genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.143.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46028453--46028496	14	2.8	16	86	10	56	63	4	0	31	1.14
46051322--46051359	15	2.4	17	78	17	53	23	13	5	57	1.56
46052775--46052856	42	1.9	43	82	7	105	25	17	24	32	1.96
46057532--46057577	21	2.1	22	84	4	58	4	4	52	39	1.41
46061311--46061396	29	3.0	29	85	6	106	26	12	31	29	1.93
46061328--46061395	28	2.4	29	90	2	102	27	13	29	29	1.94
46067234--46067821	50	11.6	50	77	6	479	25	17	25	31	1.97
46067276--46067827	101	5.5	100	80	3	552	25	17	25	31	1.97
46067280--46067838	151	3.7	149	80	6	529	25	17	25	30	1.97
46069460--46069609	73	2.1	73	89	0	228	31	12	26	30	1.92
46073683--46073863	40	4.6	40	89	2	267	24	23	26	25	2.00
46086791--46087232	50	8.8	50	75	4	343	26	17	23	31	1.97
46086775--46087240	151	3.1	150	85	1	599	26	17	23	31	1.97
46088263--46088420	43	3.7	43	72	15	130	24	17	25	32	1.97
46088750--46088783	15	2.3	15	100	0	68	52	0	14	32	1.42
46091698--46091930	40	5.8	40	89	2	340	24	29	22	24	1.99
46091698--46091930	82	2.9	80	89	2	349	24	29	22	24	1.99
46091698--46091930	122	1.9	122	89	0	358	24	29	22	24	1.99
46100199--46100431	40	5.8	40	89	2	340	24	29	22	24	1.99
46100199--46100431	82	2.9	80	89	2	349	24	29	22	24	1.99
46100199--46100431	122	1.9	122	89	0	358	24	29	22	24	1.99
46106759--46106784	9	2.9	9	100	0	52	65	11	11	11	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46107079--46107151	28	2.6	28	86	0	101	34	8	28	28	1.86
46109120--46109302	28	6.5	28	75	2	177	18	19	33	28	1.95
46109120--46109302	85	2.2	85	93	0	321	18	19	33	28	1.95
46109205--46109332	57	2.2	57	90	2	193	17	17	35	28	1.94
46114186--46114264	28	2.8	28	86	0	104	34	11	25	29	1.91
46116226--46116404	27	6.5	27	73	8	146	17	19	34	29	1.95
46116226--46116404	83	2.2	83	91	4	299	17	19	34	29	1.95
46116309--46116434	56	2.2	56	88	5	182	18	17	35	28	1.93
46121300--46121378	28	2.9	28	84	1	79	35	11	24	29	1.90
46121317--46121378	28	2.2	28	88	0	97	37	9	24	29	1.87
46123350--46123532	28	6.5	28	75	2	177	18	19	33	28	1.95
46123350--46123532	85	2.2	85	93	0	321	18	19	33	28	1.95
46123435--46123562	57	2.2	57	90	2	193	17	17	35	28	1.94
46128433--46128512	28	2.9	28	84	0	106	36	11	23	28	1.89
46130472--46130657	28	6.7	28	75	4	144	18	18	34	27	1.95
46130470--46130592	56	2.2	56	90	7	198	17	17	36	28	1.93
46130500--46130662	83	2.0	82	96	1	299	17	17	36	28	1.93
46135598--46135669	26	2.7	26	76	4	72	33	11	26	29	1.91
46137633--46137820	28	6.7	28	77	2	144	17	18	35	28	1.94
46137631--46137760	56	2.3	57	93	4	228	16	17	36	28	1.92
46137661--46137844	29	6.4	29	74	6	178	16	16	36	29	1.92
46137661--46137835	86	2.1	84	94	2	305	16	17	36	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46142770--46142848	28	2.8	28	86	0	104	34	11	25	29	1.91
46146497--46146540	18	2.4	17	82	14	52	40	9	18	31	1.81
46146509--46146544	18	2.0	18	94	0	63	36	11	19	33	1.87
46164530--46164615	39	2.2	39	89	0	127	29	9	15	46	1.76
46164705--46164758	26	2.1	26	100	0	108	35	7	14	42	1.74
46170731--46170780	25	2.0	25	88	7	75	34	10	14	42	1.78
46174844--46174892	24	2.0	25	88	7	75	30	8	24	36	1.85
46182448--46182475	8	3.5	8	100	0	56	57	0	0	42	0.99
46189046--46189294	39	6.3	39	91	2	376	25	22	26	25	2.00
46188994--46189294	78	3.8	81	86	7	365	26	22	26	24	2.00
46188994--46189300	117	2.6	119	84	8	394	26	22	26	24	2.00
46197113--46197361	39	6.3	39	91	2	376	25	22	26	25	2.00
46197061--46197361	78	3.8	81	86	7	365	26	22	26	24	2.00
46197061--46197367	117	2.6	119	84	8	394	26	22	26	24	2.00
46199810--46200427	48	12.9	48	79	6	576	28	18	28	24	1.98
46205664--46205771	26	4.2	26	91	0	180	32	8	24	35	1.85
46207393--46207506	27	4.2	27	82	6	133	16	21	25	35	1.94
46207393--46207506	54	2.1	54	90	3	176	16	21	25	35	1.94
46210088--46210116	14	2.0	15	93	6	51	24	0	20	55	1.44
46212550--46212628	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
46212746--46213064	47	6.7	47	95	1	530	29	28	9	32	1.88
46212926--46213004	25	3.3	25	64	10	74	34	27	5	32	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46216481--46216781	40	7.5	40	83	3	349	24	27	22	24	2.00
46217089--46217167	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
46217149--46217251	43	2.4	43	96	0	188	26	35	15	22	1.94
46219104--46219182	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
46219300--46219618	47	6.7	47	97	1	539	30	30	9	30	1.88
46219453--46219533	22	3.5	23	66	11	67	30	28	9	30	1.89
46234032--46234265	115	2.0	116	93	4	400	33	11	21	32	1.90
46234726--46235282	48	11.6	48	78	5	554	28	19	28	23	1.98
46240351--46240453	43	2.4	43	96	0	197	23	15	34	26	1.94
46240438--46240508	29	2.4	29	86	4	90	28	16	29	25	1.97
46240902--46241134	40	5.8	40	89	0	322	24	22	28	24	1.99
46240819--46241121	80	3.8	80	83	3	326	24	22	28	24	2.00
46253147--46253189	17	2.5	17	82	17	61	67	0	13	18	1.23
46253140--46253177	12	3.2	12	88	7	60	68	0	13	18	1.21
46253153--46253190	17	2.2	17	95	0	67	65	0	13	21	1.26
46253334--46253391	26	2.2	26	90	0	89	41	10	17	31	1.83
46270890--46271103	46	4.6	45	76	9	175	22	29	19	28	1.98
46276341--46276513	81	2.1	81	85	4	224	26	21	26	25	1.99
46276288--46276552	41	6.6	40	84	5	259	26	21	26	25	1.99
46295529--46295610	24	3.4	24	77	15	96	23	25	21	29	1.99
46295529--46295630	49	2.1	49	88	3	152	23	24	20	31	1.98
46295542--46295660	25	4.8	24	74	12	89	26	22	20	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46303197--46303329	49	2.7	49	81	3	151	26	22	20	30	1.98
46303197--46303324	25	5.2	24	70	11	89	25	22	21	30	1.99
46314278--46314334	21	2.6	22	83	5	71	17	31	35	15	1.92
46316106--46316149	23	1.9	23	81	9	54	36	11	6	45	1.67
46316135--46316174	20	2.0	21	90	5	64	32	15	2	50	1.57
46327056--46327088	17	1.9	17	93	0	57	21	18	21	39	1.93
46327869--46327902	16	2.1	17	89	10	54	23	14	0	61	1.33
46328298--46328326	14	2.1	14	100	0	58	34	31	0	34	1.58
46332335--46332377	22	2.0	22	90	0	68	39	27	23	9	1.85
46332623--46332675	27	2.0	27	84	0	70	28	13	22	35	1.92
46334333--46334402	28	2.5	28	88	0	95	37	8	24	30	1.85
46334635--46334889	127	2.0	127	99	0	501	32	10	24	32	1.89
46336502--46336746	57	4.3	56	86	3	321	19	18	32	29	1.96
46336589--46336803	85	2.5	85	85	0	277	19	18	33	29	1.95
46336561--46336819	142	1.8	142	92	1	439	18	18	33	29	1.95
46336675--46336819	57	2.6	57	86	1	184	17	18	34	28	1.94
46341766--46341835	28	2.5	28	85	0	104	37	8	24	30	1.85
46342067--46342321	127	2.0	127	100	0	510	31	10	24	32	1.90
46349712--46349756	16	2.9	16	93	3	74	57	0	0	42	0.98
46349712--46349756	5	8.6	5	90	9	72	57	0	0	42	0.98
46350689--46350718	15	2.0	15	93	0	51	53	16	0	30	1.44
46350692--46350949	86	3.0	86	97	0	482	41	17	3	37	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46360475--46360712	99	2.4	100	86	3	320	28	26	18	26	1.98
46360475--46360712	49	4.8	49	87	3	307	28	26	18	26	1.98
46361020--46361057	14	2.5	16	87	8	53	31	21	2	44	1.66
46368788--46368870	25	3.3	24	81	5	85	27	48	6	18	1.71
46369329--46369392	29	2.1	31	83	11	80	35	0	3	60	1.12
46369370--46369394	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
46374094--46374134	21	1.9	22	85	5	57	31	24	4	39	1.76
46374550--46374612	28	2.2	28	91	0	99	30	25	11	33	1.90
46378919--46379580	49	13.8	49	93	2	1107	34	8	27	29	1.86
46378919--46379580	145	4.6	143	94	2	1137	34	8	27	29	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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