genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.254.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84386637--84386833	40	4.9	39	80	7	177	24	19	26	28	1.99
84394429--84394559	40	3.3	40	88	2	192	24	20	27	27	1.99
84410861--84411030	93	1.8	93	92	0	286	28	29	20	21	1.98
84410853--84411028	46	3.8	46	78	10	196	29	29	19	21	1.98
84415949--84415988	19	2.1	19	90	0	62	42	12	2	42	1.56
84415956--84415994	19	2.1	19	85	4	53	38	10	5	46	1.60
84420165--84420205	18	2.3	18	91	0	64	34	24	4	36	1.77
84422510--84422567	29	2.0	29	96	0	107	34	22	8	34	1.85
84423599--84423640	22	2.0	22	86	13	63	54	0	0	45	0.99
84423602--84423635	16	2.2	15	89	5	50	55	0	0	44	0.99
84432877--84433049	46	3.7	46	76	11	174	23	20	25	30	1.98
84432874--84433044	93	1.8	93	87	2	254	23	20	26	29	1.99
84434036--84434144	37	2.9	37	94	0	182	26	30	19	23	1.98
84434351--84434497	47	3.1	47	86	0	195	28	29	8	33	1.87
84441025--84441072	20	2.3	20	78	3	60	25	12	12	50	1.75
84449195--84449468	40	6.8	40	91	0	442	24	21	29	24	1.99
84457567--84457793	40	5.7	40	94	0	391	25	22	29	22	1.99
84459158--84459217	27	2.3	26	82	2	66	23	21	20	35	1.96
84459337--84459424	6	14.3	6	75	17	83	18	18	15	47	1.83
84459337--84459415	31	2.5	31	93	0	131	17	18	15	48	1.82
84463455--84463479	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
84465951--84466168	40	5.5	40	92	1	332	23	23	28	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84467619--84467844	47	4.8	46	73	12	167	28	20	29	21	1.98
84474296--84474436	42	3.2	43	78	8	133	29	19	25	25	1.99
84474741--84474778	18	2.1	19	85	5	51	31	2	18	47	1.62
84480296--84480349	24	2.2	24	80	6	65	53	1	0	44	1.11
84481209--84481246	18	2.1	18	90	0	58	47	10	10	31	1.72
84481363--84481430	19	3.5	19	72	14	59	58	2	2	35	1.28
84488467--84488565	36	2.8	36	90	0	144	44	16	11	28	1.81
84489607--84489645	17	2.3	17	95	0	69	41	7	20	30	1.80
84491774--84491835	27	2.3	27	80	0	70	30	17	9	41	1.82
84491828--84491917	27	3.3	27	80	6	101	25	21	12	41	1.87
84493686--84493840	82	1.9	82	85	5	215	38	10	13	38	1.79
84498027--84498140	39	2.9	39	90	0	165	26	26	21	26	1.99
84505263--84505327	31	2.1	31	91	0	103	49	9	7	33	1.63
84511967--84512339	180	2.1	180	100	0	746	39	15	6	39	1.73
84514059--84514123	30	2.2	29	79	12	71	56	3	7	32	1.43
84519680--84519807	61	2.1	61	95	0	229	38	8	25	28	1.85
84523373--84523531	27	5.9	27	82	10	191	33	22	25	19	1.97
84523373--84523534	54	3.0	54	90	2	247	33	22	25	19	1.97
84523920--84523949	8	3.8	8	90	0	51	3	26	26	43	1.70
84525121--84525225	26	4.0	26	94	0	192	36	25	6	31	1.82
84526700--84526814	20	5.6	20	68	16	74	14	20	22	42	1.88
84526709--84526814	42	2.5	43	80	7	130	15	18	22	43	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84526805--84526865	25	2.4	25	80	0	68	11	18	29	40	1.85
84532172--84532209	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
84532439--84532609	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.98
84532434--84532606	46	3.7	46	79	10	208	29	27	20	21	1.98
84539754--84539791	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
84540020--84540190	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.98
84540015--84540187	46	3.7	46	79	10	208	29	27	20	21	1.98
84543501--84543550	17	2.9	17	80	11	57	32	24	16	28	1.96
84543525--84543562	17	2.2	17	90	0	58	28	31	18	21	1.97
84543815--84543847	17	1.9	17	88	11	50	24	9	0	66	1.20
84548295--84548343	18	2.5	20	78	18	59	61	4	2	32	1.26
84551988--84552163	46	3.8	44	81	10	201	21	20	29	28	1.98
84551985--84552155	93	1.8	93	93	0	297	21	21	29	28	1.98
84567730--84567828	17	5.8	17	69	21	64	39	3	4	53	1.35
84570203--84570250	24	2.0	25	83	4	62	25	22	22	29	1.99
84570243--84570299	25	2.3	25	90	0	87	31	12	26	29	1.92
84570243--84570311	25	2.8	25	84	0	66	33	13	24	28	1.93
84586785--84586873	24	3.8	23	75	10	83	30	25	12	31	1.92
84597225--84597416	40	4.8	40	92	1	226	27	27	21	23	1.99
84597196--84597415	80	2.8	80	81	4	248	28	27	20	23	1.99
84611806--84611851	21	2.2	20	81	11	56	39	8	34	17	1.80
84623377--84623593	46	4.7	45	82	11	235	26	19	29	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84624747--84624786	20	2.0	22	85	14	59	17	37	22	22	1.94
84629232--84629272	21	2.0	21	100	0	82	34	4	7	53	1.50
84631104--84631276	46	3.7	46	74	10	172	23	20	26	30	1.98
84631101--84631271	93	1.8	93	89	0	270	22	20	26	29	1.98
84632602--84632768	35	4.8	34	81	4	190	32	24	11	31	1.91
84632604--84632768	70	2.4	70	86	2	215	32	24	11	31	1.91
84640023--84640224	35	5.8	35	84	3	237	33	24	10	30	1.90
84640025--84640224	70	2.9	70	86	1	267	33	25	10	31	1.89
84640025--84640224	105	1.9	105	88	0	301	33	25	10	31	1.89
84644610--84644688	20	4.0	20	79	12	90	44	17	26	11	1.83
84648217--84648348	49	2.7	50	81	8	153	31	17	25	25	1.97
84649210--84649329	58	2.1	58	100	0	240	45	22	1	30	1.62
84652741--84652830	29	3.2	27	70	16	67	27	27	20	24	1.99
84652737--84652862	57	2.2	57	87	4	184	27	28	20	23	1.99
84652890--84653103	40	5.3	40	96	0	392	27	26	20	25	1.99
84662814--84662986	97	1.8	94	80	8	206	28	15	30	25	1.96
84676972--84677021	22	2.2	22	82	3	55	16	6	10	68	1.38
84686129--84686230	30	3.4	29	91	2	159	22	46	19	11	1.82
84689713--84689737	12	2.1	12	100	0	50	40	0	16	44	1.47
84693384--84693797	207	2.0	207	100	0	828	37	14	18	29	1.90
84694902--84694946	22	2.0	22	91	0	72	33	2	15	48	1.57
84699498--84699542	22	2.0	22	91	0	72	33	2	15	48	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84699904--84700142	119	2.0	119	93	0	406	23	11	10	54	1.67
84702721--84702774	23	2.3	23	93	0	90	61	18	12	7	1.54
84704922--84705133	117	1.8	115	84	6	293	25	15	19	40	1.90
84707074--84707100	13	2.1	13	100	0	54	25	14	22	37	1.93
84709734--84709799	24	2.7	24	92	2	105	33	13	4	48	1.63
84709868--84709904	20	1.9	20	88	5	58	70	0	0	29	0.88
84714088--84714265	89	2.0	89	98	0	347	28	28	7	35	1.84
84718548--84718725	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
84718549--84718704	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
84718545--84718725	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
84726566--84726743	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
84726567--84726722	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
84726563--84726743	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
84736506--84736555	21	2.3	22	86	3	66	18	38	32	12	1.87
84748764--84748808	22	2.0	22	87	8	65	28	0	20	51	1.48
84751030--84751101	27	2.7	27	82	4	83	34	18	26	20	1.95
84753010--84753185	89	2.0	89	94	0	307	29	21	24	24	1.99
84755301--84755404	40	2.6	40	92	0	163	25	25	26	23	2.00
84763299--84763443	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
84773879--84773905	14	1.9	14	100	0	54	77	0	0	22	0.76
84777907--84777945	20	2.0	20	85	10	53	46	17	0	35	1.49
84780311--84780386	24	3.2	24	94	0	125	46	0	6	47	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84780702--84780742	21	2.0	21	85	0	55	26	14	7	51	1.69
84792100--84792126	13	2.1	13	100	0	54	55	22	7	14	1.64
84795296--84795479	40	4.6	40	82	6	196	23	21	27	27	1.99
84797275--84797444	46	3.7	46	78	10	143	24	29	18	27	1.98
84809703--84809843	27	5.2	27	83	5	187	18	24	23	34	1.96
84809700--84809843	54	2.7	54	92	2	236	18	24	23	34	1.96
84809703--84809861	27	5.9	26	83	7	149	19	24	22	33	1.97
84809703--84809861	81	2.0	80	85	6	214	19	24	22	33	1.97
84814687--84814726	20	2.0	20	95	0	71	12	17	10	60	1.59
84814678--84814728	20	2.5	21	87	6	68	9	19	7	62	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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