genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.52.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15101154--15101202	23	2.1	23	85	7	64	44	6	4	44	1.47
15107127--15107166	18	2.2	18	95	0	71	12	35	30	22	1.91
15111675--15111709	16	2.2	16	89	0	52	2	20	0	77	0.90
15112808--15112850	21	2.0	21	90	0	68	32	6	37	23	1.82
15115645--15115727	37	2.2	37	100	0	166	14	9	36	39	1.79
15119016--15119076	28	2.2	28	90	0	95	52	9	4	32	1.56
15120177--15120218	14	3.1	13	78	21	50	52	2	9	35	1.47
15135984--15136088	55	1.9	54	90	1	165	32	32	19	16	1.93
15143537--15143588	25	2.1	25	96	0	95	23	5	17	53	1.64
15143712--15143738	6	4.5	6	100	0	54	44	0	0	55	0.99
15145720--15145970	41	6.1	41	83	1	252	19	18	24	37	1.94
15145718--15145956	123	1.9	123	81	3	284	19	18	24	37	1.94
15150603--15150657	27	2.1	27	96	3	103	25	14	1	58	1.47
15166146--15166177	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
15166584--15166637	26	2.1	26	100	0	108	27	7	14	50	1.70
15167816--15167912	46	2.1	46	82	3	115	30	14	19	35	1.92
15171091--15171198	26	4.2	26	91	0	180	35	24	8	32	1.85
15176054--15176101	18	2.6	17	87	12	60	64	31	0	4	1.12
15176054--15176101	20	2.5	19	90	6	71	64	31	0	4	1.12
15176842--15176941	37	2.6	37	74	21	91	32	5	5	58	1.41
15179783--15179890	26	4.2	26	89	0	162	34	23	8	34	1.85
15181353--15181527	41	4.3	41	90	1	244	36	24	20	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15182722--15182746	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
15185769--15185793	13	1.9	13	100	0	50	8	32	36	24	1.84
15187896--15187924	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
15189957--15190067	27	4.1	27	82	7	136	37	23	22	16	1.93
15189957--15190067	54	2.1	54	86	6	154	37	23	22	16	1.93
15196610--15196744	41	3.3	40	82	4	155	36	22	20	20	1.95
15208024--15208233	55	3.9	55	80	6	225	24	25	16	33	1.96
15214815--15214979	48	3.5	46	82	8	181	29	16	21	32	1.95
15214815--15214997	94	1.9	94	81	6	219	30	16	20	32	1.95
15217061--15217091	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
15217058--15217097	20	2.0	20	85	0	53	37	20	2	40	1.66
15217277--15217510	55	4.4	55	81	8	247	23	24	17	35	1.95
15220086--15220139	26	2.0	27	83	16	69	33	12	9	44	1.75
15232187--15232237	26	2.0	26	92	0	84	31	17	17	33	1.94
15234242--15234344	48	2.1	48	100	0	206	27	1	15	55	1.51
15243333--15243358	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
15245674--15245702	6	4.8	6	100	0	58	86	0	0	13	0.58
15247787--15247842	25	2.2	25	84	12	71	8	8	3	78	1.07
15248832--15248911	3	26.7	3	71	9	56	28	6	5	60	1.43
15252138--15252162	13	1.9	13	100	0	50	72	4	0	24	1.02
15252473--15252554	2	41.0	2	95	0	146	2	50	0	47	1.14
15268302--15268358	20	2.9	20	81	2	71	21	1	3	73	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15279422--15279448	6	4.5	6	100	0	54	14	0	0	85	0.61
15288125--15288296	93	1.8	93	93	0	299	27	29	21	21	1.99
15288117--15288292	46	3.8	46	80	10	205	28	28	21	21	1.98
15291340--15291366	14	1.9	14	100	0	54	29	11	7	51	1.64
15292164--15292190	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
15292355--15292514	79	2.0	79	100	0	320	12	18	13	55	1.70
15295915--15296178	93	2.8	93	91	1	422	30	28	18	22	1.97
15295961--15296122	47	3.5	47	75	14	181	31	29	17	22	1.96
15295906--15296171	46	5.7	46	70	17	192	30	28	18	22	1.97
15306919--15307139	45	5.0	45	87	2	297	26	22	26	24	2.00
15307668--15307700	16	1.9	18	88	11	52	24	15	12	48	1.78
15313005--15313229	40	5.6	40	81	5	240	25	24	26	23	2.00
15313005--15313265	80	3.3	80	83	3	303	26	24	25	23	2.00
15313005--15313229	120	1.9	121	84	4	303	25	24	26	23	2.00
15322176--15322203	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
15327962--15327986	11	2.3	11	100	0	50	44	8	16	32	1.76
15329361--15329409	24	2.0	25	96	4	91	20	18	4	57	1.57
15333869--15333910	2	21.0	2	100	0	84	50	0	50	0	1.00
15335626--15335656	7	4.6	7	92	8	55	29	0	0	70	0.87
15336108--15336176	32	2.2	32	84	10	88	36	10	1	52	1.44
15342114--15342201	44	2.0	44	95	0	158	32	26	12	28	1.92
15349884--15349941	23	2.5	23	77	8	64	44	3	5	46	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15351108--15351134	14	1.9	14	100	0	54	51	14	7	25	1.68
15360210--15360299	42	2.1	42	81	4	101	40	1	15	43	1.54
15362545--15362602	25	2.3	26	82	8	84	20	24	18	36	1.95
15375994--15376153	69	2.3	69	86	2	207	41	5	15	38	1.68
15378088--15378127	20	2.0	20	90	0	62	22	5	2	70	1.19
15381006--15381082	38	2.0	38	100	0	154	31	10	33	24	1.89
15384615--15384669	5	11.0	5	81	14	69	21	0	0	78	0.76
15384615--15384670	15	3.7	15	84	15	80	21	0	0	78	0.75
15387308--15387490	96	1.9	96	82	2	233	30	13	23	33	1.92
15388106--15388143	13	2.8	13	88	4	58	42	0	13	44	1.43
15388157--15388196	20	2.0	20	90	0	62	20	5	5	70	1.26
15397234--15397297	30	2.0	32	82	8	78	56	3	1	39	1.25
15400312--15400350	20	2.0	20	100	0	78	51	5	12	30	1.62
15401201--15401232	16	2.0	16	93	0	55	12	28	18	40	1.87
15405565--15405601	19	1.9	19	88	0	56	43	2	16	37	1.62
15407476--15407520	23	2.0	23	82	8	56	46	2	17	33	1.61
15419839--15419930	30	3.1	30	93	3	159	21	13	8	56	1.63
15425953--15425991	7	5.6	7	100	0	78	12	56	0	30	1.37
15431695--15431737	20	2.2	19	83	8	50	30	13	13	41	1.84
15433842--15433892	25	2.0	25	96	0	93	43	9	11	35	1.75
15434892--15435009	45	2.6	45	82	2	139	27	21	14	36	1.92
15436543--15436576	7	4.9	7	88	0	50	55	8	0	35	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15436778--15436856	40	2.0	40	92	5	133	40	17	18	22	1.91
15436952--15436989	20	2.0	20	85	10	53	65	0	7	26	1.19
15437046--15437087	19	2.3	19	88	12	61	59	0	0	40	0.97
15437050--15437105	20	2.8	19	75	5	58	55	0	1	42	1.10
15440337--15440378	12	3.6	12	87	6	68	26	2	4	66	1.23
15440337--15440382	23	2.0	23	100	0	92	26	4	4	65	1.30
15449334--15449367	15	2.3	15	90	5	52	20	11	5	61	1.50
15449473--15449524	25	2.0	26	85	3	70	34	3	1	59	1.27
15449446--15449527	26	3.1	26	77	13	78	35	7	1	56	1.35
15451361--15451410	21	2.4	20	83	9	64	66	24	6	4	1.32
15454659--15454707	22	2.2	22	78	7	55	57	2	6	34	1.35
15456592--15456650	28	2.2	29	85	11	81	35	0	5	59	1.20
15456592--15456648	25	2.3	26	81	6	64	35	0	5	59	1.20
15459111--15459144	16	2.1	17	88	5	52	41	2	0	55	1.15
15467246--15467281	11	3.2	12	88	11	58	47	0	52	0	1.00
15467357--15467408	12	4.0	12	75	18	50	23	0	3	73	1.00
15468444--15468855	88	4.7	88	84	6	457	35	20	16	27	1.94
15468767--15468909	73	2.0	73	88	0	214	30	23	17	27	1.97
15478283--15478314	15	2.0	17	88	11	50	31	0	6	62	1.20
15480791--15480840	24	2.1	24	85	7	66	22	22	14	42	1.88
15488210--15488921	72	9.7	73	89	3	1049	30	16	20	31	1.95
15488210--15488916	221	3.2	217	90	2	1110	30	16	20	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15488210--15488921	293	2.4	290	89	3	1070	30	16	20	31	1.95
15490698--15490729	15	2.0	17	88	11	50	31	0	6	62	1.20
15498836--15498927	39	2.4	40	90	5	145	54	1	4	40	1.27
15499970--15500034	26	2.5	26	92	2	105	69	21	4	4	1.25
15502542--15502576	12	3.0	12	87	8	54	28	22	5	42	1.76
15509825--15509994	69	2.5	67	83	5	202	28	14	22	33	1.94
15509997--15510182	71	2.6	71	84	5	243	25	15	23	35	1.94
15510487--15510527	3	13.7	3	80	19	50	68	0	31	0	0.90
15510487--15510532	16	2.8	16	78	21	51	69	0	30	0	0.89
15510487--15510541	19	2.8	21	81	13	71	72	0	27	0	0.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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