genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.304.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101720190--101720240	19	2.9	16	78	18	57	35	17	9	37	1.83
101720171--101720230	19	2.9	21	87	7	79	36	20	8	35	1.82
101722931--101723024	27	3.6	27	76	12	88	57	2	0	40	1.11
101722941--101723042	9	11.1	9	68	18	50	54	1	0	42	1.18
101722938--101723026	19	4.9	19	69	15	64	57	1	0	41	1.06
101725345--101725391	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
101726083--101726114	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
101727201--101727244	19	2.4	19	85	7	56	54	4	6	34	1.47
101728281--101728395	30	3.9	30	82	2	126	43	2	23	30	1.67
101728623--101728884	75	3.4	76	80	3	296	32	19	16	31	1.94
101728813--101729220	87	4.7	87	84	4	529	37	19	15	27	1.92
101728732--101729222	172	2.9	174	84	6	573	36	19	15	28	1.93
101729142--101729172	14	2.2	14	94	0	53	51	9	9	29	1.66
101728739--101729231	259	1.9	253	84	4	648	35	19	15	29	1.93
101741421--101741459	16	2.4	17	91	4	62	56	5	7	30	1.49
101742510--101742611	30	3.4	30	78	2	107	43	3	23	29	1.72
101742495--101742611	60	2.0	59	81	5	137	42	3	23	30	1.70
101742608--101742653	24	1.9	24	90	0	74	23	0	2	73	0.94
101746724--101746762	18	2.1	19	85	4	53	30	23	0	46	1.53
101747266--101747371	26	4.1	26	93	0	185	33	7	23	35	1.83
101748546--101748577	16	2.1	15	94	5	55	50	21	18	9	1.75
101748992--101749089	27	3.6	27	86	5	144	17	25	24	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101750147--101750196	6	8.2	6	77	4	55	48	14	18	20	1.82
101750183--101750391	45	4.8	45	80	8	234	44	19	15	20	1.86
101750181--101750364	84	2.2	78	75	16	188	44	18	15	21	1.86
101750227--101750400	84	2.1	84	87	2	251	45	18	14	20	1.84
101750818--101750852	10	3.5	10	88	0	52	31	28	0	40	1.57
101750962--101750997	18	1.9	19	88	5	56	38	16	2	41	1.63
101751218--101751269	6	8.8	6	85	12	72	34	15	0	50	1.45
101752903--101752986	23	3.7	23	78	13	77	32	3	1	63	1.19
101752933--101753087	16	9.3	16	66	21	70	34	3	1	60	1.21
101752932--101753081	18	8.1	18	69	16	67	34	3	1	61	1.21
101752932--101753089	40	4.3	38	65	26	58	34	3	1	60	1.20
101753005--101753090	13	6.7	13	75	19	74	36	0	2	61	1.09
101757549--101757639	19	4.9	19	85	8	134	37	15	9	37	1.81
101757549--101757639	35	2.5	37	87	8	132	37	15	9	37	1.81
101758003--101758714	205	3.5	205	92	0	1154	29	20	17	31	1.96
101758689--101758778	44	2.0	44	82	4	108	26	25	17	30	1.98
101758730--101759197	44	10.6	45	70	12	276	26	23	17	32	1.97
101758783--101759183	132	3.0	132	94	0	694	26	24	17	31	1.97
101760093--101760128	6	5.8	6	87	6	54	13	0	0	86	0.58
101760074--101760131	12	4.8	12	77	10	64	12	3	0	84	0.74
101760082--101760130	13	3.5	14	86	13	66	12	2	0	85	0.68
101760084--101760128	19	2.2	20	92	7	74	13	2	0	84	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101760081--101760129	20	2.4	20	87	12	73	12	2	0	85	0.68
101765166--101765293	28	4.5	28	88	2	175	28	12	25	32	1.92
101765166--101765293	57	2.2	57	88	2	186	28	12	25	32	1.92
101773221--101773345	28	4.4	28	87	3	169	28	12	25	33	1.92
101777807--101777932	19	6.9	18	85	10	170	36	14	11	38	1.81
101777807--101777924	35	3.3	35	93	3	191	36	13	11	38	1.82
101779593--101779622	15	2.0	15	100	0	60	26	26	26	20	1.99
101780493--101780698	103	2.0	103	99	0	403	31	19	23	25	1.98
101789626--101789699	38	1.9	38	89	5	114	22	24	25	27	2.00
101789671--101789846	43	4.1	43	95	1	302	12	24	33	29	1.92
101790176--101790289	45	2.6	44	82	8	117	24	23	26	25	2.00
101791826--101792049	44	5.0	44	90	1	322	30	16	27	25	1.96
101792022--101792168	47	3.3	47	64	23	125	29	15	23	31	1.95
101791996--101792213	87	2.5	87	90	0	364	27	16	26	30	1.96
101794016--101794064	20	2.4	21	86	10	66	32	2	2	63	1.17
101794047--101794196	16	9.3	16	67	22	66	34	4	1	60	1.24
101794016--101794097	21	4.0	21	78	15	73	32	3	1	62	1.21
101803855--101804187	50	6.6	50	75	4	292	26	17	24	31	1.97
101804007--101804196	101	1.9	101	93	0	326	24	19	25	30	1.98
101803854--101804187	151	2.2	151	88	1	490	26	17	24	31	1.97
101815954--101815987	17	2.0	17	88	11	52	14	11	2	70	1.27
101823677--101823792	39	3.0	39	92	0	187	25	21	25	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101823677--101823820	78	1.8	78	82	2	182	25	22	26	26	2.00
101823677--101823829	39	3.9	39	86	1	146	24	22	27	26	2.00
101825534--101825736	27	7.6	27	86	3	230	27	15	28	28	1.96
101825533--101825715	80	2.3	81	83	2	226	27	16	28	27	1.97
101825535--101825736	107	1.9	107	84	2	271	26	15	28	28	1.96
101833580--101833835	27	9.5	27	82	4	257	27	16	27	28	1.97
101833580--101833784	81	2.5	81	97	0	383	27	17	27	26	1.98
101837042--101837094	25	2.2	24	82	3	61	35	16	22	24	1.95
101846260--101846492	41	5.7	41	88	0	322	34	15	28	20	1.94
101857107--101857241	43	3.1	43	79	10	141	34	27	15	22	1.94
101857076--101857239	86	1.9	85	80	6	188	33	26	15	25	1.95
101863898--101863924	13	2.1	13	100	0	54	29	14	18	37	1.91
101864633--101864720	45	2.0	45	83	0	113	36	14	21	27	1.93
101864996--101865095	41	2.5	41	83	1	121	20	18	26	36	1.95
101867710--101867931	47	4.7	47	71	14	149	30	18	27	23	1.98
101867707--101867929	94	2.4	94	82	8	249	30	18	27	23	1.98
101870022--101870076	27	2.0	27	89	0	83	34	23	25	16	1.95
101883500--101883585	41	2.1	41	89	4	129	43	17	13	25	1.86
101883539--101883658	60	2.0	60	81	3	143	40	19	18	22	1.92
101883599--101883676	40	1.9	40	84	5	102	35	20	17	25	1.95
101883978--101884018	21	1.9	22	90	5	66	46	31	0	21	1.52
101884479--101884555	21	3.8	20	75	17	70	20	0	31	48	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101884544--101884606	28	2.3	27	81	13	74	19	3	34	42	1.67
101884898--101885184	154	1.9	154	82	5	368	33	19	20	26	1.96
101885045--101885300	113	2.2	115	85	5	349	33	17	22	26	1.96
101888229--101888492	9	30.0	9	69	13	115	46	16	0	36	1.51
101888213--101888346	52	2.6	52	95	0	232	50	14	0	35	1.44
101888261--101888425	79	2.1	79	91	0	267	49	13	0	36	1.48
101888261--101888465	79	2.6	79	85	4	218	47	15	0	37	1.49
101890852--101890897	23	2.0	23	91	0	74	21	26	19	32	1.97
101894311--101894394	31	2.6	31	81	3	87	14	7	19	59	1.57
101894466--101894618	43	3.5	43	87	0	207	28	32	16	22	1.96
101896572--101896710	41	3.4	40	76	11	131	20	13	30	34	1.92
101896598--101896709	41	2.7	42	82	9	133	20	14	30	34	1.92
101898056--101898233	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
101898077--101898232	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
101908823--101909000	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
101908844--101908999	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
101912514--101912556	21	2.0	21	100	0	86	44	23	0	32	1.54
101913454--101913513	29	2.2	28	82	14	72	23	23	15	38	1.92
101934156--101934277	44	2.8	44	80	11	137	29	26	19	24	1.99
101945754--101945923	40	4.3	40	90	0	216	24	21	28	25	1.99
101945701--101945925	80	2.8	79	83	3	254	24	21	28	26	1.99
101945776--101945958	79	2.3	80	82	1	226	25	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101948378--101948478	44	2.3	43	81	5	114	30	24	16	27	1.97
101955513--101955538	6	4.3	6	100	0	52	15	15	69	0	1.20
101955504--101955538	18	1.9	18	88	0	52	14	14	68	2	1.32
101957684--101957735	8	6.5	8	77	16	54	65	0	7	26	1.20
101964341--101964458	40	3.0	40	97	0	218	22	19	29	28	1.98
101967491--101967666	27	6.6	27	83	5	187	30	28	14	26	1.95
101967510--101967665	82	1.9	81	86	3	224	30	28	14	26	1.95
101975592--101975769	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
101975613--101975768	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
101980270--101980387	40	3.0	40	93	0	200	22	18	28	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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