genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27301828--27301869	21	2.0	21	100	0	84	33	9	19	38	1.84
27302200--27302239	15	2.9	14	85	7	55	65	0	7	27	1.20
27302342--27302716	186	2.0	186	98	0	723	37	4	23	35	1.74
27304172--27304233	29	2.1	30	87	3	90	25	1	14	58	1.46
27304666--27304703	19	2.0	19	85	10	51	39	5	13	42	1.66
27305173--27305210	8	4.8	8	84	9	51	76	2	10	10	1.12
27305509--27305601	36	2.5	35	80	16	100	44	1	22	32	1.60
27306450--27306491	12	3.6	12	77	6	50	45	2	14	38	1.58
27306550--27306600	22	2.4	22	70	9	52	15	1	29	52	1.54
27306925--27306955	16	1.9	16	100	0	62	32	0	6	61	1.21
27307100--27307141	19	2.1	21	82	8	52	45	4	2	47	1.36
27310064--27310220	56	2.8	57	81	1	183	29	15	23	31	1.96
27322547--27322576	15	2.0	15	93	0	51	30	20	10	40	1.85
27327171--27327212	21	2.0	21	100	0	84	33	4	19	42	1.72
27330614--27330802	33	5.6	34	70	7	107	28	14	26	29	1.95
27330614--27330756	33	4.3	33	71	7	108	30	15	25	29	1.96
27330612--27330851	101	2.4	101	91	0	381	30	15	25	29	1.95
27334670--27334714	23	1.9	23	82	13	56	20	4	24	51	1.66
27338023--27338068	21	2.2	21	84	7	58	17	30	0	52	1.45
27338267--27338313	11	4.1	11	81	10	58	61	2	0	36	1.08
27341681--27341736	28	2.0	28	92	0	94	51	12	8	26	1.69
27344325--27344383	21	2.8	21	97	0	109	20	6	38	33	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27345156--27345201	3	15.3	3	100	0	92	32	0	0	67	0.91
27348074--27348121	12	4.1	11	80	15	51	79	6	4	10	1.05
27348152--27348192	12	3.5	12	80	6	57	63	2	7	26	1.33
27348238--27348292	23	2.3	24	81	3	67	78	3	5	12	1.06
27348312--27348349	11	3.7	11	90	10	55	81	5	0	13	0.85
27349177--27349213	19	1.9	19	88	0	56	16	32	29	21	1.95
27355165--27355284	42	2.9	42	77	7	136	40	16	25	16	1.89
27355156--27355297	42	3.4	42	76	5	135	40	17	24	17	1.91
27361466--27361570	44	2.4	45	83	4	124	25	19	10	44	1.82
27361417--27361589	45	3.8	45	77	8	156	23	17	12	46	1.83
27367692--27367809	28	4.2	28	85	4	148	29	12	23	33	1.92
27367679--27367800	56	2.2	56	88	2	174	26	12	26	35	1.91
27379989--27380071	40	2.1	40	86	0	112	22	15	26	34	1.94
27380079--27380181	28	3.7	28	92	0	161	24	14	28	33	1.94
27387730--27387756	5	5.4	5	100	0	54	0	18	0	81	0.69
27392893--27392944	18	2.9	17	80	11	52	36	1	5	55	1.35
27393026--27393059	16	2.1	17	88	5	52	41	0	5	52	1.25
27405161--27405229	30	2.3	30	85	5	86	28	30	23	17	1.97
27406213--27406315	40	2.6	40	78	3	100	33	25	16	24	1.96
27406719--27406777	29	2.0	29	83	6	75	32	25	0	42	1.55
27408268--27408308	20	2.0	20	100	0	82	43	9	21	24	1.83
27410785--27410809	13	1.9	13	100	0	50	16	24	40	20	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27410850--27410875	13	2.0	13	100	0	52	15	15	30	38	1.88
27428596--27428628	18	1.9	17	88	11	50	21	15	9	54	1.68
27434770--27434946	40	4.4	40	81	2	187	25	27	22	24	2.00
27439426--27439533	43	2.5	43	83	8	123	36	20	12	30	1.90
27440016--27440073	28	2.1	27	81	9	64	29	25	1	43	1.65
27441372--27441502	6	21.3	6	70	18	74	50	12	18	19	1.77
27441381--27441502	37	3.4	36	79	13	146	50	11	18	18	1.76
27441395--27441502	31	3.3	31	74	14	108	50	12	18	19	1.78
27441621--27441680	27	2.3	26	82	2	66	36	20	21	21	1.95
27441719--27441770	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
27442006--27442253	27	9.2	27	87	0	316	40	7	22	29	1.80
27442006--27442253	81	3.1	81	88	0	370	40	7	22	29	1.80
27442232--27442398	27	6.3	27	77	12	130	29	8	22	39	1.84
27442177--27442377	54	3.7	53	77	6	172	32	8	22	36	1.84
27442339--27442398	26	2.3	25	83	13	68	26	8	23	41	1.82
27448016--27448067	20	2.6	20	81	0	59	34	9	9	46	1.69
27457189--27457216	14	2.0	14	100	0	56	35	0	64	0	0.94
27461397--27461683	27	11.0	24	71	17	87	2	44	6	46	1.43
27461418--27461509	27	3.5	27	75	11	93	2	48	6	42	1.41
27461470--27461518	15	3.3	15	76	21	57	0	53	8	38	1.31
27461391--27461668	108	2.6	105	83	9	273	2	44	5	46	1.42
27461412--27461563	81	1.9	80	86	8	218	1	46	5	45	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27461488--27461687	51	3.8	51	85	7	283	2	43	5	50	1.35
27461517--27461665	27	5.5	27	71	15	103	2	41	4	51	1.35
27461412--27461767	81	4.4	81	74	15	208	1	43	6	47	1.40
27461436--27461698	108	2.5	106	82	12	333	2	43	5	48	1.38
27461599--27461683	24	3.4	24	69	15	82	1	42	5	50	1.34
27461494--27461710	51	4.1	49	80	10	148	1	42	5	49	1.38
27461490--27461698	108	2.0	107	91	4	334	1	43	4	50	1.34
27461691--27461803	54	2.2	53	82	7	135	0	42	7	48	1.38
27471294--27471700	114	3.6	114	91	0	627	33	22	16	27	1.96
27475901--27475934	17	2.1	17	88	5	52	47	0	38	14	1.45
27476362--27476386	7	3.6	7	100	0	50	72	0	0	28	0.86
27477207--27477245	18	2.2	17	90	4	60	33	2	0	64	1.08
27478438--27478481	24	1.9	22	81	9	52	40	2	4	52	1.34
27482779--27482807	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
27486117--27486166	10	4.9	10	79	18	50	76	0	18	6	0.99
27494284--27494310	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
27508565--27508923	48	7.5	48	87	1	454	27	29	16	26	1.97
27519172--27519387	114	1.9	114	86	2	310	25	6	19	48	1.72
27519179--27519411	114	2.1	113	81	4	272	25	6	18	49	1.70
27519166--27519472	123	2.6	114	82	6	330	24	5	18	51	1.67
27531636--27531673	20	1.9	20	94	0	67	78	0	5	15	0.91
27539542--27539588	24	2.0	24	91	0	76	34	4	17	44	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27539942--27539975	13	2.5	13	95	4	59	29	0	17	52	1.45
27541898--27541979	26	3.2	26	100	0	164	30	7	26	35	1.84
27543003--27543104	51	2.0	51	100	0	204	29	5	25	39	1.79
27543590--27543734	54	2.7	54	93	3	238	17	24	22	34	1.96
27543593--27543752	27	5.9	27	82	12	177	19	25	21	34	1.96
27543593--27543752	81	2.0	81	84	7	209	19	25	21	34	1.96
27547355--27547388	11	3.1	11	86	0	50	8	11	14	64	1.49
27555718--27555796	37	2.1	37	88	0	113	26	31	17	24	1.97
27555915--27556137	47	4.7	47	90	1	322	27	30	8	32	1.88
27560602--27560643	18	2.3	18	88	8	59	42	11	19	26	1.85
27563259--27563437	99	1.8	100	79	9	215	30	0	13	55	1.38
27563402--27563433	15	2.1	16	94	5	57	37	0	6	56	1.25
27565455--27565542	33	2.6	33	73	18	83	17	43	11	28	1.83
27565519--27565597	33	2.4	33	76	0	86	15	44	8	31	1.77
27569757--27569792	18	2.0	19	89	10	58	16	36	30	16	1.91
27571395--27571450	27	2.1	27	86	3	78	25	26	25	23	2.00
27584137--27584198	17	3.8	17	74	18	51	54	1	6	37	1.36
27584402--27584436	16	2.2	16	90	10	54	28	11	8	51	1.67
27584971--27585009	15	2.5	15	95	4	69	10	5	17	66	1.39
27585224--27585324	31	3.4	30	80	5	107	42	1	19	35	1.63
27586382--27586467	41	2.1	40	84	2	109	20	3	9	66	1.35
27586833--27586862	12	2.5	12	94	0	51	50	36	0	13	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27587313--27587359	18	2.6	18	89	0	67	27	6	0	65	1.16
27587311--27587342	3	10.7	3	93	0	55	31	0	0	68	0.90
27587443--27587748	3	102.3	3	67	17	79	28	7	2	60	1.38
27587680--27587733	22	2.4	21	79	11	63	33	5	0	61	1.19
27587647--27587710	29	2.2	29	81	10	78	32	4	0	62	1.16
27587678--27587746	25	2.9	24	81	14	72	31	5	0	62	1.19
27594016--27594199	38	5.0	38	82	10	220	20	23	26	29	1.99
27594063--27594121	31	1.9	31	96	0	109	13	25	32	28	1.94
27594021--27594159	69	2.0	69	92	0	233	18	24	28	28	1.98
27596760--27596828	21	3.4	21	70	11	72	13	23	23	40	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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