genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.173.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   

This is table  173  of  349  ( 41854 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56107020--56107148	51	2.5	51	79	9	129	29	18	23	28	1.98
56107058--56107186	51	2.5	51	81	5	136	28	15	26	29	1.96
56113724--56113863	50	2.8	50	79	8	124	27	16	26	29	1.97
56118114--56118260	56	2.6	55	77	8	170	37	20	12	29	1.90
56120085--56120217	41	3.2	40	86	4	167	24	18	25	31	1.97
56124286--56124468	40	4.6	40	80	5	219	22	27	24	25	2.00
56124250--56124468	79	2.8	80	81	10	229	23	26	23	25	2.00
56124250--56124468	119	1.9	117	84	5	298	23	26	23	25	2.00
56132405--56132587	40	4.6	40	82	4	235	23	27	24	25	2.00
56132369--56132587	79	2.8	79	84	6	250	24	26	23	25	2.00
56140557--56140741	40	4.6	40	79	3	210	24	27	23	24	2.00
56140521--56140741	80	2.8	80	80	6	218	24	26	23	25	2.00
56146060--56146099	21	2.0	20	85	5	53	17	40	25	17	1.91
56148861--56148963	51	2.0	51	83	3	127	32	20	14	33	1.93
56152996--56153071	37	2.1	37	100	0	152	38	7	18	35	1.80
56155388--56155579	29	6.6	29	84	1	251	41	9	27	21	1.84
56155388--56155577	86	2.2	86	92	1	308	42	10	26	21	1.84
56161420--56161480	19	3.2	19	77	9	79	16	8	1	73	1.14
56161250--56161600	196	1.8	196	96	1	652	27	8	7	56	1.57
56163778--56163815	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
56166206--56166249	17	2.5	17	82	13	54	11	4	9	75	1.19
56167422--56167597	56	3.1	56	99	0	343	45	9	22	22	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56168692--56168873	40	4.6	40	82	9	203	24	21	28	25	1.99
56168742--56168896	79	2.0	79	84	7	208	25	21	27	25	1.99
56171883--56171948	28	2.3	30	81	5	73	28	25	3	42	1.70
56175423--56175479	28	2.0	28	82	0	69	31	29	8	29	1.87
56175601--56175690	44	2.0	44	97	0	171	44	15	6	33	1.73
56176835--56176911	40	1.9	39	82	10	93	14	19	42	23	1.87
56176960--56177013	21	2.6	21	90	0	81	20	33	24	22	1.97
56184943--56185027	30	2.8	30	78	7	93	14	25	0	60	1.35
56185109--56185150	16	2.6	16	88	0	66	2	14	2	80	0.90
56185108--56185161	16	3.4	16	82	5	56	1	16	3	77	1.00
56187525--56187603	30	2.6	30	73	0	86	26	16	27	29	1.97
56197332--56197364	14	2.4	14	100	0	66	63	0	12	24	1.28
56200154--56200190	16	2.3	16	90	0	56	35	10	16	37	1.83
56203348--56203470	46	2.7	45	83	8	162	30	18	27	23	1.98
56203349--56203521	46	3.8	44	78	12	154	29	17	28	23	1.97
56205383--56205425	19	2.3	19	88	4	61	25	37	25	11	1.90
56209235--56209380	57	2.6	57	81	11	151	26	30	13	28	1.94
56209234--56209380	29	5.2	28	75	12	124	26	31	13	28	1.94
56216902--56217035	28	4.7	27	76	12	126	24	32	15	27	1.96
56216896--56217047	29	5.3	29	78	4	141	26	30	14	28	1.95
56218760--56218869	42	2.6	42	84	4	123	37	29	15	18	1.91
56218781--56218869	42	2.1	42	87	0	124	38	29	16	15	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56218793--56218934	42	3.4	42	78	9	153	38	26	13	21	1.91
56222130--56222261	53	2.9	42	73	22	122	26	17	25	30	1.97
56222130--56222245	53	2.2	53	98	1	225	26	18	25	30	1.98
56234640--56234789	67	2.2	66	81	8	169	32	17	29	21	1.96
56234664--56234847	67	2.8	64	78	8	203	29	17	30	22	1.97
56239192--56239232	21	1.9	22	85	5	57	31	24	4	39	1.76
56239520--56239586	28	2.4	27	82	4	89	19	22	23	34	1.97
56239520--56239634	27	4.3	27	77	9	101	21	22	20	35	1.96
56250485--56250535	26	2.0	26	84	0	66	41	1	5	50	1.37
56250545--56250681	8	17.2	8	67	26	62	32	5	0	61	1.25
56250534--56250574	14	2.9	14	88	3	64	41	0	0	58	0.98
56250598--56250682	20	4.4	19	72	20	61	29	5	0	64	1.17
56253452--56253505	28	1.9	28	92	0	90	24	24	18	33	1.97
56253451--56253565	27	4.3	26	79	9	115	20	23	20	35	1.96
56260644--56260674	14	2.2	14	94	0	53	61	6	25	6	1.45
56289100--56289187	28	2.9	31	78	13	101	29	23	21	25	1.99
56289100--56289176	33	2.5	30	83	10	86	29	25	20	23	1.99
56294907--56294966	27	2.3	26	85	2	75	35	16	23	25	1.95
56295005--56295056	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
56307440--56307719	40	7.1	40	88	1	384	25	27	22	25	2.00
56307440--56307719	119	2.3	120	87	1	393	25	27	22	25	2.00
56307773--56307847	38	2.0	38	86	5	107	24	26	18	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56310267--56310523	47	5.4	47	89	3	347	26	30	9	33	1.88
56310342--56310416	23	3.3	22	64	29	57	24	30	13	32	1.93
56318498--56318704	53	3.8	54	82	3	256	36	18	25	19	1.95
56322949--56325630	696	3.9	664	81	9	2850	35	17	16	31	1.92
56328064--56328235	46	3.7	44	79	11	168	23	29	20	27	1.99
56328108--56328243	47	2.9	44	81	11	148	25	30	18	25	1.98
56336347--56336491	27	5.4	27	87	0	157	40	17	15	27	1.89
56340153--56340324	54	3.2	54	85	4	231	37	19	18	24	1.94
56340153--56340324	27	6.4	27	85	4	204	37	19	18	24	1.94
56350809--56351032	27	8.3	27	86	2	288	40	21	16	20	1.91
56350955--56351051	27	3.6	27	88	0	131	37	15	19	27	1.92
56359687--56360213	131	4.0	129	75	7	393	29	18	16	35	1.93
56363666--56363713	23	2.1	23	84	7	62	22	6	25	45	1.75
56369318--56369347	6	5.0	6	91	0	51	50	20	13	16	1.78
56370254--56370307	16	3.4	17	72	12	51	40	3	0	55	1.17
56377560--56377593	16	2.1	16	88	0	50	0	17	0	82	0.67
56384090--56384178	34	2.7	32	82	6	97	30	23	23	22	1.99
56384090--56384187	33	2.9	33	82	8	101	30	22	23	23	1.99
56388171--56388388	40	5.5	40	92	2	343	24	27	23	24	2.00
56393123--56393377	55	4.8	51	79	12	178	21	25	15	37	1.93
56393161--56393377	55	4.0	54	82	8	262	22	26	14	36	1.92
56403221--56403436	40	5.3	40	85	3	272	23	22	27	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56403221--56403436	83	2.7	79	85	7	265	23	22	27	26	2.00
56409033--56409340	39	7.9	39	95	0	544	22	30	26	21	1.98
56411648--56411721	37	2.0	37	100	0	148	51	13	0	35	1.41
56415900--56416112	40	5.3	40	84	6	268	23	23	26	26	2.00
56415900--56416112	83	2.6	79	86	7	270	23	23	26	26	2.00
56423281--56423453	46	3.7	46	75	13	183	23	20	26	28	1.99
56423278--56423448	93	1.8	93	92	0	288	23	21	27	28	1.99
56426452--56426706	55	4.8	54	79	11	253	23	25	15	34	1.95
56431131--56431301	43	4.0	43	82	3	211	24	14	26	34	1.93
56459636--56459725	29	3.1	28	82	4	99	30	25	13	31	1.94
56463595--56463684	29	3.1	29	91	1	146	31	27	12	28	1.93
56474556--56474762	53	3.8	53	77	4	209	19	23	17	38	1.93
56484192--56484380	29	6.5	29	85	4	247	19	28	14	37	1.91
56484182--56484380	87	2.3	87	84	5	285	20	27	15	36	1.92
56485472--56485522	25	2.0	25	100	0	102	31	23	19	25	1.98
56490670--56490832	42	3.8	43	77	9	147	33	26	15	23	1.95
56491947--56491971	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
56492380--56492654	138	2.0	137	82	2	327	33	25	19	22	1.97
56495323--56495350	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
56499760--56499785	12	2.2	12	100	0	52	84	0	0	15	0.62
56501388--56501443	29	2.0	28	89	3	85	21	19	25	33	1.97
56503178--56503699	249	2.1	246	81	7	614	45	6	8	39	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56503178--56503813	249	2.6	242	80	9	590	45	6	9	37	1.63
56504166--56504237	29	2.7	26	75	14	67	29	1	20	48	1.58
56504298--56504340	20	2.2	20	87	8	61	62	4	0	32	1.15
56504354--56504387	16	2.1	17	88	5	52	44	8	0	47	1.34
56504303--56504862	254	2.2	257	85	6	753	47	6	8	38	1.59
56504921--56504959	16	2.4	16	91	4	60	38	0	7	53	1.30
56509877--56509933	30	1.9	30	92	0	96	49	12	7	31	1.67
56516343--56516591	40	5.9	40	77	11	187	26	18	22	32	1.97
56516419--56516522	51	2.0	51	96	0	190	29	18	18	33	1.95
56516470--56516614	40	3.6	41	84	6	163	28	15	24	31	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349