genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.198.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   

This is table  198  of  356  ( 42641 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64545514--64545691	27	6.6	27	82	3	187	26	15	27	30	1.96
64545515--64545670	82	1.9	81	86	3	224	26	15	28	30	1.96
64545511--64545691	82	2.2	81	81	2	202	27	15	27	30	1.96
64552173--64552366	47	4.1	47	89	0	280	32	10	29	27	1.90
64552202--64552273	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
64552337--64552520	98	1.9	96	92	4	307	35	6	26	30	1.82
64552336--64552520	48	3.8	48	89	5	300	35	6	26	31	1.82
64552666--64552774	37	2.9	37	93	0	182	22	17	31	28	1.97
64556627--64556663	19	2.0	18	89	5	56	24	16	37	21	1.93
64562902--64562933	16	2.0	16	93	0	55	50	34	6	9	1.60
64572307--64572361	29	1.9	28	88	3	83	32	27	18	21	1.96
64575433--64575485	25	2.1	25	96	0	97	39	11	13	35	1.80
64590235--64590629	47	8.4	47	93	0	655	32	8	29	29	1.87
64592734--64592807	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
64593197--64593353	40	3.9	40	88	0	224	26	22	26	24	2.00
64595044--64595221	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
64595065--64595220	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
64603049--64603222	27	6.5	27	84	4	174	29	28	14	27	1.96
64603049--64603223	53	3.3	54	81	7	189	29	28	14	27	1.96
64603070--64603222	80	1.9	80	86	7	222	29	28	15	27	1.96
64607133--64607238	51	2.1	51	89	3	160	33	6	21	37	1.80
64607133--64607238	25	4.2	26	87	3	153	33	6	21	37	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64625791--64625827	18	2.1	17	90	5	56	70	2	8	18	1.25
64625849--64625882	11	3.0	11	86	4	50	85	0	14	0	0.60
64630629--64630705	19	4.1	19	78	8	77	33	9	18	38	1.82
64630637--64630690	20	2.8	20	80	8	58	31	7	22	38	1.82
64633629--64633718	29	3.1	28	84	13	121	28	13	28	28	1.94
64635742--64635785	17	2.6	17	96	3	81	25	25	11	38	1.89
64641086--64641190	47	2.2	47	96	0	192	27	30	7	34	1.85
64641242--64641579	48	7.0	48	89	2	477	30	24	7	37	1.83
64641242--64641579	96	3.5	96	90	0	525	30	24	7	37	1.83
64641242--64641579	144	2.3	144	95	0	613	30	24	7	37	1.83
64644869--64644934	25	3.0	21	75	16	78	28	1	15	54	1.50
64646191--64646246	28	2.0	27	93	3	94	57	1	3	37	1.27
64646233--64646274	18	2.3	18	91	0	66	47	0	2	50	1.14
64646351--64646388	19	2.0	19	94	0	67	50	5	10	34	1.59
64646798--64647133	179	1.9	179	86	3	489	40	7	18	33	1.78
64649451--64649495	15	3.1	14	83	6	54	13	17	13	55	1.69
64652059--64652105	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
64652458--64652843	50	7.6	50	72	6	253	26	17	25	30	1.97
64652564--64652741	51	3.5	50	73	10	164	25	20	24	29	1.99
64652509--64652747	101	2.4	101	87	1	336	24	19	26	29	1.98
64652509--64652793	101	2.8	99	82	4	318	25	18	25	29	1.98
64653052--64653083	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64658082--64658162	23	3.6	23	77	3	101	35	22	27	14	1.93
64663065--64663332	40	6.7	40	94	0	455	22	26	20	30	1.98
64665763--64665983	47	4.7	47	77	11	204	25	29	16	28	1.97
64665808--64665930	46	2.6	46	83	7	142	26	30	17	26	1.97
64665768--64666027	140	1.9	140	83	3	344	25	29	17	27	1.98
64676129--64676322	47	4.1	47	89	0	280	32	11	28	26	1.91
64676158--64676229	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
64676203--64676278	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
64676293--64676476	98	1.9	96	93	4	316	35	7	26	30	1.83
64676292--64676476	48	3.8	48	90	5	309	35	7	26	30	1.83
64676604--64676722	37	3.2	37	91	0	193	22	17	33	26	1.96
64677564--64677783	46	4.7	46	80	8	198	25	28	15	30	1.96
64677564--64677823	139	1.9	140	81	7	323	25	27	17	29	1.98
64677605--64677821	93	2.3	90	80	10	224	24	27	18	29	1.98
64678125--64678180	27	2.1	27	86	0	76	17	25	14	42	1.87
64681181--64681244	32	2.0	32	93	3	112	25	17	12	45	1.83
64683790--64683847	29	2.0	29	100	0	116	27	20	13	37	1.91
64684749--64684937	40	4.7	40	90	1	272	24	24	29	21	1.99
64692442--64692633	40	4.8	40	88	1	269	24	24	28	22	1.99
64696669--64696745	23	3.5	22	81	12	86	29	22	29	18	1.97
64702542--64702679	27	5.1	27	85	5	163	35	15	21	26	1.94
64702542--64702665	27	4.6	27	89	1	178	37	16	20	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64703335--64703386	27	2.0	26	88	3	77	17	25	21	36	1.94
64712638--64712792	68	2.2	68	78	12	156	20	27	16	34	1.95
64728386--64729109	48	15.0	48	94	2	1240	35	6	26	31	1.81
64728392--64729109	190	3.7	190	95	1	1247	35	6	27	31	1.81
64729250--64729352	37	2.8	37	89	0	152	25	20	30	24	1.99
64735359--64735481	43	2.7	46	82	6	135	29	19	22	28	1.98
64735324--64735480	48	3.4	47	74	12	162	27	19	23	29	1.98
64735402--64735503	48	2.1	48	85	0	132	27	20	22	29	1.99
64735661--64735769	54	2.0	54	96	0	200	39	5	20	34	1.76
64739369--64739436	24	2.8	24	82	8	75	26	25	14	33	1.94
64747192--64747316	65	1.9	64	84	7	164	23	28	25	22	1.99
64755281--64755490	40	5.2	40	87	3	285	23	23	26	26	2.00
64755285--64755490	83	2.5	80	88	5	281	23	23	27	25	2.00
64758974--64759158	40	4.7	40	82	6	216	24	22	27	25	2.00
64776293--64776512	38	5.6	39	80	7	234	25	21	27	25	1.99
64782118--64782227	43	2.6	43	95	0	193	30	32	27	10	1.89
64782230--64782322	38	2.4	38	89	0	132	30	26	20	22	1.98
64785195--64785278	44	1.9	44	82	4	107	38	11	23	26	1.90
64785281--64785395	45	2.5	45	80	8	142	33	20	25	20	1.97
64785418--64785539	47	2.6	47	93	0	199	36	13	23	26	1.91
64785518--64785727	53	3.9	54	81	5	217	38	17	23	21	1.93
64785521--64785701	55	3.4	53	80	2	164	37	17	23	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64792180--64792327	40	3.7	40	96	0	260	20	26	20	31	1.98
64799808--64799930	40	3.1	40	96	2	223	22	26	19	31	1.98
64799903--64799956	25	2.1	26	96	3	101	29	27	16	25	1.97
64799928--64800017	39	2.3	40	94	3	157	22	26	22	28	1.99
64802296--64802363	27	2.5	27	88	4	93	35	25	25	14	1.94
64802469--64802531	26	2.3	26	83	5	72	30	11	25	33	1.90
64804386--64804414	14	2.0	15	93	6	51	34	20	6	37	1.80
64818250--64818297	19	2.7	18	76	20	55	52	4	2	41	1.32
64832301--64832466	42	4.0	42	87	0	206	21	18	28	31	1.97
64832301--64832466	84	2.0	84	87	0	242	21	18	28	31	1.97
64841514--64841690	27	6.6	26	94	3	257	30	29	14	25	1.95
64841514--64841690	82	2.2	80	92	2	291	30	29	14	25	1.95
64841514--64841690	55	3.3	54	94	1	293	30	29	14	25	1.95
64849701--64849907	27	7.6	27	92	3	198	31	28	13	26	1.94
64849701--64849907	55	3.8	55	95	0	351	31	28	13	26	1.94
64853551--64853634	42	2.0	42	90	0	132	34	25	14	26	1.94
64859896--64859947	26	2.1	24	82	7	59	34	1	5	57	1.33
64872384--64872412	14	2.0	15	93	6	51	37	6	20	34	1.80
64874264--64874327	26	2.4	26	84	5	74	32	25	12	29	1.92
64874429--64874489	26	2.3	27	88	5	90	14	22	24	37	1.92
64876766--64877073	40	7.7	40	94	0	508	31	21	25	21	1.98
64878495--64878610	27	4.3	26	83	7	142	18	25	18	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64878495--64878613	54	2.2	54	85	4	159	17	25	18	38	1.92
64886386--64886464	27	3.0	25	77	18	72	16	21	26	35	1.94
64888028--64888080	20	2.5	20	87	6	70	33	15	9	41	1.79
64889895--64890085	95	2.0	95	95	0	346	16	28	10	43	1.81
64891711--64891740	3	10.0	3	92	0	51	63	0	3	33	1.11
64893914--64893984	34	2.1	33	82	12	83	28	23	23	23	2.00
64895899--64895937	21	2.0	19	85	14	53	25	28	30	15	1.96
64897671--64897700	15	1.9	16	93	6	53	20	20	6	53	1.67
64908135--64908308	46	3.7	46	76	9	174	31	18	28	21	1.97
64908137--64908308	94	1.8	93	87	3	256	30	19	27	22	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356