genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
849696--849734	19	2.1	19	90	9	62	79	2	2	15	0.95
849982--850025	8	5.4	8	82	15	54	9	6	0	84	0.79
866031--866056	11	2.4	11	100	0	52	50	7	0	42	1.31
868110--868229	47	2.5	47	72	10	109	26	16	22	34	1.95
870449--870544	31	3.1	31	80	3	104	35	16	22	25	1.95
875535--875599	32	2.0	32	96	0	121	32	6	23	38	1.79
877080--877132	26	2.0	26	85	7	72	37	24	15	22	1.92
879326--879369	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
879968--880023	24	2.3	25	75	9	62	1	26	1	69	1.08
881318--881448	65	2.0	65	96	0	244	24	15	17	42	1.88
884867--885090	46	4.9	46	94	1	360	22	24	14	37	1.92
887464--887531	30	2.3	30	84	5	84	27	19	5	47	1.72
889184--889233	25	1.9	26	84	8	66	78	2	18	2	0.95
895940--895979	18	2.2	18	86	0	53	32	2	12	52	1.52
896760--896905	78	1.9	78	89	2	231	28	19	21	30	1.98
901555--901705	78	1.9	78	94	0	266	26	19	25	27	1.99
903944--904094	78	1.9	78	94	0	266	26	19	25	27	1.99
907819--907875	22	2.6	22	88	0	78	26	28	28	17	1.98
909645--909821	27	6.6	27	84	5	196	29	28	14	28	1.95
909645--909821	54	3.3	54	85	6	216	29	28	14	28	1.95
912533--912683	78	1.9	78	93	2	259	26	19	25	28	1.99
916186--916233	24	2.0	24	84	8	62	52	12	0	35	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
916867--916899	17	2.0	16	94	5	57	66	0	3	30	1.06
916928--916966	19	2.1	19	85	9	53	51	10	5	33	1.58
917071--917103	4	8.2	4	93	0	57	72	0	27	0	0.85
918095--918225	57	2.2	59	82	6	151	19	22	17	41	1.91
918200--918233	12	2.8	12	90	0	50	17	26	14	41	1.88
919482--919534	22	2.4	22	93	0	88	28	32	26	13	1.93
929836--930010	45	3.8	46	79	13	216	20	20	29	29	1.98
937369--937538	93	1.8	91	92	5	288	21	20	30	28	1.98
937373--937545	46	3.8	45	77	15	178	20	19	30	29	1.97
941209--941318	26	4.2	26	96	0	184	34	4	24	36	1.76
942804--942857	26	2.1	26	82	6	65	35	24	14	25	1.94
944493--944742	27	9.3	27	86	1	297	39	20	8	31	1.82
944721--944940	27	8.2	27	88	0	289	30	23	6	39	1.80
944721--944940	54	4.1	54	91	0	325	30	23	6	39	1.80
944721--944940	81	2.7	81	88	0	325	30	23	6	39	1.80
945447--945556	31	3.5	31	81	7	127	19	20	13	47	1.82
945447--945568	6	19.8	6	72	14	97	18	19	13	48	1.81
945447--945568	37	3.5	37	80	13	157	18	19	13	48	1.81
947750--947831	26	3.2	26	96	0	155	36	26	6	30	1.81
953305--953379	26	2.8	27	83	4	89	28	10	22	38	1.87
954826--954907	26	3.2	26	100	0	164	35	26	7	30	1.84
956357--956404	24	2.0	24	84	8	62	52	12	0	35	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
957612--957762	78	1.9	78	98	0	293	26	19	26	27	1.99
961414--961521	26	4.2	26	87	0	162	32	8	23	36	1.84
963008--963060	26	2.0	26	82	7	63	39	20	15	24	1.91
968507--968611	26	4.0	26	89	0	165	31	8	24	35	1.86
972166--972194	9	3.3	9	90	9	51	65	0	0	34	0.93
972226--972264	19	2.1	19	85	9	53	51	10	5	33	1.58
973493--973517	12	2.1	12	100	0	50	16	24	20	40	1.91
973634--973678	18	2.5	17	86	10	63	31	15	17	35	1.92
974325--974364	21	2.0	20	85	5	53	42	2	17	37	1.63
978066--978382	47	6.7	47	97	1	589	31	8	29	29	1.88
978500--978578	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
981121--981155	16	2.2	16	100	0	70	31	11	22	34	1.90
984141--984325	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
984142--984325	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
984194--984358	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
989337--989379	19	2.3	19	84	11	61	11	11	0	76	1.02
989378--989415	8	4.8	8	83	9	51	39	2	0	57	1.12
989956--990027	23	3.1	23	78	11	67	26	15	16	41	1.88
992279--992435	78	2.0	78	93	0	269	25	21	27	26	1.99
995133--995184	23	2.3	23	100	0	104	11	0	38	50	1.39
996207--996256	16	3.1	16	100	0	100	58	6	12	24	1.56
1003192--1003229	14	2.5	15	87	8	51	63	0	2	34	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1006484--1006541	29	2.0	29	100	0	116	55	20	6	17	1.65
1015608--1015649	21	2.0	21	85	4	57	26	9	14	50	1.73
1018454--1018511	9	5.9	9	75	16	53	53	1	3	41	1.28
1018458--1018496	20	1.9	21	89	5	62	53	0	2	43	1.14
1018465--1018511	21	2.3	20	85	3	58	51	2	4	42	1.33
1022096--1022185	44	2.0	44	97	0	171	21	11	21	46	1.81
1022313--1022426	60	1.9	59	83	1	147	42	11	17	28	1.84
1025081--1025129	24	2.0	24	92	0	80	32	12	26	28	1.92
1029876--1030247	185	2.0	184	87	3	543	39	16	13	31	1.86
1033013--1033115	51	2.0	52	83	12	133	24	27	8	39	1.84
1033022--1033128	51	2.1	51	81	13	123	24	30	8	36	1.85
1047585--1047650	30	2.2	29	81	2	78	54	3	4	37	1.36
1052367--1052393	13	2.1	13	100	0	54	85	7	7	0	0.75
1056887--1057338	225	2.0	225	91	0	726	32	30	13	23	1.93
1060354--1060398	19	2.4	17	80	20	54	35	0	4	60	1.17
1065194--1065645	225	2.0	225	91	0	726	32	30	13	23	1.93
1068658--1068702	19	2.4	17	80	20	54	35	0	4	60	1.17
1072214--1072256	21	2.1	20	83	12	52	55	18	2	23	1.54
1072221--1072265	20	2.1	21	84	15	58	55	15	2	26	1.52
1076756--1076857	19	5.4	18	68	12	71	55	0	6	37	1.27
1076756--1076857	38	2.7	38	92	1	161	55	0	6	37	1.27
1076799--1076858	17	3.4	17	73	13	66	58	0	5	36	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1081554--1081713	74	2.2	75	79	6	166	35	14	19	31	1.92
1083199--1083242	22	2.0	22	100	0	88	50	9	22	18	1.75
1085015--1085039	6	4.2	6	100	0	50	68	0	0	32	0.90
1088445--1088471	7	3.9	7	100	0	54	44	11	0	44	1.39
1099741--1099811	32	2.2	32	97	0	133	59	26	0	14	1.36
1101849--1101904	20	2.8	20	84	13	62	44	0	5	50	1.25
1104365--1104641	50	5.5	50	94	0	464	35	16	21	26	1.94
1104621--1104679	31	1.9	31	100	0	118	28	20	25	25	1.99
1105912--1105959	19	2.6	18	90	9	78	72	0	10	16	1.10
1106845--1106892	15	3.1	16	83	16	57	70	2	0	27	0.98
1106836--1106906	11	6.5	11	76	12	58	66	2	1	29	1.15
1109320--1109383	32	2.0	32	96	0	119	42	21	10	25	1.85
1110026--1110126	31	3.3	29	72	15	89	58	2	5	32	1.37
1115250--1115280	14	2.1	15	94	5	55	61	3	12	22	1.46
1121115--1121238	33	3.8	33	96	0	230	17	9	42	29	1.81
1127608--1127632	9	2.8	9	100	0	50	76	0	24	0	0.80
1133239--1133278	21	1.9	21	85	10	55	50	15	5	30	1.65
1139262--1139318	27	2.1	27	100	0	114	35	8	10	45	1.70
1142893--1142921	15	1.9	15	100	0	58	41	24	13	20	1.89
1146737--1146814	36	2.1	36	97	2	147	42	7	17	32	1.78
1149223--1149265	19	2.3	19	100	0	86	53	0	18	27	1.45
1152161--1152188	13	2.2	13	100	0	56	53	14	7	25	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1154541--1154566	7	3.7	7	100	0	52	88	0	0	11	0.52
1158209--1158265	13	4.3	14	70	20	50	61	0	5	33	1.18
1162948--1162982	18	1.9	18	94	0	61	31	0	0	68	0.90
1166444--1166497	20	2.7	20	77	8	56	55	5	0	38	1.23
1167111--1167190	28	2.8	28	88	1	115	42	7	5	45	1.54
1167749--1167801	26	2.0	28	85	7	74	52	3	0	43	1.19
1171474--1171512	20	2.0	20	84	0	51	38	7	7	46	1.61
1173826--1173850	13	1.9	13	100	0	50	24	24	8	44	1.80
1174080--1174110	3	10.3	3	100	0	62	0	32	0	67	0.91
1180174--1180233	27	2.2	27	88	5	86	36	8	5	50	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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