genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24102484--24102523	19	2.2	19	86	8	57	35	2	2	60	1.24
24103342--24103374	16	2.1	16	88	11	50	63	0	15	21	1.30
24106108--24106148	21	1.9	22	90	5	66	51	7	21	19	1.71
24109459--24109543	32	2.7	31	77	8	93	31	0	3	64	1.10
24110739--24110799	31	1.9	32	83	9	81	62	1	1	34	1.15
24112513--24112646	50	2.7	50	91	0	223	26	17	28	27	1.97
24117635--24118034	47	8.4	47	93	2	547	32	9	30	27	1.89
24117675--24117770	49	2.2	41	82	16	104	34	10	29	26	1.89
24117885--24118006	22	5.3	22	62	21	61	33	11	29	25	1.91
24122107--24122303	50	3.9	50	84	0	241	25	19	26	28	1.99
24126757--24126837	19	4.2	19	95	3	135	38	9	16	35	1.81
24130910--24130940	14	2.1	15	94	5	55	38	6	3	51	1.44
24134424--24134727	132	2.3	132	93	0	500	31	17	24	27	1.97
24134424--24134742	44	7.2	44	72	7	243	30	17	24	27	1.97
24135699--24135923	49	4.5	49	87	2	306	29	27	17	25	1.98
24135697--24135930	99	2.3	100	86	2	319	29	27	17	24	1.98
24138043--24138532	27	18.2	27	84	4	587	27	21	9	41	1.85
24138544--24138732	27	7.0	27	85	0	243	34	19	20	25	1.96
24138849--24138885	17	2.2	17	95	0	65	29	16	21	32	1.95
24139758--24139825	29	2.3	29	87	0	100	27	32	13	26	1.93
24139648--24140147	173	2.9	173	96	0	892	31	24	14	30	1.94
24139931--24139998	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24140100--24140178	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
24143829--24144053	49	4.5	49	87	2	297	29	28	17	24	1.97
24143816--24144061	101	2.5	99	85	2	332	28	28	17	25	1.98
24145577--24146356	206	3.8	206	91	0	1202	31	17	21	29	1.96
24145577--24146356	411	1.9	412	90	0	1256	31	17	21	29	1.96
24146751--24146793	19	2.1	21	91	8	72	37	9	16	37	1.81
24146741--24146791	19	2.9	16	76	18	57	37	9	15	37	1.81
24149849--24149888	20	2.0	21	85	5	55	25	5	20	50	1.68
24152423--24152463	18	2.3	18	87	8	57	73	4	2	19	1.13
24152544--24152589	23	2.0	23	83	12	58	45	0	4	50	1.21
24154157--24154471	115	2.7	116	89	4	454	27	21	19	31	1.97
24154284--24154665	202	1.9	198	86	2	539	29	20	17	31	1.96
24154478--24154831	119	3.0	119	93	0	584	31	18	15	33	1.93
24166841--24166882	19	2.2	20	83	12	52	69	4	2	23	1.20
24166927--24167009	22	3.9	22	69	18	59	49	0	6	44	1.27
24170021--24170078	29	1.9	31	83	13	77	46	1	18	32	1.60
24170170--24170282	44	2.6	42	78	13	122	29	14	24	31	1.94
24172345--24172559	48	4.6	48	74	9	156	25	18	29	26	1.98
24175692--24175736	16	2.8	16	83	13	56	40	0	0	60	0.97
24175631--24175740	43	2.8	38	75	18	100	31	1	1	64	1.14
24175684--24175743	23	2.6	23	78	5	68	36	0	0	63	0.95
24175989--24176052	12	5.1	12	77	20	60	32	7	1	57	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24176103--24176136	15	2.3	15	89	0	50	29	0	2	67	1.05
24180121--24180345	40	5.7	40	87	5	280	25	22	27	25	2.00
24188036--24188260	40	5.7	40	87	5	280	25	22	27	25	2.00
24190689--24190746	29	1.9	31	83	13	77	46	1	18	32	1.60
24193385--24193609	40	5.7	40	82	6	233	25	28	21	25	1.99
24193541--24193618	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
24200972--24201196	40	5.7	40	83	6	242	25	27	21	25	1.99
24201128--24201205	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
24206843--24207040	43	4.6	43	97	0	360	29	33	26	10	1.89
24207033--24207156	38	3.2	38	83	2	140	28	25	22	23	1.99
24210577--24210647	18	3.9	18	75	0	70	43	18	4	33	1.69
24210574--24210656	36	2.3	36	80	0	94	44	18	4	32	1.70
24211154--24211197	22	2.0	22	100	0	88	13	22	13	50	1.77
24215275--24215331	28	2.0	28	100	0	114	14	7	14	64	1.47
24227048--24227100	26	2.0	26	96	0	97	60	1	0	37	1.08
24227838--24227884	20	2.2	21	85	7	60	38	2	0	59	1.09
24228845--24228968	49	2.5	50	89	2	196	20	1	15	62	1.41
24229331--24229404	27	2.7	27	100	0	148	25	8	32	33	1.85
24230515--24230542	14	2.0	14	100	0	56	35	21	7	35	1.81
24231707--24231783	36	2.1	36	92	0	127	50	11	10	27	1.71
24235635--24235691	26	2.2	26	87	0	78	17	24	21	36	1.94
24237539--24237712	47	3.8	45	82	11	210	21	31	21	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24237539--24237708	91	1.8	95	86	7	251	21	31	21	25	1.98
24237438--24237708	47	5.7	46	73	13	194	21	31	21	26	1.98
24239015--24239065	26	2.0	26	96	0	93	11	23	35	29	1.90
24238936--24239202	104	2.6	104	91	3	439	18	20	30	29	1.97
24241475--24241579	50	2.1	50	96	1	194	40	20	7	31	1.81
24242448--24242682	114	2.1	114	98	0	452	28	21	8	40	1.83
24243485--24243521	20	1.9	18	89	10	56	35	21	0	43	1.53
24244066--24244389	164	2.0	164	97	0	612	39	18	12	29	1.87
24245997--24246114	37	3.0	39	80	8	141	34	23	16	24	1.95
24246678--24246713	18	1.9	19	88	5	56	33	27	0	38	1.57
24246992--24247030	12	3.6	11	83	16	55	10	15	0	74	1.07
24250810--24250877	35	1.9	35	96	0	127	35	7	13	44	1.71
24252309--24252419	56	2.0	56	98	0	213	36	16	25	21	1.94
24263721--24263750	14	2.1	14	100	0	60	50	6	0	43	1.28
24264226--24264379	28	5.5	28	96	0	265	25	12	28	33	1.92
24267546--24267588	17	2.5	17	84	3	50	2	34	0	62	1.08
24269258--24269284	8	3.4	8	100	0	54	51	0	0	48	1.00
24279263--24279341	26	3.0	26	92	0	140	31	6	25	36	1.81
24280958--24281071	27	4.2	27	80	13	137	21	24	21	32	1.98
24280956--24281061	53	2.0	55	92	5	182	21	26	19	32	1.97
24280958--24281089	27	4.9	26	80	13	108	21	25	20	32	1.98
24282523--24282581	29	2.0	29	96	0	109	33	27	13	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24282903--24282927	9	2.8	9	100	0	50	56	8	0	36	1.29
24286070--24286106	16	2.2	18	85	9	51	54	0	2	43	1.14
24287738--24287810	36	2.0	36	97	0	137	15	10	10	63	1.53
24287738--24287791	18	2.9	19	65	18	51	14	11	11	62	1.53
24290234--24290319	43	2.0	45	81	9	106	44	1	12	41	1.50
24290420--24290481	16	4.1	15	72	12	56	58	3	0	38	1.15
24291442--24291469	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
24292592--24292625	18	1.9	18	88	5	52	35	2	5	55	1.39
24298591--24298647	22	2.7	21	81	5	60	49	0	0	50	1.00
24305932--24306115	40	4.6	39	81	9	194	23	22	28	26	1.99
24305984--24306148	79	2.1	79	82	6	192	24	20	27	26	1.99
24314017--24314199	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
24314018--24314201	40	4.6	40	83	9	216	23	22	28	25	2.00
24314070--24314234	79	2.1	79	84	6	210	25	21	27	25	1.99
24318455--24318490	14	2.6	14	86	0	54	36	30	8	25	1.85
24322836--24322905	21	3.3	21	73	0	68	31	22	27	18	1.97
24324750--24324886	40	3.5	40	75	8	147	27	18	24	30	1.98
24329347--24329384	19	2.0	19	85	10	51	13	23	44	18	1.85
24329600--24329788	27	7.0	27	91	0	288	32	20	22	23	1.98
24329930--24330011	27	3.1	27	80	5	87	25	18	20	35	1.95
24333046--24333198	43	3.6	42	77	10	150	32	25	17	24	1.97
24343619--24343731	43	2.7	43	82	12	151	31	26	17	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24347065--24347100	13	2.8	12	88	12	54	41	0	0	58	0.98
24347066--24347100	18	1.9	18	100	0	70	40	0	0	60	0.97
24352074--24352175	29	3.4	29	88	8	143	21	25	12	40	1.89
24355158--24355721	44	12.9	44	69	18	367	31	26	14	27	1.95
24355366--24355501	41	3.2	40	66	20	96	35	25	13	26	1.92
24355244--24355808	87	6.5	87	89	3	809	32	25	14	27	1.95
24366607--24366689	18	4.6	17	66	24	53	59	1	6	33	1.30
24368293--24368318	9	2.9	9	100	0	52	0	23	34	42	1.54
24375196--24375234	20	2.0	20	85	10	53	64	7	0	28	1.21
24375227--24375264	19	2.0	19	100	0	76	47	15	5	31	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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