genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.239.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79076915--79077073	26	6.5	26	64	23	85	43	0	3	52	1.21
79076827--79077129	120	2.5	120	96	1	554	43	0	4	51	1.28
79077325--79077494	37	4.7	35	67	20	100	43	1	6	48	1.39
79077383--79077428	16	2.9	16	78	12	51	45	0	2	52	1.13
79077277--79077525	107	2.2	118	83	11	308	43	2	4	49	1.35
79077318--79077533	107	2.0	109	96	1	400	43	1	5	49	1.36
79077490--79077531	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
79077481--79077522	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
79077466--79077704	75	3.1	75	62	16	171	46	3	3	46	1.37
79077465--79077781	157	2.0	157	95	0	571	47	4	3	44	1.41
79077904--79077971	16	4.2	16	96	0	127	38	38	0	23	1.55
79083038--79083097	21	3.0	21	83	9	63	43	0	1	55	1.10
79083630--79083717	43	2.0	43	86	2	122	22	21	18	37	1.94
79087128--79087350	39	5.7	40	84	9	248	25	21	27	25	2.00
79087128--79087350	78	2.8	80	85	6	294	25	21	27	25	2.00
79087129--79087350	40	5.6	39	85	7	256	25	22	27	25	2.00
79087128--79087383	79	3.3	79	81	8	231	26	21	27	25	1.99
79095056--79095275	77	2.8	78	83	10	256	25	21	27	25	1.99
79095056--79095275	39	5.7	39	84	10	258	25	21	27	25	1.99
79095145--79095308	79	2.1	78	82	7	190	26	20	27	25	1.99
79098095--79098400	40	7.7	40	87	6	419	31	20	26	21	1.98
79098098--79098400	118	2.5	119	87	7	436	31	20	26	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79102963--79103260	40	7.7	39	90	8	441	22	26	20	30	1.98
79102963--79103260	115	2.6	117	88	8	448	22	26	20	30	1.98
79111464--79111771	40	7.7	40	95	0	535	22	26	20	31	1.98
79118733--79118773	19	2.2	19	90	0	64	68	7	7	17	1.36
79124924--79125010	24	3.6	24	74	9	70	39	19	22	18	1.93
79125050--79125129	26	3.2	25	78	7	90	36	21	26	16	1.94
79132502--79132577	40	1.9	40	94	0	134	42	18	14	25	1.88
79133978--79134121	25	5.7	26	75	8	111	31	20	25	22	1.98
79134003--79134120	25	4.8	25	78	3	132	33	19	27	20	1.97
79137436--79137490	25	2.2	25	100	0	110	36	25	25	12	1.91
79139596--79139693	41	2.4	41	82	0	115	34	29	18	17	1.94
79142806--79142960	45	3.4	43	78	8	148	19	18	16	45	1.86
79142850--79143062	45	4.7	43	73	9	167	20	18	17	43	1.89
79145156--79145204	20	2.7	18	77	22	57	51	2	2	44	1.24
79145147--79145262	37	3.2	36	74	18	98	54	3	2	39	1.31
79150778--79150859	25	3.3	25	80	16	98	34	18	17	30	1.94
79150777--79150895	50	2.4	50	83	5	143	32	17	19	30	1.95
79150790--79150895	25	4.2	25	80	11	101	32	16	19	31	1.95
79150777--79150896	25	4.8	25	76	15	97	32	18	19	30	1.95
79152699--79152846	43	3.5	42	75	5	127	33	21	15	29	1.94
79157537--79157566	16	1.9	15	93	6	51	66	10	13	10	1.44
79157653--79157696	19	2.4	19	84	3	54	70	4	6	18	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79161274--79161432	43	3.7	41	76	9	124	24	18	25	31	1.97
79166750--79166794	23	2.0	23	100	0	90	31	6	17	44	1.75
79173357--79173508	27	5.6	27	92	3	232	27	13	28	30	1.94
79173357--79173508	55	2.8	55	92	0	241	27	13	28	30	1.94
79181513--79181664	27	5.6	27	92	3	232	27	13	28	30	1.94
79181513--79181664	55	2.8	55	92	0	241	27	13	28	30	1.94
79184935--79185121	92	2.0	91	96	1	347	29	7	23	39	1.82
79190419--79190443	13	1.9	13	100	0	50	16	28	40	16	1.89
79211376--79211415	21	2.0	20	90	5	62	22	32	32	12	1.91
79213136--79213209	29	2.6	29	86	4	96	27	16	31	25	1.96
79221201--79221274	29	2.6	29	86	4	96	27	16	31	25	1.96
79223871--79224087	49	4.6	47	74	11	147	24	29	18	26	1.98
79223961--79224095	50	2.9	47	78	12	143	25	29	18	26	1.98
79230187--79230273	43	2.0	43	100	0	174	29	20	20	28	1.98
79256515--79256709	40	4.9	40	96	2	360	23	18	29	28	1.98
79264495--79264718	40	5.7	40	98	1	434	23	20	29	27	1.98
79264471--79264794	120	2.7	120	86	4	372	24	20	29	26	1.99
79266515--79266575	23	2.5	24	84	7	79	16	11	42	29	1.83
79267351--79267396	19	2.4	19	85	0	65	8	10	2	78	1.05
79267417--79267461	9	5.0	9	84	10	56	22	0	4	73	1.01
79267488--79267549	21	2.8	23	85	11	85	40	0	0	59	0.97
79267488--79267551	22	2.9	22	88	9	87	42	0	0	57	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79267644--79267681	13	3.0	13	88	7	60	55	0	0	44	0.99
79267644--79267678	12	2.8	12	91	4	52	54	0	0	45	0.99
79267757--79267790	13	2.7	13	90	4	52	50	0	0	50	1.00
79267770--79267828	27	2.1	27	84	6	73	49	0	1	49	1.11
79267798--79267856	21	2.8	21	82	12	75	59	0	0	40	0.97
79267822--79267960	36	4.0	35	84	5	176	56	1	2	38	1.23
79267933--79267977	22	1.9	25	86	13	69	55	0	2	42	1.12
79268009--79268060	17	3.0	17	83	5	68	71	1	1	25	1.07
79268076--79268138	19	3.3	19	72	18	58	76	3	9	11	1.13
79273959--79274021	3	21.0	3	86	0	63	66	11	0	22	1.22
79273963--79274022	12	5.0	12	85	0	75	66	13	0	20	1.24
79278679--79278708	14	2.1	15	93	6	53	20	3	0	76	0.92
79278669--79278760	27	3.5	25	78	12	87	25	6	2	66	1.27
79278716--79278771	25	2.3	23	80	17	67	26	3	1	67	1.16
79284420--79284471	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
79284358--79284587	120	1.9	120	100	0	460	41	1	6	49	1.40
79284368--79284555	61	3.1	61	70	14	208	42	1	7	48	1.40
79284549--79284590	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
79284540--79284581	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
79284716--79284825	45	2.6	43	79	13	122	33	29	4	32	1.78
79284806--79284841	16	2.2	16	95	0	63	36	36	0	27	1.57
79285478--79285521	20	2.2	20	85	14	65	54	13	2	29	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79298059--79298118	23	2.5	24	74	15	63	38	0	5	56	1.21
79298081--79298149	35	2.0	35	86	11	97	42	0	1	56	1.08
79298112--79298165	22	2.5	22	96	3	101	40	0	0	59	0.98
79298260--79298292	15	2.3	15	94	5	59	54	0	0	45	0.99
79298334--79298397	22	3.0	20	79	9	65	50	0	4	45	1.22
79298399--79298470	23	3.2	21	73	19	65	52	6	0	40	1.28
79299982--79300047	25	2.6	25	81	9	80	30	1	0	68	0.99
79299978--79300047	35	2.0	35	83	10	90	32	1	0	65	1.01
79303841--79303889	24	2.0	24	96	0	71	26	8	24	40	1.83
79316232--79316323	45	2.0	45	100	0	184	32	10	22	33	1.89
79319155--79319221	33	2.0	33	100	0	134	50	5	5	37	1.51
79323428--79323453	5	5.2	5	100	0	52	76	0	0	23	0.78
79324509--79324617	37	2.9	37	97	0	200	27	31	19	22	1.97
79324764--79325267	48	10.1	48	87	8	686	31	26	6	35	1.81
79324767--79325260	98	4.9	98	87	6	724	31	26	6	35	1.81
79324764--79325267	152	3.4	146	88	5	758	31	26	6	35	1.81
79325110--79325267	57	2.9	56	90	9	242	31	26	5	36	1.80
79325063--79325267	105	2.0	105	98	0	392	31	26	5	35	1.80
79332627--79332755	35	3.7	35	81	5	129	34	24	11	29	1.91
79340812--79340861	14	3.6	14	100	0	100	22	22	6	50	1.70
79342833--79342961	35	3.7	35	81	3	136	33	24	12	30	1.92
79344512--79344540	13	2.1	14	93	6	51	55	13	31	0	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79344659--79344713	28	2.0	28	96	0	101	32	7	12	47	1.69
79344659--79344721	28	2.2	28	88	5	92	30	7	14	47	1.72
79348187--79348212	13	2.0	13	100	0	52	38	7	23	30	1.83
79350513--79350538	13	2.0	13	100	0	52	84	0	0	15	0.62
79351566--79351615	19	2.6	19	81	9	57	36	6	2	56	1.36
79355590--79355621	9	3.7	9	95	4	57	21	21	12	43	1.86
79363912--79364036	43	2.9	43	79	2	142	33	23	24	19	1.97
79363910--79364027	44	2.7	43	80	2	137	33	24	22	18	1.97
79365786--79365818	17	1.9	17	88	11	50	27	6	6	60	1.44
79369050--79369086	2	18.5	2	88	0	56	51	0	0	48	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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