genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.258.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85906122--85906433	47	6.8	44	73	12	207	22	28	20	28	1.99
85906122--85906431	94	3.3	93	81	7	303	22	29	20	28	1.98
85914802--85915400	47	12.6	47	93	2	982	28	29	8	32	1.87
85914802--85915400	96	6.3	94	93	1	982	28	29	8	32	1.87
85917420--85917598	85	2.1	85	98	0	349	26	27	8	37	1.85
85919315--85919744	40	10.8	40	92	1	702	25	29	21	23	1.99
85919315--85919744	119	3.6	120	94	1	738	25	29	21	23	1.99
85921173--85921674	47	10.6	47	93	2	826	28	30	8	32	1.87
85931905--85932090	40	4.7	40	91	2	268	23	19	28	27	1.99
85931902--85932127	79	2.8	80	78	5	192	24	20	27	27	1.99
85934035--85934147	27	4.1	27	82	8	122	16	23	23	36	1.94
85934035--85934147	55	2.1	54	86	5	156	16	23	23	36	1.94
85941508--85941620	55	2.1	54	85	5	147	16	22	23	38	1.93
85941508--85941620	27	4.2	26	84	8	127	16	22	23	38	1.93
85943284--85943438	78	2.0	78	93	2	267	30	17	7	43	1.77
85943487--85943532	20	2.2	21	88	3	67	41	39	2	17	1.62
85946497--85946613	35	3.3	35	82	1	144	16	12	29	41	1.85
85947199--85947268	35	2.0	35	100	0	140	25	2	31	40	1.70
85951559--85951624	24	2.7	23	77	15	62	71	0	22	6	1.08
85952232--85952277	24	2.0	23	82	4	56	34	2	13	50	1.53
85952268--85952365	38	2.5	39	82	9	121	34	7	10	47	1.65
85952311--85952432	39	3.1	39	80	6	115	31	10	12	45	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85952274--85952432	38	4.1	38	80	8	119	32	9	11	47	1.71
85956859--85956918	28	2.3	25	83	13	68	43	8	10	38	1.68
85956868--85956922	28	2.0	28	100	0	110	40	12	10	36	1.79
85958088--85958130	10	4.2	10	79	5	50	65	2	0	32	1.06
85958087--85958130	21	2.1	21	86	0	61	63	2	0	34	1.07
85958197--85958253	18	3.2	17	80	11	62	66	1	5	26	1.22
85958247--85958272	10	2.6	10	100	0	52	53	0	0	46	1.00
85958471--85958550	37	2.2	37	84	6	101	35	3	2	58	1.29
85958535--85958590	19	2.8	20	74	15	62	33	1	0	64	1.04
85963419--85963470	14	3.6	15	72	27	58	34	0	9	55	1.32
85963799--85963966	37	4.8	37	75	16	187	19	20	11	48	1.79
85967496--85967535	21	1.9	21	100	0	80	30	2	25	42	1.68
85975297--85975349	26	2.0	26	100	0	106	30	15	18	35	1.92
85976963--85977027	19	3.3	19	72	16	69	10	0	46	43	1.38
85976951--85977029	40	2.0	40	100	0	158	12	0	46	40	1.42
85976951--85977011	19	3.1	19	69	17	61	11	0	50	37	1.39
85987688--85987732	12	3.7	12	84	3	63	24	44	0	31	1.54
85994235--85994629	96	4.1	95	92	1	605	31	8	30	29	1.87
85994235--85994629	47	8.3	47	93	2	601	31	8	30	29	1.87
85996032--85996503	40	11.8	40	95	0	800	23	21	29	26	1.99
86000384--86000919	96	5.6	96	93	1	873	31	8	30	29	1.86
86000384--86000919	143	3.8	142	92	2	869	31	8	30	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86000384--86000919	47	11.3	47	93	2	838	31	8	30	29	1.86
86009683--86009711	12	2.3	13	94	5	51	24	17	6	51	1.69
86010674--86010726	27	1.9	28	84	3	72	22	26	18	32	1.97
86010707--86010803	33	3.0	31	84	6	104	25	23	24	25	2.00
86011128--86011160	16	2.1	16	100	0	66	36	39	12	12	1.80
86016279--86016377	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
86022501--86022555	29	1.9	29	89	10	87	36	23	21	18	1.95
86025463--86025502	20	2.0	20	100	0	80	40	15	5	40	1.68
86029929--86030081	54	2.8	55	82	6	186	37	15	23	23	1.92
86029943--86030338	55	7.5	55	73	10	290	36	16	24	22	1.94
86029929--86030338	54	7.7	55	72	9	163	37	15	24	22	1.93
86029929--86030328	209	1.9	209	91	1	658	37	15	24	23	1.93
86030152--86030375	108	2.1	108	82	4	263	37	16	24	21	1.93
86033121--86033177	23	2.5	23	85	5	80	33	21	24	21	1.97
86033137--86033190	23	2.3	23	83	0	63	38	20	24	16	1.92
86035483--86035508	12	2.2	12	100	0	52	7	30	38	23	1.83
86037195--86037463	49	5.6	49	76	9	175	24	28	18	28	1.98
86037341--86037463	46	2.7	44	81	9	142	26	28	15	30	1.96
86039526--86040069	47	11.4	47	96	2	937	27	31	8	32	1.86
86039636--86039758	22	5.3	22	63	18	70	25	31	11	31	1.91
86039526--86040069	96	5.7	94	95	2	937	27	31	8	32	1.86
86039526--86040069	143	3.8	143	96	1	977	27	31	8	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86055964--86056073	28	3.7	28	75	17	114	23	27	21	27	1.99
86055992--86056107	34	3.6	33	74	17	118	23	25	21	30	1.99
86055954--86056108	62	2.5	62	95	1	276	23	24	21	30	1.99
86059919--86060090	45	3.8	45	96	0	299	29	27	20	22	1.98
86060892--86061127	47	5.0	47	95	0	409	44	13	13	27	1.82
86065456--86065661	56	3.7	56	86	2	263	33	22	16	28	1.95
86068023--86068114	46	2.0	46	100	0	184	28	17	17	36	1.92
86073125--86073167	21	2.1	20	83	12	52	34	23	20	20	1.96
86078666--86078843	27	6.6	27	82	3	178	29	28	15	27	1.96
86088178--86088299	46	2.6	46	80	8	122	26	29	17	27	1.97
86090485--86090566	29	2.9	29	79	1	94	34	24	21	19	1.97
86091666--86091811	27	5.4	27	79	3	141	36	18	19	26	1.94
86091666--86091812	54	2.7	54	79	8	156	36	18	19	25	1.94
86094903--86096108	47	25.6	47	93	2	2012	33	8	28	29	1.87
86095366--86095444	25	3.3	25	66	16	76	34	5	29	31	1.79
86094903--86096108	330	3.7	330	95	2	2124	33	8	28	29	1.87
86096226--86096327	37	2.8	37	93	0	168	25	18	29	26	1.98
86097617--86097826	40	5.2	40	91	2	296	24	20	28	26	1.99
86098748--86098890	48	3.0	48	89	6	231	30	27	7	34	1.85
86159894--86160070	27	6.5	27	83	3	194	27	15	27	29	1.96
86159895--86160050	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
86159891--86160070	82	2.2	81	82	3	218	27	16	27	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86163952--86164157	28	7.4	28	91	2	281	32	28	13	25	1.94
86182012--86182180	93	1.8	93	88	2	259	30	25	20	24	1.99
86182003--86182226	46	4.8	46	79	6	238	31	25	19	23	1.98
86189387--86189506	43	2.8	42	78	9	136	34	16	21	27	1.95
86191266--86191615	180	1.9	180	87	2	515	34	18	9	37	1.83
86192196--86192329	50	2.6	50	83	2	160	33	25	17	23	1.96
86193262--86193439	6	28.8	6	74	16	150	48	13	19	19	1.81
86193274--86193376	25	4.4	25	76	16	112	48	13	19	18	1.81
86193274--86193438	62	2.7	63	90	5	241	47	13	19	18	1.82
86193372--86193439	25	2.7	25	93	0	118	47	14	19	19	1.83
86193292--86193413	19	6.6	18	80	14	110	48	14	18	18	1.81
86193854--86194103	27	9.3	27	80	3	153	25	19	17	37	1.93
86193872--86194103	54	4.3	54	84	1	286	25	19	17	37	1.93
86193883--86194100	81	2.7	80	87	2	301	25	19	16	38	1.93
86194125--86194536	27	15.3	27	84	0	419	30	9	20	40	1.84
86199440--86199500	32	2.0	32	87	12	92	32	1	26	39	1.66
86206040--86206079	20	2.0	20	86	13	57	40	5	7	47	1.54
86206899--86207565	114	5.9	113	79	4	603	32	18	22	26	1.97
86207013--86207796	208	3.5	226	81	8	827	32	18	22	27	1.97
86208015--86208085	14	5.0	14	69	16	56	22	1	35	40	1.63
86209227--86209273	22	2.1	22	96	0	85	27	8	23	40	1.83
86209613--86209728	36	3.2	36	70	16	114	29	6	18	46	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86209580--86209780	71	2.8	71	96	1	368	25	4	18	50	1.67
86209916--86209945	14	2.1	14	100	0	60	26	13	6	53	1.64
86212564--86212862	17	16.6	17	70	24	161	43	11	1	42	1.51
86212581--86212744	40	3.7	40	73	24	157	43	10	1	43	1.50
86212555--86212704	57	2.6	57	95	2	266	44	11	1	42	1.48
86212584--86212895	97	3.2	97	93	4	518	42	10	2	44	1.52
86212681--86212805	57	2.1	60	92	5	211	44	12	1	42	1.51
86212576--86212878	101	3.0	100	93	5	533	42	10	1	44	1.50
86212730--86212845	44	2.7	43	90	5	184	43	11	1	43	1.50
86212774--86212895	57	2.1	57	92	0	199	41	10	2	45	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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