genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.107.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33519591--33519693	48	2.2	48	87	3	147	36	13	23	26	1.92
33521719--33522221	47	10.8	46	72	12	192	28	20	28	23	1.99
33521812--33522162	47	7.6	43	78	10	261	26	20	28	23	1.99
33521806--33522218	186	2.2	188	90	3	665	27	20	28	23	1.99
33522805--33522923	55	2.2	55	83	3	141	21	21	30	26	1.99
33525140--33525283	24	6.0	24	94	2	236	27	21	21	29	1.99
33525337--33525384	25	1.9	25	87	8	71	29	16	14	39	1.88
33525421--33525468	25	1.9	25	86	0	69	25	12	25	37	1.91
33533399--33533541	24	6.0	24	90	1	207	28	20	20	29	1.98
33533592--33533657	20	3.3	20	89	0	105	28	21	15	34	1.93
33533694--33533741	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
33537966--33538153	72	2.6	72	86	5	263	29	30	17	22	1.97
33543580--33543753	43	4.1	43	85	4	228	24	18	31	24	1.98
33544312--33544344	16	1.9	18	88	11	52	18	12	18	51	1.76
33551551--33551709	43	3.7	43	85	5	146	24	18	30	26	1.98
33551567--33551728	43	3.8	43	84	5	213	24	19	31	24	1.98
33552298--33552330	16	1.9	18	88	11	52	18	12	18	51	1.76
33556888--33557051	43	3.9	43	87	1	215	26	19	29	25	1.99
33559460--33559575	6	18.8	6	67	18	60	47	14	19	18	1.83
33559460--33559546	37	2.4	37	84	3	95	48	14	19	17	1.81
33559512--33559575	25	2.6	25	84	0	83	45	14	18	21	1.85
33560358--33560606	27	9.2	27	90	1	356	26	21	18	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33560651--33560849	27	7.4	28	81	6	205	29	8	21	40	1.83
33560638--33560849	54	3.9	54	92	1	266	30	8	21	39	1.84
33560651--33560849	81	2.5	81	84	0	254	29	8	21	40	1.83
33560671--33560853	54	3.4	53	93	3	269	29	9	21	39	1.84
33560835--33560941	27	4.0	27	85	0	142	27	20	18	33	1.96
33560835--33560940	54	2.0	54	88	0	158	27	20	17	33	1.96
33563008--33563194	72	2.6	72	83	2	225	31	28	18	22	1.97
33565710--33565740	15	2.1	15	100	0	62	41	0	32	25	1.56
33567007--33567224	57	3.9	56	80	11	175	21	17	19	41	1.91
33567057--33567269	29	7.5	28	80	6	223	21	17	23	37	1.94
33567057--33567224	85	2.0	86	90	1	266	22	17	20	39	1.92
33567062--33567269	57	3.7	56	82	6	231	21	17	23	37	1.93
33570768--33570870	46	2.2	48	85	3	138	36	14	21	27	1.92
33575253--33575294	11	3.8	11	81	9	50	33	0	23	42	1.55
33580752--33580843	45	2.0	45	97	0	175	28	8	29	33	1.87
33589972--33590020	3	16.7	3	79	12	57	38	0	2	59	1.09
33589971--33590020	13	3.7	13	83	5	64	40	0	2	58	1.10
33589972--33590018	16	2.9	16	74	25	53	38	0	2	59	1.09
33593237--33593419	40	4.6	40	82	10	223	25	28	21	24	1.99
33593239--33593419	79	2.3	80	84	7	235	25	28	22	24	1.99
33600789--33600973	79	2.3	81	80	8	209	26	28	21	23	1.99
33600770--33600973	40	5.1	40	80	8	220	25	27	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33602941--33602970	14	2.1	14	100	0	60	36	13	0	50	1.42
33603129--33603186	6	9.7	6	92	0	98	46	0	3	50	1.18
33603400--33603458	27	2.1	28	96	3	111	28	3	16	50	1.61
33606630--33606674	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
33607353--33607427	31	2.4	32	86	8	111	54	6	0	38	1.27
33615586--33615617	15	2.3	15	89	10	50	18	28	28	25	1.98
33617164--33617289	39	3.2	39	87	2	189	44	27	15	11	1.82
33617945--33617973	9	3.2	9	100	0	58	58	10	0	31	1.31
33625999--33626034	17	2.1	18	89	5	56	41	5	5	47	1.50
33626195--33626251	30	1.9	30	85	0	78	45	10	8	35	1.70
33627399--33627429	11	2.8	11	90	0	53	25	16	25	32	1.96
33644495--33644535	21	2.0	21	85	4	57	39	2	2	56	1.26
33646187--33646325	43	3.2	43	78	2	136	32	25	13	28	1.94
33646852--33646909	28	2.0	29	96	3	109	31	1	24	43	1.64
33646844--33646909	28	2.4	28	92	5	107	33	1	24	40	1.64
33647988--33648178	43	4.4	43	82	3	215	26	15	25	32	1.95
33653163--33653289	46	2.7	47	84	10	181	29	21	27	21	1.98
33653161--33653373	92	2.3	91	80	9	220	28	20	27	23	1.99
33653254--33653477	49	4.7	48	72	16	171	28	19	25	26	1.99
33658593--33658896	47	6.4	47	91	3	425	33	9	30	26	1.88
33658747--33658868	22	5.3	22	62	21	61	33	11	29	25	1.91
33673334--33673537	40	5.1	40	92	2	313	21	23	29	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33681286--33681446	40	4.0	40	90	3	227	22	21	27	27	1.99
33702327--33702414	45	2.0	45	93	0	149	39	23	12	23	1.89
33702350--33702418	21	3.1	21	68	15	59	39	24	13	23	1.90
33704130--33704347	6	35.3	6	72	17	144	50	14	16	18	1.79
33704156--33704347	25	7.7	25	81	8	148	48	14	17	18	1.80
33704151--33704347	37	5.3	37	75	11	138	49	14	17	18	1.79
33704162--33704291	19	6.6	19	73	19	106	49	15	17	17	1.80
33704156--33704325	62	2.7	62	89	0	259	48	14	17	18	1.81
33704761--33704904	27	5.3	27	78	11	152	25	20	17	36	1.94
33704762--33704902	54	2.6	53	81	6	169	26	20	17	36	1.94
33704952--33705016	27	2.4	27	89	0	103	32	12	15	40	1.84
33705005--33705505	27	18.6	27	82	2	605	30	7	20	40	1.80
33705022--33705503	54	8.9	54	90	2	754	30	7	21	41	1.80
33725484--33725572	34	2.6	34	89	0	124	26	20	23	29	1.99
33737743--33737782	20	2.0	20	95	0	71	37	25	17	20	1.94
33753002--33753028	13	2.1	13	100	0	54	37	14	0	48	1.45
33755330--33755505	43	4.0	42	79	7	183	25	28	19	27	1.99
33755331--33755504	88	2.0	87	86	5	244	25	28	19	26	1.99
33756295--33756436	47	3.0	46	89	1	212	46	13	11	28	1.78
33757064--33757697	316	2.0	316	98	0	1225	36	20	12	31	1.89
33758722--33758797	26	2.9	26	79	11	84	43	10	13	32	1.78
33765047--33765096	25	2.0	25	96	0	91	42	4	2	52	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33765050--33765102	25	2.2	25	86	3	72	39	3	5	50	1.44
33766776--33766994	47	4.8	45	73	16	171	24	31	18	26	1.98
33766724--33766993	94	2.9	92	75	13	259	24	30	17	27	1.97
33767818--33767858	20	2.0	20	95	0	73	17	9	21	51	1.74
33770718--33771389	221	3.0	221	98	0	1290	31	27	13	27	1.94
33773803--33773978	46	3.8	46	75	11	180	21	18	29	30	1.97
33780723--33780932	47	4.6	46	75	10	164	23	28	18	29	1.98
33781280--33781340	30	2.0	30	87	0	86	26	27	14	31	1.95
33781656--33781680	12	2.1	12	100	0	50	60	16	8	16	1.58
33781762--33781831	36	1.9	36	94	0	122	48	5	31	14	1.67
33782117--33782148	12	2.7	12	95	0	55	68	6	0	25	1.12
33785031--33785068	8	4.9	8	83	3	51	65	0	31	2	1.06
33786438--33786563	43	2.9	43	88	2	155	34	27	14	23	1.94
33792652--33792762	58	1.9	58	88	1	170	26	31	17	25	1.97
33792655--33792762	29	3.8	29	85	6	139	25	30	17	25	1.97
33792985--33793020	16	2.2	16	90	0	54	11	19	16	52	1.73
33794582--33794632	21	2.3	22	90	6	77	21	27	29	21	1.99
33797129--33797243	29	4.0	29	82	10	139	27	28	15	27	1.96
33797122--33797230	58	1.9	57	88	1	164	26	29	16	27	1.97
33799111--33799207	27	3.5	27	90	2	131	30	28	13	26	1.94
33812324--33812364	21	2.0	21	81	18	50	31	17	26	24	1.97
33819214--33819269	15	3.7	15	77	15	53	66	3	26	3	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33820492--33820565	18	4.1	18	77	6	69	43	10	12	33	1.77
33825502--33825642	27	5.2	27	81	11	173	17	23	23	35	1.95
33825499--33825642	54	2.7	54	92	2	236	17	23	23	35	1.95
33829274--33829709	137	3.2	137	92	3	689	33	8	29	27	1.87
33829274--33829709	47	9.4	47	85	7	599	33	8	29	27	1.87
33832753--33832796	21	2.1	21	83	8	54	79	2	11	6	1.01
33832771--33832826	15	3.7	15	77	15	53	66	3	25	5	1.29
33834409--33834597	24	8.0	24	88	4	260	27	22	22	28	1.99
33834430--33834596	23	7.1	23	90	2	244	28	21	22	28	1.99
33834647--33834713	20	3.3	20	89	0	98	32	22	13	31	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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