genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.93.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29193229--29193322	41	2.3	41	85	7	120	19	20	25	35	1.96
29197462--29197625	44	3.8	42	80	10	154	26	15	24	32	1.95
29199987--29200064	33	2.4	33	77	12	88	25	25	16	32	1.96
29200907--29200943	19	1.9	19	94	0	65	59	8	21	10	1.56
29216234--29216363	40	3.3	39	85	3	170	23	21	28	26	1.99
29216234--29216398	79	2.1	79	80	2	179	25	21	28	24	1.99
29218996--29219030	17	2.1	17	94	0	61	31	5	17	45	1.71
29226393--29226442	18	2.7	18	90	3	73	76	8	4	12	1.15
29226399--29226442	6	7.3	6	81	0	52	77	6	2	13	1.07
29231004--29231078	33	2.3	33	97	0	141	32	9	22	36	1.86
29232162--29232201	11	3.6	11	89	0	53	35	0	47	17	1.48
29237541--29237698	80	2.0	78	97	2	298	31	10	27	31	1.90
29237590--29237651	31	2.0	31	100	0	124	29	12	25	32	1.93
29237331--29237620	47	6.1	47	97	1	501	32	8	29	29	1.88
29237591--29237662	31	2.3	31	92	4	119	30	11	27	30	1.91
29237621--29237870	47	5.3	47	96	0	455	33	8	28	29	1.87
29237989--29238067	37	2.1	37	88	0	113	24	17	31	26	1.97
29248769--29248802	17	1.9	18	88	5	52	35	23	0	41	1.55
29268995--29269092	33	2.9	34	81	3	110	33	16	24	25	1.96
29270771--29270811	21	2.0	21	90	9	66	34	24	2	39	1.69
29276582--29276622	21	2.0	21	90	9	66	34	24	2	39	1.69
29282713--29282909	50	4.2	46	72	18	147	23	28	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29287834--29287875	22	2.0	22	86	9	61	19	7	7	66	1.39
29307366--29307511	40	3.6	41	81	9	167	26	27	21	23	1.99
29314757--29314982	40	5.7	40	88	4	278	27	26	20	25	1.99
29316889--29317030	73	1.9	75	81	5	173	27	17	8	46	1.77
29321746--29322183	44	9.6	44	72	13	251	32	19	21	26	1.97
29321787--29322044	143	1.8	143	82	5	333	32	20	20	25	1.98
29322065--29322208	46	3.2	46	82	2	159	32	20	17	29	1.96
29323938--29323979	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
29325416--29325571	85	1.8	84	81	9	192	25	17	25	32	1.97
29325409--29325579	43	4.0	41	71	15	141	26	16	25	31	1.97
29333068--29333178	42	2.6	43	81	7	129	25	18	23	32	1.97
29336936--29336996	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
29338195--29338339	40	3.6	40	85	0	191	33	26	17	21	1.96
29341212--29341383	43	4.1	42	76	8	161	27	13	25	33	1.94
29345008--29345041	17	2.0	17	88	11	52	17	29	5	47	1.71
29351392--29351436	21	2.1	21	87	0	63	44	13	8	33	1.75
29360613--29360737	6	20.3	6	73	16	105	48	13	19	19	1.81
29360622--29360737	25	4.7	25	86	3	155	48	12	19	18	1.81
29360855--29360962	27	4.0	26	85	5	135	36	21	24	18	1.95
29361499--29361966	81	5.8	81	86	0	569	25	18	17	38	1.92
29361502--29361966	27	17.2	27	84	2	495	26	18	16	38	1.92
29361506--29361959	108	4.2	108	89	2	662	25	19	16	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29361952--29362022	27	2.6	27	77	0	88	29	1	22	46	1.60
29362015--29362234	27	8.3	27	80	10	231	31	11	18	38	1.86
29362015--29362234	53	4.1	54	85	6	263	31	11	18	38	1.86
29362010--29362234	80	2.8	78	81	9	258	31	11	18	39	1.85
29363732--29363901	43	4.0	43	79	4	164	25	15	26	32	1.95
29380196--29380249	26	2.1	26	100	0	108	35	18	18	27	1.94
29384629--29384676	24	2.0	24	95	0	87	35	20	10	33	1.87
29384783--29384817	18	1.9	18	94	0	61	48	14	17	20	1.81
29385085--29385134	23	2.2	23	86	13	68	42	18	14	26	1.87
29385225--29385349	27	4.6	27	88	4	180	37	13	14	34	1.85
29388511--29388545	18	1.9	18	94	0	61	48	14	17	20	1.81
29388812--29388861	23	2.2	23	86	13	68	42	18	14	26	1.87
29388950--29389048	26	3.8	26	87	2	144	34	15	18	32	1.92
29392285--29392331	21	2.2	21	96	0	85	42	19	19	19	1.89
29396033--29396072	14	2.9	13	88	3	53	17	2	2	77	0.99
29403044--29403205	41	3.9	41	76	6	146	25	17	24	32	1.97
29403093--29403205	43	2.7	42	81	4	120	27	16	22	33	1.95
29410451--29410480	15	2.0	15	100	0	60	33	13	13	40	1.83
29410725--29410785	24	2.7	22	78	9	77	39	19	14	26	1.90
29410751--29410807	22	2.5	22	80	8	62	35	22	15	26	1.94
29418208--29418312	23	4.6	23	76	8	115	34	18	20	27	1.95
29418206--29418321	46	2.5	45	86	5	144	32	18	21	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29424489--29424591	43	2.4	43	88	3	145	26	14	23	35	1.93
29424850--29424906	28	2.0	28	96	0	105	24	10	12	52	1.70
29432671--29432715	24	1.9	23	82	13	56	31	28	6	33	1.83
29439700--29439801	44	2.4	44	83	6	129	34	26	17	21	1.96
29450103--29450261	43	3.7	44	80	7	182	27	16	25	30	1.97
29454046--29454157	27	4.2	26	80	7	107	39	21	23	16	1.92
29459037--29459179	43	3.3	41	80	7	151	32	16	22	28	1.96
29469354--29469428	5	14.4	5	78	15	64	76	0	5	18	0.98
29469369--29469429	18	3.5	17	76	17	63	80	0	3	16	0.84
29469350--29469428	28	2.8	29	80	14	85	75	0	5	18	0.97
29469380--29469428	5	9.8	5	89	10	66	79	0	2	18	0.83
29473136--29473168	13	2.6	13	90	4	50	48	15	0	36	1.45
29477815--29477985	93	1.8	93	91	2	281	28	28	21	21	1.99
29477807--29477982	46	3.8	46	78	11	191	28	28	21	21	1.98
29480371--29480459	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
29480371--29480450	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
29480382--29480459	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
29483381--29483551	93	1.8	93	91	2	281	28	28	21	21	1.99
29483373--29483548	46	3.8	46	78	11	191	28	28	21	21	1.98
29487717--29487825	53	2.1	53	94	0	191	43	7	21	28	1.79
29492849--29493015	43	3.9	43	75	6	151	28	14	24	31	1.95
29500105--29500154	20	2.5	20	96	0	91	40	40	4	16	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29501943--29501992	23	2.4	22	83	12	61	14	26	38	22	1.91
29503070--29503196	50	2.5	50	86	7	161	23	27	18	30	1.97
29503918--29503942	12	2.1	12	100	0	50	60	16	8	16	1.58
29504959--29504991	15	2.1	17	88	11	52	12	9	15	63	1.51
29514320--29514350	13	2.4	13	94	0	53	19	32	32	16	1.94
29531106--29531366	50	5.5	50	75	12	158	21	27	19	31	1.97
29531055--29531371	50	6.7	46	72	11	151	21	28	20	29	1.98
29532086--29532111	12	2.2	12	100	0	52	57	15	11	15	1.65
29537337--29537442	41	2.6	41	83	3	124	27	16	23	33	1.95
29537366--29537466	41	2.5	40	82	4	114	28	15	21	33	1.95
29539113--29539151	18	2.2	18	86	4	53	12	23	43	20	1.86
29547402--29547670	46	5.8	48	75	9	229	27	17	30	24	1.97
29552618--29552708	44	2.1	44	100	0	182	38	4	10	46	1.59
29561463--29561546	36	2.3	36	81	4	89	36	8	15	39	1.78
29561480--29561547	18	3.8	18	71	7	57	38	5	13	42	1.68
29562926--29563097	46	3.7	45	80	11	206	28	26	22	23	1.99
29562931--29563101	93	1.8	93	94	0	306	28	26	22	22	1.99
29562928--29563117	46	4.1	45	72	16	138	28	26	21	23	1.99
29564943--29564999	17	3.4	17	71	9	53	33	10	12	43	1.76
29566472--29566599	42	3.0	42	76	5	123	26	17	25	30	1.98
29577094--29577261	82	2.0	82	83	5	212	33	10	19	36	1.87
29578246--29578276	16	1.9	16	93	0	53	29	0	16	54	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29585682--29585733	25	2.1	25	82	7	61	50	17	1	30	1.57
29593071--29593113	16	2.6	17	85	10	54	48	16	0	34	1.46
29594814--29594896	42	2.0	43	87	2	123	15	38	25	20	1.92
29596013--29596151	37	3.8	37	97	0	242	25	30	18	24	1.98
29596270--29596919	47	13.6	47	92	2	1030	29	29	8	33	1.86
29596270--29596919	96	6.8	96	93	2	1069	29	29	8	33	1.86
29600039--29600085	23	2.0	23	83	8	58	57	2	6	34	1.36
29601464--29601685	21	10.7	21	66	20	74	60	2	5	31	1.31
29601538--29601648	59	1.9	59	87	7	167	62	2	4	30	1.29
29603243--29604067	44	18.7	44	74	10	632	28	26	15	29	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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