genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.341.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112687570--112687978	100	4.1	100	95	1	601	34	21	18	26	1.96
112689624--112689649	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
112690119--112690163	24	1.9	23	90	4	72	37	2	0	60	1.09
112690149--112690202	22	2.4	23	75	3	56	33	9	5	51	1.57
112703383--112703418	10	3.5	10	85	7	54	80	0	0	19	0.71
112703383--112703418	11	3.4	11	88	3	56	80	0	0	19	0.71
112703383--112703439	21	2.8	21	83	2	71	75	0	3	21	0.95
112709459--112709492	3	11.3	3	100	0	68	67	0	32	0	0.91
112710021--112710060	20	1.9	22	90	10	66	42	5	2	50	1.37
112711048--112711098	3	17.3	3	77	4	50	64	0	3	31	1.11
112711178--112711466	3	96.7	3	65	16	57	61	1	8	28	1.35
112711179--112711354	17	10.9	15	67	25	69	63	1	7	27	1.32
112711424--112711466	21	2.0	21	91	8	70	60	0	6	32	1.23
112714803--112714843	20	2.0	20	85	0	55	58	9	7	24	1.55
112715220--112715268	20	2.7	18	84	12	64	32	2	2	63	1.17
112716047--112716182	69	2.0	69	88	0	200	37	10	9	42	1.72
112719053--112719108	19	2.9	20	71	7	53	14	3	14	67	1.35
112720163--112720194	12	2.8	12	90	9	50	18	0	0	81	0.70
112721333--112721409	14	5.0	15	71	20	52	42	14	9	33	1.77
112721349--112721388	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
112721337--112721403	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
112725128--112725161	3	11.3	3	87	0	50	29	2	35	32	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112725643--112725692	19	2.6	19	87	3	64	54	12	0	34	1.38
112735285--112735314	12	2.4	13	94	5	53	70	0	6	23	1.11
112736824--112736880	29	1.9	30	85	3	80	43	14	3	38	1.62
112747221--112747260	17	2.3	18	86	4	55	65	0	0	35	0.93
112750042--112750116	31	2.5	30	82	10	82	29	6	17	46	1.73
112750105--112750164	31	1.9	32	86	3	86	35	15	8	41	1.77
112750609--112750647	19	2.0	20	85	9	55	53	2	5	38	1.37
112761385--112761433	24	2.0	24	100	0	98	24	20	4	51	1.65
112762042--112762114	31	2.4	31	83	4	85	41	19	13	26	1.88
112762060--112762120	31	1.9	32	90	3	97	39	19	16	24	1.92
112766619--112766663	18	2.7	16	82	6	54	64	2	2	31	1.18
112767706--112767767	24	2.6	23	75	14	63	48	0	0	51	1.00
112767752--112767788	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
112767747--112767871	13	8.4	15	68	23	61	50	3	0	45	1.23
112769063--112769111	25	2.0	25	91	0	80	22	16	14	46	1.82
112770611--112770653	22	1.9	23	85	4	61	51	20	13	13	1.76
112773076--112773106	16	1.9	16	93	0	53	41	0	0	58	0.98
112774909--112775653	154	4.8	157	76	6	676	37	17	15	29	1.91
112774902--112775642	313	2.4	306	84	3	937	37	17	16	29	1.91
112780641--112780671	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
112784700--112784758	31	2.0	30	86	6	84	40	11	11	35	1.79
112786768--112786817	3	16.7	3	82	0	55	0	10	34	56	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112788536--112788590	16	3.2	18	75	15	62	40	7	3	49	1.48
112792447--112792614	47	3.5	47	84	6	194	31	30	16	21	1.95
112801393--112801455	31	2.0	31	100	0	126	28	12	23	34	1.92
112803160--112803255	49	2.0	49	95	0	174	53	9	5	32	1.55
112803632--112803762	66	2.0	66	90	3	210	34	11	10	43	1.75
112816057--112816097	22	1.9	21	90	5	64	14	21	0	63	1.30
112817478--112817527	26	1.9	26	83	0	64	40	22	2	36	1.65
112817458--112817527	13	5.3	13	68	1	50	37	24	2	35	1.70
112818155--112818205	23	2.2	24	82	10	61	35	25	27	11	1.91
112820274--112820322	21	2.5	18	73	20	53	48	4	0	46	1.20
112821941--112821987	21	2.1	22	84	7	60	48	0	4	46	1.21
112834400--112834451	21	2.5	21	90	3	79	55	21	1	21	1.53
112836352--112836533	46	4.0	46	91	1	267	21	23	14	40	1.90
112838666--112838708	11	3.7	11	82	11	50	60	2	0	37	1.10
112838671--112838749	30	2.6	30	75	13	72	54	5	0	40	1.22
112841146--112841193	25	1.9	25	82	0	60	31	18	0	50	1.48
112841349--112841530	46	4.0	46	91	1	267	21	23	14	40	1.90
112843653--112843695	11	3.7	11	82	11	50	60	2	0	37	1.10
112843658--112843736	30	2.6	30	75	13	72	54	5	0	40	1.22
112845067--112845174	53	2.0	53	96	0	198	34	22	6	37	1.80
112852616--112852648	16	2.1	16	88	5	50	48	0	0	51	1.00
112857733--112857800	34	2.0	34	88	0	100	44	8	22	25	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112859844--112859888	22	2.0	22	86	4	63	37	17	6	37	1.76
112859867--112859937	19	3.8	19	96	3	135	36	15	11	36	1.83
112860334--112860395	29	2.1	30	87	3	90	16	32	11	40	1.83
112860493--112860863	78	4.8	78	93	2	595	25	25	18	30	1.98
112869418--112869496	35	2.2	37	86	13	121	35	16	10	37	1.82
112869439--112869494	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
112869425--112869496	19	3.9	19	89	10	123	36	15	11	37	1.83
112870150--112870187	12	3.0	12	85	14	58	47	7	13	31	1.71
112874265--112874308	23	1.9	23	86	9	63	68	0	4	27	1.09
112874493--112874530	11	3.7	10	86	13	51	55	7	0	36	1.29
112874493--112874530	20	1.9	20	88	0	58	55	7	0	36	1.29
112874918--112874958	18	2.3	18	87	4	57	53	0	7	39	1.29
112876697--112876860	89	1.9	87	85	2	229	35	21	16	26	1.95
112876799--112876969	88	1.9	87	83	6	220	32	18	16	32	1.93
112876626--112877222	252	2.4	251	80	8	688	36	18	16	28	1.93
112876952--112877222	89	3.0	89	83	8	377	39	16	15	28	1.90
112877213--112877264	14	3.7	14	89	0	86	59	3	21	15	1.52
112877204--112877264	28	2.2	28	90	0	95	60	3	19	16	1.49
112877230--112877434	89	2.3	88	90	2	342	38	16	19	26	1.92
112877041--112877427	204	1.9	206	91	2	645	38	17	18	26	1.92
112890001--112890044	23	1.9	23	86	9	63	68	0	4	27	1.09
112890241--112890266	11	2.4	11	100	0	52	53	7	0	38	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112890332--112890379	19	2.5	19	83	10	53	56	6	2	35	1.36
112890397--112890481	22	3.7	22	71	21	68	60	7	2	30	1.36
112890397--112890481	24	3.7	22	72	18	66	60	7	2	30	1.36
112898057--112898138	26	3.2	26	89	0	128	31	6	24	37	1.80
112900696--112900828	67	2.0	67	95	0	239	27	18	20	34	1.95
112907392--112907461	32	2.2	32	97	0	131	30	10	14	45	1.77
112908777--112909062	3	95.3	3	68	14	108	25	6	4	63	1.38
112908970--112909062	23	4.2	23	80	5	95	30	6	2	61	1.33
112911872--112911973	48	2.1	48	96	0	186	45	15	25	13	1.83
112914004--112914104	47	2.1	48	96	1	186	44	16	24	13	1.85
112916135--112916236	48	2.1	48	92	0	177	45	15	24	14	1.84
112918264--112918364	48	2.1	48	96	1	186	45	16	23	13	1.84
112920404--112920481	24	3.2	24	62	13	61	42	19	24	14	1.88
112920393--112920494	48	2.1	48	98	0	195	46	16	23	13	1.83
112922526--112922627	48	2.1	48	96	0	186	45	16	24	13	1.84
112925956--112926070	44	2.6	45	79	9	146	30	18	25	26	1.98
112925951--112926456	187	2.8	178	82	7	640	30	17	24	27	1.97
112926187--112926307	45	2.7	46	75	13	119	33	14	23	28	1.95
112926498--112926661	44	3.7	44	83	4	197	31	18	23	26	1.97
112926453--112926680	44	5.2	44	75	9	182	29	20	21	28	1.98
112926425--112926680	88	2.9	88	72	10	236	31	19	22	26	1.98
112926674--112927711	88	11.8	87	86	2	1206	28	24	19	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112926674--112927711	176	5.9	176	86	1	1355	28	24	19	27	1.98
112926674--112927711	264	3.9	264	86	1	1378	28	24	19	27	1.98
112928005--112928157	45	3.4	43	76	9	146	30	15	25	28	1.96
112927949--112928159	89	2.4	89	82	4	248	29	17	23	29	1.97
112927727--112928158	44	9.7	44	70	13	188	29	18	22	29	1.97
112928040--112928205	85	1.9	87	82	4	210	31	16	23	28	1.96
112929769--112929901	3	44.7	3	70	12	60	23	6	6	63	1.41
112931756--112931926	93	1.8	93	89	2	272	29	29	19	21	1.98
112931748--112931917	46	3.7	47	75	13	181	31	29	18	20	1.97
112932479--112932515	20	1.9	18	89	10	56	35	21	0	43	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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