	40	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99984046--99984099	17	3.2	17	69	10	56	38	0	20	40	1.53
99984032--99984099	12	6.0	12	68	13	54	38	0	20	41	1.53
99984032--99984099	34	2.0	34	100	0	136	38	0	20	41	1.53
99985672--99985744	26	2.9	25	84	8	94	42	6	17	32	1.76
99987368--99987474	43	2.5	43	82	11	116	25	20	22	31	1.98
100007699--100007810	42	2.6	42	78	4	127	25	17	24	32	1.97
100007670--100007818	43	3.7	42	71	12	125	24	18	25	31	1.98
100008466--100008503	15	2.8	13	88	11	51	34	0	26	39	1.57
100008476--100008512	15	2.5	15	100	0	74	29	0	27	43	1.55
100019378--100019421	23	1.9	23	86	9	63	34	22	6	36	1.81
100022571--100022804	40	5.9	39	87	4	312	24	22	27	26	2.00
100030595--100030853	81	3.3	79	87	6	368	22	23	27	26	2.00
100030595--100030853	40	6.6	40	88	6	377	22	23	27	26	2.00
100045912--100046119	55	3.9	52	80	7	211	33	16	26	23	1.96
100045921--100046119	108	1.8	110	84	4	278	33	17	26	23	1.96
100046357--100046387	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
100051443--100051500	30	1.9	30	82	6	73	20	27	29	22	1.99
100056047--100056226	40	4.5	40	87	6	249	23	22	28	25	1.99
100056043--100056259	80	2.7	79	83	6	242	25	21	25	27	2.00
100056489--100056532	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
100063982--100064246	40	6.6	40	91	3	408	22	22	27	27	1.99
100063977--100064278	120	2.5	120	85	5	387	24	21	26	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100064504--100064547	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
100069826--100069937	42	2.6	43	83	4	138	25	18	25	30	1.98
100069796--100069945	43	3.7	42	75	12	145	24	19	27	29	1.98
100074411--100074451	18	2.3	18	87	4	57	26	14	24	34	1.94
100076374--100076420	19	2.5	19	100	0	94	12	21	44	21	1.85
100078443--100078486	23	1.9	23	86	9	63	34	22	6	36	1.81
100083751--100083800	22	2.3	22	85	0	64	36	46	4	14	1.63
100086740--100086974	55	4.4	53	73	12	155	34	15	25	24	1.94
100086796--100086948	53	2.8	56	79	8	172	34	16	24	23	1.95
100086750--100086948	108	1.8	110	83	6	271	33	16	25	24	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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