genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.93.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28700174--28700228	29	1.9	29	85	3	76	18	18	41	21	1.90
28701665--28701736	36	2.0	36	94	0	126	56	18	12	12	1.66
28707186--28707240	29	1.9	29	85	3	76	18	18	41	21	1.90
28717066--28717092	13	2.1	13	100	0	54	48	7	7	37	1.59
28720185--28720230	23	2.0	23	100	0	92	30	26	4	39	1.75
28723223--28723272	21	2.3	21	80	13	57	32	4	2	62	1.25
28723437--28723490	25	2.2	25	83	12	67	33	1	0	64	1.04
28724132--28724181	2	25.0	2	100	0	100	50	0	50	0	1.00
28732822--28733091	28	9.6	28	70	8	156	29	12	28	28	1.94
28732821--28733091	84	3.2	84	80	3	312	29	12	28	28	1.94
28733144--28733205	32	1.9	32	96	0	115	38	11	24	25	1.88
28736231--28736330	24	4.1	25	74	6	71	39	17	20	24	1.92
28736962--28737018	29	2.0	29	92	0	96	24	24	22	28	2.00
28738173--28738230	18	3.2	18	80	9	82	39	17	20	22	1.92
28738492--28738538	23	2.0	23	84	15	62	42	19	12	25	1.86
28738600--28738662	27	2.3	27	86	0	90	19	17	23	39	1.92
28740591--28740622	12	2.6	13	90	9	50	50	25	6	18	1.70
28741072--28741231	86	1.9	85	84	3	214	28	24	20	26	1.99
28747078--28747332	44	5.6	44	81	8	282	29	16	28	25	1.97
28747073--28747332	90	2.9	90	83	7	287	29	17	28	25	1.97
28747069--28747362	136	2.1	139	83	10	365	29	17	28	24	1.97
28754385--28754589	27	7.6	27	85	3	205	29	29	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28754385--28754588	54	3.8	54	84	3	257	29	29	15	25	1.96
28754439--28754588	81	1.9	81	88	0	228	27	28	16	27	1.97
28758841--28758872	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
28759053--28759393	50	6.8	50	74	6	312	30	24	18	26	1.98
28759163--28759396	101	2.3	100	79	5	240	31	24	16	26	1.96
28759053--28759398	151	2.3	151	87	1	514	30	24	18	27	1.98
28761927--28762188	40	6.7	40	86	6	349	25	22	27	25	2.00
28769542--28769804	40	6.6	39	84	5	291	26	22	26	25	2.00
28769542--28769804	80	3.3	80	86	5	340	26	22	26	25	2.00
28771726--28771898	46	3.7	46	77	10	190	22	19	27	31	1.98
28771723--28771893	93	1.8	93	92	0	288	22	19	28	30	1.98
28772123--28772160	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
28774667--28774847	48	3.8	48	85	0	218	29	23	18	27	1.98
28791307--28791338	16	2.0	16	93	0	55	18	21	6	53	1.67
28800550--28800674	56	2.2	56	86	0	169	28	12	24	34	1.92
28805564--28805594	7	4.4	7	91	0	53	19	51	0	29	1.47
28806521--28806545	7	3.6	7	100	0	50	44	12	0	44	1.41
28811591--28811633	15	2.9	14	81	18	52	72	0	0	27	0.85
28811591--28811633	12	3.4	13	81	15	54	72	0	0	27	0.85
28816227--28816455	56	4.1	56	85	2	273	26	14	24	34	1.94
28823656--28823680	7	3.6	7	100	0	50	44	12	0	44	1.41
28828899--28828945	17	2.7	17	86	3	58	48	19	17	14	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28831037--28831081	17	2.6	17	96	0	81	15	35	37	11	1.83
28837649--28837737	44	2.0	44	97	0	169	44	16	4	33	1.68
28837666--28837737	22	3.3	22	69	7	74	47	16	5	30	1.70
28841008--28841053	22	2.0	24	87	8	69	19	8	0	71	1.11
28841491--28841537	24	2.0	24	86	0	67	29	0	23	46	1.52
28847239--28847279	18	2.3	18	87	8	57	70	0	2	26	0.99
28848126--28848185	30	2.0	30	93	0	102	58	11	1	28	1.43
28848931--28848964	14	2.6	14	90	9	54	38	0	8	52	1.33
28863042--28863162	49	2.4	49	83	4	145	28	21	28	21	1.99
28867034--28867073	13	3.0	13	80	20	55	32	2	12	52	1.52
28871269--28871317	18	2.7	18	96	0	89	26	12	22	38	1.89
28873967--28874181	46	4.6	47	80	8	188	29	17	26	25	1.98
28873967--28874181	94	2.3	94	85	1	270	29	17	26	25	1.98
28874099--28874323	49	4.7	49	74	10	151	27	18	28	25	1.98
28883838--28883912	37	2.0	37	94	0	132	30	17	24	28	1.97
28887823--28887861	10	3.8	10	86	3	51	84	0	2	12	0.72
28887834--28887870	8	4.6	8	86	0	56	83	2	0	13	0.74
28887822--28887873	22	2.5	20	81	9	61	78	3	1	15	0.98
28890253--28890291	20	2.0	20	84	0	51	28	17	17	35	1.94
28890438--28890634	11	18.9	11	69	18	77	60	1	2	36	1.15
28890533--28890616	40	2.0	43	90	6	138	58	2	1	38	1.19
28890418--28890659	10	25.1	10	69	19	99	62	0	2	33	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28890625--28890659	9	4.1	9	85	14	56	74	0	0	25	0.82
28890533--28890656	44	2.9	43	77	11	114	62	1	0	35	1.11
28890443--28890679	19	12.2	19	72	15	102	63	0	2	33	1.14
28895216--28895281	33	2.0	34	84	3	89	25	24	25	24	2.00
28895240--28895921	342	2.0	343	92	0	1132	25	18	18	37	1.94
28898301--28898463	66	2.5	65	82	5	179	25	28	25	20	1.99
28899465--28899580	23	5.1	23	81	10	132	35	18	22	23	1.96
28899463--28899568	45	2.4	45	91	3	169	33	17	22	25	1.96
28899465--28899581	45	2.6	45	87	2	146	35	18	23	23	1.96
28899783--28899823	19	2.2	19	86	4	57	43	14	7	34	1.73
28906112--28906191	39	2.1	39	97	0	151	36	16	21	26	1.94
28910694--28910735	21	2.0	21	85	0	57	69	2	14	14	1.30
28912177--28912297	28	4.3	28	90	1	170	27	11	26	34	1.91
28917140--28917269	23	5.7	23	77	11	117	40	20	20	18	1.91
28917140--28917257	45	2.6	45	84	0	164	38	22	19	19	1.93
28925296--28925629	27	12.4	27	91	1	508	34	17	21	27	1.95
28925631--28925693	27	2.3	27	100	0	126	20	20	20	38	1.94
28925729--28925766	20	1.9	20	88	0	58	23	5	23	47	1.72
28926357--28926418	31	2.0	32	87	3	90	20	24	19	35	1.96
28930611--28930861	134	1.9	134	92	0	421	35	16	21	27	1.94
28930611--28930889	27	10.4	27	90	0	407	34	16	21	27	1.95
28937020--28937269	27	9.3	27	88	1	333	33	19	21	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28937020--28937269	81	3.1	80	90	2	367	33	19	21	26	1.97
28937947--28938006	27	2.3	26	82	2	66	21	21	20	36	1.95
28949305--28949628	43	7.5	43	92	0	488	32	14	19	34	1.91
28954137--28954586	43	10.5	43	82	8	549	31	27	16	24	1.96
28954072--28954191	56	2.1	55	82	8	145	35	21	14	28	1.92
28954168--28954584	86	4.8	86	89	2	642	31	28	16	23	1.96
28959927--28959995	29	2.4	28	76	13	68	21	26	17	34	1.95
28959947--28960142	60	3.3	60	71	15	172	24	23	15	35	1.94
28959892--28960263	118	3.1	119	81	4	428	25	22	16	36	1.94
28959931--28960268	119	2.8	118	81	4	392	25	23	15	36	1.94
28964192--28964258	16	4.2	16	82	0	89	26	26	4	41	1.75
28968004--28968060	30	1.9	30	88	0	87	42	7	24	26	1.80
28968799--28968982	67	2.8	64	76	8	194	29	16	30	23	1.96
28971825--28971994	27	6.3	27	81	11	170	34	12	15	37	1.85
28971825--28972193	54	6.9	54	79	11	203	31	11	18	38	1.86
28971865--28972202	81	4.2	79	85	5	430	32	9	18	39	1.83
28971865--28972202	27	12.7	26	81	8	353	32	9	18	39	1.83
28974884--28974911	11	2.5	11	100	0	56	53	17	0	28	1.44
28975397--28975485	27	3.3	27	84	3	108	30	10	17	41	1.83
28975410--28975801	27	14.7	27	81	3	400	31	9	19	39	1.84
28975410--28975801	53	7.3	54	82	3	406	31	9	19	39	1.84
28975408--28975793	80	4.8	80	81	5	379	31	10	19	39	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28976100--28976205	28	3.8	28	82	1	122	22	33	16	28	1.95
28982810--28982893	29	2.9	29	84	7	91	30	26	13	29	1.93
28983108--28983143	8	4.6	8	89	3	56	2	22	22	52	1.59
28986088--28986139	24	2.0	27	85	14	74	46	13	5	34	1.67
28989649--28989806	41	3.8	41	76	9	131	25	16	25	32	1.96
28999521--28999688	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
28999544--28999688	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
29000876--29000951	38	2.0	38	100	0	152	31	23	13	31	1.93
29004299--29004363	30	2.2	30	94	0	112	15	36	29	18	1.91
29004767--29004811	22	2.1	21	83	4	54	48	24	2	24	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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