genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.256.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84079276--84079312	19	2.0	19	89	5	58	18	37	24	18	1.94
84087244--84087401	83	1.9	83	80	2	183	31	15	24	28	1.95
84087779--84087877	34	2.9	34	98	0	189	35	5	23	36	1.77
84092962--84093209	40	6.2	40	86	4	304	23	19	27	29	1.98
84100273--84100524	40	6.3	40	88	3	321	23	19	27	29	1.98
84105456--84105702	40	6.2	40	84	3	268	26	27	22	23	1.99
84105479--84105661	79	2.3	80	87	0	260	26	27	22	23	1.99
84112481--84112589	27	4.0	26	81	8	119	18	22	21	37	1.94
84112481--84112589	54	2.0	54	83	3	139	18	22	21	37	1.94
84116355--84116412	25	2.3	25	82	11	66	65	1	12	20	1.34
84116355--84116419	26	2.4	25	82	15	67	66	1	12	20	1.32
84130907--84131045	43	3.2	42	81	8	113	35	23	14	26	1.93
84130981--84131064	43	2.0	43	90	0	132	32	25	15	27	1.95
84132867--84132963	34	3.1	34	61	27	88	34	2	22	41	1.66
84132853--84132967	58	2.0	58	100	0	230	33	1	20	43	1.62
84145585--84146122	219	2.4	216	82	6	584	31	17	23	27	1.97
84146009--84146161	44	3.5	44	86	1	209	30	13	28	26	1.94
84145585--84146166	220	2.7	216	80	8	554	31	17	23	27	1.97
84160392--84160623	42	5.4	41	77	15	193	33	23	18	25	1.97
84160374--84160563	84	2.3	82	91	7	305	32	23	18	25	1.97
84160518--84160612	47	2.0	49	95	4	176	32	23	18	25	1.97
84160374--84160623	84	2.9	84	85	10	280	32	24	18	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84169840--84170006	39	4.2	40	81	8	128	27	27	20	24	1.99
84169875--84170059	79	2.3	80	83	9	227	28	27	20	23	1.99
84169877--84170059	40	4.6	40	81	8	196	27	27	20	24	1.99
84173260--84173326	34	2.0	34	91	5	109	26	23	22	26	2.00
84177225--84177565	40	8.6	40	88	4	397	24	20	28	26	1.99
84177225--84177565	120	2.9	119	87	3	447	24	20	28	26	1.99
84185254--84185596	40	8.6	40	91	2	458	24	20	27	26	1.99
84192716--84192786	23	3.1	23	100	0	142	39	12	4	43	1.62
84197536--84197592	29	2.0	28	86	3	78	36	7	0	56	1.27
84197543--84197613	29	2.6	29	77	6	76	29	5	0	64	1.16
84199787--84199899	56	2.0	56	100	0	226	24	15	21	38	1.93
84201840--84201871	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
84202071--84202459	50	7.7	50	77	5	363	29	25	17	27	1.97
84202132--84202313	101	1.8	101	83	4	242	30	25	17	27	1.97
84202074--84202464	151	2.6	151	92	0	649	29	25	17	26	1.98
84202281--84202464	101	1.8	101	89	0	287	29	26	18	25	1.98
84204821--84204880	28	2.2	26	80	11	75	26	25	11	36	1.90
84211053--84211112	28	2.2	26	77	11	66	26	26	11	35	1.91
84211067--84211138	28	2.6	28	86	4	83	29	29	12	29	1.93
84215220--84215268	21	2.4	20	82	3	53	32	2	0	65	1.04
84215229--84215283	21	2.5	21	79	5	56	34	3	1	60	1.25
84215662--84215720	26	2.3	26	84	0	73	35	5	5	54	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84219442--84219477	6	5.7	6	87	12	54	66	0	19	13	1.24
84219385--84219526	63	2.2	64	86	3	189	52	6	14	26	1.66
84219512--84219543	7	4.9	7	88	11	50	71	0	12	15	1.14
84226862--84226892	14	2.2	14	94	0	53	48	0	22	29	1.51
84230702--84230748	18	2.6	18	86	0	76	21	34	34	10	1.88
84233774--84233867	23	3.9	24	79	10	102	27	24	18	29	1.98
84233772--84233885	24	4.7	25	80	10	103	29	23	18	28	1.98
84241659--84241697	18	2.1	19	85	4	53	30	7	17	43	1.77
84242408--84242446	19	2.1	19	100	0	78	25	23	20	30	1.98
84249825--84250140	27	11.7	27	85	0	346	39	20	9	31	1.84
84249816--84250082	107	2.5	108	90	0	401	39	19	8	32	1.82
84249819--84250194	27	14.0	26	78	7	146	38	21	9	31	1.84
84250176--84250639	27	17.3	27	87	1	601	35	20	21	22	1.96
84251066--84251130	22	3.0	22	73	8	60	20	23	21	35	1.96
84251257--84251330	27	2.8	27	85	2	87	18	24	20	36	1.95
84251467--84251633	32	5.3	32	91	1	257	19	13	15	50	1.77
84251542--84251687	6	23.7	6	73	20	115	18	16	16	48	1.81
84251566--84251678	25	4.6	25	80	12	119	17	17	15	48	1.81
84251475--84251633	31	5.1	31	93	0	246	18	13	16	50	1.77
84253118--84253231	55	2.1	55	98	0	219	20	30	13	35	1.90
84256255--84256472	39	5.6	40	90	5	340	28	25	22	23	1.99
84262528--84262623	47	2.0	47	97	0	183	33	16	22	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84264514--84264734	40	5.6	40	88	2	322	28	25	22	23	1.99
84264514--84264734	119	1.9	119	87	3	329	28	25	22	23	1.99
84264514--84264734	79	2.8	80	90	2	340	28	25	22	23	1.99
84272071--84272102	16	2.0	16	93	0	55	50	34	6	9	1.60
84273317--84273359	16	2.7	16	85	0	59	60	16	16	6	1.56
84273573--84273661	28	3.1	29	83	3	110	28	14	29	28	1.95
84276407--84276464	26	2.2	26	81	3	62	36	22	10	31	1.88
84276576--84276686	27	4.1	27	84	7	111	20	20	22	36	1.96
84276572--84276686	54	2.1	54	84	7	146	20	20	22	36	1.95
84289584--84289706	37	3.5	36	77	13	130	50	12	17	19	1.77
84289597--84289706	31	3.4	31	73	16	89	50	11	18	20	1.78
84289576--84289650	6	12.3	6	75	8	71	50	14	17	17	1.78
84290106--84290547	27	16.4	27	86	0	598	25	19	19	36	1.95
84290537--84290695	27	5.9	27	86	5	198	40	9	22	27	1.84
84290540--84290695	81	1.9	81	86	2	224	41	8	21	28	1.83
84290549--84290722	81	2.1	81	81	2	197	39	9	23	27	1.85
84290852--84290930	5	14.2	6	77	19	66	48	16	2	32	1.60
84290848--84290893	20	2.2	21	92	7	85	47	19	0	32	1.50
84290848--84290894	11	4.5	11	87	12	73	46	19	0	34	1.50
84290927--84290954	14	2.0	14	100	0	56	71	0	14	14	1.15
84293777--84293846	25	2.8	25	95	0	122	28	21	22	27	1.99
84293893--84293931	10	3.8	10	80	6	51	35	17	15	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84293970--84294016	24	1.9	25	91	4	78	27	14	25	31	1.95
84301711--84301780	25	2.8	25	91	0	104	28	22	22	25	1.99
84301827--84301865	10	3.8	10	80	6	51	35	17	15	30	1.91
84301908--84301956	25	2.0	25	95	0	89	26	14	24	34	1.94
84308253--84308705	47	9.6	47	92	1	735	32	8	29	29	1.87
84308253--84308705	96	4.8	94	92	2	735	32	8	29	29	1.87
84308253--84308705	143	3.2	143	94	1	797	32	8	29	29	1.87
84311457--84311570	58	2.0	58	98	0	219	31	15	20	32	1.94
84313710--84313806	23	4.3	23	85	1	115	23	21	20	34	1.97
84313710--84313817	23	4.7	23	80	5	103	25	20	21	32	1.97
84316123--84316249	43	3.0	42	74	11	141	29	21	13	36	1.91
84339617--84339670	18	3.0	18	94	0	81	27	20	7	44	1.78
84342785--84342858	34	2.2	35	82	4	89	31	18	20	29	1.97
84350308--84350337	9	3.3	9	100	0	60	23	0	56	20	1.42
84358049--84358078	7	4.3	7	95	0	51	33	0	53	13	1.40
84359979--84360312	50	6.7	50	75	7	291	26	18	24	30	1.98
84359984--84360266	101	2.8	101	90	0	440	26	19	24	29	1.98
84360527--84360556	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
84366460--84366493	16	2.0	17	88	11	52	76	5	17	0	0.98
84370760--84370785	12	2.2	12	100	0	52	61	15	0	23	1.33
84373975--84374093	40	3.0	40	78	7	109	31	24	20	23	1.98
84378916--84379087	93	1.8	93	92	0	290	29	27	20	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84378912--84379081	46	3.7	46	80	10	202	30	27	19	23	1.98
84381199--84381229	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
84384685--84384881	38	5.2	38	76	2	173	15	21	28	35	1.93
84384851--84384928	41	1.9	41	91	0	129	20	23	24	32	1.98
84399405--84399627	48	4.7	47	84	6	222	31	17	26	24	1.97
84399405--84399627	96	2.3	94	81	10	247	31	17	26	24	1.97
84400979--84401158	40	4.6	39	85	5	229	25	26	23	24	2.00
84404377--84404430	7	7.9	7	80	12	67	0	16	1	81	0.78
84404377--84404428	13	3.9	13	85	9	70	0	15	1	82	0.75
84404377--84404428	20	2.6	19	85	14	70	0	15	1	82	0.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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