genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21899608--21900033	40	10.8	40	73	5	330	29	22	19	29	1.98
21899873--21900033	79	2.0	80	86	1	225	27	22	19	30	1.98
21900680--21900728	24	2.0	24	100	0	98	55	12	4	28	1.55
21902208--21905179	553	5.4	552	87	2	4003	26	22	10	41	1.85
21905173--21908399	554	5.8	553	86	3	4427	25	21	10	42	1.84
21909883--21910027	43	3.4	42	83	5	159	33	24	15	26	1.95
21911994--21912032	17	2.3	17	100	0	78	38	23	15	23	1.92
21911252--21913467	553	4.0	553	89	3	3210	26	20	10	42	1.84
21914788--21915011	104	2.2	104	92	1	369	30	32	19	17	1.95
21915340--21915403	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
21915347--21915403	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
21919264--21919314	25	2.1	23	82	13	59	39	1	17	41	1.61
21919942--21919981	20	1.9	21	85	10	55	47	0	25	27	1.52
21924187--21924228	18	2.3	19	87	4	59	28	23	2	45	1.66
21924521--21924553	17	1.9	17	88	11	50	30	3	0	66	1.06
21925530--21925565	10	3.6	10	92	7	56	22	8	0	69	1.15
21937713--21937758	23	2.0	23	100	0	92	21	8	13	56	1.63
21939172--21939210	21	1.9	21	89	5	62	61	7	30	0	1.24
21950670--21950699	15	1.9	16	93	6	53	13	10	0	76	1.01
21952940--21953090	57	2.6	57	77	5	153	30	23	19	27	1.98
21954974--21955011	18	2.1	18	100	0	76	52	5	10	31	1.58
21963135--21963159	11	2.3	11	100	0	50	24	0	0	76	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21965429--21965550	57	2.1	58	90	4	194	25	20	5	48	1.71
21979947--21979980	18	1.9	17	88	5	50	47	2	0	50	1.16
21982595--21982648	27	2.0	28	85	10	76	22	5	5	66	1.34
21986402--21986431	13	2.3	13	94	0	51	50	0	0	50	1.00
21989932--21990036	27	3.9	27	85	9	133	18	24	21	35	1.96
21989932--21990043	54	2.1	54	86	3	154	16	24	22	36	1.94
21992092--21992250	26	6.2	26	85	1	230	32	6	24	35	1.82
21992092--21992250	52	3.1	52	90	1	257	32	6	24	35	1.82
21993734--21993786	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
22000238--22000343	25	4.2	26	91	4	180	32	6	24	36	1.81
22000238--22000343	51	2.1	51	94	3	187	32	6	24	36	1.81
22005340--22005418	3	25.7	3	73	19	65	26	7	2	63	1.34
22005340--22005418	35	2.3	34	87	8	108	26	7	2	63	1.34
22005340--22005440	35	2.8	36	84	10	102	25	8	2	62	1.39
22010146--22010466	48	6.7	48	76	1	284	23	28	20	28	1.99
22010145--22010478	96	3.5	96	82	0	382	23	28	20	28	1.99
22010146--22010415	144	1.9	144	80	0	324	21	27	21	29	1.99
22011465--22011549	28	3.0	28	100	0	170	32	21	10	35	1.88
22017975--22018254	48	5.9	48	80	2	269	22	30	20	27	1.98
22017975--22018256	144	2.0	143	83	3	361	22	29	20	27	1.98
22020052--22020092	21	2.0	21	90	0	64	12	24	43	19	1.85
22022337--22022568	51	4.6	50	80	5	184	27	15	25	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22035956--22036074	39	3.1	39	91	0	202	15	23	28	32	1.95
22046541--22046690	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
22046565--22046748	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
22053779--22053984	105	2.0	105	94	1	360	36	26	20	16	1.94
22059661--22059694	17	1.9	18	88	5	52	47	14	11	26	1.79
22061037--22061232	105	1.9	105	94	0	347	36	25	18	19	1.95
22063564--22063619	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
22063553--22063619	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
22063669--22063786	23	5.0	24	84	7	143	28	18	21	31	1.97
22066612--22066640	14	2.1	14	100	0	58	41	6	13	37	1.72
22074835--22075009	46	3.8	46	75	14	189	29	28	20	21	1.98
22074843--22075012	92	1.8	93	91	1	279	28	28	20	21	1.98
22077160--22077196	18	2.1	18	100	0	74	37	16	0	45	1.47
22081572--22081643	26	2.7	26	79	8	74	66	8	5	19	1.38
22083308--22083369	15	3.9	15	75	22	54	66	6	1	25	1.25
22083334--22083375	19	2.1	21	87	12	63	69	2	2	26	1.13
22089021--22089108	42	2.1	42	97	0	167	37	14	5	42	1.70
22091389--22091702	46	6.6	47	73	11	166	26	18	30	24	1.98
22091524--22091699	96	1.8	96	85	8	248	25	17	30	26	1.97
22096264--22096306	2	21.5	2	100	0	86	0	51	0	48	1.00
22096306--22096333	2	14.0	2	100	0	56	50	50	0	0	1.00
22096612--22096654	20	2.2	20	91	0	68	55	6	20	16	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22098862--22098943	31	2.7	31	78	14	82	52	3	0	43	1.18
22099230--22099270	21	2.0	21	90	0	64	41	7	0	51	1.30
22099686--22099902	92	2.4	90	79	3	220	38	18	6	35	1.78
22099937--22099974	20	1.9	20	84	10	51	34	18	15	31	1.92
22100047--22100106	18	3.2	18	85	4	75	68	0	1	30	0.99
22100042--22100107	10	6.8	10	76	13	57	66	0	1	31	1.01
22100366--22100465	9	11.1	8	79	13	58	29	3	2	66	1.18
22100353--22100415	9	6.9	9	79	12	58	33	3	1	61	1.21
22100364--22100421	20	3.0	20	85	7	66	32	3	1	62	1.22
22100389--22100452	19	3.3	19	80	2	74	32	0	3	64	1.10
22101473--22101644	31	5.6	30	72	13	145	51	5	1	41	1.33
22101470--22101665	61	3.2	61	86	4	288	50	6	1	42	1.35
22108815--22108881	31	2.2	31	97	0	125	58	4	0	37	1.19
22108807--22108884	31	2.4	34	83	14	119	60	3	0	35	1.15
22109194--22109233	20	2.0	20	85	9	55	72	12	0	15	1.12
22125470--22125538	23	3.0	23	100	0	138	26	17	17	39	1.91
22126528--22126612	29	2.9	29	89	0	116	31	35	16	16	1.91
22132108--22132264	23	6.8	23	79	7	117	25	22	19	33	1.97
22132139--22132267	46	2.8	46	79	9	147	24	21	18	34	1.96
22132206--22132267	24	2.7	24	95	5	110	25	19	17	37	1.94
22139394--22139492	23	4.4	22	77	12	78	27	23	18	31	1.97
22139394--22139545	46	3.2	46	76	10	139	27	21	19	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22139416--22139530	24	4.9	23	76	13	94	28	20	15	34	1.94
22144586--22144655	21	3.3	21	94	4	115	17	25	40	17	1.90
22145500--22145532	16	2.1	16	100	0	66	33	12	6	48	1.65
22148320--22148359	2	20.0	2	100	0	80	50	0	50	0	1.00
22157871--22158061	91	2.1	91	84	2	242	34	21	15	28	1.94
22165839--22165947	57	1.9	57	86	0	155	23	11	34	30	1.90
22168145--22168192	21	2.4	19	83	13	53	70	0	4	25	1.04
22181281--22181328	22	2.3	21	86	13	64	33	20	10	35	1.87
22184431--22184486	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
22184420--22184486	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
22184536--22184640	25	4.2	25	84	13	128	30	19	22	27	1.98
22184535--22184610	23	3.2	23	92	7	134	28	19	21	30	1.97
22184535--22184631	48	2.0	48	88	7	144	27	20	22	28	1.99
22184825--22184888	31	2.1	31	90	0	101	39	15	21	23	1.92
22191373--22191428	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
22191362--22191428	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
22191479--22191576	23	4.1	23	88	5	142	29	19	20	30	1.97
22191477--22191597	24	5.0	24	84	7	156	28	19	21	29	1.98
22191791--22191854	31	2.1	31	88	5	94	40	15	21	21	1.91
22195857--22195983	42	3.0	43	78	6	141	33	26	16	22	1.95
22204011--22204041	13	2.4	13	94	0	53	48	0	0	51	1.00
22203995--22204048	24	2.3	24	84	6	67	46	0	1	51	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22204022--22204098	3	25.7	3	75	10	68	36	2	2	58	1.26
22205859--22205889	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
22205856--22205895	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
22206081--22206335	55	4.8	54	77	7	229	22	25	16	35	1.94
22206126--22206328	108	1.9	110	86	4	295	24	25	17	33	1.96
22208392--22208421	13	2.2	14	94	5	53	23	3	36	36	1.71
22208462--22208545	28	3.0	28	87	1	114	19	5	30	44	1.74
22212706--22212930	40	5.7	40	87	5	278	25	27	22	24	2.00
22212706--22212930	119	1.9	120	84	6	305	25	27	22	24	2.00
22214059--22214234	56	3.1	56	97	0	334	22	23	9	44	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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