genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.244.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80209685--80209760	37	2.1	37	87	0	107	26	10	15	47	1.78
80210444--80210489	16	2.6	18	76	16	51	50	0	10	39	1.38
80210716--80210754	19	2.0	20	90	5	62	48	0	28	23	1.51
80211032--80211083	27	1.9	27	92	0	86	40	0	36	23	1.55
80216272--80216335	26	2.5	26	84	5	76	18	14	37	29	1.90
80217233--80217262	12	2.5	12	94	0	51	6	30	43	20	1.77
80219042--80219093	23	2.2	23	86	3	68	40	21	9	28	1.84
80222574--80222631	7	8.6	7	81	11	50	41	34	3	20	1.69
80222689--80222714	13	2.0	13	100	0	52	15	0	38	46	1.46
80222809--80222869	28	2.2	27	91	2	95	16	6	32	44	1.73
80223603--80223635	17	1.9	17	88	11	50	63	0	0	36	0.95
80223611--80223648	12	3.0	12	85	14	58	71	0	0	28	0.87
80228947--80228984	20	1.9	20	100	0	76	36	15	10	36	1.82
80230111--80230158	20	2.3	20	82	3	60	60	4	6	29	1.40
80231820--80231858	20	2.0	20	90	10	62	43	5	2	48	1.38
80234494--80234577	23	3.7	23	77	0	78	33	21	19	26	1.97
80242036--80242239	27	7.5	26	85	3	192	26	15	28	28	1.96
80242036--80242239	54	3.8	53	81	6	221	26	15	28	28	1.96
80242036--80242239	109	1.9	108	85	3	284	26	15	28	28	1.96
80250084--80250261	27	6.6	26	80	6	169	26	16	28	28	1.97
80250085--80250240	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
80250081--80250261	82	2.2	81	82	2	220	26	16	28	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80252413--80252462	21	2.3	22	82	6	57	34	6	0	60	1.21
80252428--80252486	14	4.6	14	67	28	51	30	1	1	66	1.12
80252573--80252696	26	4.9	24	75	15	99	29	5	5	58	1.44
80252613--80252696	24	3.4	24	71	15	73	28	4	3	63	1.32
80273066--80273189	48	2.6	48	84	0	176	29	24	18	27	1.98
80275055--80275457	44	8.9	44	75	12	341	31	16	20	31	1.95
80275376--80275490	44	2.6	44	84	5	135	27	19	23	29	1.98
80277013--80277054	4	11.0	4	80	10	52	23	2	0	73	0.94
80277014--80277054	15	2.7	15	84	0	55	24	2	0	73	0.96
80280019--80280221	101	2.0	101	100	0	406	34	22	11	31	1.90
80281364--80281401	12	3.2	12	88	3	51	36	0	10	52	1.36
80282323--80282362	20	2.0	20	85	14	55	22	27	37	12	1.90
80297235--80297311	24	3.2	24	71	20	79	23	25	16	33	1.96
80299191--80299236	20	2.3	20	84	0	56	43	2	17	36	1.61
80309720--80309781	26	2.4	26	91	5	99	59	11	3	25	1.46
80309732--80309784	26	2.0	26	100	0	106	58	11	3	26	1.49
80310096--80310133	18	2.2	18	86	9	53	68	2	7	21	1.28
80312677--80312887	40	5.3	40	88	4	230	23	20	27	28	1.99
80314839--80314890	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
80316809--80316860	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
80319074--80319250	27	6.5	27	80	3	167	25	16	29	28	1.97
80319074--80319229	82	1.9	81	84	3	206	25	16	29	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80319070--80319250	82	2.2	81	80	2	202	25	16	28	28	1.97
80327047--80327222	27	6.5	27	80	5	158	25	16	28	28	1.97
80327047--80327201	81	1.9	80	84	5	204	25	16	29	28	1.97
80327043--80327222	81	2.2	80	80	3	200	26	16	28	28	1.97
80328618--80328700	33	2.8	29	82	12	96	21	24	26	27	1.99
80328640--80328751	33	3.4	33	84	0	152	26	21	24	27	1.99
80329148--80329205	30	1.9	30	82	0	71	34	12	24	29	1.91
80329544--80329906	47	7.8	45	73	12	268	27	20	29	22	1.99
80329547--80329905	94	3.8	92	80	6	384	27	20	29	22	1.98
80329544--80329906	141	2.6	135	79	10	367	27	20	29	22	1.99
80330306--80330419	57	2.0	57	98	0	219	28	8	21	41	1.83
80333161--80333197	18	2.1	18	100	0	74	45	21	5	27	1.73
80350911--80351074	40	4.1	40	90	2	224	23	22	29	25	1.99
80358998--80359203	40	5.2	40	94	0	342	22	21	28	27	1.99
80361088--80361130	22	1.9	23	90	4	70	20	0	53	25	1.46
80365720--80365796	40	1.9	40	86	0	109	33	22	16	27	1.95
80365744--80365826	41	2.0	40	86	6	114	31	20	18	30	1.96
80367898--80368082	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
80367879--80368082	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
80388048--80388157	40	2.7	40	77	8	132	31	27	15	25	1.96
80398416--80398463	21	2.2	23	88	7	73	27	10	12	50	1.73
80398219--80398652	221	2.0	221	100	0	868	27	13	19	40	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80400188--80400223	17	2.1	17	90	10	56	47	11	5	36	1.63
80401369--80401394	5	5.2	5	100	0	52	0	0	19	80	0.71
80404502--80404747	45	5.5	44	87	0	258	28	21	13	36	1.91
80404531--80404748	45	4.9	45	90	1	305	29	22	13	34	1.92
80404489--80404791	135	2.3	133	79	6	333	27	20	14	37	1.91
80404714--80404835	46	2.7	46	81	6	133	20	19	16	43	1.88
80411122--80411378	55	4.8	53	73	9	195	36	16	24	21	1.94
80411129--80411329	108	1.8	110	87	4	300	35	17	24	22	1.95
80411569--80411599	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
80417600--80417660	30	2.0	30	84	6	79	39	4	24	31	1.77
80419655--80419682	14	2.0	14	100	0	56	42	0	7	50	1.30
80426916--80427069	28	5.5	28	95	0	247	32	27	12	26	1.93
80435150--80435302	28	5.5	28	93	2	247	32	28	12	26	1.92
80435150--80435327	55	3.2	55	87	4	250	33	28	12	26	1.92
80435150--80435302	83	1.8	83	94	0	270	32	28	12	26	1.92
80437195--80437220	1	26.0	1	100	0	52	100	0	0	0	0.00
80449720--80449898	27	6.6	27	83	5	191	29	27	15	27	1.96
80449741--80449896	82	1.9	81	86	3	224	28	28	15	27	1.96
80450446--80450470	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
80452395--80452419	13	1.9	13	100	0	50	76	0	16	8	1.02
80453727--80454283	40	13.8	40	93	2	898	26	20	27	25	1.99
80464566--80464656	42	2.2	42	95	0	164	16	32	35	15	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80464824--80464860	19	1.9	19	89	10	58	2	29	0	67	1.04
80466513--80466553	21	2.0	21	85	0	55	21	7	34	36	1.82
80466644--80466687	11	3.9	11	79	5	52	15	6	0	77	0.97
80466644--80466687	17	2.6	17	79	13	54	15	6	0	77	0.97
80466645--80466687	12	3.8	11	82	14	52	16	6	0	76	0.99
80471886--80472111	50	4.5	51	79	10	234	25	18	26	29	1.98
80471987--80472068	26	3.2	26	64	35	70	24	17	30	28	1.97
80488510--80488605	40	2.4	41	87	6	135	26	30	17	26	1.97
80506686--80506737	23	2.3	23	84	15	65	63	3	11	21	1.43
80512051--80512148	25	4.0	24	80	11	92	24	21	23	30	1.99
80512066--80512148	25	3.4	25	89	1	114	24	21	22	31	1.98
80512957--80513020	27	2.4	27	81	5	76	18	23	21	35	1.95
80513052--80513207	27	5.7	27	77	6	109	30	7	19	41	1.80
80513158--80513234	27	2.8	26	76	7	73	28	7	20	42	1.80
80513239--80513355	27	4.3	27	79	4	83	37	9	23	29	1.86
80513239--80513330	27	3.4	26	86	3	112	41	8	21	28	1.83
80517336--80517560	40	5.7	39	86	3	263	25	27	23	24	2.00
80517336--80517520	79	2.3	80	89	0	273	25	27	23	23	2.00
80519276--80519339	25	2.6	25	82	0	83	26	21	23	28	1.99
80520149--80520225	27	2.9	27	77	11	77	22	20	19	37	1.94
80520266--80520351	27	3.1	27	78	17	95	36	6	13	43	1.72
80520330--80520452	27	4.6	27	77	6	124	28	8	21	42	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80520332--80520485	81	1.9	81	82	5	195	29	11	18	40	1.85
80520484--80520575	27	3.4	27	86	0	121	44	8	19	27	1.80
80522277--80522324	20	2.5	19	77	9	53	70	0	10	18	1.15
80522303--80522334	6	4.9	7	92	7	50	75	0	0	25	0.81
80522277--80522334	19	3.0	20	82	5	66	70	0	8	20	1.13
80524299--80524393	42	2.2	42	85	5	120	31	25	17	25	1.97
80524280--80524436	43	3.7	43	80	7	158	31	27	18	22	1.97
80528449--80528519	37	1.9	37	97	0	133	32	28	5	33	1.80
80532819--80532923	43	2.4	43	87	3	140	34	23	16	25	1.95
80542892--80543000	37	2.9	37	95	0	191	26	31	19	22	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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