genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.222.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72718150--72718367	79	2.7	79	83	10	257	26	21	26	25	1.99
72718147--72718367	40	5.6	39	87	4	266	26	21	27	24	1.99
72718197--72718400	79	2.6	77	86	6	250	27	20	26	25	1.99
72718640--72718679	16	2.4	17	87	12	64	35	0	25	40	1.56
72718647--72718679	16	2.1	16	100	0	66	33	0	24	42	1.55
72718669--72718871	47	4.3	47	92	0	325	31	8	31	28	1.88
72718990--72719066	37	2.1	35	85	4	100	24	19	31	24	1.98
72720277--72720544	40	6.8	40	90	2	389	24	20	28	26	1.99
72724672--72724843	79	2.2	80	85	5	224	26	20	26	26	1.99
72724619--72724843	40	5.7	40	84	5	235	26	20	26	26	1.99
72724672--72724866	79	2.5	78	81	8	216	27	20	26	26	1.99
72725068--72725235	47	3.6	47	90	0	246	33	7	30	27	1.85
72725354--72725432	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
72731788--72731819	16	2.1	15	94	5	55	50	28	18	3	1.62
72732219--72732314	27	3.7	27	77	14	94	18	23	18	38	1.93
72736329--72736387	28	2.0	29	93	6	102	28	10	27	33	1.89
72745101--72745290	38	5.1	38	79	13	173	25	22	23	28	1.99
72745129--72745327	108	1.8	110	86	2	294	24	20	23	32	1.98
72746404--72746492	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
72746404--72746483	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
72746415--72746492	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
72748006--72748179	46	3.8	45	81	4	215	28	29	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72748014--72748183	93	1.8	91	93	2	295	27	30	21	21	1.98
72748011--72748198	44	4.1	44	71	20	127	28	28	20	21	1.98
72750441--72750524	29	2.9	29	82	10	100	57	15	16	10	1.65
72750437--72750515	15	5.4	15	80	10	92	59	12	17	10	1.60
72750448--72750524	15	5.2	15	80	9	79	57	14	16	11	1.66
72751915--72751939	11	2.3	11	100	0	50	36	20	8	36	1.82
72753469--72753641	44	3.8	44	79	11	197	28	29	20	21	1.98
72753477--72753646	93	1.8	91	93	2	295	27	30	21	21	1.98
72756460--72756670	40	5.3	40	82	3	230	24	26	23	26	2.00
72760696--72760845	42	3.5	41	80	6	147	24	18	28	28	1.98
72766941--72768140	49	24.9	49	94	2	2084	30	28	8	33	1.86
72766941--72768140	96	12.5	96	95	2	2124	30	28	8	33	1.86
72766941--72768140	145	8.3	144	96	1	2115	30	28	8	33	1.86
72772782--72773084	47	6.4	47	91	2	437	27	30	8	34	1.86
72779130--72779307	27	6.6	27	85	3	214	26	14	28	30	1.95
72779131--72779286	82	1.9	81	89	3	242	26	14	28	30	1.95
72779127--72779307	82	2.2	81	84	2	238	27	14	27	30	1.95
72787612--72787789	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
72787633--72787788	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
72792608--72792645	20	1.9	20	84	10	51	26	18	28	26	1.98
72796424--72796486	13	4.8	13	94	3	108	15	7	6	69	1.33
72796429--72796484	27	2.1	27	100	0	112	14	7	7	71	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72797492--72797533	21	2.0	20	86	13	59	33	9	21	35	1.86
72808018--72808162	43	3.4	43	80	8	161	34	27	15	22	1.94
72808018--72808175	86	1.8	85	84	6	212	32	27	17	22	1.96
72815342--72815601	40	6.7	40	86	6	311	23	19	28	27	1.98
72822961--72823217	39	6.6	39	88	5	290	24	19	28	27	1.99
72822961--72823217	79	3.3	78	84	6	290	24	19	28	27	1.99
72822962--72823217	118	2.2	115	82	7	304	24	19	28	27	1.99
72822997--72823252	118	2.2	115	81	5	293	25	19	28	26	1.99
72822962--72823252	79	3.7	79	81	8	269	25	19	28	26	1.99
72839824--72840012	38	4.9	38	85	6	220	29	26	22	21	1.99
72839824--72840026	76	2.6	78	83	6	243	30	27	21	21	1.98
72844317--72844432	27	4.3	27	87	2	162	34	19	21	24	1.96
72844317--72844432	53	2.2	54	87	4	164	34	19	21	24	1.96
72844820--72844878	28	2.1	27	81	9	66	20	27	27	25	1.99
72844865--72844941	33	2.3	33	88	0	118	28	23	24	23	1.99
72848416--72848593	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
72848417--72848572	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
72848413--72848593	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
72856478--72856652	27	6.6	27	79	7	169	28	14	28	29	1.96
72856479--72856571	26	3.6	27	82	7	102	29	17	27	25	1.97
72858211--72858294	41	2.0	43	86	4	118	27	29	19	23	1.98
72868468--72868638	46	3.7	45	77	14	188	22	20	28	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72868465--72868633	92	1.8	92	93	2	295	21	20	28	28	1.98
72875985--72876157	46	3.7	46	74	13	165	22	22	26	28	1.99
72875983--72876152	93	1.8	93	89	0	268	22	22	26	28	1.99
72881943--72882108	43	3.9	42	71	9	122	31	25	15	28	1.95
72883200--72883234	18	1.9	18	94	0	61	34	45	5	14	1.68
72883985--72884029	14	3.3	14	78	6	56	35	0	15	48	1.45
72885005--72885064	29	2.1	29	93	0	102	41	30	0	28	1.56
72885011--72885058	15	3.3	15	73	5	53	43	27	0	29	1.55
72886892--72886921	15	2.0	15	93	0	51	3	13	33	50	1.58
72895642--72895833	95	2.0	95	98	0	375	34	24	19	21	1.96
72898176--72898228	27	2.0	27	84	0	70	39	15	7	37	1.75
72900144--72900371	47	4.8	48	73	13	177	24	28	19	27	1.99
72901433--72901492	27	2.3	26	82	8	68	38	20	20	21	1.94
72901534--72901585	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
72911930--72912481	138	4.1	138	87	3	753	46	5	7	41	1.55
72912519--72912814	134	2.2	138	82	9	374	45	5	7	40	1.57
72912188--72912876	333	2.1	331	99	0	1351	43	6	8	41	1.61
72912832--72912987	75	2.1	75	93	0	267	30	13	9	46	1.75
72916374--72916496	28	4.4	28	90	2	176	33	28	12	26	1.92
72921224--72921408	38	4.9	39	71	21	135	28	21	27	23	1.99
72925384--72925557	78	2.2	77	89	5	260	25	21	28	24	1.99
72925383--72925524	39	3.6	40	95	4	263	23	22	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72933399--72933547	40	3.7	40	94	0	262	26	22	25	24	2.00
72933399--72933570	80	2.2	79	89	3	256	27	22	25	24	2.00
72945361--72945385	13	1.9	13	100	0	50	12	32	32	24	1.91
72946836--72946922	26	3.3	26	88	0	120	40	19	20	19	1.92
72946971--72947152	65	2.8	65	81	3	199	34	22	20	21	1.97
72953293--72953442	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
72953317--72953500	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
72958020--72958099	10	7.6	10	74	20	74	32	28	0	38	1.57
72958020--72958108	32	2.8	32	92	0	142	33	26	0	39	1.57
72958043--72958097	22	2.6	22	81	16	71	34	27	0	38	1.57
72958089--72958129	21	2.0	21	85	0	55	34	19	0	46	1.50
72958258--72958355	49	2.0	48	88	3	144	33	6	3	57	1.39
72959302--72959348	7	6.7	7	95	0	85	29	0	12	57	1.36
72959966--72960000	18	1.9	18	94	0	61	28	28	2	40	1.71
72960414--72960511	27	3.6	27	70	22	87	33	4	5	57	1.40
72960396--72960533	56	2.5	56	95	0	249	38	2	7	50	1.47
72965411--72965477	35	1.9	35	93	0	116	50	13	1	34	1.51
72965423--72965480	19	3.2	19	68	22	61	51	10	1	36	1.46
72966542--72966776	126	1.9	126	88	0	353	28	18	16	37	1.92
72966929--72966991	26	2.4	26	97	0	117	42	15	0	41	1.47
72967030--72967071	16	2.7	15	92	3	66	50	35	2	11	1.52
72967846--72967901	27	2.1	25	78	12	58	46	3	1	48	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72979200--72979294	47	2.0	47	100	0	190	26	8	0	65	1.21
72985144--72985295	27	5.6	27	88	2	214	30	27	14	27	1.95
72985144--72985295	55	2.8	54	87	2	223	30	27	14	27	1.95
72985794--72985836	22	2.0	21	82	8	52	25	18	2	53	1.56
72988532--72988565	11	3.0	11	86	4	50	2	26	0	70	1.01
72988600--72988647	4	13.0	4	79	16	59	0	29	0	70	0.87
72988600--72988647	11	4.4	11	94	0	87	0	29	0	70	0.87
72988600--72988665	22	3.0	22	86	4	62	3	27	1	68	1.13
72996672--72996886	47	4.6	47	84	4	242	24	28	18	29	1.98
73001170--73001230	2	30.5	2	100	0	122	0	49	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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