genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.100.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31615864--31616175	110	2.8	111	76	7	335	33	18	20	27	1.96
31617217--31617271	21	2.7	20	78	15	58	38	0	0	61	0.96
31617634--31617686	21	2.5	21	90	0	79	66	5	18	9	1.41
31623140--31623210	38	1.9	35	88	8	106	53	0	1	45	1.09
31623148--31623208	11	5.1	11	73	23	52	52	0	1	45	1.10
31623339--31623430	46	2.0	44	81	8	105	40	22	3	33	1.70
31625680--31625776	42	2.3	42	92	1	160	48	15	7	28	1.71
31625794--31625833	19	2.2	18	95	4	71	42	15	2	40	1.60
31630350--31630433	42	2.0	42	90	0	132	44	13	11	30	1.79
31630352--31630446	42	2.3	42	85	1	120	46	13	8	31	1.73
31630464--31630503	19	2.2	18	90	4	62	40	15	2	42	1.60
31639169--31639214	7	6.7	7	83	11	51	45	0	0	54	0.99
31648752--31648799	16	3.3	15	82	8	55	6	27	0	66	1.15
31650623--31650674	26	2.0	26	81	7	61	7	0	25	67	1.17
31650887--31650917	12	2.6	12	94	0	53	12	0	9	77	0.99
31650868--31650930	30	2.1	30	82	5	74	11	1	12	74	1.14
31650868--31650936	18	3.9	17	75	12	59	11	1	11	75	1.12
31653605--31653645	19	2.2	19	90	0	64	12	7	7	73	1.25
31659085--31659434	40	9.0	40	90	5	556	25	27	18	28	1.98
31659199--31659260	31	2.0	31	100	0	124	29	22	19	29	1.98
31659085--31659434	151	2.3	153	91	4	551	25	27	18	28	1.98
31665466--31665506	20	2.0	21	85	4	57	36	9	14	39	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31669983--31670231	124	2.0	124	99	0	489	41	7	17	33	1.77
31680063--31680555	248	2.0	245	98	1	950	37	14	11	37	1.82
31683605--31683737	55	2.4	55	89	1	196	26	30	21	21	1.99
31688016--31688147	66	2.0	66	100	0	264	31	15	10	42	1.81
31689254--31689298	23	2.0	23	82	8	56	62	0	6	31	1.21
31689507--31689555	23	2.1	23	96	0	89	30	4	6	59	1.41
31690446--31690591	78	1.9	78	100	0	292	39	26	23	11	1.89
31696213--31696261	21	2.4	21	89	3	73	22	28	8	40	1.82
31696215--31696261	10	4.5	11	79	10	55	23	27	8	40	1.83
31696435--31696505	19	3.6	19	83	7	97	43	19	23	12	1.86
31696438--31696516	40	2.0	40	92	0	131	41	17	26	13	1.87
31696519--31696576	27	2.1	27	93	0	98	46	20	13	18	1.83
31696681--31696719	17	2.3	17	86	8	53	43	20	0	35	1.52
31701652--31701698	19	2.5	19	80	13	60	57	4	0	38	1.18
31703558--31703592	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
31703593--31703776	72	2.6	72	97	0	350	27	7	23	41	1.80
31707994--31708049	3	18.7	3	100	0	112	32	0	0	67	0.91
31708050--31708233	72	2.6	72	99	0	359	27	6	23	41	1.79
31719970--31720013	21	2.1	21	100	0	88	34	0	29	36	1.58
31727343--31727375	16	2.1	16	100	0	66	39	0	42	18	1.50
31727605--31727685	27	3.0	27	83	3	101	37	18	25	18	1.94
31727615--31727701	27	3.2	27	80	3	95	37	18	26	17	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31730819--31730974	47	3.3	46	83	7	183	33	8	30	27	1.87
31731045--31731129	40	2.2	40	86	2	118	17	21	31	29	1.96
31733661--31734014	40	8.9	40	91	1	559	22	21	29	27	1.99
31733661--31734014	119	3.0	118	91	2	550	22	21	29	27	1.99
31733661--31734014	159	2.2	159	90	1	557	22	21	29	27	1.99
31734178--31734228	25	2.0	25	81	7	59	33	13	31	21	1.92
31737710--31737865	47	3.3	46	84	7	192	33	9	30	26	1.88
31737935--31738020	40	2.2	40	87	2	120	18	20	31	29	1.97
31742736--31742863	38	3.3	37	65	18	89	37	8	5	48	1.57
31742723--31742881	78	2.1	78	95	1	284	37	8	6	47	1.59
31751767--31751817	11	4.6	11	80	0	57	52	3	0	43	1.19
31751973--31752003	16	1.9	16	93	0	53	0	22	0	77	0.77
31751979--31752012	16	2.1	16	88	0	50	0	29	0	70	0.87
31752991--31753036	24	2.0	24	86	4	67	34	2	19	43	1.63
31753707--31753841	48	2.8	47	81	7	157	33	7	5	53	1.53
31754794--31754826	7	4.7	7	100	0	66	27	0	15	57	1.38
31754822--31754853	7	4.4	7	96	4	55	31	0	15	53	1.43
31754801--31754846	14	3.3	14	85	14	60	28	0	15	56	1.39
31754794--31754833	21	1.9	21	90	10	64	27	0	15	57	1.38
31755428--31755465	18	2.1	18	95	0	67	23	26	10	39	1.87
31758908--31759288	126	3.0	126	89	0	600	28	19	16	34	1.94
31759830--31759919	39	2.4	38	87	7	123	44	20	0	35	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31759830--31759919	19	4.8	19	84	10	123	44	20	0	35	1.51
31760013--31760045	17	1.9	17	100	0	66	57	24	0	18	1.40
31764092--31764137	23	2.0	23	95	0	83	21	19	17	41	1.90
31764381--31764429	25	1.9	26	87	4	73	51	4	6	38	1.46
31764444--31764534	46	2.0	46	89	2	139	48	15	1	35	1.52
31769495--31770836	120	11.2	120	98	0	2560	43	2	6	48	1.39
31770545--31770579	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
31770785--31770819	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
31770984--31771074	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
31771055--31771123	16	4.2	16	92	3	120	36	37	1	24	1.65
31771055--31771123	33	2.1	32	94	2	120	36	37	1	24	1.65
31771611--31771643	16	2.0	17	88	5	50	36	15	15	33	1.88
31773427--31773537	48	2.3	49	85	1	143	32	9	27	31	1.87
31777042--31777089	24	2.0	24	100	0	96	45	12	16	25	1.82
31780596--31780719	46	2.8	46	91	3	200	27	22	16	33	1.96
31780596--31780830	37	5.8	45	87	8	207	26	21	15	36	1.93
31780681--31780857	37	4.8	37	95	0	300	26	20	13	38	1.90
31788264--31788387	46	2.8	46	91	3	200	27	22	16	33	1.96
31788264--31788461	37	4.8	45	84	10	207	26	21	16	35	1.94
31788350--31788488	37	3.8	37	95	0	233	25	21	13	38	1.90
31792930--31792985	22	2.5	22	97	0	103	28	14	23	33	1.94
31800664--31800704	18	2.3	18	87	4	57	65	0	4	29	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31805686--31805728	18	2.4	18	92	0	68	20	27	9	41	1.83
31805970--31806009	21	1.9	21	85	10	55	30	40	20	10	1.85
31809184--31809691	126	4.0	127	88	2	702	28	19	18	34	1.95
31810146--31810184	16	2.3	17	86	8	53	51	30	0	17	1.46
31814270--31814319	25	2.1	23	85	10	66	24	4	10	62	1.44
31823548--31823619	33	2.2	33	80	12	85	20	25	1	52	1.54
31826347--31826532	80	2.3	80	83	11	222	28	27	20	23	1.99
31826349--31826532	40	4.6	40	82	8	198	28	27	20	23	1.99
31834244--31834411	40	4.2	40	82	8	148	27	27	20	24	1.99
31834279--31834464	80	2.3	80	83	9	229	27	27	20	23	1.99
31834281--31834464	40	4.6	40	83	7	205	27	27	21	23	1.99
31855359--31855414	20	3.1	18	78	19	62	48	3	3	44	1.37
31855360--31855458	17	5.8	17	68	17	53	48	3	6	42	1.43
31858082--31858196	43	2.7	43	89	2	169	25	14	25	34	1.94
31858071--31858245	43	4.1	42	76	10	153	29	13	24	33	1.93
31860739--31860899	44	3.8	42	75	11	130	31	25	16	27	1.96
31863715--31863867	42	3.6	42	85	0	198	26	26	17	29	1.98
31863715--31863893	84	2.1	84	85	3	234	27	25	17	29	1.98
31878570--31878746	46	3.8	46	73	15	166	22	20	27	29	1.99
31878567--31878739	94	1.8	93	88	3	267	23	21	27	28	1.99
31881681--31881748	15	4.6	15	75	3	66	13	17	11	57	1.65
31881672--31881750	29	2.7	29	78	9	88	12	17	13	55	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31884144--31884319	46	3.8	45	79	12	205	20	20	29	29	1.98
31884141--31884312	93	1.8	93	94	0	308	20	20	29	28	1.98
31887256--31887365	44	2.6	43	73	12	109	26	18	22	32	1.97
31896571--31896694	42	2.9	42	78	9	126	32	28	18	20	1.97
31896535--31896694	43	3.7	43	76	6	144	31	28	17	22	1.97
31897813--31897837	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
31903467--31903609	41	3.3	43	73	9	139	24	15	28	31	1.95
31909544--31909597	23	2.2	25	87	6	76	29	5	9	55	1.54
31911146--31911199	22	2.5	22	81	3	65	14	37	33	14	1.88
31913110--31913156	10	4.8	10	78	21	55	59	17	0	23	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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