genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.332.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110085781--110085846	22	3.1	22	66	16	66	15	33	30	21	1.94
110085764--110085846	42	2.0	42	92	0	139	18	31	28	21	1.97
110088590--110088680	46	2.0	46	95	0	164	40	29	13	16	1.86
110096366--110096426	26	2.3	26	78	13	72	1	40	0	57	1.08
110096373--110096423	27	1.9	27	84	11	70	1	39	0	58	1.09
110098283--110098330	6	8.3	6	86	4	64	14	0	4	81	0.84
110101547--110101591	18	2.4	19	92	3	74	44	0	2	53	1.13
110108669--110108710	21	2.0	21	100	0	84	38	28	4	28	1.77
110112312--110112681	43	8.6	43	91	0	596	30	31	25	12	1.92
110112674--110112854	38	4.8	38	90	0	254	30	29	20	18	1.97
110112674--110112875	76	2.6	76	86	1	251	30	28	21	19	1.97
110118378--110118404	14	1.9	14	100	0	54	55	0	44	0	0.99
110122306--110122355	26	1.9	26	100	0	100	38	24	6	32	1.79
110133155--110133296	38	3.7	38	81	4	142	23	21	24	29	1.99
110139227--110139282	29	1.9	29	86	13	80	71	0	8	19	1.12
110139373--110139413	21	2.0	21	85	0	55	29	26	14	29	1.95
110140853--110140903	18	2.8	18	82	8	59	68	1	0	29	1.00
110143995--110144034	19	2.1	19	100	0	80	60	15	0	25	1.35
110144125--110144156	13	2.5	13	100	0	64	34	21	15	28	1.94
110148649--110148775	35	3.6	35	93	2	202	40	32	11	15	1.84
110153849--110153898	27	1.9	25	92	8	82	66	4	0	30	1.10
110157885--110157938	28	1.9	28	100	0	108	44	27	11	16	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110165618--110165649	7	4.6	7	100	0	64	87	0	0	12	0.54
110166059--110166103	3	15.0	3	100	0	90	33	33	0	33	1.58
110170685--110171033	173	2.0	175	98	1	684	31	16	18	34	1.92
110174792--110174835	18	2.4	18	88	0	61	45	0	2	52	1.13
110181688--110181738	25	2.1	24	82	10	59	3	23	0	72	1.01
110181697--110181735	14	2.7	15	84	8	53	2	23	0	74	0.94
110181781--110181816	17	2.1	17	90	10	56	0	27	0	72	0.85
110186737--110186773	18	2.1	18	89	0	56	21	5	13	59	1.54
110191344--110191388	23	2.0	23	86	0	63	20	13	33	33	1.91
110193600--110193660	32	1.9	32	89	0	95	39	9	18	32	1.83
110196923--110197434	261	2.0	261	94	1	911	27	22	12	37	1.91
110203366--110203401	3	12.3	3	91	5	56	63	0	2	33	1.08
110205307--110205345	20	2.0	20	85	5	53	25	17	20	35	1.95
110222799--110222857	29	2.0	31	83	6	77	38	0	40	20	1.53
110226683--110226733	15	3.4	15	81	10	68	68	0	3	27	1.07
110226669--110226737	30	2.3	29	87	4	102	65	0	4	30	1.12
110232400--110232429	3	10.0	3	100	0	60	33	0	33	33	1.58
110233522--110233547	5	5.2	5	100	0	52	42	0	57	0	0.98
110234306--110234345	6	6.7	6	94	0	71	32	0	65	2	1.06
110238363--110238674	156	2.0	156	93	2	529	38	15	12	33	1.85
110238650--110238744	36	2.6	36	77	9	95	31	15	7	45	1.74
110245521--110245624	41	2.5	42	84	9	133	34	24	20	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110246669--110246828	41	3.9	41	91	3	248	37	23	18	20	1.94
110246669--110246828	84	1.9	82	89	2	248	37	23	18	20	1.94
110249530--110249574	24	1.9	24	90	4	74	44	0	44	11	1.39
110251817--110251858	13	3.2	13	93	0	75	21	14	11	52	1.73
110257530--110257571	18	2.3	19	84	12	52	19	23	2	54	1.55
110272587--110272631	22	2.0	23	87	8	67	37	22	4	35	1.74
110276288--110276324	14	2.4	16	82	8	51	43	21	5	29	1.75
110276445--110277243	141	5.7	140	85	3	965	28	15	22	33	1.95
110277370--110277439	7	10.7	7	73	14	69	12	0	44	42	1.42
110278418--110278516	35	2.8	35	82	0	126	17	41	18	23	1.90
110280167--110280192	12	2.2	12	100	0	52	34	34	30	0	1.58
110287661--110287700	18	2.2	18	100	0	80	22	15	27	35	1.94
110291684--110291770	45	1.9	45	90	0	138	31	9	19	40	1.83
110292124--110292668	73	7.5	73	83	0	579	27	21	14	36	1.92
110292040--110292673	36	17.4	36	73	11	400	27	20	15	37	1.92
110292037--110292668	73	8.7	72	80	5	560	27	20	14	37	1.92
110296783--110296829	19	2.5	19	96	0	85	14	36	21	27	1.93
110310036--110310130	34	2.8	33	79	7	109	29	23	25	22	1.99
110313243--110313347	39	2.7	39	85	2	131	22	23	28	24	1.99
110318442--110318521	23	3.3	24	82	10	74	35	22	20	22	1.96
110318463--110318531	23	2.9	24	86	2	95	37	18	21	21	1.94
110320060--110320148	20	4.4	20	70	14	67	43	19	25	11	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110320184--110320278	47	2.0	47	95	0	172	32	20	9	37	1.84
110322357--110322453	6	16.2	6	93	0	149	19	3	16	60	1.48
110335188--110335220	14	2.3	15	89	5	50	78	6	3	12	1.04
110336091--110336118	7	4.0	7	100	0	56	28	0	14	57	1.38
110339338--110339401	31	2.1	29	82	5	74	37	14	9	39	1.78
110344810--110344926	57	2.1	57	86	3	164	29	16	12	41	1.85
110348028--110348120	43	2.1	43	94	2	159	27	21	19	31	1.97
110353137--110353183	22	2.2	22	88	3	69	14	12	4	68	1.36
110353143--110353184	22	1.9	22	95	0	75	14	9	4	71	1.28
110353799--110353843	20	2.2	20	84	0	54	55	17	6	20	1.64
110359891--110360024	46	3.0	45	81	4	135	33	14	23	28	1.94
110362562--110362606	19	2.4	19	82	17	58	66	0	2	31	1.04
110362562--110362606	18	2.3	20	78	21	60	66	0	2	31	1.04
110366629--110366685	28	2.0	28	100	0	114	24	17	26	31	1.97
110368234--110368336	52	2.0	52	98	0	197	27	20	9	42	1.83
110373292--110373557	102	2.6	102	89	1	397	19	19	30	30	1.97
110373475--110373524	26	1.9	26	91	0	82	14	22	32	32	1.93
110380777--110381041	103	2.6	104	91	1	426	19	20	29	29	1.97
110387802--110387843	11	4.0	11	84	9	61	73	2	0	23	0.94
110388151--110388228	9	8.6	9	72	16	54	33	1	3	61	1.22
110388151--110388201	18	2.7	19	79	14	61	35	0	3	60	1.15
110388151--110388234	27	3.2	26	81	10	82	32	1	3	63	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110389199--110389242	23	1.9	23	86	9	63	54	6	11	27	1.61
110389333--110389357	13	1.9	13	100	0	50	68	0	8	24	1.16
110389422--110389541	27	4.5	27	71	13	81	58	3	7	30	1.42
110389471--110389534	25	2.4	25	82	12	67	56	6	9	28	1.55
110389671--110389711	15	2.9	14	79	20	50	70	2	0	26	0.99
110394172--110394216	23	2.0	23	90	0	72	44	2	6	46	1.42
110402882--110402933	26	2.0	27	85	14	74	11	15	11	61	1.57
110403060--110403155	49	2.0	49	85	4	131	42	5	15	36	1.70
110404185--110404238	3	18.0	3	92	0	90	62	0	33	3	1.12
110405298--110405337	3	13.3	3	89	0	53	42	0	25	32	1.55
110405301--110405337	15	2.5	15	95	0	65	43	0	24	32	1.55
110405298--110405337	18	2.2	18	95	0	71	42	0	25	32	1.55
110410405--110410488	41	2.0	41	97	0	159	40	8	20	30	1.82
110411365--110411428	32	2.0	32	100	0	128	21	12	12	53	1.71
110415454--110415504	15	3.3	15	86	2	66	58	13	17	9	1.61
110415445--110415513	15	4.5	15	77	10	52	55	17	17	10	1.69
110419051--110419243	47	4.0	49	80	9	191	30	28	17	24	1.97
110427040--110427087	18	2.7	18	76	0	60	66	0	0	33	0.92
110427025--110427079	26	2.1	26	83	6	67	65	0	0	34	0.93
110430666--110430701	18	2.0	18	100	0	72	27	0	27	44	1.55
110430885--110430950	23	3.0	22	76	12	64	27	21	15	36	1.93
110431996--110432020	12	2.1	12	100	0	50	68	8	8	16	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110433565--110433626	30	2.1	30	93	0	106	59	14	1	24	1.44
110438832--110438867	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
110443054--110443092	20	2.0	20	85	10	53	35	0	7	56	1.28
110446815--110446856	22	1.9	22	90	9	68	0	21	0	78	0.75
110446818--110446856	13	3.1	12	82	10	51	0	20	0	79	0.73
110453568--110453704	43	3.2	42	78	10	118	29	25	17	27	1.97
110456197--110456341	48	3.0	49	77	9	145	22	16	25	35	1.94
110464109--110464276	37	4.5	37	82	5	205	19	11	26	42	1.84
110464123--110464287	74	2.2	74	88	5	237	18	10	27	43	1.83
110466258--110466309	21	2.3	21	80	9	59	38	3	11	46	1.59

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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