genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.309.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103237896--103237985	28	3.2	26	79	7	90	18	24	24	32	1.97
103237906--103237985	27	2.9	28	83	5	108	20	26	22	31	1.98
103237906--103237996	27	3.2	28	81	4	94	20	27	20	30	1.98
103237906--103238010	55	1.9	56	82	5	133	19	25	20	34	1.96
103239530--103239581	24	2.2	24	96	0	95	48	0	25	26	1.52
103241247--103241310	24	2.7	24	85	0	92	14	15	23	46	1.82
103245196--103245367	93	1.8	93	87	2	256	29	29	19	21	1.98
103245188--103245357	46	3.7	45	74	14	159	30	28	19	21	1.97
103245242--103245382	46	3.0	45	72	20	112	29	28	19	22	1.98
103247257--103247410	30	5.1	30	81	4	195	16	29	30	23	1.96
103249120--103249146	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
103252247--103252273	8	3.4	8	100	0	54	66	22	11	0	1.22
103253086--103253151	28	2.4	27	80	5	69	21	21	22	34	1.96
103254038--103254086	18	2.7	17	84	12	62	73	0	2	24	0.94
103254036--103254094	25	2.4	23	79	17	66	77	0	1	20	0.85
103254043--103254089	23	2.0	24	87	8	69	74	0	2	23	0.93
103259403--103259440	14	2.8	14	96	4	69	18	23	28	28	1.98
103260809--103260980	93	1.8	93	93	2	301	29	29	20	20	1.98
103260802--103260977	46	3.8	46	78	14	200	30	29	19	20	1.97
103265771--103265808	19	2.0	20	85	15	53	39	21	0	39	1.53
103266037--103266204	46	3.6	46	76	13	191	27	27	22	22	1.99
103266038--103266208	93	1.8	93	93	0	297	28	28	22	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103266628--103266687	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
103274451--103274776	48	6.8	48	85	0	427	28	17	23	30	1.97
103274451--103274776	96	3.4	96	93	0	517	28	17	23	30	1.97
103274793--103274893	37	2.8	37	81	1	123	31	16	25	25	1.97
103276898--103276957	25	2.3	27	83	13	72	61	1	8	28	1.34
103277029--103277109	42	1.9	42	84	0	108	64	1	2	32	1.15
103278746--103279184	44	10.2	43	71	12	138	26	25	16	31	1.96
103278700--103279050	126	2.7	126	90	2	531	26	25	16	31	1.96
103279003--103279115	41	2.6	44	82	9	135	25	27	17	29	1.98
103279533--103279586	22	2.5	22	93	0	90	20	24	11	44	1.83
103283758--103283818	30	2.0	30	84	6	79	29	22	8	39	1.83
103289413--103289503	46	2.0	45	97	2	173	23	17	24	35	1.95
103295049--103295087	12	3.0	13	81	11	53	46	0	15	38	1.46
103295187--103295234	12	4.0	12	83	5	53	62	0	8	29	1.24
103295207--103295248	11	3.8	11	81	9	50	69	0	4	26	1.08
103298194--103298223	15	2.0	15	93	0	51	10	20	13	56	1.65
103302837--103302915	6	14.8	5	83	12	72	74	0	6	18	1.02
103302837--103302915	17	4.9	16	76	15	74	74	0	6	18	1.02
103302868--103302915	11	4.4	11	89	10	71	77	0	6	16	0.97
103332687--103332750	20	3.2	20	74	12	76	18	32	14	34	1.91
103332694--103332758	21	3.1	21	72	12	71	21	26	15	36	1.93
103332667--103332856	40	4.7	40	91	0	245	21	28	16	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103335602--103335779	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
103335603--103335758	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
103335599--103335779	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
103337421--103337482	28	2.2	28	94	0	106	27	9	29	33	1.88
103342893--103342982	42	2.1	43	83	8	112	25	18	22	33	1.97
103342842--103342982	43	3.3	44	76	13	114	25	17	24	32	1.97
103346590--103346745	35	4.5	35	78	3	152	43	16	9	30	1.80
103348548--103348585	20	1.9	20	84	10	51	39	7	5	47	1.55
103356297--103356416	44	2.6	46	83	6	145	22	20	26	30	1.98
103364400--103364546	41	3.6	41	80	5	163	22	28	15	33	1.95
103364395--103364546	82	1.9	82	84	5	209	22	29	15	32	1.94
103368418--103368453	17	2.1	17	89	0	54	44	11	0	44	1.39
103368579--103368613	4	9.0	4	87	6	54	48	0	0	51	1.00
103372646--103372689	20	2.2	20	87	0	61	27	13	27	31	1.94
103372652--103372695	20	2.2	20	83	0	52	29	13	27	29	1.94
103379534--103379588	27	2.0	27	100	0	110	21	3	36	38	1.71
103384240--103384372	69	1.9	70	89	1	205	31	15	16	36	1.90
103385760--103386019	47	5.6	47	92	0	407	33	8	30	28	1.86
103387038--103387063	12	2.2	12	100	0	52	19	7	15	57	1.62
103392032--103392110	37	2.1	37	86	4	106	25	30	17	26	1.97
103392229--103392580	47	7.4	47	90	2	524	29	29	8	32	1.87
103392229--103392580	96	3.7	96	90	2	532	29	29	8	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103392281--103392576	143	2.1	144	95	1	540	31	29	7	32	1.85
103395026--103395084	30	1.9	31	86	10	86	47	3	20	28	1.66
103397092--103397195	44	2.3	45	86	1	138	36	18	24	21	1.95
103397177--103397394	46	4.7	46	90	0	337	41	15	22	19	1.89
103406939--103406980	20	2.1	20	82	8	50	28	9	9	52	1.65
103407377--103407418	2	20.5	2	95	4	75	2	47	0	50	1.14
103408757--103408793	17	2.2	18	85	9	51	21	0	27	51	1.48
103417098--103417127	5	5.8	5	96	4	51	76	0	0	23	0.78
103417260--103417302	22	2.0	22	85	0	59	6	32	2	58	1.38
103417260--103417309	6	8.8	6	87	10	52	10	32	2	56	1.44
103423520--103423549	11	2.9	10	90	9	51	76	0	0	23	0.78
103423633--103423670	9	3.7	10	86	13	51	34	0	0	65	0.93
103426932--103426981	11	4.7	11	80	9	59	30	34	0	36	1.58
103426931--103426981	20	2.4	21	87	6	68	29	33	0	37	1.58
103428141--103428167	7	3.9	7	100	0	54	25	0	14	59	1.36
103429193--103429694	116	4.3	116	96	0	887	40	3	9	47	1.53
103429440--103429625	61	3.1	61	69	20	194	39	3	9	47	1.52
103432722--103433248	126	4.2	126	89	3	828	27	20	17	33	1.96
103432722--103433256	251	2.1	252	90	2	835	27	20	17	33	1.96
103433336--103433532	95	2.0	98	82	7	242	42	16	1	39	1.58
103435446--103435588	28	5.0	28	72	16	105	44	0	13	42	1.43
103435963--103436004	14	3.1	14	72	6	50	52	4	11	30	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103435697--103436285	125	4.7	126	87	2	753	39	14	17	28	1.89
103438025--103438050	8	3.2	8	100	0	52	26	0	0	73	0.84
103438105--103438130	13	2.0	13	100	0	52	38	0	0	61	0.96
103439614--103439652	18	2.1	19	85	4	53	38	0	5	56	1.22
103442519--103442744	99	2.4	93	81	13	241	23	29	19	27	1.98
103442520--103442838	95	3.3	98	78	13	285	24	29	19	27	1.98
103442520--103442842	48	6.8	47	71	13	216	23	29	19	27	1.98
103444764--103445048	128	2.2	130	86	2	380	43	12	16	28	1.84
103445145--103445216	25	2.9	25	83	4	92	55	2	20	20	1.56
103449027--103449078	25	2.1	24	82	10	61	65	0	1	32	1.04
103450614--103450756	3	47.7	3	75	5	128	60	2	6	30	1.34
103452780--103452832	25	2.2	24	83	12	65	35	18	3	41	1.69
103459892--103459929	14	2.7	14	100	0	76	57	7	26	7	1.54
103464772--103465288	72	7.0	72	81	8	502	32	16	18	33	1.93
103464790--103465537	223	3.3	219	82	9	862	30	16	19	33	1.94
103465316--103465537	73	3.1	72	84	5	286	28	17	21	32	1.96
103465524--103465552	14	2.0	15	93	6	51	13	31	6	48	1.69
103465396--103465721	174	1.9	171	85	6	442	29	17	21	30	1.97
103467789--103467818	3	9.7	3	92	7	51	36	0	0	63	0.95
103467789--103467835	16	2.9	16	90	6	69	40	0	0	59	0.97
103467789--103467834	22	2.1	22	88	8	67	39	0	0	60	0.97
103488915--103488958	20	2.3	19	88	4	61	36	0	0	63	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103489199--103489244	4	11.2	4	82	13	58	73	0	23	2	0.94
103489356--103489404	26	1.9	26	84	12	66	28	2	12	57	1.46
103496769--103496840	33	2.2	33	85	5	92	26	12	43	18	1.85
103498870--103499032	50	3.3	47	68	11	130	58	15	2	23	1.50
103498857--103499180	99	3.2	99	81	12	400	58	14	1	25	1.47
103498957--103499247	110	2.7	107	86	5	404	59	14	1	24	1.45
103498770--103499180	209	2.0	207	88	3	621	56	15	1	26	1.49
103500351--103500456	28	3.7	28	73	19	92	25	28	18	27	1.98
103500321--103500494	60	2.9	60	80	13	196	26	26	19	27	1.99
103500485--103500530	20	2.3	20	85	3	67	28	30	17	23	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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