genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.293.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98183676--98183708	17	1.9	17	100	0	66	33	42	18	6	1.75
98185092--98185255	42	3.9	41	81	10	188	31	21	14	32	1.93
98187397--98187424	14	2.0	14	100	0	56	35	14	21	28	1.92
98192198--98192247	3	16.7	3	80	15	59	26	2	4	68	1.18
98192195--98192247	12	4.7	11	80	19	65	26	1	3	67	1.17
98198899--98199501	44	13.4	43	71	10	210	32	15	20	31	1.93
98199082--98199242	86	1.9	86	86	2	234	31	15	21	32	1.94
98199253--98199629	96	4.0	96	75	8	317	35	14	18	31	1.91
98199268--98199720	96	4.8	96	75	9	286	34	15	19	30	1.93
98198931--98199854	146	6.6	141	72	10	497	33	15	19	30	1.94
98199679--98200005	96	3.4	96	90	1	523	33	16	20	29	1.95
98199403--98199950	242	2.3	237	81	6	674	33	16	20	29	1.94
98199918--98200179	145	1.8	145	80	5	314	31	19	20	28	1.97
98201957--98202084	46	2.8	46	84	8	163	24	28	17	29	1.97
98207468--98207686	46	4.8	46	72	8	144	25	26	18	30	1.98
98213926--98214086	40	3.9	41	73	9	123	24	16	26	32	1.96
98216312--98216355	12	3.7	11	85	14	61	25	2	4	68	1.20
98221288--98221341	22	2.5	22	90	0	81	20	37	11	31	1.88
98223161--98223195	10	3.4	10	84	7	52	20	11	14	54	1.70
98227739--98227805	27	2.4	27	87	9	91	20	7	14	56	1.62
98229861--98229985	40	3.2	40	89	1	189	20	24	28	26	1.99
98230213--98230254	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98237818--98237982	40	4.2	40	81	8	185	23	21	27	27	1.99
98238210--98238251	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
98239514--98239548	11	3.3	11	88	4	54	20	11	14	54	1.70
98247687--98247772	23	3.6	23	70	11	64	69	5	5	18	1.29
98247716--98247767	20	2.7	19	80	8	61	71	5	9	13	1.30
98247748--98247786	14	2.8	14	88	7	53	74	7	2	15	1.15
98247748--98247786	13	2.9	13	81	7	51	74	7	2	15	1.15
98247821--98247934	3	36.7	3	73	15	56	68	2	4	24	1.21
98247886--98247941	19	3.0	19	79	7	62	71	3	1	23	1.11
98247883--98247954	22	3.3	22	75	14	76	69	5	1	23	1.17
98251959--98251988	13	2.3	13	100	0	60	46	6	6	40	1.56
98256236--98256264	4	7.5	4	92	7	51	0	24	0	75	0.80
98258645--98258782	58	2.4	56	83	7	161	34	22	16	26	1.95
98260516--98260563	21	2.3	21	85	7	62	41	6	0	52	1.27
98266391--98266424	17	2.0	17	100	0	68	35	23	11	29	1.90
98268111--98268154	21	2.1	21	91	0	70	63	9	0	27	1.24
98268284--98268322	20	2.0	20	85	10	53	74	0	7	17	1.05
98268267--98268334	23	2.9	23	76	20	61	73	0	5	20	1.04
98268318--98268365	3	15.7	3	91	4	69	62	2	4	31	1.26
98268468--98268496	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
98269900--98270578	44	15.0	44	72	9	308	29	19	16	33	1.95
98269960--98270580	181	3.4	184	81	3	610	29	20	16	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98270544--98270797	94	2.7	94	82	1	285	27	20	18	33	1.96
98277736--98277843	38	2.8	38	83	2	128	24	21	25	28	1.99
98277836--98277947	43	2.6	43	91	0	179	16	25	29	28	1.96
98282724--98282900	27	6.6	27	84	2	203	27	15	28	29	1.96
98282724--98282900	54	3.3	55	84	4	225	27	15	28	29	1.96
98282725--98282879	81	1.9	81	88	2	231	27	15	28	29	1.96
98282721--98282900	81	2.2	81	83	2	227	27	15	27	29	1.96
98290767--98290943	27	6.5	27	82	3	185	27	15	28	28	1.96
98290768--98290918	55	2.8	55	84	3	198	27	15	29	27	1.96
98290768--98290923	82	1.9	81	85	3	215	26	15	29	28	1.96
98290764--98290943	82	2.2	81	81	3	209	27	15	28	28	1.96
98292569--98292622	25	2.2	25	81	15	60	61	1	7	29	1.34
98292718--98292789	4	17.8	4	75	13	51	73	1	4	20	1.07
98292717--98292752	5	7.8	5	87	12	51	80	0	0	19	0.71
98292718--98292752	9	3.9	9	89	10	54	80	0	0	20	0.72
98292769--98292801	11	3.0	11	86	13	50	72	3	6	18	1.18
98303726--98303790	31	2.1	31	100	0	130	27	10	9	52	1.67
98308568--98308617	23	2.2	22	80	13	57	44	0	50	6	1.26
98310082--98310106	13	1.9	13	100	0	50	24	0	12	64	1.27
98310038--98310107	36	2.0	35	86	8	97	20	0	11	68	1.20
98310041--98310115	16	4.5	16	74	19	64	20	0	13	66	1.24
98310086--98310187	39	2.6	39	76	11	118	31	3	13	50	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98316557--98317544	149	6.6	150	88	2	1328	27	5	8	58	1.50
98317182--98317248	30	2.2	30	81	0	80	28	2	1	67	1.14
98317464--98317515	22	2.3	22	83	9	61	26	3	1	67	1.18
98318087--98318132	20	2.2	20	82	14	58	0	28	0	71	0.86
98318160--98318205	3	16.3	3	78	13	53	0	36	0	63	0.95
98318161--98318204	22	2.0	22	86	0	61	0	34	0	65	0.93
98319439--98319486	18	2.9	18	77	22	61	39	4	0	56	1.19
98323597--98323647	18	2.9	18	81	16	63	70	1	1	25	1.08
98328082--98328109	3	9.3	3	100	0	56	32	0	32	35	1.58
98331914--98331979	30	2.2	31	86	2	89	25	22	18	33	1.97
98331990--98332129	59	2.3	60	85	2	183	42	19	17	20	1.89
98331990--98332170	60	3.0	59	79	8	206	40	20	19	19	1.92
98337185--98337278	46	2.0	46	100	0	188	36	18	8	37	1.81
98337744--98337772	14	2.0	15	93	6	51	10	6	20	62	1.50
98338483--98338533	24	2.1	24	82	7	59	56	5	3	33	1.42
98348429--98348502	28	2.6	28	89	4	105	31	24	14	29	1.95
98350275--98350299	13	1.9	13	100	0	50	40	0	16	44	1.47
98350230--98350331	46	2.2	46	91	0	159	32	7	14	45	1.74
98352430--98352519	42	2.1	42	83	4	110	17	20	17	44	1.87
98352423--98352520	21	4.6	22	78	12	98	16	20	16	46	1.83
98353305--98353343	20	1.9	21	89	5	62	35	10	2	51	1.50
98357701--98357764	18	3.6	18	78	0	74	37	15	12	34	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98357790--98357841	18	2.8	19	76	5	61	50	7	7	34	1.60
98357956--98358076	53	2.3	53	80	8	156	43	21	18	16	1.87
98358259--98358292	16	2.1	16	89	10	52	32	8	0	58	1.29
98359076--98359134	29	2.0	30	86	3	84	52	8	1	37	1.42
98363392--98363511	21	5.7	21	82	0	132	12	19	19	49	1.79
98363392--98363498	42	2.5	42	90	0	160	13	19	18	48	1.80
98364537--98364575	20	2.0	20	84	0	51	35	20	2	41	1.66
98366276--98366496	40	5.7	40	80	9	215	25	21	27	25	1.99
98366329--98366494	77	2.1	78	84	3	210	25	21	27	25	1.99
98366329--98366494	38	4.3	38	83	8	167	25	21	27	25	1.99
98366355--98366529	77	2.2	79	80	7	187	25	21	28	24	1.99
98373030--98373234	27	7.6	27	83	3	232	27	15	27	29	1.96
98373031--98373234	109	1.9	108	86	3	293	27	15	27	29	1.96
98387260--98387430	39	4.3	39	85	6	202	25	21	28	25	1.99
98387207--98387430	79	2.8	79	81	7	222	25	20	27	25	1.99
98387287--98387463	79	2.2	80	80	4	191	25	21	28	24	1.99
98391119--98391249	55	2.6	52	78	12	139	31	9	13	45	1.77
98392565--98392632	36	1.9	35	96	0	109	22	10	20	47	1.80
98393147--98393227	35	2.3	35	97	0	153	43	13	12	30	1.81
98393377--98393451	21	3.8	20	69	15	57	10	12	40	37	1.77
98395933--98395977	15	3.0	15	86	0	63	42	33	6	17	1.76
98396081--98396212	62	2.2	62	93	2	223	46	21	8	23	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98396331--98396398	24	2.8	24	100	0	136	55	17	4	22	1.59
98396503--98396566	12	5.3	12	75	7	58	59	9	6	25	1.52
98396503--98396566	18	3.6	18	89	0	83	59	9	6	25	1.52
98396573--98396603	16	1.9	16	100	0	62	51	25	3	19	1.62
98407565--98407592	13	2.2	13	100	0	56	46	32	0	21	1.52
98415294--98415360	34	1.9	35	84	3	91	44	11	10	32	1.75
98415329--98415368	14	2.9	14	84	0	53	42	15	7	35	1.75
98417968--98418125	53	2.9	55	77	3	169	18	24	17	39	1.91
98419394--98419501	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
98424016--98424197	35	5.2	35	84	5	215	33	21	14	30	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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