genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   

This is table  61  of  349  ( 41854 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17689076--17689198	52	2.4	52	91	2	203	34	15	26	24	1.95
17689076--17689198	24	4.7	27	78	15	141	34	15	26	24	1.95
17689222--17689370	51	2.9	51	87	2	228	31	13	25	29	1.94
17692461--17692510	17	2.9	17	87	3	73	18	42	28	12	1.85
17702359--17702399	12	3.3	12	86	3	55	43	17	12	26	1.84
17704567--17704600	15	2.2	16	89	5	52	67	0	0	32	0.91
17707304--17707365	31	2.0	31	87	0	88	45	6	11	37	1.66
17709655--17709764	47	2.4	45	83	6	123	30	20	21	26	1.98
17709880--17709959	34	2.4	34	86	0	106	40	10	10	40	1.72
17710779--17710822	23	2.0	22	81	4	52	70	2	6	20	1.21
17712182--17712250	30	2.3	30	82	0	84	20	36	17	26	1.94
17713169--17713272	41	2.6	41	83	4	122	32	23	15	28	1.95
17714082--17714120	20	2.0	19	85	5	51	0	25	0	74	0.82
17720435--17720573	40	3.5	40	75	8	106	28	23	18	29	1.98
17725552--17725775	20	10.6	21	65	18	99	34	3	3	58	1.33
17725552--17725651	32	3.1	31	75	23	91	33	3	1	63	1.17
17725532--17725596	22	3.2	20	79	12	69	27	4	4	63	1.34
17725582--17725708	55	2.3	58	81	16	141	33	2	3	59	1.28
17725565--17725724	81	2.0	81	80	9	184	33	3	3	60	1.28
17725804--17725863	23	2.7	22	84	7	77	31	6	0	61	1.22
17725835--17725861	14	1.9	14	100	0	54	37	3	0	59	1.15
17725842--17725893	17	3.1	17	77	22	65	32	3	1	61	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17725827--17725893	34	2.0	33	88	2	98	34	2	1	61	1.20
17725828--17725879	14	3.7	13	75	25	52	34	1	1	61	1.18
17731038--17731650	306	2.0	306	94	0	1075	31	28	15	24	1.95
17733951--17733989	19	2.0	20	90	5	62	20	0	7	71	1.10
17733969--17734015	25	2.0	25	87	8	71	31	0	6	61	1.21
17736457--17736505	21	2.3	21	92	0	80	22	20	44	12	1.84
17741849--17741917	25	2.8	25	79	0	75	15	34	17	31	1.92
17744656--17744701	23	2.1	23	84	8	60	52	4	10	32	1.56
17757245--17757299	27	2.0	27	100	0	110	29	0	25	45	1.54
17764006--17764100	42	2.3	42	83	0	118	21	35	16	26	1.94
17764813--17764893	34	2.4	34	75	17	80	71	1	20	6	1.14
17768171--17768200	16	1.9	16	93	6	53	23	40	0	36	1.55
17769188--17769216	15	1.9	15	100	0	58	48	6	6	37	1.57
17771716--17771871	74	2.1	74	98	0	303	45	12	14	27	1.81
17775838--17775865	6	4.7	6	100	0	56	14	35	50	0	1.43
17790326--17790351	11	2.4	11	100	0	52	7	0	0	92	0.39
17793424--17793499	37	2.1	37	100	0	152	38	15	21	25	1.92
17799968--17800044	31	2.5	31	83	4	95	41	15	9	33	1.79
17800041--17800080	21	1.9	21	85	10	55	32	5	7	55	1.50
17803247--17803335	44	2.0	45	97	2	171	43	15	2	38	1.59
17806108--17806147	11	3.6	11	79	0	53	27	10	2	60	1.42
17806203--17806243	18	2.2	20	86	8	59	24	0	9	65	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17806244--17806276	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
17834213--17834298	30	2.8	32	80	10	97	48	12	5	32	1.65
17834965--17834998	11	3.1	11	82	0	50	61	2	11	23	1.43
17857419--17857496	39	2.0	39	97	0	147	37	12	19	30	1.89
17859769--17859853	4	20.8	4	75	4	71	67	3	24	4	1.26
17866849--17866882	14	2.4	14	90	9	52	44	0	0	55	0.99
17867741--17867851	47	2.4	47	84	6	154	25	16	23	35	1.95
17870291--17870345	13	4.2	13	86	11	69	54	0	5	40	1.23
17876213--17876240	12	2.3	12	100	0	56	28	14	32	25	1.94
17880158--17880213	18	3.4	18	65	27	52	26	48	5	19	1.70
17880148--17880246	30	3.3	30	92	0	171	27	50	5	17	1.66
17880188--17880241	18	3.3	18	66	28	57	22	48	7	22	1.75
17883573--17883675	51	2.0	51	86	3	145	33	7	28	30	1.85
17889182--17889254	27	2.7	27	72	4	67	28	17	31	21	1.97
17895547--17895588	20	2.1	20	86	8	59	26	0	2	71	0.98
17897183--17897217	14	2.5	14	100	0	70	45	0	8	45	1.34
17897833--17897984	52	3.1	51	67	27	137	59	3	9	28	1.44
17897820--17898011	96	2.0	97	91	4	316	58	2	9	29	1.43
17900238--17900309	36	2.0	36	97	0	135	47	4	8	40	1.53
17905775--17905815	11	3.7	11	80	0	55	19	14	9	56	1.66
17905858--17905916	30	2.0	30	89	0	91	27	6	11	54	1.62
17906573--17906648	26	2.9	26	80	7	82	1	14	6	77	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17917297--17917512	50	4.3	50	80	4	229	28	13	18	38	1.89
17917297--17917512	100	2.2	100	86	4	301	28	13	18	38	1.89
17924494--17924615	41	3.0	40	76	7	122	18	22	27	31	1.97
17925900--17926099	71	2.8	71	83	1	204	34	24	14	27	1.94
17928488--17928539	16	3.3	15	81	10	59	69	0	0	30	0.89
17928498--17928540	22	1.9	23	90	4	70	72	0	0	27	0.85
17935555--17935592	20	1.9	20	88	0	58	57	2	2	36	1.26
17935867--17935898	16	1.9	17	93	6	57	56	0	0	43	0.99
17935994--17936027	15	2.2	16	94	5	61	61	0	0	38	0.96
17936417--17936459	21	2.0	21	100	0	86	27	13	25	32	1.94
17939151--17939318	46	3.6	45	79	7	167	22	28	20	27	1.99
17939056--17939321	47	5.7	47	75	12	158	23	28	19	27	1.99
17939056--17939317	140	1.9	141	84	5	352	23	28	19	27	1.99
17948928--17948993	29	2.3	29	84	10	82	54	0	3	42	1.15
17951090--17951128	20	2.0	20	100	0	78	12	25	10	51	1.71
17955037--17955094	11	5.5	10	76	15	55	31	25	0	43	1.55
17955036--17955094	22	2.8	21	82	15	68	30	25	0	44	1.55
17956239--17956265	7	3.9	7	100	0	54	25	0	14	59	1.36
17956882--17956924	18	2.4	18	92	0	68	16	27	11	44	1.82
17957189--17957234	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
17957196--17957240	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
17960291--17960557	116	2.3	116	95	0	471	40	4	8	47	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17960340--17960521	54	3.2	54	71	17	170	42	3	7	46	1.49
17963563--17964234	126	5.3	125	92	1	1031	27	21	18	33	1.96
17964344--17964517	96	1.8	96	86	2	251	40	14	1	42	1.56
17964514--17964555	16	2.6	17	85	11	61	54	26	0	19	1.44
17967560--17967787	46	5.0	47	90	4	322	21	23	14	39	1.91
17971883--17972183	128	2.4	127	86	2	399	28	13	17	39	1.89
17971883--17972225	128	2.7	127	81	5	327	29	14	16	38	1.89
17983264--17983424	45	3.6	45	87	0	178	31	16	19	32	1.95
17983366--17984080	177	4.0	176	84	4	873	29	20	22	27	1.98
17984945--17984981	8	4.6	8	90	9	58	24	0	0	75	0.80
17989001--17989319	128	2.5	127	84	6	421	29	15	18	36	1.92
17994893--17994929	8	4.6	8	90	9	58	24	0	0	75	0.80
17998948--17999266	128	2.5	127	84	6	421	29	15	18	36	1.92
18002322--18002365	23	1.9	23	100	0	88	40	13	11	34	1.81
18008967--18009428	231	2.0	231	100	0	924	39	19	13	27	1.89
18026692--18026732	19	2.2	19	86	0	55	36	14	26	21	1.93
18030635--18030681	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
18030942--18031253	46	7.0	46	86	5	406	21	24	15	38	1.92
18031075--18031242	84	2.0	84	96	0	309	23	25	17	34	1.96
18030942--18031253	130	2.3	133	87	5	425	21	24	15	38	1.92
18033382--18033458	31	2.5	32	77	10	88	54	3	1	40	1.27
18034078--18034261	46	4.0	46	89	0	233	40	13	22	22	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18034398--18034610	100	2.1	100	97	0	399	49	5	13	31	1.64
18035053--18035087	18	1.9	18	88	0	52	2	17	5	74	1.14
18035805--18035843	3	13.0	3	100	0	78	66	0	33	0	0.92
18036308--18036334	10	2.7	10	100	0	54	92	0	0	7	0.38
18060218--18060251	3	11.7	3	87	6	52	73	0	26	0	0.83
18060215--18060248	15	2.3	15	100	0	68	76	0	23	0	0.79
18064894--18064929	15	2.4	15	95	0	63	36	22	22	19	1.95
18069141--18069193	16	3.3	16	86	5	63	15	20	0	64	1.29
18070590--18070630	3	13.7	3	94	0	55	39	0	60	0	0.96
18072134--18072175	16	2.4	19	80	11	54	26	2	4	66	1.23

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349