genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.211.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68102974--68103846	47	18.3	47	94	3	1496	31	8	29	30	1.86
68102974--68103846	96	9.1	96	96	2	1516	31	8	29	30	1.86
68102974--68103846	143	6.1	143	95	2	1540	31	8	29	30	1.86
68114365--68114484	28	4.4	28	81	7	140	35	13	25	26	1.93
68114508--68114704	50	3.9	51	90	4	303	31	14	24	29	1.94
68114508--68114704	101	2.0	101	88	6	301	31	14	24	29	1.94
68118354--68118452	48	2.1	48	88	0	144	20	16	33	30	1.94
68123425--68123627	53	3.8	53	75	4	165	35	19	24	20	1.96
68133579--68133625	23	2.0	23	95	0	85	34	4	19	42	1.70
68135580--68135625	24	1.9	24	95	0	83	21	2	19	56	1.52
68146753--68146789	18	2.1	18	100	0	74	54	16	16	13	1.72
68147316--68147468	79	1.9	79	90	0	243	33	19	9	36	1.85
68159484--68159823	47	7.1	47	85	5	437	31	12	30	25	1.93
68159484--68159823	98	3.5	94	86	4	446	31	12	30	25	1.93
68159484--68159823	145	2.3	145	92	1	565	31	12	30	25	1.93
68159797--68159887	46	2.0	46	82	0	110	34	9	30	25	1.88
68160034--68160177	37	3.9	37	91	1	227	24	18	31	26	1.97
68169328--68169366	21	2.0	20	85	10	53	35	10	12	41	1.77
68169462--68169526	19	3.4	19	72	14	53	44	3	6	46	1.44
68169589--68169633	20	2.2	20	84	11	56	60	4	6	28	1.42
68169587--68169651	19	3.3	19	77	14	60	53	3	7	35	1.45
68170812--68170847	16	2.2	17	90	5	56	22	0	2	75	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68173537--68173588	27	1.9	27	85	14	72	51	9	0	38	1.35
68173667--68173711	18	2.5	18	89	7	65	37	0	2	60	1.09
68173679--68173713	18	1.9	18	100	0	70	37	0	0	62	0.95
68177430--68177612	39	4.7	39	90	0	276	25	27	22	24	2.00
68179839--68180061	40	5.6	40	85	3	236	26	27	21	24	1.99
68179993--68180070	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
68187691--68187913	40	5.6	40	85	3	236	26	27	21	24	1.99
68187845--68187922	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
68189782--68189825	23	1.9	23	86	9	63	6	18	2	72	1.17
68190785--68191094	46	6.6	47	80	8	271	27	18	30	23	1.98
68192240--68192279	21	2.0	21	95	5	73	10	35	30	25	1.88
68199512--68199589	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
68199542--68200042	174	2.9	174	96	0	923	30	14	24	30	1.94
68207758--68207828	29	2.5	28	90	6	108	28	15	28	28	1.96
68207787--68208267	165	2.9	167	89	6	755	30	14	24	30	1.95
68461624--68461665	15	2.8	15	88	0	66	16	16	14	52	1.75
68464418--68464622	47	4.5	47	78	11	230	29	16	23	30	1.96
68464457--68464663	85	2.4	85	94	0	360	28	16	25	29	1.97
68464509--68464670	38	4.0	38	75	13	171	29	16	25	28	1.97
68464378--68464622	132	1.9	132	86	1	357	29	16	24	29	1.97
68470958--68471058	44	2.3	44	96	0	184	27	27	12	31	1.93
68471062--68471137	40	1.9	40	81	5	91	32	19	15	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68471688--68471732	20	2.1	21	84	8	56	51	17	4	26	1.65
68503029--68503054	7	3.7	7	100	0	52	61	0	11	26	1.30
68510736--68510920	79	2.3	81	84	7	236	25	22	27	24	2.00
68510736--68510920	40	4.7	40	82	6	216	25	22	27	24	2.00
68510789--68510953	79	2.1	79	84	6	210	27	21	27	24	1.99
68527043--68527090	25	1.9	25	86	0	69	35	22	14	27	1.93
68527138--68527193	11	5.5	11	75	16	66	35	12	19	32	1.89
68527140--68527193	20	2.7	20	97	0	99	35	12	20	31	1.90
68527243--68527315	26	2.8	26	91	0	128	26	24	24	24	2.00
68527537--68527601	32	2.0	32	90	0	103	40	16	20	23	1.92
68535230--68535285	11	5.5	11	75	16	66	35	12	19	32	1.89
68535232--68535285	20	2.7	20	97	0	99	35	12	20	31	1.90
68535335--68535407	26	2.8	26	91	0	128	26	24	24	24	2.00
68535629--68535712	38	2.5	33	85	14	109	36	19	21	22	1.95
68543220--68543267	25	1.9	25	86	0	69	35	22	14	27	1.93
68543668--68543732	32	2.0	32	84	0	85	38	15	21	24	1.92
68543967--68543992	13	2.0	13	100	0	52	15	0	7	76	0.99
68545394--68545562	46	3.7	46	78	13	193	30	28	18	22	1.97
68545986--68546045	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
68571690--68571727	21	1.9	19	85	15	51	26	0	21	52	1.47
68571696--68571749	23	2.5	22	85	11	67	25	1	18	53	1.54
68571696--68571730	11	3.3	11	84	8	54	28	0	20	51	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68571683--68571732	9	5.4	9	76	21	50	24	0	20	56	1.43
68575770--68576080	40	7.8	40	90	1	471	24	21	29	24	1.99
68584405--68584756	40	8.8	40	88	3	501	24	21	29	24	1.99
68584405--68584756	119	2.9	121	88	2	503	24	21	29	24	1.99
68590089--68590157	28	2.5	28	83	4	77	30	14	23	31	1.94
68591883--68591949	28	2.4	28	90	5	100	34	25	11	28	1.91
68596505--68596728	40	5.6	40	86	3	297	23	23	27	25	2.00
68596509--68596728	83	2.7	80	88	5	293	23	24	27	25	2.00
68605441--68605602	42	3.8	42	79	3	164	26	21	17	33	1.96
68611000--68611079	37	2.2	37	97	0	151	40	0	22	37	1.54
68613067--68613210	72	2.0	71	93	1	243	36	15	22	25	1.94
68613851--68613880	14	2.1	14	93	0	51	33	33	23	10	1.88
68619280--68619327	24	2.0	24	95	0	87	16	14	37	31	1.89
68625156--68625340	40	4.6	40	80	8	196	23	28	23	24	2.00
68637142--68637329	40	4.7	40	95	0	331	21	27	20	30	1.98
68641052--68641245	47	4.1	47	87	0	271	32	10	29	27	1.90
68641099--68641177	25	3.3	25	67	22	69	31	8	29	30	1.88
68641081--68641152	22	3.1	22	66	24	58	33	12	29	25	1.92
68641215--68641349	48	2.8	48	95	0	243	34	8	27	29	1.86
68641487--68641586	37	2.7	37	98	0	191	26	19	30	25	1.98
68649942--68650044	41	2.5	41	82	3	116	28	16	26	29	1.97
68650574--68650606	15	2.2	15	100	0	66	27	12	15	45	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68657033--68657448	49	8.7	49	79	9	364	24	28	20	26	1.99
68657033--68657448	141	2.9	145	77	7	406	24	28	20	26	1.99
68658166--68658190	12	2.1	12	100	0	50	60	16	8	16	1.58
68665557--68665606	26	2.0	25	84	11	66	30	38	16	16	1.90
68669838--68669957	48	2.5	48	85	2	154	27	22	15	35	1.94
68672909--68672939	12	2.6	12	100	0	62	41	0	0	58	0.98
68673217--68673275	9	6.8	9	70	14	52	35	1	0	62	1.05
68675070--68675099	10	3.0	10	95	0	51	10	13	0	76	1.01
68677365--68677433	31	2.3	30	80	9	77	33	8	28	28	1.87
68678963--68679154	40	4.8	40	92	1	226	27	27	21	23	1.99
68678934--68679153	80	2.8	80	81	4	248	28	27	20	23	1.99
68687083--68687267	40	4.6	40	91	1	194	28	27	19	24	1.98
68687082--68687267	80	2.3	80	82	3	214	29	27	19	24	1.98
68687127--68687267	40	3.5	40	92	1	203	29	26	19	24	1.98
68717242--68717283	22	1.9	22	85	9	59	14	26	0	59	1.35
68721194--68721222	14	2.0	15	93	6	51	27	17	34	20	1.95
68721629--68721837	27	7.7	27	80	7	167	39	15	11	33	1.84
68721709--68721782	28	2.7	28	89	2	105	41	16	10	31	1.82
68721655--68721837	81	2.3	81	79	10	203	38	15	12	32	1.85
68723190--68723360	46	3.7	46	79	7	204	22	21	27	29	1.99
68723187--68723355	91	1.8	92	93	1	295	21	21	28	28	1.99
68723584--68723621	19	2.0	20	85	15	53	39	0	21	39	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68730735--68730907	46	3.7	45	77	11	188	22	21	27	28	1.99
68730732--68730902	93	1.8	93	92	2	290	22	21	28	28	1.99
68731132--68731169	19	2.0	20	85	15	53	39	0	21	39	1.53
68732099--68732149	22	2.3	22	80	6	59	21	25	21	31	1.98
68733137--68733177	17	2.3	18	84	12	50	36	9	17	36	1.82
68735824--68736058	27	8.7	27	82	7	237	38	19	10	31	1.86
68735823--68736058	54	4.4	54	86	2	294	38	19	10	31	1.86
68736055--68736139	27	3.1	27	83	3	82	32	16	23	27	1.96
68736077--68736156	27	3.0	27	83	3	81	33	17	22	26	1.96
68736148--68736214	26	2.5	26	72	15	66	28	17	20	32	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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