genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.45.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14683931--14683967	14	2.6	14	91	0	56	43	5	16	35	1.71
14691031--14691124	30	3.1	30	93	1	152	27	25	6	40	1.80
14691041--14691118	15	5.2	15	68	11	61	28	23	7	41	1.82
14695694--14695787	30	3.1	30	95	1	161	26	25	6	41	1.79
14695704--14695781	15	5.2	15	70	11	70	26	23	7	42	1.81
14696029--14696093	31	2.1	30	83	8	78	53	0	1	44	1.09
14696534--14696568	16	2.2	17	90	10	56	37	5	0	57	1.23
14709831--14709911	39	2.1	39	86	4	110	34	12	27	25	1.92
14709813--14710008	96	2.0	96	97	0	365	35	12	25	26	1.92
14709927--14710007	39	2.1	39	86	4	110	34	13	25	25	1.93
14718085--14718147	29	2.1	30	82	2	74	46	4	15	33	1.67
14718233--14718302	22	3.2	22	62	8	52	25	0	20	54	1.45
14718222--14718313	44	2.1	44	97	0	175	22	0	23	53	1.46
14740431--14740530	40	2.6	37	71	17	96	33	22	24	21	1.98
14741428--14741502	5	14.8	5	69	22	50	1	20	4	74	1.05
14741421--14741483	26	2.7	22	71	19	56	1	23	3	71	1.09
14741429--14741501	26	3.0	26	78	11	75	1	20	4	73	1.06
14749535--14749578	8	5.5	8	83	0	52	54	0	2	43	1.12
14769002--14769051	24	2.1	24	88	0	73	30	8	20	42	1.80
14772216--14772259	8	5.5	8	84	10	63	59	0	2	38	1.10
14772208--14772255	24	2.0	24	84	15	64	54	0	4	41	1.20
14772308--14772332	5	5.0	5	100	0	50	60	20	20	0	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14781415--14781447	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
14781773--14781835	31	2.0	31	100	0	126	30	28	6	34	1.82
14786116--14786145	14	2.1	14	93	0	51	20	3	6	70	1.25
14786635--14786764	41	3.2	41	83	1	118	34	22	21	21	1.97
14786652--14786784	41	3.3	41	83	1	160	35	23	20	21	1.96
14787375--14787408	7	4.9	7	85	0	50	17	0	26	55	1.42
14787532--14787563	14	2.3	14	94	0	55	15	0	31	53	1.43
14787984--14788017	18	1.9	18	88	5	52	50	2	2	44	1.32
14789883--14790134	138	1.8	138	94	1	452	28	9	12	50	1.71
14791672--14791716	22	2.0	22	91	0	72	33	2	15	48	1.57
14795449--14795493	22	2.0	22	91	0	72	33	2	15	48	1.57
14795822--14795875	13	4.2	13	81	6	56	27	0	5	66	1.13
14796022--14796162	43	3.3	43	85	0	192	23	17	31	27	1.97
14799573--14799618	18	2.7	17	78	18	51	47	2	0	50	1.13
14810821--14810872	10	5.1	10	97	2	95	48	0	0	51	1.00
14823106--14823165	30	2.1	30	81	12	72	51	0	1	46	1.10
14823330--14823401	30	2.5	28	73	10	72	45	8	15	30	1.75
14826982--14827023	21	2.0	22	86	13	61	33	2	0	64	1.07
14830192--14830228	20	2.0	20	89	10	60	40	8	0	51	1.32
14830186--14830228	16	2.8	16	80	20	56	39	9	0	51	1.34
14830185--14830259	30	2.5	31	79	14	79	36	10	2	50	1.51
14831439--14831487	22	2.3	22	82	10	57	24	4	2	69	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14833649--14833712	29	2.2	29	77	5	67	32	18	0	48	1.49
14834476--14834503	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
14836451--14836584	65	2.0	66	89	1	207	27	20	19	32	1.97
14839944--14839982	20	2.0	19	85	5	51	58	2	0	38	1.12
14839944--14839982	19	2.0	20	85	14	55	58	2	0	38	1.12
14840229--14840286	30	1.9	30	92	0	98	51	6	1	39	1.39
14840753--14840964	108	2.0	109	89	0	327	45	10	13	30	1.77
14841371--14841415	21	2.1	21	84	8	56	75	2	6	15	1.11
14844389--14844611	104	2.2	103	91	2	358	18	18	31	31	1.95
14844531--14844681	71	2.1	71	89	4	225	23	16	28	31	1.96
14851932--14852153	104	2.2	102	91	3	356	18	18	31	31	1.95
14852073--14852217	66	2.1	68	87	7	206	23	15	28	31	1.96
14852180--14852229	25	2.0	25	88	0	73	16	20	32	32	1.94
14855837--14855877	21	2.0	21	85	9	57	58	9	9	21	1.59
14856632--14856710	17	4.5	18	78	16	78	62	3	2	31	1.27
14856570--14856683	42	2.6	42	72	16	99	59	0	6	34	1.22
14856750--14856789	21	1.9	21	89	0	62	62	0	7	30	1.23
14858057--14858130	10	7.0	10	73	15	60	50	4	0	45	1.20
14858131--14858177	18	2.7	17	78	12	51	46	2	0	51	1.13
14858132--14858190	23	2.5	23	88	5	82	44	1	0	54	1.10
14861363--14861402	20	2.0	20	85	0	53	47	0	0	52	1.00
14862632--14862689	17	3.7	17	78	17	63	34	0	3	62	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14862637--14862723	23	3.5	23	72	15	68	35	0	4	59	1.18
14862998--14863029	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
14866702--14866734	6	5.5	6	100	0	66	48	15	18	18	1.81
14867836--14867874	16	2.5	15	84	8	51	0	30	7	61	1.24
14869377--14869434	30	1.9	30	85	0	80	22	12	6	58	1.57
14869661--14869754	14	6.5	14	70	18	68	35	5	0	59	1.20
14869765--14869806	7	5.9	7	78	15	50	28	2	0	69	1.01
14870238--14870264	14	1.9	14	100	0	54	29	0	7	62	1.22
14870252--14870373	64	1.9	62	86	3	172	29	7	12	50	1.67
14877924--14877950	14	1.9	14	100	0	54	29	0	7	62	1.22
14882800--14882825	8	3.2	8	100	0	52	76	0	11	11	1.01
14895992--14896284	46	6.4	46	90	2	446	45	13	22	18	1.84
14895992--14896312	137	2.3	138	88	2	468	45	14	21	18	1.85
14896382--14896451	26	2.7	25	76	13	70	34	2	25	37	1.71
14899020--14899063	20	2.2	20	87	0	61	36	29	2	31	1.70
14899149--14899270	42	2.9	42	77	2	127	28	23	15	31	1.95
14902571--14902649	39	2.0	39	100	0	158	22	15	20	41	1.89
14927772--14927805	3	11.3	3	93	0	59	32	0	29	38	1.58
14931148--14931185	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
14942872--14943347	234	2.0	234	98	0	925	30	17	15	36	1.90
14945577--14945634	28	2.1	28	100	0	116	13	24	10	51	1.72
14959515--14959552	17	2.2	17	85	0	58	42	7	7	42	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14962915--14962956	21	2.0	21	95	0	75	40	28	4	26	1.76
14965407--14965454	22	2.2	22	92	3	80	47	0	22	29	1.51
14966048--14966111	25	2.5	26	79	2	67	31	20	23	25	1.98
14967113--14967246	39	3.5	40	90	2	141	26	30	22	20	1.98
14967141--14967256	39	3.0	39	96	0	205	26	29	21	22	1.99
14968318--14969967	560	2.9	560	99	0	3273	37	20	7	35	1.80
14970688--14970728	21	1.9	21	85	5	55	31	7	0	60	1.24
14971422--14971459	19	2.0	19	94	0	67	34	15	13	36	1.87
14973766--14973824	22	2.6	22	86	2	91	38	23	23	13	1.91
14977649--14977713	24	2.7	24	87	0	76	40	26	16	16	1.90
14980871--14981021	43	3.5	43	80	2	169	32	21	17	28	1.96
14985533--14986393	318	2.7	316	90	2	1324	40	11	15	33	1.82
14987702--14987871	93	1.8	93	94	0	304	28	29	20	21	1.98
14987695--14987870	46	3.8	46	79	12	207	29	29	20	20	1.98
14996720--14996765	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
14996727--14996771	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
15008739--15008838	53	1.9	52	83	2	128	24	29	30	17	1.97
15009660--15009752	21	4.4	21	71	10	73	44	15	23	17	1.86
15009674--15009777	42	2.5	41	81	4	111	41	14	23	21	1.89
15011202--15011685	260	1.9	260	91	2	794	38	17	13	29	1.89
15011965--15012016	23	2.3	23	82	0	59	57	5	7	28	1.50
15012088--15012138	3	17.0	3	95	0	75	60	0	5	33	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15012242--15012331	27	3.3	27	70	14	78	52	5	8	33	1.56
15012363--15012408	24	1.9	24	86	8	67	65	2	8	23	1.32
15012681--15012721	18	2.3	18	86	0	64	70	2	2	24	1.11
15013547--15013578	16	2.0	16	93	0	55	28	0	34	37	1.57
15013868--15013991	21	5.9	21	75	10	92	17	1	37	43	1.59
15013896--15013995	35	2.9	35	73	16	100	16	1	37	46	1.54
15013937--15014073	43	3.2	41	75	12	125	18	0	37	43	1.55
15013867--15013993	7	18.0	7	72	13	75	18	1	37	43	1.59
15014002--15014034	14	2.3	15	89	5	50	15	0	45	39	1.46
15014230--15014266	13	2.7	14	91	8	67	43	0	5	51	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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