genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.250.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82851768--82851960	47	4.1	47	86	0	242	33	9	28	27	1.89
82851931--82852114	98	1.9	96	89	4	289	35	7	25	31	1.83
82851930--82852114	48	3.8	48	87	5	282	35	7	25	31	1.83
82852260--82852403	37	3.9	37	95	1	254	23	19	31	25	1.98
82852260--82852403	73	2.0	74	94	1	254	23	19	31	25	1.98
82874410--82874578	93	1.8	93	82	10	220	27	17	28	26	1.98
82874359--82874579	49	4.6	48	70	13	177	28	18	28	24	1.98
82874361--82874626	142	1.9	142	85	1	372	27	18	28	24	1.98
82882354--82882458	49	2.2	47	81	3	111	34	20	24	20	1.96
82883391--82883468	39	2.0	39	87	0	111	23	37	28	11	1.89
82883440--82883592	83	1.9	81	95	2	279	33	27	20	18	1.96
82884899--82885068	39	4.3	40	85	4	166	25	26	21	25	2.00
82884899--82885121	40	5.6	39	80	7	191	26	26	21	26	2.00
82885053--82885130	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
82888017--82888201	79	2.3	80	78	8	189	26	27	21	24	1.99
82887998--82888201	40	5.1	40	80	8	211	25	27	21	25	1.99
82892214--82892419	28	7.4	28	91	2	281	32	28	13	25	1.94
82896967--82897024	30	1.9	30	85	0	80	31	20	8	39	1.83
82911124--82911277	43	3.6	43	70	11	127	27	20	22	29	1.99
82922858--82923003	48	3.0	48	90	0	238	35	6	27	30	1.81
82923144--82923251	37	2.9	37	94	2	182	23	21	32	23	1.98
82926638--82926709	31	2.2	32	90	7	110	29	4	1	65	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82930318--82930360	21	2.0	21	100	0	86	32	18	4	44	1.71
82932809--82932964	43	3.7	43	76	6	131	26	21	25	26	1.99
82935604--82935681	34	2.3	34	82	4	95	30	21	21	25	1.98
82936387--82936469	41	2.0	41	100	0	166	51	12	2	33	1.52
82936893--82937033	69	2.0	69	90	0	219	31	22	12	32	1.92
82938139--82938185	24	2.0	24	100	0	94	23	12	17	46	1.82
82944521--82944574	27	2.0	27	100	0	108	51	7	14	25	1.68
82948305--82948361	30	1.9	30	88	0	87	28	22	8	40	1.84
82950980--82951164	40	4.7	40	82	7	209	24	22	27	25	2.00
82950980--82951164	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	25	2.00
82951033--82951187	79	2.0	79	83	7	199	25	21	27	25	1.99
83067329--83067411	41	2.0	41	95	0	148	42	13	10	33	1.79
83082303--83082338	17	2.1	17	89	0	54	33	27	16	22	1.95
83089707--83089745	18	2.3	18	86	8	55	43	12	5	38	1.65
83093276--83093305	15	2.0	15	93	0	51	23	46	6	23	1.75
83094045--83094083	18	2.3	18	86	8	55	43	12	5	38	1.65
83094240--83094270	15	2.1	15	100	0	62	22	32	6	38	1.80
83099610--83099718	37	2.9	37	93	0	173	27	30	18	23	1.98
83099864--83100048	48	3.8	48	89	4	282	30	26	6	36	1.82
83099864--83100047	98	1.9	98	89	4	293	30	26	6	36	1.82
83100018--83100211	47	4.1	47	87	0	271	26	28	10	34	1.89
83100728--83100756	14	2.1	14	100	0	58	44	0	27	27	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83101906--83102056	28	5.4	28	91	1	214	26	11	27	33	1.92
83111335--83111485	28	5.4	28	91	1	214	26	11	27	33	1.92
83118320--83118789	40	11.8	40	94	0	773	25	27	21	24	1.99
83120033--83120141	37	2.9	37	93	0	182	26	31	18	23	1.97
83120287--83120468	97	1.9	95	92	4	303	31	26	6	35	1.82
83120287--83120470	48	3.8	48	89	5	291	31	26	6	35	1.82
83120303--83120598	94	3.1	94	83	9	311	28	28	10	33	1.89
83120440--83120633	47	4.1	47	90	0	289	26	29	10	32	1.90
83120533--83120604	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
83120393--83120633	94	2.6	94	84	4	290	27	29	9	33	1.89
83128123--83128300	48	3.7	47	90	2	275	30	24	17	26	1.98
83128434--83128503	34	2.1	34	100	0	140	41	11	8	38	1.72
83134836--83134864	11	2.5	12	94	5	51	58	6	10	24	1.55
83136481--83136658	46	3.8	46	80	4	214	28	28	21	22	1.99
83136489--83136659	93	1.8	93	92	0	288	27	28	21	22	1.99
83139028--83139115	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
83139028--83139106	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
83139039--83139115	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
83144771--83144807	18	2.0	19	89	5	58	35	5	8	51	1.55
83147310--83147343	17	2.0	17	88	0	50	47	0	0	52	1.00
83148016--83148056	21	2.0	21	85	4	57	56	0	2	41	1.13
83150141--83150179	19	2.1	19	85	9	53	28	5	0	66	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83151123--83151201	5	15.8	5	76	15	74	62	1	0	36	1.04
83151126--83151199	19	3.7	19	87	5	94	62	1	0	36	1.04
83153076--83153158	41	2.0	42	92	7	141	33	24	4	37	1.77
83158812--83158925	38	2.9	39	82	5	140	19	20	27	33	1.96
83166510--83166601	38	2.4	38	85	3	114	26	18	21	33	1.96
83169996--83170124	46	2.8	46	95	2	224	20	20	28	30	1.98
83170964--83170988	8	3.1	8	100	0	50	88	0	12	0	0.53
83172229--83172373	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
83176448--83176592	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
83180570--83180647	15	5.4	15	77	11	83	10	15	14	60	1.59
83183034--83183159	46	2.7	46	92	0	207	21	19	28	30	1.98
83187469--83187547	23	3.4	23	77	6	88	37	20	18	22	1.94
83187469--83187582	24	4.8	24	77	3	106	39	20	18	21	1.92
83187471--83187574	47	2.2	48	86	3	140	39	20	17	23	1.92
83194211--83194454	40	6.1	40	88	2	332	22	23	28	25	1.99
83202484--83202675	40	4.8	40	93	1	305	23	23	27	25	2.00
83209077--83209157	24	3.4	24	84	0	99	45	17	18	18	1.86
83210859--83210989	40	3.3	39	84	6	113	22	22	19	35	1.96
83210887--83210989	20	5.2	20	74	4	73	21	21	22	34	1.96
83211893--83211968	37	2.1	37	83	14	95	43	23	7	25	1.80
83217813--83217995	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	25	2.00
83217814--83217997	40	4.6	39	82	9	203	24	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83217866--83218030	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	25	1.99
83225034--83225063	10	3.0	10	95	0	51	53	10	0	36	1.35
83240454--83241087	47	13.3	47	93	3	1025	29	29	8	32	1.87
83240454--83241087	96	6.6	96	94	1	1037	29	29	8	32	1.87
83240454--83241087	143	4.4	141	93	2	1025	29	29	8	32	1.87
83247265--83247307	20	2.2	19	84	12	52	39	0	16	44	1.48
83247866--83247956	44	2.1	44	85	4	121	32	23	25	18	1.97
83251919--83252219	149	2.0	150	93	1	516	32	24	9	32	1.88
83254118--83254197	22	3.6	22	79	0	70	30	23	28	17	1.97
83259948--83259980	17	2.0	16	94	5	57	18	0	3	78	0.87
83261228--83261327	24	4.2	24	89	0	146	32	1	42	25	1.62
83262692--83262800	27	4.0	26	80	8	110	18	22	21	37	1.94
83262690--83262798	54	2.0	54	85	3	148	17	22	21	38	1.93
83271148--83271600	47	9.6	47	91	1	717	33	8	28	29	1.86
83271148--83271600	96	4.8	94	91	2	717	33	8	28	29	1.86
83271148--83271600	143	3.2	143	94	1	770	33	8	28	29	1.86
83273463--83273562	24	4.2	24	92	0	146	34	2	39	25	1.67
83274526--83274556	8	3.9	8	91	0	53	48	25	22	3	1.66
83274975--83275086	27	4.2	26	78	7	107	16	23	22	37	1.94
83274975--83275086	54	2.1	54	86	3	154	16	23	22	37	1.94
83282055--83282225	93	1.8	93	93	0	297	29	28	21	21	1.98
83282050--83282222	46	3.7	46	76	13	192	30	27	21	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83285110--83285280	93	1.8	93	94	0	306	28	28	21	21	1.98
83285105--83285277	46	3.7	46	77	13	201	29	27	20	21	1.98
83285698--83285756	29	2.0	30	86	3	84	30	25	6	37	1.82
83290911--83291063	39	3.9	40	88	4	206	26	28	20	24	1.99
83290927--83291080	78	2.0	78	84	5	204	27	27	19	25	1.99
83290944--83291114	78	2.2	78	81	6	193	27	28	19	24	1.99
83291060--83291135	40	1.9	40	83	5	100	27	27	21	23	1.99
83298772--83298994	40	5.6	40	85	3	236	26	27	21	24	1.99
83298926--83299003	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
83303013--83303096	40	2.1	40	88	4	125	25	20	27	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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