genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.247.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81828690--81829055	190	1.9	188	90	3	583	27	29	10	32	1.90
81831519--81831557	16	2.4	16	82	0	51	28	5	7	58	1.47
81832564--81832637	37	2.0	37	97	0	139	33	21	12	32	1.90
81834515--81834627	58	1.9	58	92	0	190	19	15	31	33	1.93
81842494--81842591	27	3.5	28	87	2	126	26	14	27	31	1.95
81842522--81842605	27	3.0	27	84	5	78	29	13	23	33	1.93
81844956--81845094	43	3.3	42	75	15	112	30	28	17	23	1.97
81844974--81845126	43	3.6	43	79	5	159	33	25	16	24	1.96
81846889--81847042	29	5.3	29	83	6	161	37	21	14	26	1.92
81846890--81847060	87	2.0	85	84	6	220	37	19	14	28	1.91
81852170--81852213	16	2.8	16	96	3	81	45	11	31	11	1.76
81855453--81855600	40	3.7	40	93	0	251	24	18	28	28	1.98
81869327--81869383	26	2.2	26	80	3	60	26	19	17	36	1.94
81873447--81873483	13	2.8	13	95	0	65	43	37	10	8	1.69
81875087--81875135	24	2.0	24	96	0	89	38	18	8	34	1.80
81880162--81880238	40	1.9	40	86	0	109	31	24	14	29	1.94
81887110--81887199	40	2.2	40	84	3	110	31	23	14	31	1.94
81888880--81888913	16	2.2	16	89	5	52	52	0	14	32	1.42
81889756--81889946	48	4.0	47	85	5	249	18	17	29	35	1.94
81889758--81889936	96	1.9	96	89	0	277	18	17	27	35	1.94
81894336--81894365	15	2.0	15	93	0	51	63	10	6	20	1.47
81894628--81894675	5	9.4	5	86	13	71	60	2	0	37	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81896408--81896497	23	3.7	24	80	15	103	46	7	2	43	1.44
81896695--81896781	44	2.0	41	84	6	111	50	8	10	31	1.65
81899644--81899696	27	2.0	27	100	0	106	33	28	11	26	1.91
81900986--81901163	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
81900987--81901142	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
81900983--81901163	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
81909045--81909221	27	6.6	27	83	4	205	27	15	28	29	1.96
81909046--81909201	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
81914751--81914812	28	2.2	28	88	0	88	19	38	17	24	1.93
81915786--81915949	47	3.5	45	80	10	161	26	28	14	30	1.95
81915873--81916046	94	1.9	92	82	13	223	23	26	20	29	1.99
81919576--81919670	42	2.2	42	79	1	109	34	22	16	26	1.95
81919584--81919666	42	2.0	43	85	2	114	34	24	16	24	1.95
81920084--81920397	164	1.9	164	97	0	592	34	19	5	40	1.75
81920905--81920940	16	2.2	16	95	0	63	33	8	5	52	1.55
81921691--81921967	50	5.7	50	77	6	212	24	27	18	29	1.98
81921741--81921929	100	1.9	100	86	2	272	24	27	18	29	1.98
81926437--81926486	20	2.5	19	83	6	64	46	12	16	26	1.81
81933117--81933192	22	3.3	22	65	28	59	31	13	30	25	1.93
81933211--81933332	22	5.3	22	64	21	70	33	12	28	25	1.92
81932935--81933430	47	10.6	47	93	0	785	33	12	28	26	1.92
81933444--81933534	46	2.0	46	86	0	128	34	6	31	27	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81935719--81935964	49	4.9	50	84	2	316	26	17	26	28	1.98
81938706--81938744	15	2.5	15	91	4	60	15	12	15	56	1.68
81941496--81941740	49	4.9	49	84	3	319	26	17	25	29	1.98
81941600--81941683	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
81947364--81947620	39	6.5	39	91	1	390	20	22	28	29	1.98
81957948--81958113	47	3.6	45	80	8	165	22	19	31	25	1.98
81957861--81958161	94	3.2	93	79	5	286	24	19	30	24	1.98
81961322--81961438	55	2.1	54	81	6	137	23	25	27	23	2.00
81961337--81961452	55	2.1	55	80	3	126	20	27	31	20	1.98
81969801--81969834	17	2.0	17	88	0	50	58	2	0	38	1.13
81970295--81970378	43	2.0	43	81	9	100	28	26	17	27	1.98
81972371--81972494	45	2.7	46	79	12	144	24	30	18	26	1.98
81972371--81972585	93	2.3	94	83	7	249	26	29	18	26	1.98
81972313--81972585	48	5.8	49	73	13	198	24	29	19	26	1.98
81973124--81973266	72	2.0	72	98	0	277	30	25	9	34	1.88
81973131--81973243	36	3.1	36	66	22	101	29	23	9	38	1.86
81984429--81984510	33	2.5	33	82	9	87	48	1	0	50	1.08
81984592--81984628	17	2.2	16	90	4	56	56	0	0	43	0.99
81984847--81984890	21	2.0	23	86	8	65	45	0	11	43	1.40
81986869--81986905	18	2.1	18	100	0	74	32	0	10	56	1.34
81991235--81991323	28	3.1	29	83	4	110	28	30	13	28	1.94
81991541--81991577	16	2.3	16	90	0	56	10	18	16	54	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81999694--81999732	20	2.0	20	85	10	53	30	15	28	25	1.96
82007050--82007074	12	2.1	12	100	0	50	16	24	32	28	1.96
82009453--82009644	29	6.5	28	71	14	95	35	17	14	32	1.90
82014748--82014779	16	2.0	16	93	0	55	37	21	6	34	1.79
82016576--82016629	28	1.9	28	88	0	81	27	16	20	35	1.94
82020916--82021101	46	3.9	49	79	9	188	29	17	29	24	1.97
82022871--82022956	45	1.9	45	82	0	109	27	23	20	27	1.99
82023286--82023440	43	3.6	43	89	0	238	33	32	22	11	1.90
82023433--82023516	38	2.2	38	89	0	132	30	27	21	20	1.98
82026207--82026245	20	2.0	20	85	10	53	33	7	0	58	1.26
82029394--82029460	35	1.9	35	93	0	116	41	23	10	23	1.85
82029317--82029447	70	1.9	70	81	0	163	41	19	10	29	1.85
82029318--82029462	70	2.1	70	80	2	157	41	20	10	28	1.85
82034912--82034959	23	2.1	23	84	0	60	14	25	8	52	1.69
82038253--82038354	53	1.9	53	85	0	141	19	25	17	37	1.94
82039210--82039293	31	2.7	31	94	1	143	28	27	16	27	1.97
82039317--82039450	42	3.2	42	95	2	243	35	20	14	29	1.93
82039598--82039663	25	2.6	25	87	0	96	27	27	27	18	1.98
82040592--82040643	27	1.9	27	92	0	86	36	11	11	40	1.78
82040653--82040777	27	4.6	27	77	7	92	29	7	21	41	1.80
82040679--82040807	27	4.8	27	80	5	136	27	10	20	41	1.84
82040680--82040807	54	2.4	54	82	5	152	28	10	20	41	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82040737--82040818	27	3.0	26	73	7	74	26	9	23	40	1.85
82040800--82040879	27	3.0	26	85	5	115	37	6	25	31	1.81
82040800--82040901	54	1.9	53	84	6	134	37	6	23	32	1.81
82044413--82044670	46	5.5	47	75	12	194	28	17	28	25	1.98
82051145--82051271	43	3.0	43	79	7	109	34	22	13	29	1.92
82051200--82051297	42	2.3	43	81	13	123	33	21	14	30	1.93
82060180--82060249	32	2.2	32	92	0	113	41	2	25	30	1.70
82060180--82060233	16	3.4	16	86	0	81	37	1	29	31	1.68
82060204--82060250	16	2.9	16	80	0	58	48	4	19	27	1.67
82060422--82060574	58	2.5	61	78	8	168	52	4	0	42	1.26
82060490--82060529	21	2.0	20	90	5	62	55	2	0	42	1.13
82060553--82060598	22	2.1	21	88	11	67	65	2	0	32	1.05
82060701--82060735	13	2.8	12	83	8	52	57	0	11	31	1.34
82066521--82066634	43	2.7	43	76	11	108	35	26	14	23	1.94
82068510--82068663	42	3.7	42	80	3	177	31	24	14	29	1.94
82073142--82073322	48	3.8	48	79	1	184	25	18	28	28	1.98
82074299--82074362	32	2.0	32	100	0	128	34	9	21	34	1.86
82083983--82084295	27	11.7	27	83	4	321	40	22	16	19	1.91
82083983--82084312	81	4.1	80	81	6	355	40	21	16	20	1.91
82083983--82084258	107	2.6	108	84	5	346	41	22	17	18	1.90
82084194--82084314	27	4.5	27	88	0	125	37	19	19	23	1.94
82087205--82087404	100	2.0	100	99	0	391	20	18	14	47	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82095369--82095395	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
82101022--82101062	20	2.0	21	85	4	57	17	21	12	48	1.79
82102707--82102787	27	2.9	28	81	3	101	32	22	17	28	1.96
82107208--82107250	22	2.0	22	90	0	68	46	25	16	11	1.80
82107443--82107486	22	2.2	20	84	12	54	31	18	25	25	1.97
82107650--82107755	41	2.6	41	89	0	149	29	30	18	21	1.97
82107993--82108299	27	11.4	27	75	4	208	31	7	20	40	1.81
82108292--82108361	27	2.6	27	86	2	95	28	18	20	32	1.96
82108292--82108373	28	3.0	28	83	1	103	29	20	19	30	1.97
82111660--82111705	24	1.9	24	86	8	67	73	2	17	6	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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