genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.271.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   

This is table  271  of  349  ( 41854 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90512827--90512867	14	2.9	15	85	10	59	41	9	9	39	1.71
90513269--90513355	22	3.9	22	78	14	97	45	20	5	27	1.74
90513245--90513333	46	1.9	46	88	0	133	46	17	6	29	1.74
90513391--90513460	35	2.0	35	100	0	140	42	20	8	28	1.81
90514380--90514440	32	1.9	32	93	0	104	49	18	4	27	1.68
90514380--90514453	32	2.5	30	85	10	91	50	18	4	27	1.65
90514413--90514467	27	2.0	27	86	6	76	49	18	5	27	1.69
90515938--90515971	13	2.5	13	90	4	50	55	2	0	41	1.15
90516544--90516568	7	3.6	7	100	0	50	48	0	0	52	1.00
90516781--90516839	22	2.8	20	76	16	57	47	1	5	45	1.34
90517664--90517690	5	5.4	5	100	0	54	0	0	37	62	0.95
90523535--90523666	52	2.6	51	85	4	169	26	13	26	33	1.94
90525509--90525588	36	2.2	36	93	0	133	22	28	32	16	1.95
90525509--90525588	18	4.4	18	87	0	115	22	28	32	16	1.95
90527447--90527487	20	2.0	20	95	0	73	34	9	21	34	1.87
90528767--90528874	47	2.3	48	82	4	130	15	15	24	44	1.85
90531754--90531820	27	2.4	28	80	11	68	62	0	1	35	1.04
90558024--90558124	20	5.1	20	66	13	66	14	33	18	32	1.92
90558008--90558124	40	3.0	40	92	5	193	16	30	19	33	1.94
90558008--90558155	79	1.9	79	83	5	192	17	29	18	35	1.94
90558008--90558155	39	3.8	39	87	5	183	17	29	18	35	1.94
90560168--90560216	26	1.9	26	83	4	64	20	16	18	44	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90560255--90560326	24	2.9	24	81	4	90	19	23	19	37	1.94
90562435--90562610	46	3.8	44	81	10	201	21	20	29	28	1.98
90562432--90562602	93	1.8	93	93	0	297	21	21	29	28	1.98
90566322--90566553	49	4.7	49	82	5	241	29	28	17	25	1.98
90566365--90566546	101	1.8	101	89	2	287	29	27	17	25	1.97
90566309--90566548	99	2.4	96	81	7	284	29	26	17	26	1.98
90569711--90569878	80	2.1	80	81	5	189	27	27	19	25	1.99
90569751--90569931	80	2.3	80	83	9	210	28	27	20	23	1.99
90569748--90569931	40	4.6	40	81	7	187	28	27	20	23	1.99
90577125--90577304	80	2.3	80	83	10	210	27	27	20	23	1.99
90577122--90577304	40	4.6	40	81	8	187	28	27	20	24	1.99
90585026--90585205	80	2.3	80	83	10	210	27	27	20	23	1.99
90585023--90585205	40	4.6	40	81	8	187	28	27	20	24	1.99
90588388--90588557	46	3.7	46	76	4	180	30	27	20	22	1.98
90588388--90588558	93	1.8	93	89	0	270	29	28	19	22	1.98
90592826--90592860	17	2.1	17	100	0	70	28	11	0	60	1.32
90594009--90594033	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
90594006--90594078	29	2.5	31	78	13	82	60	4	0	35	1.16
90594013--90594084	31	2.4	30	73	22	71	61	2	0	36	1.11
90602073--90602226	43	3.6	43	76	14	165	25	17	24	31	1.97
90605599--90605638	20	2.0	20	95	0	71	37	0	27	35	1.57
90605619--90606075	48	9.1	48	77	13	413	35	5	27	31	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90605748--90605791	20	2.2	20	95	0	79	40	0	22	36	1.54
90605700--90605839	68	2.1	68	97	0	262	38	4	24	32	1.75
90605589--90605936	164	2.1	164	94	1	608	37	5	25	31	1.78
90605652--90605887	116	2.0	116	95	0	427	36	5	25	32	1.78
90605769--90606075	96	3.2	96	98	0	587	34	5	28	31	1.81
90605768--90606075	144	2.1	144	97	0	580	34	5	28	31	1.81
90606216--90606318	37	2.8	37	95	0	179	23	19	32	25	1.98
90608160--90608329	43	4.0	43	81	6	175	32	24	14	28	1.94
90608160--90608329	86	2.0	85	82	3	207	32	24	14	28	1.94
90620987--90621071	28	3.0	29	68	16	86	35	16	18	29	1.93
90620987--90621129	58	2.5	58	86	1	189	34	17	18	28	1.94
90621134--90621194	28	2.2	28	90	0	95	27	14	27	29	1.95
90621142--90621200	28	2.1	28	96	0	109	28	13	32	25	1.94
90621142--90621227	28	3.0	28	86	8	93	30	12	29	27	1.93
90623016--90623083	27	2.6	27	83	2	93	27	13	26	32	1.93
90624708--90624738	8	4.0	8	91	8	55	87	0	0	12	0.55
90624708--90624736	15	1.9	15	100	0	58	89	0	0	10	0.48
90628934--90628999	32	2.1	32	94	5	116	42	9	9	39	1.68
90629161--90629212	15	3.2	15	73	19	50	44	0	1	53	1.11
90629174--90629225	19	2.6	20	81	6	52	46	0	1	51	1.12
90629169--90629262	49	1.9	48	81	16	113	44	1	3	51	1.24
90629243--90629286	13	3.3	13	78	15	54	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90629293--90629348	22	2.6	22	83	5	62	51	0	0	48	1.00
90629916--90629967	16	3.4	16	79	12	56	42	0	3	53	1.19
90630890--90630922	16	2.0	17	88	5	50	42	0	21	36	1.53
90632201--90632259	26	2.3	25	80	8	66	50	0	20	28	1.48
90639312--90639605	35	8.3	35	76	4	234	30	4	30	35	1.76
90642025--90642134	28	3.9	28	80	2	105	28	15	29	27	1.96
90647010--90647141	35	3.6	38	77	9	132	33	22	12	31	1.92
90649111--90649147	19	2.0	18	89	5	56	27	13	37	21	1.91
90649222--90649320	28	3.5	28	81	2	92	28	15	29	27	1.96
90649222--90649300	28	2.8	29	86	3	99	25	16	30	27	1.97
90659824--90659967	55	2.6	55	79	0	144	29	31	25	13	1.94
90661719--90661780	27	2.3	26	78	8	70	51	11	0	37	1.38
90661731--90662354	312	2.0	311	97	0	1185	33	19	11	36	1.87
90668788--90668862	20	3.8	20	85	0	105	12	32	34	21	1.90
90669604--90669745	53	2.9	49	75	16	132	30	30	15	23	1.95
90669655--90669808	53	3.0	50	73	12	132	29	25	16	28	1.96
90677083--90677218	52	2.6	52	75	8	141	29	24	16	30	1.96
90678628--90678799	49	3.6	48	76	10	174	26	20	29	23	1.99
90682284--90682362	38	2.1	38	97	0	149	43	11	8	36	1.72
90683898--90683949	16	3.2	16	75	20	54	73	1	1	23	1.04
90693897--90693924	6	4.7	6	100	0	56	67	0	14	17	1.22
90700269--90700310	18	2.3	18	100	0	84	26	19	14	40	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90701547--90701571	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
90702439--90702465	13	2.1	13	100	0	54	37	7	7	48	1.59
90702482--90702523	11	3.8	11	81	9	50	33	0	23	42	1.55
90702945--90702997	21	2.3	23	75	21	58	43	0	3	52	1.19
90703108--90703153	3	15.7	3	82	13	60	36	0	2	60	1.09
90703107--90703151	16	3.2	13	80	20	54	37	0	2	60	1.09
90703108--90703153	19	2.6	17	83	12	58	36	0	2	60	1.09
90705287--90705329	19	2.4	19	84	7	54	37	11	11	39	1.78
90705295--90705354	19	2.8	22	85	9	72	36	6	16	40	1.75
90705320--90705364	23	2.0	23	86	4	65	33	4	15	46	1.66
90708990--90709162	46	3.7	46	77	11	183	21	19	28	30	1.98
90708987--90709157	93	1.8	93	89	2	272	21	19	29	29	1.98
90709387--90709424	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
90711176--90711403	38	5.9	38	85	3	242	29	24	23	22	1.99
90721966--90722172	78	2.7	77	91	1	324	32	17	24	25	1.97
90721906--90722448	287	1.9	287	92	0	917	33	17	23	25	1.96
90722317--90722449	41	3.3	41	63	12	105	33	18	24	24	1.97
90722253--90722547	78	3.8	78	89	1	430	33	18	22	25	1.96
90722564--90722760	45	4.4	45	87	1	270	30	14	29	25	1.95
90722578--90722760	89	2.0	90	90	1	287	30	14	30	25	1.95
90723107--90723194	19	4.8	19	88	8	146	36	11	14	37	1.83
90723107--90723217	19	5.7	22	77	18	81	36	9	15	38	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90730803--90730840	20	1.9	20	88	0	58	28	21	26	23	1.99
90730759--90730887	64	2.0	64	96	0	240	25	17	27	29	1.98
90730823--90730977	43	3.6	43	78	6	127	25	16	25	32	1.96
90732864--90732982	29	4.1	29	78	1	123	23	19	26	31	1.98
90732864--90732982	58	2.1	57	82	1	139	23	19	26	31	1.98
90732938--90733001	28	2.3	28	83	0	92	18	21	31	28	1.97
90735353--90735399	20	2.3	20	100	0	94	38	19	4	38	1.71
90738449--90738559	53	2.1	53	94	0	195	36	18	15	29	1.91
90742813--90742951	58	2.4	55	75	16	138	33	5	2	58	1.31
90742831--90742934	9	11.1	9	71	18	52	31	4	1	61	1.28

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349