genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   

This is table  85  of  349  ( 41854 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25320457--25320504	18	2.7	17	75	9	51	27	4	2	66	1.21
25320520--25320579	21	2.7	22	82	10	61	41	0	1	56	1.09
25320520--25320579	23	2.7	23	82	10	63	41	0	1	56	1.09
25320845--25320912	23	3.0	23	70	12	59	50	0	0	50	1.00
25321060--25321125	27	2.5	26	82	5	78	51	3	1	43	1.26
25321060--25321122	26	2.4	27	83	2	74	50	3	1	44	1.27
25321219--25321274	23	2.5	23	82	2	60	37	1	3	57	1.27
25321250--25321292	21	2.1	21	87	12	63	37	2	0	60	1.10
25324442--25324517	30	2.5	30	91	0	125	23	22	26	27	1.99
25325439--25325513	25	3.0	25	100	0	150	28	32	8	32	1.86
25331575--25331616	14	3.3	13	78	15	52	38	0	2	59	1.10
25331603--25331669	31	2.0	34	86	11	95	43	1	0	55	1.09
25331639--25331737	10	10.4	9	77	12	65	44	1	3	51	1.23
25331685--25331747	29	2.2	29	91	2	101	41	0	3	55	1.16
25332500--25332586	22	3.9	24	70	19	71	56	2	0	41	1.12
25332493--25332550	22	2.6	22	83	10	64	60	1	0	37	1.07
25332498--25332588	23	4.1	22	72	13	62	54	2	0	42	1.12
25332571--25332622	18	2.9	18	80	5	61	67	0	3	28	1.08
25332620--25332706	18	4.6	17	70	19	57	74	3	9	12	1.18
25332576--25332650	37	2.0	36	82	10	89	69	2	5	22	1.22
25332656--25332720	10	6.4	10	80	8	51	80	0	9	10	0.92
25332666--25332722	19	2.9	19	82	10	71	78	0	10	10	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25337886--25337935	18	2.8	18	71	14	50	66	2	0	32	1.03
25348238--25348294	29	2.0	29	96	0	105	33	22	10	33	1.88
25353452--25353487	18	2.0	18	88	0	54	8	47	16	27	1.75
25353440--25353484	12	3.8	12	78	0	54	4	46	17	31	1.68
25364940--25365066	42	3.0	43	73	14	118	28	20	25	25	1.99
25371724--25371882	44	3.7	42	75	11	126	28	22	24	25	1.99
25386535--25386603	31	2.2	31	84	10	86	23	27	8	40	1.84
25389824--25389870	18	2.6	17	75	18	51	19	46	23	10	1.80
25389824--25389869	17	2.6	18	83	10	60	19	45	23	10	1.82
25392612--25392692	24	3.3	23	75	11	74	35	18	19	25	1.95
25392599--25392667	23	2.9	24	80	6	77	37	18	21	21	1.94
25392584--25392675	24	3.8	24	74	11	80	33	21	20	23	1.97
25392599--25392702	47	2.1	51	83	13	130	35	18	22	24	1.95
25393187--25393240	26	2.1	26	100	0	108	29	7	27	35	1.84
25398383--25398435	18	3.0	17	86	5	70	33	22	1	41	1.65
25398406--25398459	5	9.8	5	77	18	54	38	22	0	38	1.54
25400797--25400831	13	2.7	13	95	0	61	60	5	0	34	1.21
25400793--25400834	13	2.9	14	86	13	59	59	4	0	35	1.19
25400786--25400840	13	4.1	13	72	22	51	56	3	0	40	1.17
25400960--25401033	3	26.0	3	74	15	68	59	2	1	36	1.20
25401295--25401356	12	5.3	12	72	12	58	61	3	0	35	1.12
25402380--25402438	23	2.6	22	75	19	59	42	22	13	22	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25408192--25408238	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
25414496--25414609	27	4.2	28	85	4	146	35	21	22	19	1.96
25414496--25414610	55	2.1	55	85	6	155	36	21	22	19	1.95
25415023--25415054	16	2.1	15	94	5	55	3	18	28	50	1.62
25416507--25416538	3	10.7	3	93	0	55	65	0	3	31	1.08
25423685--25423718	17	2.0	17	100	0	68	35	29	17	17	1.93
25424159--25424245	44	2.0	44	88	0	129	32	13	5	48	1.66
25426318--25426362	20	2.2	20	88	0	63	48	2	11	37	1.51
25428230--25428284	22	2.5	22	94	2	94	16	34	32	16	1.91
25429032--25429121	43	2.1	44	93	2	155	28	12	13	45	1.79
25430804--25431026	40	5.6	40	85	7	301	25	26	23	24	2.00
25430804--25431026	82	2.8	80	87	6	301	25	26	23	24	2.00
25439033--25439256	40	5.6	40	85	6	301	25	26	23	24	2.00
25439033--25439256	83	2.8	80	87	5	301	25	26	23	24	2.00
25441210--25441262	27	2.0	27	85	7	72	41	0	1	56	1.10
25450764--25451039	77	3.5	78	81	8	285	31	10	12	44	1.76
25450764--25451074	77	4.0	80	78	10	232	31	11	11	45	1.76
25454765--25455021	39	6.6	39	80	1	291	34	31	17	16	1.92
25454765--25455023	78	3.3	77	85	3	340	34	31	17	16	1.92
25454765--25455021	117	2.2	117	86	0	352	34	31	17	16	1.92
25456089--25456270	27	6.7	27	83	2	204	39	21	8	29	1.84
25456314--25456528	27	8.0	27	87	0	277	36	19	20	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25456306--25456512	81	2.6	81	92	0	333	36	19	19	24	1.95
25457121--25457154	18	1.9	17	88	5	50	23	11	11	52	1.70
25457062--25457133	6	12.0	6	90	0	117	18	16	13	51	1.77
25463426--25463453	14	2.0	14	100	0	56	35	14	14	35	1.86
25466695--25466724	6	5.0	6	100	0	60	0	16	16	66	1.25
25467623--25467707	42	2.0	42	97	0	161	18	15	18	47	1.83
25472618--25472658	21	2.0	21	95	0	73	39	21	0	39	1.54
25475245--25475275	12	2.6	12	94	0	53	90	0	6	3	0.55
25476835--25476861	14	1.9	14	100	0	54	37	25	7	29	1.83
25478438--25478482	21	2.1	21	100	0	90	31	8	33	26	1.87
25480976--25481047	32	2.2	32	82	0	99	19	18	40	22	1.92
25484778--25484847	9	7.8	9	90	0	95	42	18	10	28	1.82
25487555--25487589	17	2.0	18	94	5	63	60	11	5	22	1.52
25503070--25503116	22	2.2	20	79	17	51	25	0	23	51	1.49
25504114--25504169	22	2.6	22	83	5	62	51	1	0	46	1.11
25505570--25505603	13	2.5	14	85	4	52	14	14	5	64	1.46
25507676--25507772	45	2.2	45	86	0	131	48	11	17	22	1.79
25517379--25517425	20	2.3	20	81	0	58	34	4	0	61	1.15
25524228--25524332	9	11.2	9	70	18	54	34	2	1	60	1.22
25524228--25524284	20	2.9	19	78	17	55	38	3	0	57	1.16
25524824--25524864	19	2.2	19	86	0	55	65	2	0	31	1.05
25525123--25525188	16	4.1	16	76	18	73	34	1	4	59	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25530128--25530174	23	2.0	23	91	0	76	14	12	29	42	1.83
25531123--25531147	13	1.9	13	100	0	50	72	4	0	24	1.02
25531777--25531916	42	3.3	41	80	5	147	41	18	17	22	1.90
25531834--25531946	42	2.7	42	78	5	113	43	17	17	21	1.88
25533345--25533448	43	2.4	44	78	9	115	26	14	25	33	1.94
25533719--25533972	42	6.0	42	79	2	256	31	27	15	25	1.96
25533758--25533972	85	2.5	85	87	3	290	31	28	15	24	1.96
25533719--25533964	127	1.9	128	85	0	341	31	27	15	25	1.96
25533781--25534018	85	2.8	83	83	5	253	30	28	15	26	1.96
25534639--25535381	23	32.6	23	75	7	518	38	22	5	33	1.76
25534697--25535040	135	2.5	137	90	3	561	39	23	4	32	1.75
25534653--25535382	137	5.3	138	79	9	520	38	22	5	33	1.76
25534812--25535325	206	2.5	204	89	3	773	39	22	4	33	1.75
25534679--25535382	91	7.7	91	72	13	375	38	23	4	33	1.76
25534673--25535372	114	6.1	115	77	8	725	38	22	4	33	1.75
25534653--25535372	46	15.8	45	78	8	597	38	22	4	33	1.76
25537015--25537085	34	2.1	34	94	0	124	30	14	28	26	1.95
25538096--25538137	21	2.0	21	85	4	57	38	42	0	19	1.51
25538094--25538175	28	2.9	28	76	20	82	42	39	0	18	1.50
25538633--25538722	40	2.2	40	80	3	110	24	20	21	34	1.96
25540086--25540111	8	3.2	8	100	0	52	46	0	15	38	1.46
25553639--25553769	35	3.6	35	78	11	138	34	23	10	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25556649--25556701	6	8.5	6	87	8	79	79	3	0	16	0.88
25556649--25556701	26	2.1	25	89	6	81	79	3	0	16	0.88
25559995--25560042	21	2.2	22	92	7	89	29	12	16	41	1.85
25560058--25560089	14	2.3	14	94	0	55	31	0	34	34	1.58
25570931--25571029	35	2.8	35	86	4	128	42	17	10	30	1.82
25570967--25571046	35	2.3	35	82	4	90	45	16	11	27	1.81
25572746--25572783	12	3.0	13	84	7	51	36	0	0	63	0.95
25589227--25589575	146	2.4	147	81	4	402	38	14	10	36	1.80
25593855--25593901	23	2.0	23	95	0	85	36	19	14	29	1.92
25603992--25604076	28	2.9	29	77	13	86	47	15	1	36	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349