genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.220.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72063853--72064055	53	3.8	53	76	7	194	37	18	22	20	1.94
72071252--72071458	53	3.8	53	77	5	209	37	17	24	21	1.94
72073006--72073105	39	2.6	38	82	4	112	48	9	6	37	1.60
72074185--72074242	31	1.9	30	86	10	82	20	3	8	67	1.33
72086484--72086509	12	2.2	12	100	0	52	23	7	15	53	1.67
72092808--72092844	16	2.3	16	95	0	65	59	18	13	8	1.58
72093074--72093151	28	2.8	27	80	3	84	26	16	26	29	1.97
72093990--72094014	11	2.3	11	100	0	50	88	0	12	0	0.53
72095210--72095357	40	3.7	40	89	0	242	24	23	27	24	2.00
72096906--72097027	63	1.9	63	100	0	244	19	15	34	30	1.93
72100062--72100104	16	2.7	16	89	7	61	58	18	16	6	1.60
72100316--72100405	29	3.1	28	81	7	110	28	13	27	30	1.94
72105090--72105136	23	2.0	23	100	0	94	23	8	25	42	1.82
72105988--72106013	12	2.2	12	100	0	52	23	7	15	53	1.67
72107480--72107528	15	3.2	15	77	5	53	40	8	16	34	1.78
72108505--72108549	22	2.0	22	100	0	90	33	17	17	31	1.94
72114751--72114798	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
72114835--72114921	20	4.3	20	95	0	156	34	11	20	33	1.89
72114846--72114921	11	7.5	11	71	16	74	35	11	19	32	1.88
72114841--72114913	9	7.4	9	71	17	56	34	9	20	35	1.85
72114971--72115115	24	6.0	24	85	3	184	31	22	20	26	1.98
72123110--72123232	26	4.8	26	90	1	187	27	23	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72123110--72123232	52	2.4	51	94	2	221	27	23	22	26	2.00
72123266--72123296	16	1.9	16	93	0	53	29	16	25	29	1.96
72124035--72124112	27	2.9	27	79	11	88	21	20	21	35	1.96
72124153--72124435	27	10.4	27	80	6	198	31	8	19	40	1.82
72124243--72124421	80	2.2	81	83	5	220	29	8	20	41	1.81
72124414--72124485	27	2.7	27	95	0	126	37	9	23	29	1.87
72124349--72124462	54	2.1	54	83	0	138	31	7	24	36	1.82
72129006--72129047	21	2.0	21	100	0	84	42	14	14	28	1.84
72130369--72130445	38	2.0	38	94	0	136	37	10	20	31	1.87
72137618--72137771	42	3.6	42	84	3	202	30	17	24	27	1.97
72138695--72138723	12	2.4	12	100	0	58	31	24	44	0	1.54
72140519--72140696	27	6.6	27	80	3	160	28	29	16	25	1.97
72140540--72140695	82	1.9	81	84	3	206	28	29	16	25	1.97
72142733--72142797	28	2.4	26	73	17	69	40	23	20	16	1.92
72157758--72157810	17	3.1	17	70	20	56	49	5	15	30	1.67
72157754--72157821	34	2.0	34	97	0	127	48	5	13	32	1.66
72158108--72158168	29	2.0	31	87	6	90	45	8	4	40	1.55
72158122--72158187	30	2.2	29	81	7	71	46	9	9	34	1.67
72158860--72158924	9	7.7	9	75	13	66	18	7	13	60	1.57
72158858--72158924	17	4.0	17	79	11	84	19	7	13	59	1.57
72158861--72158924	24	2.5	26	82	5	78	18	7	14	59	1.58
72159200--72159275	37	2.1	37	94	0	134	44	18	9	27	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72160243--72160282	17	2.4	17	91	8	64	27	27	20	25	1.99
72166353--72166537	79	2.3	81	83	7	227	25	27	22	24	2.00
72166334--72166537	40	5.1	40	81	8	229	25	27	22	25	2.00
72171705--72171832	29	4.5	28	88	2	175	32	25	12	28	1.92
72171704--72171832	57	2.3	57	87	2	188	32	26	12	28	1.92
72176027--72176062	15	2.4	15	100	0	72	50	0	8	41	1.33
72187195--72187243	20	2.5	20	93	0	80	24	24	0	51	1.49
72187201--72187233	15	2.1	16	88	5	50	21	27	0	51	1.48
72190314--72190357	21	2.1	21	100	0	88	34	9	13	43	1.76
72195405--72195560	65	2.4	65	90	0	240	27	15	27	29	1.96
72198415--72198620	40	5.2	40	95	1	319	27	26	23	22	1.99
72215126--72215445	27	11.9	27	77	11	177	37	18	12	32	1.87
72215125--72215445	54	6.0	53	78	8	267	37	18	12	32	1.88
72215120--72215445	81	4.0	81	77	9	292	36	18	12	31	1.89
72219261--72219529	27	10.0	27	75	12	200	36	18	13	32	1.89
72219262--72219530	54	5.0	53	75	11	226	36	18	13	32	1.89
72219261--72219556	81	3.7	80	77	9	273	36	17	13	32	1.88
72219376--72219570	27	7.2	27	77	14	106	37	16	13	32	1.87
72223143--72223200	29	2.0	29	100	0	116	44	3	20	31	1.68
72228906--72228983	27	2.9	27	79	11	88	20	20	21	37	1.95
72229024--72229131	27	3.9	27	78	13	94	31	8	17	42	1.79
72229088--72229216	27	4.8	26	72	8	98	28	6	19	44	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72229215--72229331	27	4.4	27	87	5	175	36	5	25	31	1.80
72231268--72231320	23	2.3	23	100	0	106	32	11	13	43	1.79
72242411--72242619	40	5.2	40	79	8	201	25	22	27	24	2.00
72242395--72242619	120	1.9	121	83	4	294	25	23	26	24	2.00
72257855--72258027	46	3.7	46	78	10	199	22	20	27	28	1.99
72257852--72258022	93	1.8	93	93	0	297	22	21	28	28	1.99
72263282--72263326	20	2.2	20	88	0	63	35	15	20	28	1.93
72268061--72268108	26	1.9	24	100	0	78	43	10	16	29	1.81
72270975--72271019	20	2.2	20	88	0	63	35	15	20	28	1.93
72283251--72283318	29	2.3	30	80	11	79	25	11	7	55	1.61
72283532--72283588	29	1.9	29	85	3	78	31	5	10	52	1.58
72286079--72286116	14	2.8	14	88	4	51	57	2	31	7	1.41
72287061--72287104	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
72287196--72287224	15	1.9	15	100	0	58	41	0	0	58	0.98
72287852--72288497	320	2.0	320	98	0	1247	28	15	31	24	1.96
72288519--72288564	5	9.2	5	90	0	74	2	19	0	78	0.86
72289643--72289705	26	2.4	27	86	2	83	31	25	15	26	1.96
72290019--72290163	60	2.4	59	86	7	186	29	18	23	28	1.98
72290061--72290166	28	3.7	27	69	27	83	29	18	25	26	1.98
72292185--72292228	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
72292317--72292345	15	1.9	15	100	0	58	41	0	0	58	0.98
72295176--72295288	28	3.9	27	71	21	86	29	20	24	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72295143--72295278	60	2.3	59	86	8	177	28	20	25	25	1.99
72301359--72301385	13	2.1	13	100	0	54	14	7	22	55	1.64
72303732--72303852	46	2.6	46	85	2	143	29	17	28	24	1.97
72305221--72305430	46	4.5	46	77	7	228	23	20	25	30	1.99
72307899--72308407	47	10.7	47	95	1	849	32	8	29	29	1.87
72307946--72308024	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
72308526--72308604	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
72311406--72311448	20	2.2	20	95	0	77	18	27	32	20	1.96
72316471--72316611	48	2.9	48	83	0	183	29	26	18	25	1.98
72319332--72319392	30	2.0	30	83	0	77	29	24	6	39	1.80
72320856--72320899	19	2.3	19	84	4	52	31	9	11	47	1.71
72321339--72321427	22	4.0	22	75	10	99	46	23	4	25	1.71
72322376--72322436	32	1.9	32	90	6	97	47	18	6	27	1.73
72332230--72332454	40	5.7	40	89	5	298	25	20	27	26	1.99
72339097--72339121	13	1.9	13	100	0	50	88	4	8	0	0.64
72340199--72340417	40	5.7	39	81	13	224	25	22	27	25	2.00
72340198--72340417	74	2.8	79	82	11	276	25	22	27	25	2.00
72340196--72340417	114	1.9	116	82	12	280	25	22	27	25	2.00
72343595--72343621	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
72353841--72353921	27	3.0	27	79	0	99	27	12	18	41	1.86
72354243--72354293	18	2.8	19	76	8	61	21	21	17	39	1.93
72361232--72361416	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72361232--72361416	40	4.7	40	84	6	225	24	22	27	25	2.00
72361285--72361449	79	2.1	79	83	6	201	26	20	27	26	1.99
72371939--72371973	15	2.2	16	90	5	54	60	0	17	22	1.37
72371904--72372003	42	2.3	45	86	6	134	52	1	21	26	1.54
72373537--72373636	29	3.5	29	85	6	123	28	27	16	29	1.97
72373548--72373636	29	3.1	29	90	4	128	26	28	16	28	1.97
72378086--72378133	21	2.3	20	85	3	60	45	20	18	14	1.85
72378099--72378142	20	2.1	21	87	4	63	40	20	22	15	1.90
72380321--72380362	18	2.3	19	92	8	70	2	23	0	73	0.94
72380321--72380379	6	10.2	6	70	7	50	5	20	0	74	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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