Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   

This is table  76  of  349  ( 41854 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
22222213--22222250
20
1.9
20
84
10
51
47
0
10
42
1.38
22228149--22228370
40
5.6
39
84
4
239
24
20
27
26
1.99
22228224--22228405
78
2.3
79
82
4
217
25
20
28
25
1.99
22236053--22236315
40
6.6
40
87
3
316
24
20
28
26
1.99
22236092--22236350
80
3.3
80
84
3
238
25
20
28
25
1.99
22239513--22239547
18
1.9
18
88
0
52
34
2
0
62
1.10
22239563--22239596
17
2.0
17
94
0
59
17
2
0
79
0.86
22246475--22246509
12
2.8
13
86
8
54
80
0
20
0
0.72
22247564--22247599
14
2.6
14
90
0
54
33
8
19
38
1.82
22248959--22249050
32
2.9
32
98
0
175
52
19
4
23
1.64
22248956--22249092
59
2.2
62
83
8
174
51
18
3
25
1.62
22253111--22253163
17
3.4
17
75
20
69
54
20
11
13
1.69
22253106--22253164
30
2.0
30
96
0
109
54
20
11
13
1.70
22259315--22259352
14
2.6
15
84
16
53
18
2
2
76
1.02
22259763--22259821
31
1.9
31
83
10
77
38
10
1
49
1.47
22262140--22262206
8
8.5
8
74
12
50
65
2
4
26
1.26
22262344--22262393
24
2.1
24
85
7
66
70
4
4
22
1.21
22264079--22264127
24
2.0
24
96
0
89
65
10
4
20
1.39
22265927--22265970
22
2.0
22
91
8
72
29
0
2
68
1.02
22266113--22266427
82
3.8
81
84
6
359
30
10
12
46
1.74
22266407--22266580
77
2.2
78
80
5
190
28
12
13
45
1.79
22266855--22267197
184
1.9
184
97
0
650
30
18
16
34
1.93
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
22273496--22273544
20
2.5
20
86
0
62
32
4
6
57
1.42
22273972--22274031
28
2.1
30
81
12
72
36
0
1
61
1.06
22274904--22274941
17
2.2
17
86
9
51
57
0
2
39
1.12
22278216--22278428
114
1.9
114
86
4
304
30
7
15
46
1.74
22278778--22278837
29
2.1
29
100
0
120
23
0
15
61
1.33
22284775--22284808
17
1.9
18
94
5
61
23
2
5
67
1.26
22284775--22284810
9
4.0
9
89
10
56
22
2
8
66
1.31
22284840--22284878
17
2.2
18
86
9
53
28
2
2
66
1.18
22291574--22291757
40
4.6
40
83
6
230
25
23
26
24
2.00
22291574--22291757
80
2.3
80
87
3
255
25
23
26
24
2.00
22297718--22297813
28
3.4
28
82
0
120
33
28
12
26
1.92
22297801--22297908
40
2.7
40
84
5
112
30
26
16
25
1.97
22298614--22298656
19
2.3
19
95
0
77
32
18
18
30
1.95
22300780--22300952
46
3.7
46
76
10
181
21
19
27
30
1.98
22300777--22300947
93
1.8
93
91
0
279
21
19
28
29
1.98
22307845--22307902
29
2.0
29
93
0
98
36
8
25
29
1.86
22308324--22308494
46
3.7
46
78
12
199
22
19
28
29
1.98
22308321--22308489
92
1.8
92
92
2
286
21
20
28
28
1.98
22314553--22314595
19
2.3
19
91
0
77
30
18
18
32
1.95
22319768--22319878
28
4.0
28
73
0
96
30
27
11
29
1.92
22319868--22319969
40
2.5
40
83
0
114
32
27
17
22
1.96
22328492--22329110
308
2.0
307
99
0
1220
22
13
23
40
1.90
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
22338234--22338291
28
2.0
31
83
10
77
27
1
3
67
1.17
22349148--22349198
26
2.0
26
84
0
66
39
21
1
37
1.65
22349295--22349506
46
4.6
46
88
2
255
19
23
14
42
1.88
22350052--22350093
17
2.4
18
80
4
50
50
7
0
42
1.30
22351599--22351630
11
2.9
11
95
0
55
68
0
3
28
1.04
22351598--22351654
11
5.0
11
77
8
51
59
1
1
36
1.18
22355820--22355909
39
2.3
40
84
5
112
30
17
27
24
1.97
22356567--22356622
18
3.0
18
72
15
51
60
3
1
33
1.24
22357143--22357207
30
2.3
27
78
7
67
43
1
1
53
1.19
22358711--22358767
15
3.5
15
72
23
53
66
5
10
17
1.40
22358705--22358771
33
2.0
33
100
0
134
64
5
11
17
1.46
22361217--22361287
35
2.0
35
100
0
142
40
0
14
45
1.44
22365608--22365776
46
3.7
45
79
12
182
29
28
20
21
1.98
22365609--22365779
93
1.8
93
92
0
288
29
28
20
21
1.98
22372707--22372879
46
3.7
46
75
11
174
29
26
20
23
1.99
22372712--22372882
93
1.8
93
88
2
263
28
27
21
22
1.99
22377994--22378353
46
7.6
48
75
9
253
25
28
18
27
1.98
22380169--22380216
17
2.8
17
87
6
62
37
25
18
18
1.94
22387810--22387867
30
1.9
30
89
0
89
20
25
29
24
1.99
22390409--22390454
23
2.0
24
83
12
60
67
0
13
19
1.23
22391154--22391293
74
1.9
74
93
0
244
20
20
22
36
1.95
22395314--22395371
30
1.9
30
82
0
71
20
29
29
20
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
22396856--22396892
17
2.2
17
90
0
56
13
29
29
27
1.94
22399221--22399245
13
1.9
13
100
0
50
32
16
16
36
1.90
22400761--22401870
47
23.6
47
95
1
1958
33
8
28
29
1.87
22403319--22403539
40
5.6
40
88
1
311
23
21
28
26
1.99
22405719--22405743
13
1.9
13
100
0
50
32
16
16
36
1.90
22407259--22408088
47
17.6
47
93
2
1403
33
8
28
29
1.86
22407259--22408088
331
2.5
330
94
2
1438
33
8
28
29
1.86
22412189--22412263
26
2.8
26
88
8
80
14
12
12
61
1.57
22412209--22412263
26
2.1
26
100
0
110
18
10
9
61
1.54
22419045--22419087
21
2.0
22
81
4
52
20
11
4
62
1.46
22424367--22424398
11
3.0
11
95
4
57
56
15
0
28
1.40
22429438--22429508
24
3.0
24
91
0
106
36
2
35
25
1.71
22430925--22431036
27
4.2
26
84
7
134
15
23
23
38
1.92
22430925--22431036
54
2.1
54
86
3
154
15
23
23
38
1.92
22435883--22435957
24
3.1
24
96
0
132
34
1
38
25
1.64
22437374--22437484
27
4.1
27
82
10
129
15
24
22
37
1.93
22437374--22437484
54
2.1
53
86
5
152
15
24
22
37
1.93
22445278--22445338
31
2.0
31
96
0
113
22
8
18
50
1.73
22453781--22454041
126
2.1
126
97
0
486
21
11
21
45
1.83
22457929--22457958
14
2.1
14
93
0
51
50
0
3
46
1.18
22460680--22460717
20
1.9
20
94
0
67
31
26
7
34
1.85
22460847--22460942
47
2.0
48
86
13
137
8
52
3
36
1.48
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
22462126--22462231
49
2.3
46
82
10
142
36
0
53
8
1.38
22462449--22462503
29
1.9
29
85
3
76
43
5
7
43
1.55
22471450--22471553
26
4.0
26
91
0
172
36
23
7
32
1.83
22474477--22474515
19
2.0
20
85
5
53
43
10
7
38
1.67
22477972--22478031
30
2.0
30
93
0
102
26
20
18
35
1.95
22478863--22478931
28
2.5
26
84
11
86
62
2
5
28
1.33
22479192--22479399
24
9.1
24
72
19
153
55
3
5
35
1.41
22479193--22479399
49
4.5
48
76
17
183
55
3
5
35
1.41
22479297--22479403
11
10.1
11
74
13
91
57
4
0
36
1.26
22479298--22479399
13
7.4
13
73
20
73
57
3
0
37
1.24
22479306--22479364
14
3.6
18
73
17
56
61
1
0
37
1.07
22479489--22479665
3
59.3
3
71
17
88
63
3
2
30
1.25
22480736--22480768
16
1.9
18
88
11
52
6
30
18
45
1.73
22481310--22481581
75
3.9
64
76
15
195
31
21
18
28
1.97
22481364--22481663
76
3.9
76
86
5
390
32
20
17
29
1.96
22481668--22481702
16
2.1
17
89
5
54
71
5
11
11
1.30
22492884--22492918
17
2.1
17
88
0
52
71
17
0
11
1.14
22493744--22493812
28
2.5
26
84
11
86
62
2
5
28
1.33
22493830--22493860
10
3.1
10
90
0
53
35
0
12
51
1.40
22494079--22494122
23
1.9
23
85
0
61
56
4
9
29
1.50
22494074--22494245
24
7.1
23
71
16
134
53
3
7
35
1.46
22494179--22494245
13
5.6
13
70
25
67
56
4
1
37
1.29
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
22494182--22494249
11
6.0
11
79
6
82
55
5
1
36
1.33
22494355--22494541
3
62.0
3
71
16
104
62
3
3
30
1.28
22494304--22494366
21
2.8
23
79
18
71
57
7
1
33
1.37
22494359--22494564
18
11.1
18
71
15
102
64
3
3
28
1.26
22494300--22494567
148
1.8
149
83
7
357
62
4
2
29
1.29
22495822--22495877
27
2.1
27
96
3
105
48
7
3
41
1.48
22498462--22498559
19
5.2
19
88
7
146
39
9
15
35
1.79
22498452--22498537
36
2.4
35
83
14
106
39
10
13
36
1.80
22498482--22498537
17
3.4
15
84
15
51
39
10
14
35
1.81
22498468--22498539
36
2.0
36
97
0
135
40
11
12
36
1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349