genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.215.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70252828--70253003	93	1.9	93	80	6	205	25	29	17	27	1.97
70252929--70253057	49	2.6	49	80	7	147	24	29	17	27	1.98
70257754--70257926	46	3.7	46	79	10	199	22	20	27	29	1.99
70257751--70257921	93	1.8	93	92	0	288	22	21	28	28	1.99
70258151--70258188	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
70265549--70265631	24	3.5	24	73	11	80	19	28	19	32	1.96
70265545--70265655	48	2.3	48	77	11	129	18	28	18	34	1.95
70269487--70269520	16	2.1	16	100	0	68	44	23	17	14	1.86
70270918--70271134	64	3.3	64	75	11	215	23	27	15	34	1.94
70270918--70271134	67	3.3	68	75	11	179	23	27	15	34	1.94
70272998--70273070	26	2.8	26	85	0	101	41	8	13	36	1.75
70274820--70274893	29	2.6	29	86	4	96	27	16	31	25	1.96
70277572--70277605	16	2.1	16	100	0	68	17	5	23	52	1.66
70277663--70277704	17	2.4	18	88	4	59	26	0	0	73	0.83
70281561--70281626	13	5.5	13	69	20	63	48	15	0	36	1.45
70281559--70281635	23	3.3	23	88	0	118	48	14	0	37	1.44
70284314--70284364	18	2.8	18	87	0	75	15	5	39	39	1.72
70286332--70286371	20	2.0	20	85	9	55	47	25	0	27	1.52
70287076--70287158	42	2.0	42	80	7	96	33	24	15	26	1.95
70289770--70289822	23	2.3	23	83	6	63	49	15	1	33	1.55
70289780--70289830	23	2.2	23	89	0	75	49	13	1	35	1.54
70290169--70290208	19	2.0	22	85	14	59	55	2	2	40	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70290169--70290209	21	2.0	21	85	9	57	56	2	2	39	1.26
70298464--70298684	40	5.6	41	78	9	219	25	23	26	23	2.00
70300382--70300437	22	2.5	23	72	16	64	50	3	10	35	1.55
70302419--70302464	21	2.2	21	96	0	83	17	4	32	45	1.68
70304370--70304394	13	1.9	13	100	0	50	16	36	32	16	1.90
70304873--70304999	32	3.9	32	87	3	148	36	22	10	30	1.88
70304873--70305006	65	2.1	65	80	5	146	35	22	10	31	1.88
70311293--70311382	32	2.8	32	91	0	144	38	24	8	27	1.85
70313840--70313898	31	1.9	31	100	0	118	42	5	5	47	1.47
70318227--70318262	19	1.9	19	88	5	56	25	27	5	41	1.77
70319739--70319864	46	2.6	48	91	3	193	27	18	30	23	1.98
70319879--70320007	49	2.6	49	82	9	140	28	20	27	23	1.99
70319733--70320051	142	2.2	139	82	8	360	26	18	29	26	1.98
70337896--70337970	22	3.3	22	66	23	64	30	12	32	25	1.92
70337893--70337968	24	3.2	24	63	29	63	30	11	32	25	1.91
70337753--70338204	47	9.6	47	94	0	726	31	11	31	26	1.91
70342695--70342735	17	2.5	16	80	4	55	46	39	0	14	1.45
70343055--70343136	39	2.1	39	97	2	157	14	10	9	64	1.49
70343138--70343172	13	2.6	14	90	4	54	85	0	11	2	0.69
70345659--70345866	40	5.2	39	81	4	229	25	27	22	24	2.00
70353866--70354032	39	4.3	39	91	0	271	31	21	26	20	1.98
70353866--70354058	78	2.5	78	88	2	237	30	22	26	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70357830--70357975	37	3.9	37	92	0	220	26	30	18	24	1.98
70358138--70358464	47	7.0	47	93	0	546	26	29	11	33	1.91
70366245--70366411	39	4.3	39	88	0	235	32	19	25	22	1.97
70366245--70366437	78	2.5	78	84	2	201	32	20	25	21	1.98
70367362--70367460	27	3.5	28	75	14	112	42	9	16	32	1.79
70367352--70367474	59	2.1	59	100	0	246	42	9	15	32	1.80
70367381--70367474	29	3.2	29	74	14	111	44	9	15	29	1.79
70372809--70372993	40	4.6	40	82	3	228	23	27	24	24	2.00
70379588--70379712	63	2.0	63	96	0	232	30	25	24	20	1.98
70381044--70381228	40	4.6	40	80	3	210	23	27	23	25	2.00
70381044--70381228	80	2.3	81	85	4	232	23	27	23	25	2.00
70393787--70393826	21	2.0	20	85	5	53	17	25	35	22	1.95
70402079--70402116	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
70404276--70404423	48	3.0	49	76	8	129	33	22	25	18	1.97
70404334--70404408	26	2.9	26	84	2	107	34	24	24	17	1.96
70404303--70404423	26	4.8	26	74	14	101	33	23	23	19	1.97
70407419--70407465	25	1.9	24	86	4	67	74	2	17	6	1.12
70408705--70408889	40	4.6	39	84	5	212	23	22	28	25	1.99
70408758--70408922	79	2.1	79	84	6	210	25	21	27	25	1.99
70416710--70416892	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
70416711--70416894	40	4.6	40	83	9	216	23	22	28	25	2.00
70416763--70416927	79	2.1	79	84	6	210	25	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70419607--70419678	36	2.0	36	100	0	144	63	5	5	25	1.38
70428579--70428618	18	2.2	19	90	4	64	65	10	0	25	1.24
70428578--70428627	19	2.6	19	84	9	66	66	12	0	22	1.24
70437313--70437371	20	2.8	20	85	14	75	33	0	8	57	1.29
70437313--70437371	22	2.7	22	85	15	79	33	0	8	57	1.29
70437409--70437483	30	2.5	30	81	10	82	34	2	6	56	1.40
70437567--70437603	19	1.9	19	94	0	65	32	13	2	51	1.55
70437674--70437710	9	4.1	9	85	0	56	37	0	2	59	1.12
70437676--70437713	18	2.1	18	95	0	67	36	0	2	60	1.11
70438105--70438160	25	2.3	24	79	14	62	37	16	3	42	1.65
70449018--70449043	11	2.4	11	100	0	52	92	0	7	0	0.39
70449901--70450133	74	3.1	75	85	6	301	33	16	18	31	1.93
70450056--70450275	90	2.4	90	82	4	273	31	14	17	35	1.90
70450203--70450237	14	2.5	14	90	0	52	25	11	5	57	1.56
70450238--70450377	71	2.0	71	84	5	185	30	15	21	32	1.94
70449901--70450606	336	2.1	326	82	8	813	31	15	18	34	1.92
70450538--70450573	14	2.7	13	83	8	54	30	13	8	47	1.73
70450305--70450606	89	3.5	86	81	5	340	30	15	18	35	1.93
70452421--70452512	23	4.2	21	75	20	75	34	2	6	56	1.37
70452421--70452512	21	4.2	23	75	17	74	34	2	6	56	1.37
70452667--70452711	18	2.5	18	82	7	56	31	11	2	55	1.47
70452770--70452804	9	3.9	9	84	0	52	40	0	2	57	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70452771--70452809	18	2.1	18	90	4	60	38	0	2	58	1.12
70452992--70453036	24	1.9	23	86	13	65	37	4	6	51	1.49
70453059--70453117	21	2.6	22	78	7	66	32	8	0	59	1.28
70453206--70453261	25	2.3	24	79	14	62	37	16	3	42	1.65
70455249--70455291	13	3.1	14	84	12	54	60	0	0	39	0.97
70460597--70460642	22	2.1	21	88	4	65	4	26	0	69	1.07
70460601--70460649	16	3.0	15	88	8	53	4	22	0	73	1.00
70460607--70460649	5	8.0	5	80	14	50	2	20	0	76	0.89
70460607--70460649	11	3.9	11	81	9	52	2	20	0	76	0.89
70464080--70464293	107	2.0	107	94	1	376	34	30	9	26	1.88
70469036--70469087	22	2.3	23	81	15	65	42	5	5	46	1.51
70472947--70472980	6	5.7	6	100	0	68	82	0	0	17	0.67
70484634--70484693	31	1.9	31	100	0	120	18	21	10	50	1.76
70486364--70486411	23	2.1	23	88	7	71	18	25	20	35	1.95
70486448--70486563	25	4.7	25	67	7	67	24	23	18	33	1.97
70490040--70490107	30	2.3	30	84	5	84	48	4	19	27	1.68
70492531--70492758	46	5.0	46	92	1	350	38	14	24	23	1.92
70497316--70497378	21	3.0	22	74	9	58	36	20	20	22	1.95
70498205--70498263	5	12.0	5	75	21	54	62	0	0	37	0.95
70498211--70498258	3	17.3	3	76	23	52	64	0	0	35	0.94
70498852--70498898	20	2.3	20	76	20	53	36	21	4	38	1.73
70503886--70503922	17	2.1	18	85	14	51	54	0	10	35	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70504208--70504469	3	89.0	3	68	11	89	59	5	7	27	1.48
70509526--70509566	19	2.1	20	86	4	57	34	0	14	51	1.43
70509919--70510314	50	7.9	50	75	6	334	26	18	25	29	1.98
70509921--70510109	101	1.9	101	86	2	272	25	18	25	30	1.98
70509919--70510311	151	2.6	151	92	1	637	26	18	25	29	1.98
70510072--70510253	101	1.8	101	88	0	283	25	18	26	29	1.98
70517052--70517276	40	5.6	40	82	4	247	25	23	26	24	2.00
70517052--70517312	80	3.3	80	81	4	278	26	22	26	24	2.00
70517052--70517312	120	2.2	120	80	7	291	26	22	26	24	2.00
70521933--70522077	40	3.6	40	86	2	202	24	26	22	26	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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