genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.28.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7774447--7774565	59	2.0	59	100	0	238	34	13	15	36	1.86
7782528--7782653	39	3.2	39	93	0	207	22	23	26	27	1.99
7784647--7784817	75	2.4	74	83	7	208	33	23	11	31	1.90
7784651--7784817	35	4.6	38	81	11	172	33	24	10	31	1.90
7788698--7788828	35	3.6	35	78	13	140	34	24	9	31	1.88
7801590--7801737	74	2.0	74	97	0	278	41	14	10	33	1.80
7807542--7807590	20	2.5	20	89	0	71	10	30	38	20	1.86
7808405--7808564	52	3.1	52	80	4	169	30	26	15	27	1.96
7808361--7808564	52	4.0	52	71	11	163	29	27	16	25	1.97
7816401--7816433	17	1.9	17	93	0	57	63	15	12	9	1.51
7821299--7821366	32	2.1	32	86	5	93	32	5	1	60	1.30
7821333--7821436	39	2.6	39	78	14	115	35	5	0	58	1.22
7821395--7821434	21	1.9	21	89	0	62	42	5	0	52	1.23
7821290--7821442	10	15.3	10	65	11	55	35	4	0	59	1.23
7821542--7821584	21	2.1	21	91	4	70	27	34	11	25	1.91
7827107--7827139	15	2.1	16	94	5	59	57	0	3	39	1.14
7829132--7829278	75	2.0	75	85	5	199	25	20	23	30	1.98
7831111--7831165	26	2.1	26	100	0	110	30	10	14	43	1.80
7835244--7835310	26	2.6	25	78	2	71	53	2	5	37	1.41
7850021--7850127	26	4.1	27	77	9	98	59	4	4	30	1.38
7850021--7850127	52	2.1	51	84	7	135	59	4	4	30	1.38
7850119--7850173	23	2.4	23	84	6	67	61	7	5	25	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7862191--7862417	46	4.9	46	92	1	339	23	25	12	38	1.90
7865887--7865944	24	2.4	24	85	0	71	27	22	18	31	1.97
7865906--7865998	24	3.9	23	83	7	96	34	20	21	23	1.97
7869240--7869266	14	1.9	14	100	0	54	37	14	11	37	1.82
7881768--7881896	51	2.5	53	78	7	129	63	6	1	28	1.27
7881819--7881925	26	4.1	27	77	9	98	59	4	4	30	1.38
7881819--7881925	52	2.1	51	84	7	135	59	4	4	30	1.38
7881917--7881971	23	2.4	23	84	6	67	61	7	5	25	1.44
7886613--7886652	18	2.3	18	86	4	55	85	2	5	7	0.83
7886632--7886678	22	2.1	23	88	4	69	76	4	8	10	1.13
7887790--7887981	64	3.0	64	87	1	269	30	18	15	35	1.92
7888365--7888460	44	2.2	46	85	9	128	30	15	26	28	1.96
7888317--7888804	175	2.8	176	89	1	737	32	17	23	26	1.96
7888670--7889096	147	2.9	147	89	3	621	33	17	23	25	1.96
7889011--7889094	43	2.0	43	85	0	114	30	11	27	29	1.92
7888955--7889362	177	2.3	176	84	3	509	30	17	25	26	1.98
7895659--7895727	21	3.3	21	68	24	56	23	2	0	73	0.96
7895662--7895708	24	1.9	24	91	4	76	25	2	0	72	0.96
7895655--7895739	27	3.3	27	76	17	90	22	2	0	75	0.92
7895655--7895778	59	2.2	56	77	9	126	22	3	0	73	1.03
7896878--7896924	23	2.0	23	87	0	67	76	6	2	14	1.08
7898614--7898643	14	2.1	14	93	0	51	40	0	13	46	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7900284--7900347	28	2.4	27	82	10	78	37	10	1	50	1.47
7901686--7901742	22	2.5	22	76	23	57	26	24	0	49	1.51
7904383--7904421	21	1.9	20	84	5	51	30	2	38	28	1.70
7911508--7911550	22	2.0	22	85	0	59	37	9	6	46	1.63
7914315--7914705	131	3.0	130	88	0	575	27	19	18	34	1.96
7923567--7923606	20	2.0	21	85	9	57	22	30	0	47	1.52
7923771--7923944	86	2.0	86	96	0	321	39	7	5	47	1.56
7925515--7925541	14	1.9	14	100	0	54	37	14	11	37	1.82
7928506--7928573	25	2.7	25	90	0	109	27	14	29	27	1.95
7931015--7931056	16	2.7	16	77	3	50	26	0	2	71	0.98
7931582--7931614	9	3.8	9	96	4	59	45	0	0	54	0.99
7932938--7932967	15	1.9	16	93	6	53	46	0	0	53	1.00
7944473--7944554	40	2.1	40	97	2	157	30	26	12	30	1.92
7946412--7946452	20	2.0	20	90	0	64	36	0	2	60	1.10
7950190--7950305	38	3.1	38	97	0	214	40	17	10	31	1.83
7950692--7950766	29	2.6	27	75	21	71	48	5	5	41	1.49
7951544--7951604	32	1.9	32	83	6	79	37	3	0	59	1.14
7953431--7953469	17	2.2	18	90	4	62	69	0	0	30	0.89
7953726--7953797	5	15.0	5	73	16	55	59	2	0	37	1.12
7955507--7956268	206	3.7	206	92	0	1222	29	21	16	31	1.96
7968369--7968440	5	15.0	5	73	16	55	59	2	0	37	1.12
7975623--7975655	3	11.0	3	93	0	57	0	30	0	69	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7976941--7976992	27	1.9	27	100	0	104	28	26	9	34	1.88
7979568--7979626	26	2.2	26	84	9	73	59	0	5	35	1.20
7982690--7982866	50	3.5	50	92	0	282	35	16	22	25	1.95
7982846--7982904	31	1.9	31	96	0	109	30	20	23	25	1.98
7982859--7982950	46	2.0	46	86	0	130	27	22	22	27	1.99
7982906--7982974	31	2.2	31	84	0	84	26	20	26	27	1.99
7994593--7994905	46	6.8	46	92	1	441	40	14	23	21	1.90
8001809--8001861	24	2.2	25	83	10	65	71	1	3	22	1.12
8001878--8002078	111	1.8	111	80	2	242	59	2	10	27	1.43
8001991--8002114	63	2.0	63	83	3	160	62	2	8	26	1.38
8003460--8003504	18	2.8	16	86	10	56	17	2	4	75	1.07
8003894--8004120	51	4.6	51	69	17	183	29	19	19	32	1.96
8003707--8004111	144	2.8	144	83	3	537	29	20	18	31	1.97
8003995--8004168	95	1.8	95	80	4	208	28	21	17	32	1.96
8004089--8004212	44	2.8	44	83	2	151	29	23	17	29	1.97
8007285--8007393	44	2.5	44	79	7	121	33	19	16	31	1.94
8014307--8014399	45	2.1	45	85	4	125	32	20	23	23	1.98
8014313--8014414	23	4.4	22	76	10	89	30	20	23	25	1.99
8019076--8019165	23	3.9	23	78	5	92	47	35	4	12	1.61
8019708--8019756	25	1.9	26	88	12	75	8	10	10	71	1.31
8019712--8019767	25	2.2	25	81	12	62	12	7	10	69	1.36
8019906--8019961	30	1.9	28	85	7	76	42	0	0	57	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8020788--8020857	28	2.4	31	76	7	83	30	17	4	48	1.66
8023422--8023451	13	2.2	14	94	5	53	20	53	13	13	1.72
8026527--8026557	16	1.9	16	93	0	53	61	0	0	38	0.96
8026527--8026655	10	14.0	9	67	17	54	62	0	4	32	1.15
8026530--8026655	29	4.5	27	79	9	101	63	0	4	31	1.15
8026545--8026663	29	4.1	28	78	12	107	63	0	5	31	1.16
8026539--8026654	10	12.2	10	70	15	77	64	0	5	30	1.15
8026567--8026701	58	2.3	57	81	7	157	61	2	6	29	1.33
8026970--8027166	89	2.2	89	81	9	231	28	7	18	45	1.77
8027001--8027167	89	1.9	89	86	7	241	30	7	20	41	1.80
8028401--8029289	468	1.9	468	92	0	1503	25	22	13	37	1.92
8029371--8029413	21	2.0	21	86	9	59	69	6	4	18	1.29
8036733--8036810	38	2.1	38	97	0	147	42	19	5	33	1.73
8037387--8037421	18	1.9	18	88	0	52	37	0	8	54	1.31
8038818--8038888	21	3.4	19	74	16	61	43	1	5	49	1.35
8040482--8040589	53	2.2	50	82	11	125	33	27	12	25	1.93
8048128--8048493	35	10.5	35	87	1	468	30	12	26	31	1.92
8048128--8048493	139	2.6	140	88	1	513	30	12	26	31	1.92
8050893--8051000	53	2.2	50	82	11	125	33	27	12	25	1.93
8052800--8052940	49	2.9	49	73	6	115	30	21	19	27	1.98
8055354--8055399	23	2.0	22	83	4	56	23	15	28	32	1.95
8057750--8057799	25	2.0	25	96	0	91	40	12	2	46	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8058108--8058171	30	2.2	30	91	2	103	50	1	0	48	1.10
8058160--8058200	15	2.5	17	84	11	59	65	0	2	31	1.05
8059306--8059350	24	1.9	23	86	13	65	35	0	0	64	0.94
8059318--8059361	14	2.9	16	83	13	65	36	0	0	63	0.95
8065732--8065772	15	2.7	15	96	0	73	36	19	17	26	1.94
8070325--8071731	357	3.9	358	94	1	2424	37	20	16	26	1.93
8070324--8071731	715	2.0	717	94	1	2491	37	20	16	26	1.93
8080630--8080741	56	2.0	56	80	3	127	25	25	25	24	2.00
8086445--8086712	46	5.8	46	89	1	358	41	14	22	21	1.89
8087258--8087435	46	3.8	46	86	2	241	45	15	19	19	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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