genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.329.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109137671--109137710	14	2.9	14	88	0	53	47	22	0	30	1.52
109137866--109138078	41	5.2	41	85	0	302	20	19	26	33	1.96
109140837--109140903	25	2.7	25	76	2	73	46	23	7	22	1.77
109146402--109146445	22	2.0	22	100	0	88	27	31	22	18	1.97
109149237--109149317	36	2.1	40	82	13	98	60	6	0	33	1.22
109152355--109152397	16	2.6	16	85	3	59	23	6	6	62	1.45
109164972--109165144	93	1.9	93	96	0	319	28	31	20	20	1.97
109164965--109165140	46	3.8	46	77	10	196	29	30	19	19	1.97
109164973--109165159	46	4.0	44	68	19	112	29	29	19	20	1.97
109167659--109167727	30	2.3	30	85	2	95	56	17	17	8	1.65
109167670--109167732	15	4.2	15	74	8	65	55	15	17	11	1.68
109170675--109170847	93	1.9	93	92	0	292	28	30	20	20	1.98
109170668--109170843	46	3.8	46	74	10	187	29	30	19	20	1.97
109181784--109181962	85	2.1	85	98	0	349	37	8	27	26	1.85
109184056--109184223	47	3.6	47	91	0	264	32	8	30	27	1.86
109193736--109193840	30	3.5	30	90	0	165	20	27	27	23	1.99
109199826--109200070	43	5.4	46	80	7	215	28	15	24	30	1.96
109201713--109201843	35	3.6	35	76	11	129	32	23	11	32	1.90
109205055--109205111	22	2.6	22	88	0	78	15	26	28	29	1.96
109208188--109208216	13	2.2	13	100	0	58	41	20	0	37	1.53
109212371--109212422	23	2.3	23	90	6	79	50	17	1	30	1.57
109212402--109212453	17	3.1	17	77	0	59	38	19	9	32	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109213772--109213813	15	2.9	14	82	10	57	35	0	11	52	1.38
109214185--109214246	23	2.9	21	79	9	70	19	24	22	33	1.97
109214188--109214268	21	3.8	21	73	3	63	17	20	23	38	1.93
109215962--109215994	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
109216275--109216827	46	12.0	46	89	0	752	21	24	13	40	1.89
109218602--109218627	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
109218629--109218665	8	4.6	8	90	9	58	75	0	0	24	0.80
109221553--109221634	26	3.2	26	94	0	137	31	6	24	37	1.80
109223233--109223343	27	4.1	27	85	11	156	18	24	23	33	1.97
109223227--109223335	54	2.0	54	96	1	202	19	25	22	33	1.97
109223240--109223361	27	4.5	26	84	11	131	20	25	20	33	1.97
109228548--109228655	26	4.2	26	90	0	171	33	7	23	36	1.83
109230256--109230340	27	3.1	27	82	14	120	18	23	23	34	1.97
109230256--109230358	27	3.8	28	74	21	94	20	24	21	33	1.97
109238212--109238269	29	2.1	29	81	9	68	39	0	8	51	1.33
109248950--109248990	18	2.3	18	87	4	57	48	12	9	29	1.72
109254335--109254368	12	2.9	12	91	4	52	0	23	0	76	0.79
109254375--109254426	25	2.1	25	96	0	95	0	48	7	44	1.31
109254467--109254518	24	2.1	25	82	7	61	30	3	1	63	1.23
109256569--109257149	194	3.0	194	98	0	1130	39	13	22	25	1.90
109261579--109261639	30	2.0	30	100	0	122	26	6	13	54	1.63
109265554--109265591	20	1.9	20	84	10	51	60	13	13	13	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109269194--109269233	13	3.2	13	85	3	55	37	0	20	42	1.52
109283876--109283906	11	2.8	11	95	0	53	29	3	48	19	1.64
109287953--109288045	18	5.2	18	88	0	141	31	15	23	30	1.95
109288590--109288620	11	2.8	11	95	0	53	29	3	48	19	1.64
109292279--109292351	24	3.0	26	78	7	82	35	28	5	30	1.80
109297879--109297944	33	2.0	34	88	8	100	31	18	10	39	1.85
109298633--109298675	20	2.0	22	86	8	63	30	25	0	44	1.55
109299036--109299067	16	1.9	17	93	6	57	34	18	0	46	1.49
109299960--109300095	64	2.1	64	100	0	272	44	7	23	25	1.79
109300253--109300289	20	1.9	20	88	5	58	40	0	8	51	1.32
109302445--109302718	46	6.0	46	88	0	334	39	15	24	21	1.91
109302445--109302718	92	3.0	92	87	0	368	39	15	24	21	1.91
109302460--109302723	138	1.9	138	85	1	368	39	15	23	20	1.92
109307941--109307997	30	1.9	30	100	0	114	10	31	42	15	1.81
109309009--109309187	33	5.4	32	81	5	117	32	21	10	35	1.88
109309074--109309169	33	2.9	33	89	1	131	31	20	9	38	1.85
109309865--109309907	20	2.0	22	86	8	63	30	25	0	44	1.55
109320487--109320526	20	2.0	20	90	0	62	45	0	20	35	1.51
109321061--109321109	17	2.9	16	85	8	62	30	0	4	65	1.11
109321060--109321111	8	6.2	8	82	6	59	30	0	3	65	1.10
109321096--109321161	31	2.2	31	89	8	100	45	1	0	53	1.09
109328695--109328736	13	3.2	13	80	9	50	7	2	11	78	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109328701--109328737	19	2.0	20	89	10	60	5	2	16	75	1.10
109344159--109344263	43	2.4	43	85	0	129	36	22	13	27	1.92
109348653--109348705	26	2.0	26	92	0	88	33	15	16	33	1.90
109348993--109349072	30	2.6	30	92	6	124	30	6	7	56	1.52
109349469--109349504	16	2.3	16	90	4	56	38	0	2	58	1.13
109353318--109353378	16	3.5	16	72	20	50	45	1	4	47	1.34
109353749--109353807	30	1.9	30	82	6	73	44	5	5	45	1.47
109355732--109355777	24	1.9	24	82	8	58	34	4	4	56	1.39
109356434--109356482	21	2.3	23	79	13	59	28	2	2	67	1.13
109359416--109359469	18	3.3	18	66	28	57	22	50	7	20	1.73
109359406--109359474	30	2.3	30	92	0	120	26	50	5	17	1.68
109359956--109360078	25	5.1	26	68	16	84	35	5	4	54	1.43
109360036--109360144	27	4.0	28	75	14	104	31	6	4	57	1.44
109360026--109360144	26	4.4	26	74	12	89	31	6	4	57	1.44
109360088--109360163	22	3.3	22	75	13	71	28	5	5	60	1.40
109361180--109361224	19	2.2	21	84	11	58	48	0	2	48	1.13
109363436--109363469	16	2.1	17	88	5	52	52	5	0	41	1.25
109364863--109364921	27	2.3	27	83	16	74	62	0	1	35	1.05
109364873--109364926	14	4.0	13	81	13	56	59	0	1	38	1.08
109364873--109364926	27	2.0	27	86	13	76	59	0	1	38	1.08
109367790--109367873	42	2.0	42	100	0	168	35	14	9	40	1.78
109377997--109378039	20	2.2	20	86	0	59	48	0	6	44	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109381196--109381237	19	2.2	20	82	4	50	40	4	16	38	1.70
109390073--109390142	29	2.4	29	100	0	140	62	4	11	21	1.45
109396554--109396604	23	2.2	23	78	0	57	17	17	19	45	1.86
109399668--109399755	43	2.0	43	95	0	158	51	15	4	28	1.64
109401869--109401908	9	4.4	9	87	0	53	2	0	12	85	0.71
109401846--109401899	18	2.9	18	86	5	63	7	0	11	81	0.87
109401865--109401902	18	2.1	18	95	0	67	5	0	7	86	0.69
109404006--109404136	35	3.6	35	75	9	118	31	11	23	33	1.90
109405692--109405788	40	2.4	40	86	3	142	31	27	16	23	1.96
109406195--109406260	29	2.3	29	81	5	71	30	25	1	42	1.64
109416459--109416573	42	2.7	42	82	6	144	26	26	15	31	1.96
109416653--109416793	31	4.5	31	92	0	219	24	26	19	29	1.99
109416769--109416897	50	2.5	51	88	5	190	25	22	15	36	1.93
109425322--109425431	54	2.0	54	98	0	211	44	10	19	25	1.83
109428862--109428906	21	2.1	21	100	0	90	40	13	4	42	1.64
109429249--109429277	15	1.9	15	100	0	58	44	20	13	20	1.85
109431525--109431581	25	2.3	25	93	0	96	40	19	19	21	1.92
109431817--109431878	31	2.0	31	90	0	97	38	24	16	20	1.92
109432660--109432737	26	3.0	26	85	7	106	39	19	23	17	1.92
109432660--109432749	25	3.5	24	86	4	90	37	20	23	18	1.94
109432753--109432778	13	2.0	13	100	0	52	30	23	23	23	1.99
109432985--109433044	31	1.9	31	93	0	102	43	21	15	20	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109433830--109433907	26	3.0	26	87	7	115	39	19	21	19	1.92
109433837--109433919	25	3.3	25	88	5	105	39	20	20	19	1.92
109434155--109434216	31	2.0	31	93	0	106	41	25	12	19	1.87
109437376--109437555	89	2.0	89	83	5	229	39	22	7	31	1.81
109437557--109437643	10	8.3	10	66	14	50	57	0	3	39	1.16
109437756--109437804	18	2.8	18	87	3	73	48	8	14	28	1.72
109437924--109437970	21	2.3	21	96	3	87	38	14	4	42	1.66
109438016--109438071	9	5.9	9	76	12	58	69	5	0	25	1.09
109438012--109438073	20	3.2	20	81	4	90	66	4	0	29	1.12
109438245--109438368	57	2.2	57	81	11	139	29	4	3	62	1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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