genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.237.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   

This is table  237  of  356  ( 42641 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77919796--77919846	23	2.2	23	92	0	84	21	31	35	11	1.90
77920080--77920113	17	1.9	18	88	5	52	29	5	17	47	1.71
77927866--77928044	44	3.8	45	76	13	150	20	15	30	33	1.94
77927954--77928055	52	2.0	52	92	0	168	21	16	28	33	1.95
77932044--77932084	15	2.7	16	85	11	59	9	14	17	58	1.62
77932044--77932092	15	3.3	15	77	11	55	10	12	18	59	1.60
77934918--77935178	44	5.7	44	72	11	186	21	16	29	31	1.95
77934910--77935181	89	3.0	89	82	5	305	22	16	29	31	1.96
77935087--77935188	52	2.0	52	92	0	168	24	19	25	30	1.98
77938803--77938850	20	2.4	20	85	0	60	27	8	12	52	1.67
77942785--77942843	30	1.9	30	82	6	73	50	3	3	42	1.35
77947528--77947583	27	2.1	27	96	0	103	64	12	7	16	1.48
77947763--77947787	13	1.9	13	100	0	50	68	0	24	8	1.16
77951940--77951973	17	1.9	18	88	5	52	38	5	5	50	1.51
77965146--77965212	31	2.2	31	83	0	80	46	2	2	47	1.33
77966364--77966398	18	1.9	18	94	0	61	57	17	2	22	1.53
77968012--77968045	17	2.0	17	94	0	59	11	38	29	20	1.88
77973332--77973395	24	2.8	22	81	9	74	40	18	15	25	1.90
77973589--77973785	77	2.5	78	80	2	218	41	16	23	18	1.90
77973589--77973811	39	5.7	40	73	5	170	41	17	22	18	1.90
77973589--77973810	78	2.9	78	76	7	211	40	17	22	18	1.91
77973796--77974021	54	4.2	54	84	3	231	38	15	19	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77974007--77974140	39	3.4	38	77	8	144	41	17	21	19	1.91
77984439--77984485	20	2.3	20	92	0	85	61	4	14	19	1.49
77984540--77984634	35	2.8	33	72	15	77	50	3	1	45	1.24
77989045--77989102	30	1.9	30	85	0	80	44	13	8	32	1.75
77993404--77993501	23	4.3	23	90	2	162	31	26	21	20	1.98
77993411--77993499	45	2.0	45	95	0	160	31	26	22	19	1.97
77993727--77993765	18	2.2	17	86	13	53	43	23	0	33	1.54
77996870--77996954	5	15.0	5	76	15	53	69	1	5	23	1.17
77996869--77996952	21	3.7	22	76	16	64	70	1	5	22	1.16
77996907--77996953	13	3.7	13	80	5	51	72	0	4	23	1.02
77996906--77996953	19	2.5	19	83	6	62	70	0	4	25	1.04
77996897--77996955	25	2.5	24	83	8	75	69	0	5	25	1.09
78007378--78007439	32	1.9	32	87	6	90	66	0	1	32	1.02
78007378--78007443	17	3.9	18	74	20	63	66	0	1	31	1.01
78009923--78009963	18	2.3	18	91	8	66	73	4	0	21	1.02
78009928--78009982	25	2.2	25	77	6	58	69	9	0	21	1.16
78013165--78013256	23	4.1	22	72	14	62	25	20	16	38	1.93
78013422--78013480	20	3.0	20	89	0	91	37	3	22	37	1.71
78019494--78019534	17	2.3	18	87	4	57	60	0	4	34	1.18
78019481--78019537	25	2.2	27	84	12	75	64	0	3	31	1.10
78044815--78044850	18	2.0	18	100	0	72	16	27	27	27	1.97
78048507--78048720	46	4.6	46	77	8	175	23	28	17	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78052020--78052066	5	8.8	5	78	21	51	19	0	4	76	0.95
78052023--78052066	11	4.0	11	82	8	54	18	0	4	77	0.94
78054438--78054609	93	1.8	93	89	0	272	29	29	19	20	1.97
78054433--78054606	46	3.8	46	76	13	176	30	28	19	21	1.98
78055027--78055086	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
78058562--78058687	48	2.6	47	79	8	128	26	16	32	23	1.96
78059949--78059988	21	2.0	21	85	5	55	12	32	27	27	1.93
78063796--78063983	48	3.9	48	82	0	196	25	28	19	27	1.98
78063798--78063975	96	1.9	96	85	0	248	24	28	19	27	1.98
78069921--78069985	32	2.0	32	90	0	103	26	46	15	12	1.81
78071251--78071567	48	6.6	48	77	2	296	24	29	19	26	1.99
78071252--78071564	144	2.2	144	85	0	401	24	29	19	26	1.99
78083676--78083708	16	2.1	16	88	5	50	21	0	3	75	0.93
78083678--78083721	23	2.0	21	86	8	61	22	0	6	70	1.11
78089400--78089635	46	5.0	48	81	7	220	23	28	19	27	1.99
78091387--78091419	12	2.8	12	90	0	57	24	48	18	9	1.76
78094425--78094673	135	1.8	135	88	1	383	55	11	6	25	1.60
78094744--78094772	15	1.9	15	100	0	58	62	3	0	34	1.12
78095130--78095630	175	2.9	171	78	5	485	48	16	10	24	1.77
78098902--78098930	15	1.9	15	100	0	58	62	3	0	34	1.12
78099030--78099061	16	2.0	16	100	0	64	37	6	18	37	1.76
78100584--78100616	16	2.1	16	100	0	66	51	12	0	36	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78109597--78109809	46	4.6	46	83	5	207	29	19	28	23	1.98
78109687--78109903	49	4.6	49	78	9	179	27	18	28	25	1.98
78112555--78112605	24	2.1	24	100	0	102	33	3	21	41	1.72
78116810--78117048	91	2.6	91	83	3	277	25	23	15	35	1.94
78123129--78123153	13	1.9	13	100	0	50	8	0	8	84	0.79
78123662--78123706	17	2.6	18	83	13	58	26	2	6	64	1.30
78123738--78123819	9	9.1	9	70	12	53	21	4	3	69	1.23
78123830--78123872	20	2.2	20	86	0	59	25	9	0	65	1.22
78133923--78133971	25	2.0	25	87	0	71	42	22	8	26	1.81
78137628--78137838	46	4.5	46	78	9	189	27	17	29	26	1.97
78137766--78137930	48	3.5	47	83	9	171	29	16	27	25	1.97
78137805--78137983	48	3.7	49	80	10	163	28	19	27	24	1.99
78141887--78141925	19	2.1	19	90	0	60	12	17	30	38	1.88
78147941--78148057	46	2.5	48	83	2	139	33	17	24	24	1.96
78148078--78148208	49	2.7	49	83	2	156	29	20	25	23	1.99
78158361--78158409	21	2.3	21	82	3	53	48	4	4	42	1.40
78167363--78167401	21	1.9	20	84	5	51	25	2	64	7	1.33
78167357--78167404	20	2.5	19	77	12	53	25	2	66	6	1.26
78168757--78168821	28	2.3	28	77	15	71	23	6	6	64	1.39
78168900--78168963	10	6.0	10	76	18	58	42	1	3	53	1.26
78170162--78170191	6	4.8	6	95	4	51	16	0	3	80	0.85
78170842--78170881	21	2.0	21	95	5	73	20	30	40	10	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78172136--78172352	46	4.6	47	82	9	223	23	31	17	27	1.97
78172134--78172400	94	2.9	91	77	14	269	24	31	17	26	1.97
78178652--78178707	21	2.7	21	82	0	67	28	30	28	12	1.93
78179990--78180114	47	2.7	45	84	11	155	23	30	18	28	1.97
78179842--78180114	94	2.9	95	77	7	284	26	30	17	26	1.97
78181142--78181195	26	2.1	26	100	0	108	40	24	3	31	1.72
78186513--78186967	47	9.6	47	91	1	685	29	29	7	32	1.86
78186513--78186967	96	4.8	94	92	2	685	29	29	7	32	1.86
78201080--78201125	23	2.0	23	95	0	83	39	10	19	30	1.86
78201990--78202374	50	7.7	50	77	5	355	31	24	16	27	1.97
78201982--78202374	151	2.6	151	93	0	651	31	24	17	27	1.97
78201988--78202372	101	3.8	101	76	4	287	31	24	16	27	1.97
78202537--78202599	30	2.1	30	96	0	117	53	9	6	30	1.58
78206914--78206963	25	2.0	25	100	0	100	32	12	20	36	1.89
78209103--78209277	46	3.8	45	70	11	131	27	18	28	25	1.98
78223074--78223111	16	2.4	16	90	0	58	39	0	23	36	1.55
78227256--78227307	26	2.0	25	85	3	68	44	0	3	51	1.19
78227270--78227411	59	2.4	57	83	4	167	50	2	1	45	1.25
78235643--78235682	20	2.0	20	90	0	62	37	0	5	57	1.21
78238461--78238502	17	2.5	17	96	0	75	38	19	4	38	1.73
78238868--78239203	170	2.0	169	87	2	487	31	20	12	34	1.91
78243730--78243766	17	2.1	19	85	10	51	43	2	0	54	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78245134--78245446	174	1.8	173	82	6	409	41	9	14	33	1.79
78249175--78249203	15	1.9	15	100	0	58	51	20	6	20	1.70
78260269--78260312	21	2.1	21	100	0	88	34	18	4	43	1.70
78261061--78261203	72	2.0	72	94	0	250	37	13	23	26	1.91
78262269--78262348	40	2.0	40	95	0	142	41	12	7	38	1.71
78270646--78270700	21	2.6	21	97	0	101	21	32	27	18	1.96
78270836--78270872	19	1.9	19	88	0	56	27	35	21	16	1.94
78270977--78271011	17	2.1	17	100	0	70	28	11	22	37	1.89
78273237--78273282	20	2.4	19	82	10	58	43	2	2	52	1.25
78273243--78273282	20	2.0	20	95	0	71	47	0	2	50	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356