genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.167.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54083181--54083271	46	2.0	46	84	0	119	32	7	31	27	1.85
54086847--54087017	40	4.3	40	85	6	206	23	20	28	27	1.99
54086847--54086997	40	3.8	40	90	2	216	24	21	28	25	1.99
54086847--54087017	79	2.2	80	84	4	213	23	20	28	27	1.99
54098786--54099048	40	6.8	40	82	10	314	22	20	30	26	1.98
54098786--54098998	77	2.7	80	86	9	305	23	19	30	27	1.98
54098794--54099048	77	3.3	77	77	11	263	22	21	30	25	1.99
54100429--54100611	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
54100408--54100611	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
54108504--54108686	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
54108483--54108686	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
54111302--54111725	48	8.8	48	88	0	587	25	31	17	26	1.97
54119249--54119413	48	3.5	48	79	6	147	27	29	15	26	1.96
54122159--54122426	40	6.7	40	94	0	446	31	20	26	21	1.98
54129878--54130145	40	6.7	40	95	0	455	30	20	26	21	1.98
54133094--54133313	48	4.6	48	86	0	305	24	31	17	26	1.97
54136162--54136311	43	3.5	42	73	4	133	28	15	21	34	1.94
54140012--54140048	11	3.6	11	79	20	53	32	29	37	0	1.58
54140012--54140048	19	1.9	19	100	0	74	32	29	37	0	1.58
54142563--54143015	47	9.6	47	92	2	719	29	29	8	33	1.87
54142613--54142691	25	3.3	25	66	16	76	31	29	5	34	1.79
54142563--54143015	96	4.8	95	93	2	716	29	29	8	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54142563--54143015	143	3.2	140	91	2	735	29	29	8	33	1.87
54142936--54143010	25	3.1	25	63	18	68	26	28	9	36	1.87
54147041--54147311	40	6.8	40	92	0	418	26	29	21	23	1.99
54147041--54147311	119	2.3	120	89	2	420	26	29	21	23	1.99
54150066--54150243	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
54150087--54150242	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
54159340--54159518	39	4.6	38	75	13	145	24	22	27	25	2.00
54164179--54164356	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
54164200--54164355	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
54172358--54172535	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
54172379--54172534	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
54174395--54174562	47	3.6	47	92	0	264	27	30	8	33	1.86
54174445--54174523	25	3.3	25	66	16	76	31	29	5	34	1.79
54183294--54183345	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
54183388--54183443	27	2.1	26	83	3	67	19	25	21	33	1.97
54197942--54198003	11	5.6	11	78	12	65	35	48	1	14	1.54
54197942--54197992	25	2.0	25	85	7	68	37	49	0	13	1.43
54200861--54200959	42	2.4	41	81	6	110	17	28	33	21	1.95
54204318--54204431	47	2.4	47	82	4	149	32	13	18	35	1.89
54205499--54205589	48	1.9	47	84	2	119	39	21	16	21	1.92
54206233--54207118	296	3.0	295	90	1	1373	37	17	15	29	1.90
54207419--54207521	50	2.1	49	83	5	127	27	18	18	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54209842--54209966	51	2.5	51	81	5	128	28	30	14	26	1.95
54211917--54212098	27	6.7	27	84	2	240	38	21	8	31	1.84
54212080--54212481	27	15.3	27	82	4	464	33	20	20	25	1.97
54211917--54212098	54	3.4	54	92	0	301	38	21	8	31	1.84
54212118--54212212	45	2.1	46	88	2	138	32	23	18	25	1.97
54212907--54212971	22	3.0	22	77	8	69	21	23	21	33	1.97
54213130--54213258	27	4.8	27	91	3	188	18	24	21	35	1.95
54213395--54213536	31	4.5	31	90	0	212	19	15	14	51	1.76
54213430--54213494	19	3.8	19	69	26	63	18	15	16	49	1.80
54213427--54213545	6	19.3	6	71	20	77	18	15	15	50	1.78
54221986--54222082	32	3.0	33	83	6	117	22	24	22	29	1.99
54225956--54226036	34	2.3	35	85	2	119	30	24	18	25	1.98
54226480--54226636	27	5.8	27	78	3	136	23	13	19	43	1.86
54230460--54230579	27	4.4	27	81	6	138	16	18	21	43	1.88
54230460--54230579	54	2.2	54	80	5	154	16	18	21	43	1.88
54237355--54237379	5	5.0	5	100	0	50	0	20	0	80	0.72
54238553--54238616	28	2.3	28	88	0	92	20	17	35	26	1.94
54238941--54239045	27	3.9	27	80	7	124	40	20	7	31	1.80
54238942--54239056	53	2.2	53	82	7	135	42	20	6	29	1.78
54241124--54241175	25	2.0	28	85	11	74	50	1	19	28	1.58
54244837--54245062	40	5.7	40	84	7	241	24	26	22	25	2.00
54244837--54245063	80	2.8	79	81	10	273	24	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54244837--54245062	120	1.9	120	83	10	293	24	26	22	25	2.00
54256110--54256168	27	2.2	27	81	0	73	35	20	11	32	1.89
54256151--54256248	27	3.7	26	82	6	99	38	20	19	21	1.93
54256149--54256264	53	2.2	54	79	4	128	39	18	20	21	1.92
54270462--54270632	93	1.8	93	93	0	297	29	28	20	21	1.98
54270457--54270629	46	3.7	46	75	13	192	30	27	20	21	1.98
54271050--54271109	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
54272086--54272129	19	2.3	19	88	0	61	43	20	6	29	1.78
54283051--54283216	40	4.2	40	92	0	262	27	27	21	23	1.99
54291094--54291260	77	2.2	77	88	6	250	28	26	20	24	1.99
54291094--54291260	38	4.3	38	90	6	239	28	26	20	24	1.99
54296246--54296331	45	1.9	45	87	0	127	24	18	25	31	1.98
54303248--54303359	39	2.9	39	94	0	188	22	22	27	27	1.99
54305878--54305962	42	2.0	42	81	6	100	22	17	23	36	1.95
54305892--54305995	42	2.5	42	76	7	102	25	17	25	32	1.97
54311549--54312085	269	2.0	268	98	0	1029	36	12	22	28	1.90
54316137--54316375	49	4.9	49	80	4	232	27	19	27	25	1.99
54318045--54318149	48	2.2	48	81	6	124	22	18	29	29	1.97
54318187--54318291	42	2.5	42	85	1	131	29	18	25	26	1.98
54321736--54321885	54	2.8	53	89	2	237	32	16	26	24	1.96
54328312--54328483	79	2.2	79	84	3	220	25	21	27	25	1.99
54328259--54328481	40	5.6	39	81	8	209	25	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54328339--54328516	79	2.2	80	80	3	191	25	21	28	24	1.99
54334661--54334918	43	6.1	43	78	8	258	29	15	25	29	1.96
54338784--54338961	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
54338785--54338940	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
54338781--54338961	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
54350532--54350741	28	7.5	28	95	0	341	25	12	28	32	1.93
54362090--54362142	27	1.9	27	84	3	70	20	28	22	28	1.99
54362105--54362211	34	3.2	34	82	1	117	25	24	22	28	2.00
54371239--54371267	13	2.2	13	100	0	58	41	13	20	24	1.89
54383198--54383368	93	1.8	93	96	0	315	28	28	21	21	1.99
54383193--54383365	46	3.7	46	78	13	210	28	27	21	21	1.99
54388718--54388888	93	1.8	93	93	0	297	28	27	21	22	1.99
54388713--54388885	46	3.7	46	77	13	192	28	26	21	23	1.99
54389860--54389904	22	2.0	22	95	0	81	42	31	2	24	1.67
54397576--54397606	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
54407246--54407306	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
54411635--54411695	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
54417055--54417209	37	4.0	39	84	13	171	25	21	26	25	2.00
54417098--54417226	37	3.3	38	84	10	156	24	21	27	26	1.99
54424920--54425142	39	5.7	40	83	8	248	25	23	26	24	2.00
54424920--54425142	79	2.8	80	80	11	244	25	23	26	24	2.00
54424972--54425165	78	2.5	78	82	9	191	26	22	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54430555--54430597	16	2.7	16	92	0	68	55	23	16	4	1.59
54430802--54430862	28	2.1	29	87	3	88	29	11	26	32	1.91
54432913--54433116	40	5.1	40	90	3	286	25	28	24	21	1.99
54440618--54440795	40	4.5	40	87	3	218	24	28	24	23	2.00
54448706--54448928	79	2.8	78	82	9	265	24	27	22	25	2.00
54448706--54448928	39	5.7	40	86	8	266	24	27	22	25	2.00
54452691--54452848	45	3.5	46	78	5	162	36	18	19	24	1.95
54452697--54452806	23	4.9	22	79	10	98	34	19	21	24	1.96
54456002--54456117	43	2.7	42	81	7	135	31	23	18	25	1.97
54456455--54456483	13	2.2	13	100	0	58	27	13	0	58	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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