genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.230.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75856903--75857126	40	5.7	40	84	5	249	25	20	28	26	1.99
75856977--75857159	79	2.3	80	84	1	235	26	20	27	25	1.99
75859520--75859837	40	8.0	40	96	0	575	21	22	29	27	1.98
75860001--75860051	25	2.0	25	81	7	59	35	13	29	21	1.92
75862917--75863437	48	10.9	48	93	1	866	34	6	28	30	1.83
75863578--75863680	37	2.8	37	95	0	179	23	21	32	23	1.98
75875753--75875792	20	2.0	20	85	5	53	35	22	0	42	1.54
75884144--75884200	26	2.2	26	96	0	105	31	7	35	26	1.83
75887494--75887535	17	2.4	18	80	11	52	54	0	0	45	0.99
75890027--75890197	93	1.8	93	92	0	288	29	28	22	20	1.98
75890022--75890194	46	3.7	46	76	15	185	30	27	21	20	1.98
75890616--75890675	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
75892150--75892179	13	2.3	13	94	0	51	26	50	16	6	1.70
75903866--75904309	47	9.4	47	93	1	708	32	8	29	29	1.87
75904427--75904505	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
75909308--75909369	28	2.2	28	91	0	97	32	27	8	32	1.86
75909478--75909540	28	2.2	28	83	8	74	22	23	22	31	1.98
75910004--75910042	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
75910620--75910653	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
75916994--75917058	28	2.3	28	91	0	103	32	27	7	32	1.85
75917663--75917701	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
75921981--75922093	44	2.6	43	92	2	181	25	28	22	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75922804--75922842	20	2.0	20	85	10	53	35	20	0	43	1.52
75926400--75926460	30	2.0	30	93	0	104	32	13	19	34	1.90
75931414--75931687	48	5.6	48	77	5	239	27	18	27	27	1.98
75937999--75938222	95	2.3	97	82	6	267	26	19	27	27	1.99
75945723--75945761	19	1.9	19	85	10	51	43	12	7	35	1.72
75946955--75947054	42	2.4	41	86	1	137	30	18	22	30	1.97
75952169--75952208	20	2.0	20	100	0	80	30	10	20	40	1.85
75956559--75956796	47	5.1	47	92	0	368	27	28	10	33	1.89
75956606--75956681	22	3.3	22	65	28	59	25	30	13	31	1.93
75967653--75967694	16	2.6	16	84	3	57	80	4	4	9	0.99
75972171--75972344	45	3.8	45	81	6	208	21	20	29	28	1.98
75972167--75972336	92	1.8	92	93	2	297	21	21	30	27	1.98
75975265--75975314	15	3.4	15	86	2	66	10	18	12	60	1.59
75977702--75977873	46	3.7	46	79	4	193	22	19	29	29	1.98
75980128--75980253	23	5.6	23	77	11	127	36	20	25	17	1.94
75980156--75980254	45	2.2	45	85	1	117	36	21	25	17	1.94
75986139--75986181	20	2.0	23	86	13	65	20	4	27	46	1.71
75995619--75995656	15	2.4	16	87	12	53	18	0	0	81	0.69
75997016--75997055	16	2.5	16	88	8	55	27	10	0	62	1.27
76003598--76003713	55	2.1	55	82	3	144	18	26	30	25	1.98
76012882--76012970	27	3.2	27	83	4	106	32	22	23	21	1.98
76013077--76013197	28	4.3	28	97	0	224	31	7	26	34	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76019303--76019335	17	1.9	17	88	11	50	30	15	36	18	1.91
76024916--76024962	17	2.9	17	84	12	55	55	12	4	27	1.56
76025528--76025562	12	2.9	12	87	12	54	68	0	0	31	0.90
76027199--76027249	21	2.4	21	86	0	75	13	45	25	15	1.83
76028462--76028623	26	6.2	26	74	4	121	32	27	16	24	1.96
76035863--76035905	19	2.2	19	83	4	50	37	0	20	41	1.53
76036367--76036537	46	3.7	46	84	1	200	31	18	26	23	1.97
76045560--76045708	40	3.7	40	87	3	192	26	22	26	24	2.00
76045560--76045741	80	2.3	80	82	4	208	28	21	25	24	1.99
76049356--76049425	21	3.1	21	64	28	54	24	22	11	41	1.87
76049201--76049565	138	2.6	138	89	0	525	21	23	14	40	1.90
76049201--76049566	46	8.0	46	89	0	473	21	22	14	40	1.89
76052454--76052521	33	2.1	33	97	0	127	26	27	22	23	1.99
76052487--76052626	50	2.8	51	84	1	174	27	28	18	25	1.98
76052408--76052570	83	2.0	82	89	3	247	28	28	19	23	1.98
76055642--76056002	47	7.6	47	92	2	569	29	29	8	33	1.86
76055642--76056002	49	7.6	49	92	3	580	29	29	8	33	1.86
76055642--76056002	96	3.8	96	92	3	604	29	29	8	33	1.86
76059568--76059615	24	2.0	24	95	0	87	45	6	25	22	1.75
76070244--76070305	28	2.3	27	83	8	72	33	3	24	38	1.71
76073676--76073757	9	8.9	9	76	5	83	37	1	0	60	1.04
76074336--76074367	13	2.6	13	90	9	50	71	12	0	15	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76075074--76075133	27	2.3	26	88	8	86	45	3	1	50	1.28
76075463--76075534	16	4.3	18	73	18	66	50	1	1	47	1.18
76075467--76075529	5	11.8	5	77	15	56	53	1	1	42	1.19
76075744--76075784	14	2.7	15	85	11	57	34	0	0	65	0.93
76078511--76078574	32	2.0	32	100	0	128	12	31	15	40	1.85
76090086--76090110	7	3.6	7	100	0	50	44	32	0	24	1.54
76099082--76099113	16	1.9	17	93	6	57	53	0	9	37	1.34
76099605--76099636	10	3.4	10	83	16	50	28	0	0	71	0.86
76099722--76099756	18	1.9	18	100	0	70	22	51	5	20	1.68
76103353--76103411	11	5.3	11	86	10	75	3	13	27	55	1.54
76103332--76103411	22	3.7	22	80	11	85	6	12	23	57	1.58
76105621--76105763	47	3.0	47	77	11	150	36	18	20	24	1.95
76112733--76112817	43	2.0	43	95	0	152	25	31	20	22	1.98
76112734--76112855	43	2.9	43	83	3	131	28	31	17	22	1.96
76115749--76115866	44	2.8	42	87	5	157	24	18	27	28	1.98
76117367--76117467	43	2.3	43	94	0	175	23	22	30	22	1.99
76125094--76125131	19	2.0	19	100	0	76	31	15	26	26	1.96
76125812--76125840	14	2.0	15	93	6	51	13	6	24	55	1.63
76129156--76129450	114	2.5	117	86	4	409	30	9	20	39	1.85
76129089--76129450	118	3.0	118	83	8	457	29	9	20	39	1.85
76129709--76129767	26	2.3	26	82	11	77	37	16	23	22	1.94
76130284--76130340	26	2.2	26	90	6	89	36	3	10	49	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76130283--76130340	13	4.5	13	76	8	64	36	3	10	50	1.54
76130361--76130411	13	3.8	13	78	19	52	27	0	13	58	1.36
76132307--76132360	26	2.1	26	86	6	74	33	14	22	29	1.94
76138201--76138386	55	3.5	52	76	7	158	43	0	26	29	1.59
76139762--76139791	4	7.2	4	96	3	51	46	3	0	50	1.18
76142618--76142891	48	5.7	48	84	4	248	27	31	16	25	1.96
76142665--76142895	48	4.8	48	89	0	327	26	31	16	25	1.96
76142620--76142895	96	2.9	96	85	1	338	27	31	15	25	1.96
76144388--76144447	22	2.7	22	94	0	102	26	21	13	38	1.90
76146145--76146394	126	2.0	124	92	1	419	39	9	17	33	1.82
76152320--76152569	28	8.9	28	81	3	270	27	23	10	38	1.88
76152320--76152569	84	3.0	84	83	2	306	27	23	10	38	1.88
76160883--76161022	27	5.2	27	80	11	162	37	23	22	17	1.94
76160883--76161022	54	2.6	54	90	2	219	37	23	22	17	1.94
76162616--76162723	26	4.2	26	90	0	171	37	24	5	32	1.78
76162616--76162723	52	2.1	52	96	0	198	37	24	5	32	1.78
76172535--76172657	22	5.3	22	64	27	67	33	13	28	24	1.94
76172514--76172844	47	7.0	47	90	2	497	33	12	28	25	1.92
76172825--76172951	46	2.8	46	91	0	200	34	9	31	24	1.87
76179258--76179416	44	3.7	45	76	13	172	30	25	19	23	1.98
76181065--76181106	17	2.4	17	88	4	57	76	0	16	7	1.00
76181135--76181173	16	2.4	16	91	0	60	69	0	30	0	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76183743--76183802	27	2.2	27	87	0	84	33	21	10	35	1.87
76183754--76183857	27	3.9	27	93	0	163	27	21	9	41	1.84
76183849--76184087	27	8.8	27	76	3	158	39	17	10	32	1.83
76183740--76183963	54	4.1	54	77	2	153	35	18	9	36	1.83
76184118--76184209	27	3.4	27	89	3	123	33	19	26	20	1.96
76185450--76185500	20	2.5	20	96	0	93	35	9	21	33	1.86
76185551--76185692	25	5.8	24	85	8	173	26	21	23	28	1.99
76185546--76185691	49	3.0	47	81	9	170	29	20	22	27	1.99
76185546--76185669	49	2.6	48	83	7	171	29	20	21	28	1.98
76185554--76185694	74	1.9	72	84	11	189	27	20	22	29	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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