genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.267.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89263758--89264013	38	6.6	39	82	11	264	25	28	21	24	1.99
89263758--89263961	38	5.3	38	88	9	267	25	29	21	24	1.99
89263758--89264013	77	3.3	76	82	12	276	25	28	21	24	1.99
89266188--89266226	18	2.2	18	100	0	78	28	28	33	10	1.90
89268971--89269238	40	6.7	40	87	3	335	25	27	22	24	2.00
89268971--89269195	79	2.8	80	89	1	335	25	27	23	24	2.00
89268964--89269232	119	2.2	120	86	0	360	25	27	22	24	2.00
89272551--89272723	40	4.3	39	88	2	238	34	16	2	46	1.60
89272552--89272722	13	12.8	13	69	18	104	34	16	2	46	1.60
89272585--89272723	27	5.1	27	69	17	85	35	14	2	47	1.56
89291327--89291598	47	5.7	47	92	2	420	32	9	30	27	1.88
89291717--89291905	37	5.1	37	95	1	326	21	18	33	26	1.96
89291717--89291905	73	2.6	73	94	1	324	21	18	33	26	1.96
89305993--89306034	17	2.5	17	96	0	75	38	26	4	30	1.77
89310337--89310550	40	5.4	40	88	3	274	23	21	27	28	1.99
89312214--89312356	25	5.7	25	72	14	98	30	13	22	34	1.92
89312211--89312418	50	4.1	50	78	4	195	30	13	23	31	1.94
89312362--89312420	26	2.3	26	87	0	82	30	18	23	27	1.98
89315198--89315397	38	5.3	38	88	0	283	30	24	22	22	1.99
89325455--89325539	27	3.1	27	91	0	125	34	15	22	28	1.94
89332918--89333011	27	3.5	27	91	0	143	34	20	22	23	1.97
89343465--89343559	40	2.4	40	98	0	181	29	30	20	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89351921--89352015	40	2.4	40	94	0	163	31	30	17	20	1.96
89354876--89354993	43	2.8	41	81	7	137	28	24	16	30	1.96
89356526--89356581	29	2.0	28	85	3	76	19	25	23	32	1.98
89363390--89363452	25	2.4	26	77	17	67	61	1	3	33	1.21
89364001--89364034	17	1.9	18	88	5	52	38	5	5	50	1.51
89364318--89364375	30	2.0	30	86	3	82	44	12	8	34	1.72
89382220--89382315	29	3.3	29	88	1	140	25	15	30	29	1.96
89384186--89384357	40	4.3	40	87	2	213	26	27	20	25	1.99
89384186--89384410	80	2.8	78	79	8	229	26	27	20	25	1.99
89384342--89384419	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
89403811--89403980	39	4.3	40	87	5	222	25	28	21	24	1.99
89403813--89404033	39	5.6	39	82	7	216	25	27	21	25	1.99
89403811--89403980	79	2.2	78	84	5	218	25	28	21	24	1.99
89403965--89404042	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
89407925--89408009	29	3.0	29	85	1	118	28	16	29	25	1.97
89408856--89408892	18	2.1	18	94	0	65	18	0	16	64	1.29
89412933--89413111	67	2.8	63	73	15	161	22	30	17	28	1.97
89413517--89413552	19	1.9	19	88	5	56	47	11	0	41	1.39
89419150--89419183	17	2.0	17	94	0	59	8	47	20	23	1.78
89420475--89420650	46	3.8	46	79	12	207	20	20	29	29	1.98
89420472--89420643	93	1.8	93	94	0	308	20	20	29	28	1.98
89426510--89426542	15	2.1	17	88	11	52	6	15	6	72	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89427025--89427162	74	1.9	74	86	3	197	43	2	4	49	1.37
89428579--89428620	21	2.0	21	90	9	68	66	11	11	9	1.44
89431757--89432008	27	9.3	27	86	2	335	39	19	14	26	1.90
89437770--89437800	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
89437767--89437806	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
89437992--89438242	55	4.7	53	80	10	255	22	24	17	35	1.95
89439688--89439717	16	1.9	15	93	6	51	33	0	20	46	1.51
89441113--89441183	22	3.2	23	75	11	76	22	21	18	38	1.94
89441052--89441191	23	5.9	23	69	13	79	23	22	18	35	1.96
89445055--89445157	43	2.4	43	81	0	125	28	26	19	26	1.99
89451983--89452109	43	3.0	43	87	2	168	22	31	21	25	1.98
89453921--89453951	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
89453918--89453957	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
89454143--89454397	55	4.8	54	79	7	229	21	24	17	36	1.94
89454190--89454387	108	1.8	110	86	4	294	23	24	17	34	1.95
89455839--89455864	12	2.2	12	100	0	52	42	15	19	23	1.89
89461508--89461538	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
89461505--89461544	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
89461730--89461984	55	4.8	54	80	7	247	21	25	16	36	1.94
89461777--89461974	108	1.8	110	87	4	303	23	25	16	34	1.95
89471988--89472049	27	2.3	27	91	0	97	35	8	33	22	1.84
89492388--89492420	18	1.9	17	88	11	50	30	15	12	42	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89506350--89506468	28	4.2	29	91	1	170	27	14	30	27	1.95
89506350--89506468	57	2.1	57	87	3	168	27	14	30	27	1.95
89513577--89513801	40	5.6	40	84	3	290	27	28	21	23	1.99
89513577--89513801	83	2.8	80	84	4	283	27	28	21	23	1.99
89513575--89513798	123	1.8	119	88	3	340	27	28	21	22	1.99
89521895--89521973	28	2.9	27	75	12	81	36	24	25	13	1.92
89525735--89525769	16	2.1	17	89	5	54	28	14	11	45	1.79
89525926--89526094	43	4.0	42	80	7	191	31	28	16	22	1.96
89532229--89532303	27	2.7	27	89	2	96	42	25	5	26	1.76
89532241--89532303	27	2.3	27	97	0	117	39	26	6	26	1.80
89532405--89532520	27	4.3	26	81	4	124	18	21	21	38	1.93
89532405--89532520	54	2.1	54	82	6	137	18	21	21	38	1.93
89540067--89540130	27	2.3	27	86	2	83	45	23	7	23	1.79
89540081--89540141	27	2.3	27	91	0	95	39	27	8	24	1.84
89540244--89540338	28	3.5	28	88	4	140	17	24	22	35	1.95
89540242--89540357	27	4.3	27	85	5	146	19	23	20	36	1.95
89550484--89550654	43	4.0	42	80	8	177	31	26	16	25	1.97
89551812--89551836	13	1.9	13	100	0	50	44	0	0	56	0.99
89552348--89552420	34	2.3	31	86	9	94	42	15	6	35	1.73
89565502--89565625	43	2.9	42	83	4	149	33	26	15	24	1.95
89565698--89565741	21	2.0	22	83	12	56	29	22	11	36	1.89
89570722--89570893	46	3.7	46	76	10	161	23	19	27	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89573121--89573196	9	8.3	9	69	7	55	69	1	1	27	1.04
89579982--89580017	19	1.9	18	88	5	54	25	11	2	61	1.43
89584737--89584871	41	3.3	41	75	8	130	39	23	17	20	1.92
89588757--89588795	10	3.6	12	77	22	50	79	0	5	15	0.90
89595964--89596034	36	2.0	36	94	0	124	26	25	30	16	1.97
89596036--89596166	20	6.6	20	81	0	145	15	19	25	38	1.91
89596032--89596166	60	2.2	60	86	0	189	15	20	25	38	1.92
89600039--89600209	20	8.6	20	81	2	191	14	18	27	39	1.89
89600039--89600209	40	4.3	40	84	3	218	14	18	27	39	1.89
89600040--89600209	60	2.8	60	85	0	223	14	18	27	39	1.90
89604135--89604284	20	7.6	20	80	0	158	14	20	26	39	1.90
89608171--89608324	20	7.7	20	85	0	173	13	18	29	38	1.89
89608174--89608324	60	2.5	60	85	0	203	13	18	29	38	1.89
89610773--89610803	13	2.4	13	100	0	62	58	12	0	29	1.35
89613300--89613378	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
89613497--89614029	47	11.5	47	91	4	812	29	30	8	32	1.87
89613768--89614029	96	2.8	94	95	2	479	29	29	8	32	1.87
89613768--89614029	143	1.8	141	96	1	488	29	29	8	32	1.87
89613539--89614000	229	2.0	227	95	0	825	29	30	8	32	1.87
89613497--89614029	276	1.9	274	92	0	886	29	30	8	32	1.87
89616696--89616799	40	2.6	40	77	10	104	23	27	23	25	2.00
89617105--89617182	28	2.7	29	88	4	113	28	32	15	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89617164--89617266	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
89619110--89619188	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
89619306--89619797	47	10.5	47	95	0	822	28	29	8	32	1.87
89623828--89624001	41	4.2	41	79	4	170	36	27	20	15	1.93
89626516--89626557	12	3.5	12	86	0	57	59	14	9	16	1.60
89626523--89626582	6	9.8	6	75	10	50	53	15	13	18	1.73
89626700--89626765	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
89626700--89626773	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
89626724--89626781	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
89626938--89626996	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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