genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.296.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99053541--99053583	19	2.3	19	88	8	61	13	39	25	20	1.90
99063248--99063313	28	2.3	29	86	2	98	30	31	13	24	1.94
99066080--99066182	42	2.4	43	79	7	120	24	14	17	43	1.86
99066080--99066182	43	2.4	42	79	10	111	24	14	17	43	1.86
99069790--99069890	40	2.4	41	82	11	116	27	25	15	30	1.96
99078581--99078750	92	1.8	94	82	2	218	24	21	28	25	1.99
99080691--99080722	10	3.3	10	95	4	57	62	0	6	31	1.20
99080723--99080791	16	4.5	16	68	23	58	56	11	1	30	1.44
99080705--99080791	45	1.9	45	100	0	174	58	9	2	29	1.41
99080792--99080821	15	2.0	15	93	0	51	40	10	0	50	1.36
99082355--99083009	137	4.9	135	77	5	560	31	24	17	25	1.97
99082376--99082999	268	2.3	264	80	4	671	31	25	17	25	1.97
99088819--99088855	13	2.8	13	91	4	56	35	0	0	64	0.94
99088824--99088880	18	2.8	20	76	17	55	29	1	0	68	1.00
99089541--99089594	24	2.1	27	83	10	69	29	7	5	57	1.49
99095100--99095256	43	3.7	43	75	10	151	26	18	24	31	1.98
99097400--99097451	19	2.7	19	87	0	68	21	21	28	28	1.98
99105385--99105684	47	6.4	47	91	0	465	32	8	30	29	1.87
99111351--99111398	24	2.0	24	100	0	96	33	16	16	33	1.92
99119178--99119210	16	1.9	18	88	11	52	39	3	12	45	1.57
99119228--99119268	20	2.0	20	100	0	82	41	9	14	34	1.79
99123051--99123100	25	2.0	25	100	0	100	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99128848--99129146	47	6.4	47	89	0	447	32	8	30	28	1.87
99128848--99129146	94	3.2	94	94	0	501	32	8	30	28	1.87
99134811--99134858	24	2.0	24	100	0	96	33	16	16	33	1.92
99142641--99142673	16	1.9	18	88	11	52	39	3	12	45	1.57
99143626--99143677	23	2.2	24	86	3	70	48	0	1	50	1.12
99145237--99145276	20	2.0	21	85	9	57	62	17	5	15	1.49
99145375--99145417	3	14.3	3	100	0	86	67	0	0	32	0.91
99153742--99153788	22	2.1	22	100	0	94	65	8	8	17	1.44
99162047--99162257	42	4.9	42	76	7	181	26	16	27	29	1.97
99162091--99162257	90	1.9	90	83	2	219	25	17	28	28	1.98
99189907--99190043	48	2.9	48	84	4	168	27	15	28	28	1.96
99190102--99190210	42	2.6	42	86	0	164	24	19	30	25	1.98
99194096--99194364	46	5.8	46	84	1	324	21	23	12	42	1.87
99198032--99198125	42	2.2	43	83	5	120	26	13	25	34	1.94
99200862--99201259	101	4.0	100	78	4	379	25	18	25	30	1.98
99200860--99201258	152	2.6	150	91	2	629	25	18	25	31	1.97
99200817--99201259	50	8.8	50	79	4	433	25	17	25	31	1.97
99208212--99208387	46	3.8	47	82	7	200	26	21	31	21	1.98
99208215--99208429	94	2.3	94	81	7	231	27	20	28	22	1.99
99216868--99217186	46	6.9	46	93	0	478	21	24	13	40	1.89
99219272--99219329	11	5.2	11	87	4	71	63	0	1	34	1.04
99222226--99222268	22	1.9	23	90	4	70	23	6	30	39	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99222607--99222738	47	2.9	43	76	12	113	30	18	29	21	1.97
99226560--99226732	85	2.0	85	98	0	337	47	24	6	21	1.75
99227663--99227697	12	2.9	12	91	0	52	37	0	0	62	0.95
99231827--99232178	117	3.1	113	81	8	412	24	7	17	49	1.74
99233523--99233564	19	2.2	19	95	0	75	42	11	33	11	1.78
99236782--99237096	94	3.3	95	80	9	261	26	28	18	26	1.98
99236931--99237144	46	4.5	48	78	5	224	22	27	19	29	1.98
99236931--99237144	94	2.3	94	85	3	297	22	27	19	29	1.98
99239939--99239974	18	2.0	18	88	0	54	25	22	13	38	1.91
99243390--99243518	49	2.6	49	81	0	159	24	24	20	30	1.99
99243536--99243704	48	3.6	48	73	3	171	26	28	15	28	1.96
99248670--99248777	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
99250366--99250505	27	5.2	27	77	16	121	20	25	21	33	1.97
99250363--99250505	53	2.7	54	89	4	209	19	25	21	33	1.97
99251578--99251651	32	2.3	31	90	6	121	27	5	10	56	1.55
99256479--99256584	27	3.9	27	87	0	140	23	14	19	42	1.88
99260567--99260626	29	2.1	29	83	0	75	28	15	18	38	1.91
99262671--99262722	22	2.4	22	96	0	95	34	9	15	40	1.80
99262747--99262795	13	3.8	13	77	0	53	30	16	18	34	1.93
99262943--99263002	24	2.5	23	76	10	57	31	21	11	35	1.90
99263582--99263668	40	2.2	40	89	4	131	22	22	13	40	1.90
99265991--99266027	18	2.1	18	90	5	58	16	40	27	16	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99280745--99280802	23	2.5	23	88	2	80	46	3	0	50	1.18
99280845--99280894	19	2.6	19	81	12	57	58	2	0	40	1.10
99281865--99281908	22	1.9	24	86	9	65	45	4	0	50	1.22
99283281--99283318	7	5.4	7	90	0	58	26	0	26	47	1.52
99283356--99283417	7	9.3	7	75	15	51	12	3	35	48	1.58
99283896--99283934	14	2.7	15	80	8	53	69	0	0	30	0.89
99288244--99289897	825	2.0	825	99	0	3254	31	17	18	33	1.94
99292706--99293019	39	8.1	39	93	0	504	22	29	25	21	1.99
99299754--99299901	67	2.2	66	83	8	174	31	17	29	21	1.96
99302389--99302427	4	9.8	4	94	0	69	48	23	2	25	1.63
99302593--99302629	16	2.3	16	100	0	74	29	29	13	27	1.94
99304249--99304345	51	1.9	51	91	4	160	31	14	25	27	1.95
99305367--99305498	48	2.8	48	80	0	138	25	21	27	25	2.00
99305402--99305635	90	2.6	90	82	2	265	24	20	27	27	1.99
99311275--99311338	33	2.0	32	87	3	92	21	23	18	35	1.95
99315553--99315785	40	5.8	41	86	6	305	24	21	28	24	1.99
99315553--99315785	82	2.9	81	88	2	326	24	21	28	24	1.99
99315553--99315785	122	1.9	122	88	1	351	24	21	28	24	1.99
99319500--99319538	19	2.0	21	85	10	55	25	12	28	33	1.93
99321879--99321935	29	2.0	29	96	0	105	43	8	31	15	1.78
99332691--99332787	6	15.8	6	72	16	74	46	16	18	18	1.84
99332675--99332797	31	4.0	31	85	3	151	47	15	17	18	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99332939--99333040	27	3.8	26	88	5	132	36	21	23	18	1.95
99333198--99333262	22	3.0	22	73	8	60	33	20	24	21	1.97
99333689--99334116	27	16.3	27	85	5	529	24	19	20	35	1.96
99333786--99333821	18	2.0	18	88	0	54	19	11	27	41	1.85
99333759--99333848	45	2.0	45	97	0	171	22	17	23	36	1.95
99333804--99334108	134	2.3	136	91	1	488	24	19	20	35	1.96
99334098--99334468	27	13.7	27	83	2	336	32	7	20	39	1.80
99334074--99334468	81	4.9	82	81	5	376	31	7	20	40	1.81
99334136--99334474	81	4.2	81	85	2	403	32	7	20	40	1.80
99340402--99340619	40	5.5	40	90	1	314	25	26	23	24	2.00
99348625--99348776	40	3.8	40	88	0	223	26	26	21	25	2.00
99350581--99350658	29	2.7	28	80	11	95	25	12	30	30	1.93
99350636--99350909	145	1.9	145	96	0	512	29	15	23	31	1.95
99358683--99358760	29	2.7	28	80	11	95	25	12	30	30	1.93
99358738--99359011	145	1.9	145	96	0	503	29	15	24	31	1.95
99363593--99363750	42	3.7	43	76	8	144	25	18	24	31	1.97
99364753--99364866	54	2.1	54	86	0	156	25	20	31	22	1.98
99372003--99372066	31	2.1	31	90	0	101	29	20	29	20	1.97
99382429--99382467	17	2.2	18	90	4	62	10	33	46	10	1.72
99394854--99394894	21	1.9	22	85	14	59	12	7	2	78	1.06
99426373--99426517	42	3.4	43	80	6	161	23	15	26	33	1.95
99426373--99426530	43	3.7	43	78	7	169	23	15	27	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99430758--99430846	27	3.2	27	70	14	74	32	10	17	39	1.84
99454012--99454194	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
99453991--99454194	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
99454794--99454871	33	2.3	35	91	6	124	37	23	12	26	1.91
99455461--99455515	21	2.5	22	81	16	62	9	20	1	69	1.25
99462019--99462169	40	3.8	40	82	9	168	26	27	21	24	2.00
99462039--99462169	40	3.3	40	87	7	171	26	27	22	23	1.99
99462067--99462222	78	2.0	80	83	7	203	25	26	23	25	2.00
99462820--99462907	37	2.4	37	100	0	176	32	22	14	29	1.94
99463499--99463544	24	1.9	24	86	0	65	6	17	2	73	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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