genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.118.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37534936--37535047	48	2.3	48	80	6	111	32	17	26	23	1.97
37537566--37537599	16	2.2	15	89	5	50	44	0	0	55	0.99
37540625--37540660	15	2.5	15	86	4	56	86	0	13	0	0.58
37547827--37547854	12	2.3	12	100	0	56	46	17	0	35	1.49
37548570--37548646	40	1.9	40	86	5	111	37	32	14	15	1.88
37549100--37549133	17	2.0	17	100	0	68	11	41	29	17	1.85
37561585--37561665	28	2.9	28	83	1	99	25	16	34	23	1.95
37561964--37562044	27	3.0	27	85	3	110	38	19	11	30	1.87
37571544--37571703	27	5.9	27	90	0	230	40	20	8	31	1.82
37571541--37571729	54	3.5	54	86	1	245	39	21	8	30	1.84
37571547--37571730	81	2.3	81	84	1	235	39	21	9	29	1.84
37571601--37571745	27	5.4	27	84	1	80	40	20	11	28	1.87
37573530--37573572	13	3.1	13	75	18	50	39	11	0	48	1.40
37573530--37573584	8	7.2	8	78	17	64	41	10	0	47	1.39
37581286--37581341	24	2.4	25	80	14	66	39	19	23	17	1.92
37581217--37581340	23	5.4	23	72	15	87	36	20	23	19	1.95
37583798--37583829	15	2.0	17	88	11	50	43	31	0	25	1.55
37599228--37599326	40	2.3	43	85	11	134	26	14	29	30	1.95
37604718--37604880	75	2.2	75	93	0	281	26	19	28	25	1.98
37606414--37606470	27	2.2	25	79	14	69	24	28	3	43	1.70
37606422--37606476	27	2.0	27	96	0	101	25	27	3	43	1.71
37611643--37611688	20	2.3	21	81	7	60	36	0	0	63	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37612283--37612322	21	1.9	21	85	10	55	50	0	0	50	1.00
37612434--37612463	16	1.9	15	93	6	51	36	0	6	56	1.26
37612664--37612710	18	2.4	21	79	13	64	59	0	0	40	0.97
37612663--37612709	20	2.5	19	80	13	62	59	0	0	40	0.97
37613943--37614413	232	2.0	232	96	1	865	30	14	15	40	1.86
37615799--37615930	68	2.0	68	90	3	214	29	12	11	46	1.77
37616409--37616456	19	2.6	19	80	3	53	39	0	12	47	1.41
37620246--37620294	19	2.6	19	83	0	62	38	2	10	48	1.48
37632939--37633053	29	4.0	28	81	8	133	27	28	15	27	1.96
37632930--37633040	58	1.9	58	87	1	161	27	29	16	27	1.97
37649134--37649235	42	2.4	42	86	0	141	26	26	18	28	1.98
37650553--37650648	25	3.9	25	87	1	122	16	28	25	30	1.97
37657570--37657631	25	2.5	25	86	5	81	24	27	17	30	1.97
37657597--37657653	25	2.3	25	82	11	64	21	26	22	29	1.99
37658273--37658319	22	2.1	23	88	4	69	23	8	14	53	1.69
37659376--37659428	3	17.7	3	80	7	63	5	30	1	62	1.29
37659378--37659437	18	3.3	18	84	9	77	5	30	3	61	1.33
37659779--37659941	84	1.9	85	87	3	240	31	15	14	38	1.88
37668054--37668087	17	2.0	17	88	11	52	64	2	0	32	1.08
37668265--37668301	7	5.3	7	93	0	65	54	0	16	29	1.43
37668258--37668301	14	3.1	14	90	0	70	50	0	20	29	1.49
37670547--37670589	19	2.3	19	92	4	70	62	0	2	34	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37676137--37676167	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
37676134--37676173	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
37676359--37676613	55	4.8	53	81	8	220	21	24	16	36	1.94
37676406--37676606	108	1.8	110	88	6	311	22	24	17	34	1.96
37680966--37681139	53	3.3	53	83	7	180	35	17	25	21	1.95
37682862--37682903	21	2.0	21	86	4	59	26	7	19	47	1.74
37688248--37688314	9	7.4	9	75	12	66	35	1	1	61	1.15
37688273--37688304	17	1.9	16	93	6	55	34	3	0	62	1.11
37688208--37688334	19	6.8	18	70	16	73	33	1	3	61	1.24
37688238--37688347	10	11.4	10	72	16	63	32	1	2	62	1.20
37688209--37688346	9	14.6	9	70	15	57	32	1	3	62	1.21
37688296--37688353	12	5.3	11	79	12	66	31	1	1	65	1.13
37694802--37694835	14	2.4	14	90	0	50	41	5	29	23	1.78
37695205--37695280	9	8.4	9	78	5	64	39	22	9	28	1.85
37695205--37695280	18	4.2	18	84	0	80	39	22	9	28	1.85
37695205--37695280	27	2.8	27	72	7	73	39	22	9	28	1.85
37695301--37695341	12	3.2	12	83	12	55	17	0	7	75	1.02
37702019--37702239	46	4.7	46	81	8	241	23	29	19	27	1.98
37702019--37702239	94	2.4	92	84	6	275	23	29	19	27	1.98
37705502--37705527	12	2.2	12	100	0	52	23	26	34	15	1.94
37706617--37706657	21	2.0	21	85	0	55	21	12	19	46	1.82
37708420--37708447	8	3.5	8	100	0	56	28	10	14	46	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37709619--37709748	66	1.9	67	84	10	174	33	16	30	20	1.94
37714135--37714298	42	3.9	43	82	9	203	30	26	16	26	1.97
37714135--37714291	85	1.9	84	86	4	226	29	26	17	27	1.97
37716801--37716840	21	1.9	21	89	0	62	25	22	37	15	1.93
37718029--37718241	46	4.6	47	81	7	199	22	30	19	27	1.98
37725629--37725853	47	4.8	48	76	8	203	23	30	17	28	1.97
37725631--37725897	47	5.7	47	76	9	183	23	29	17	28	1.97
37725731--37725897	46	3.6	45	83	9	169	24	29	17	27	1.98
37725631--37725897	140	1.9	141	82	3	342	23	29	17	28	1.97
37727429--37727542	44	2.7	42	80	11	126	28	24	21	25	1.99
37729818--37729909	29	3.2	29	87	4	134	42	16	11	29	1.84
37744507--37744532	13	2.0	13	100	0	52	30	23	7	38	1.83
37746990--37747390	201	2.0	201	100	0	802	29	24	15	30	1.96
37754210--37754241	16	2.0	16	100	0	64	50	18	6	25	1.70
37755740--37755846	27	4.0	26	77	9	90	29	17	24	28	1.97
37755769--37755858	26	3.4	26	80	4	99	27	18	23	30	1.98
37755768--37755914	27	5.5	26	74	11	84	29	16	24	29	1.96
37755880--37755938	27	2.2	27	84	0	73	28	15	27	28	1.96
37755743--37755938	108	1.8	108	85	2	277	29	15	24	30	1.96
37755743--37755961	108	2.0	108	82	1	260	30	15	24	30	1.96
37760745--37760797	22	2.4	22	90	6	81	43	35	15	5	1.70
37760779--37761132	187	1.9	187	86	1	512	36	31	19	12	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37760767--37761186	38	11.1	38	81	1	450	35	31	19	13	1.91
37763448--37763612	43	3.9	42	80	4	159	23	14	26	35	1.93
37767932--37768081	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
37767956--37768138	67	2.8	64	76	9	185	30	17	29	22	1.97
37770373--37770527	43	3.6	43	76	11	140	30	25	19	24	1.98
37784618--37784768	43	3.5	42	81	8	137	29	24	20	25	1.99
37788632--37788667	17	2.1	18	89	5	56	11	36	36	16	1.84
37806132--37806284	23	6.7	23	82	5	175	30	26	20	23	1.99
37806132--37806284	46	3.3	46	88	1	218	30	26	20	23	1.99
37814615--37814642	11	2.5	11	100	0	56	14	0	25	60	1.34
37820930--37821066	54	2.6	54	91	1	231	42	14	13	29	1.84
37820918--37821066	27	5.6	27	85	1	201	42	14	12	29	1.83
37824248--37824386	74	1.9	74	83	0	179	26	30	18	24	1.98
37824248--37824358	37	3.0	37	94	0	186	27	31	18	21	1.97
37824266--37824386	37	3.3	37	90	0	152	25	30	19	24	1.98
37824531--37824726	47	4.2	48	81	5	138	28	30	9	32	1.88
37824664--37824803	70	2.0	70	94	0	244	25	30	12	32	1.92
37824604--37824733	47	2.8	47	89	0	197	26	29	11	33	1.91
37824711--37824756	23	2.0	23	100	0	92	26	30	13	30	1.93
37824734--37825007	47	5.8	47	87	6	365	27	29	10	31	1.91
37824734--37825007	92	2.9	93	86	4	363	27	29	10	31	1.91
37824634--37824848	117	1.9	116	89	3	335	26	29	11	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37824854--37824929	25	3.2	25	60	17	61	22	31	14	31	1.94
37830046--37830266	40	5.5	39	84	5	237	26	25	20	26	1.99
37830038--37830266	80	2.8	80	81	4	266	27	26	20	26	1.99
37830045--37830265	120	1.8	120	86	2	318	26	25	20	26	1.99
37833461--37833544	38	2.2	38	100	0	168	14	10	13	61	1.56
37843378--37843429	22	2.3	22	86	3	77	38	21	25	15	1.92
37845211--37845247	17	2.1	18	85	14	51	51	13	16	18	1.76
37858374--37858415	18	2.3	19	76	12	52	42	14	4	38	1.66
37858590--37858634	22	2.0	22	91	0	72	33	15	26	24	1.95
37858618--37858675	29	2.0	30	86	3	82	37	22	25	13	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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