genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.111.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34887830--34888016	81	2.3	80	82	6	225	30	10	19	39	1.85
34888015--34888207	27	7.1	27	83	2	235	41	8	20	29	1.81
34888015--34888207	81	2.4	82	90	1	300	41	8	20	29	1.81
34900233--34900334	37	2.8	37	90	3	152	28	29	17	24	1.97
34900453--34900998	47	11.6	47	94	2	943	29	28	8	33	1.86
34900453--34900998	237	2.3	237	95	0	988	29	28	8	33	1.86
34902912--34902936	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
34906883--34907106	122	1.9	120	87	5	335	40	9	20	29	1.84
34910636--34910812	27	6.6	27	83	4	205	29	28	15	27	1.96
34910636--34910812	55	3.3	53	83	4	212	29	28	15	27	1.96
34910656--34910811	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
34912341--34912387	24	2.0	24	84	12	62	12	17	0	70	1.17
34918828--34919005	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
34918849--34919004	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
34920516--34920562	25	2.0	23	84	12	60	12	14	0	72	1.13
34926822--34926873	27	1.9	27	96	0	95	36	19	17	26	1.94
34930070--34930176	42	2.5	42	73	5	108	29	23	16	29	1.96
34936700--34936931	40	5.8	40	92	2	315	21	21	30	26	1.98
34936705--34936959	80	3.2	80	84	5	311	22	20	30	26	1.98
34940038--34940093	24	2.3	24	76	11	60	21	26	14	37	1.92
34943089--34943337	49	5.3	49	72	13	143	24	29	18	26	1.98
34943991--34944041	20	2.7	18	82	14	59	37	21	0	41	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34951217--34951266	25	2.0	26	84	11	68	36	14	4	46	1.63
34954881--34954918	20	1.9	20	88	0	58	21	34	23	21	1.97
34956209--34956234	10	2.6	10	100	0	52	42	23	0	34	1.54
34959418--34959489	21	3.1	21	64	21	54	45	4	26	23	1.71
34959406--34959501	48	2.0	48	97	0	183	43	5	27	23	1.75
34960143--34960428	140	2.0	141	88	0	421	34	13	22	29	1.93
34963624--34963669	22	2.1	22	100	0	92	34	21	13	30	1.91
34964398--34964508	54	2.1	54	100	0	222	29	10	14	45	1.79
34965578--34965629	25	2.0	26	85	3	70	30	17	15	36	1.91
34970491--34970542	12	4.5	11	77	15	52	1	19	0	78	0.84
34970497--34970554	22	2.7	21	82	12	73	5	17	0	77	0.94
34970922--34971047	60	2.1	60	88	4	184	16	50	1	31	1.55
34972182--34972213	15	2.1	15	100	0	64	34	12	0	53	1.39
34981150--34981211	28	2.2	28	97	0	115	19	22	22	35	1.96
34981487--34981683	27	7.3	27	87	1	261	29	24	7	39	1.82
34981487--34981683	80	2.4	81	92	1	324	29	24	7	39	1.82
34981715--34981892	27	6.6	27	83	6	218	41	21	7	29	1.80
34981695--34981864	54	3.2	53	82	6	164	41	19	9	30	1.83
34981735--34981947	54	3.9	54	79	5	171	41	18	7	31	1.80
34981904--34981955	27	1.9	27	88	7	79	40	13	11	34	1.81
34982000--34982051	27	1.9	27	84	7	70	38	23	21	17	1.93
34982399--34982444	19	2.4	19	88	0	65	23	17	36	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34982410--34982447	19	2.0	19	100	0	76	21	15	31	31	1.94
34982901--34982970	25	2.8	24	91	4	104	24	28	24	22	1.99
34982900--34982983	25	3.4	24	83	8	98	27	25	23	23	2.00
34983118--34983209	42	2.2	42	98	0	175	31	15	20	32	1.94
34983233--34983316	31	2.7	31	92	1	134	28	15	27	28	1.96
34991057--34991103	23	2.0	23	100	0	94	38	12	12	36	1.82
34999703--34999750	16	3.0	16	87	0	69	50	25	8	16	1.73
35000851--35000893	8	5.4	8	78	10	52	51	20	20	6	1.71
35000851--35000893	16	2.7	16	88	0	68	51	20	20	6	1.71
35001103--35001213	29	3.9	29	83	2	127	27	12	28	30	1.93
35001111--35001226	57	2.0	57	83	3	144	26	14	29	29	1.95
35004768--35004823	27	2.1	27	100	0	112	19	17	14	48	1.81
35007625--35007796	93	1.8	93	90	2	274	28	29	20	21	1.98
35007617--35007791	46	3.8	45	77	10	183	29	28	20	21	1.98
35010175--35010234	30	2.0	30	90	6	95	58	16	15	10	1.63
35010175--35010234	15	4.0	15	80	8	77	58	16	15	10	1.63
35024384--35024603	48	4.7	47	79	8	200	25	29	19	26	1.98
35024385--35024655	46	5.8	44	77	10	170	24	29	19	26	1.98
35031220--35031274	16	3.4	16	85	7	67	49	29	5	16	1.68
35032571--35032683	29	4.0	28	82	2	127	28	14	28	29	1.95
35032586--35032694	58	1.9	57	86	1	155	28	14	28	28	1.95
35036356--35036391	8	4.6	8	89	3	56	52	11	22	13	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35039538--35039720	79	2.3	80	83	7	221	26	26	21	26	1.99
35039536--35039720	40	4.7	40	79	7	198	26	26	21	25	1.99
35046767--35046949	79	2.3	81	83	7	223	26	27	21	24	1.99
35046765--35046949	40	4.7	40	81	9	209	27	27	21	23	1.99
35055479--35055511	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
35056420--35056519	29	3.5	29	83	1	121	28	17	28	27	1.97
35056420--35056528	57	1.9	57	84	1	146	28	16	28	26	1.97
35059436--35059533	43	2.3	42	80	3	115	30	15	25	28	1.96
35066439--35066485	24	1.9	25	82	4	60	68	4	2	25	1.19
35073392--35073564	48	3.6	49	84	6	228	26	30	19	24	1.98
35080912--35081237	48	6.8	47	72	12	155	28	27	16	26	1.97
35080951--35081189	96	2.5	96	87	1	327	29	27	15	27	1.96
35080970--35081230	144	1.8	144	84	5	357	28	27	16	27	1.97
35085241--35085285	18	2.5	18	85	0	63	48	11	15	24	1.77
35085610--35085715	27	4.0	27	80	4	117	41	12	16	30	1.84
35101474--35101736	40	6.6	40	87	3	316	26	28	20	24	1.99
35108770--35109032	40	6.6	40	87	3	316	26	28	20	24	1.99
35112424--35112584	41	4.0	40	80	14	154	24	20	27	26	1.99
35124292--35124475	39	4.6	41	82	11	206	24	22	27	25	2.00
35124292--35124475	79	2.3	80	83	8	225	24	22	27	25	2.00
35124345--35124507	78	2.1	77	82	8	188	26	21	27	24	1.99
35127297--35127503	53	3.8	54	75	4	184	19	24	18	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35134251--35134340	6	14.7	6	74	13	58	48	14	14	22	1.79
35134263--35134344	31	2.6	31	94	0	137	50	13	13	23	1.77
35134476--35134577	27	3.8	26	87	5	123	36	20	23	19	1.95
35134746--35134799	22	2.5	22	73	11	56	33	22	22	22	1.97
35135244--35135537	27	10.6	27	86	6	408	24	20	21	33	1.97
35135250--35135318	36	1.9	36	100	0	138	23	20	24	31	1.98
35135519--35135661	54	2.6	54	80	4	155	29	7	23	39	1.82
35135640--35135849	27	7.8	27	81	1	217	41	8	18	31	1.79
35135521--35136022	27	18.7	27	76	6	135	34	8	20	36	1.83
35154902--35155065	40	4.1	40	85	5	217	26	27	21	23	1.99
35158304--35158475	46	3.7	45	74	11	170	22	20	27	29	1.99
35158301--35158471	93	1.8	93	89	2	272	22	21	28	28	1.99
35160650--35160865	55	4.0	54	73	10	163	35	15	25	24	1.94
35160713--35160865	53	2.8	55	75	8	154	33	16	24	24	1.95
35162774--35162916	29	5.0	29	94	0	234	27	32	16	24	1.96
35172448--35172516	30	2.3	30	94	0	120	21	31	27	18	1.97
35173346--35173522	47	3.8	46	74	10	171	23	30	18	27	1.97
35173348--35173559	47	4.5	46	72	12	159	23	29	17	29	1.97
35173347--35173566	94	2.3	93	78	5	228	24	29	18	28	1.98
35182700--35182778	41	1.9	42	84	5	108	15	37	27	18	1.91
35183551--35183583	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
35186084--35186346	40	6.6	40	87	3	316	24	20	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35186123--35186381	80	3.3	80	84	3	238	25	20	28	25	1.99
35194039--35194301	40	6.6	40	87	3	316	24	20	28	26	1.99
35194078--35194336	80	3.3	80	84	3	238	25	20	28	25	1.99
35197593--35197666	5	14.8	5	75	18	66	75	0	4	20	0.96
35197593--35197655	31	2.0	31	85	11	85	76	0	3	20	0.93
35202489--35202678	27	7.3	27	77	11	173	29	22	7	40	1.82
35202489--35202678	54	3.7	53	79	12	207	29	22	7	40	1.82
35202548--35202639	46	2.0	46	91	0	148	33	18	7	40	1.79
35202513--35202661	73	2.0	73	85	5	203	32	21	6	39	1.79
35202494--35202678	100	1.9	100	87	4	275	30	21	8	40	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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