genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.263.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  114316535

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          353   354   355   356   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86339958--86340142	82	2.3	81	76	2	192	26	15	28	29	1.96
86342343--86342462	42	2.9	42	82	7	163	30	26	15	28	1.96
86342572--86342622	22	2.3	22	96	0	93	39	15	0	45	1.47
86343229--86343313	40	2.1	40	91	4	136	37	20	15	27	1.92
86345697--86345787	43	2.1	43	83	2	112	34	12	9	43	1.75
86345987--86346017	15	2.1	15	100	0	62	38	12	16	32	1.86
86346468--86346650	43	4.3	43	83	6	138	26	15	28	30	1.96
86346487--86346665	43	4.2	43	86	1	225	25	17	29	28	1.97
86346749--86346938	43	4.5	43	90	3	260	24	16	28	29	1.97
86346749--86346940	85	2.3	85	87	2	278	25	17	28	29	1.97
86350094--86350134	21	1.9	22	85	5	57	51	7	2	39	1.43
86372318--86372348	14	2.2	14	100	0	62	35	12	6	45	1.68
86378530--86378630	29	3.5	29	87	1	141	29	27	14	27	1.96
86394139--86394179	15	2.7	15	80	0	55	51	17	14	17	1.77
86399013--86399124	56	2.0	56	98	0	215	33	7	27	32	1.84
86401613--86401747	40	3.4	40	95	0	243	21	20	28	28	1.98
86401613--86401771	40	4.0	40	90	0	147	23	22	27	27	1.99
86401613--86401771	80	2.0	80	86	0	219	23	22	27	27	1.99
86416027--86416163	40	3.5	40	88	5	190	24	22	28	24	1.99
86423942--86424079	40	3.5	40	93	3	217	24	23	28	23	2.00
86427100--86427215	50	2.4	49	81	5	139	27	22	14	35	1.93
86434401--86434554	42	3.7	42	86	3	213	29	14	25	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86434401--86434554	85	1.8	82	84	4	191	29	14	25	29	1.95
86434744--86434831	43	2.0	43	97	0	167	27	9	23	39	1.85
86436556--86436831	46	6.0	46	95	0	435	22	25	14	36	1.93
86438945--86438982	17	2.2	17	95	0	67	5	31	7	55	1.51
86445191--86445222	16	2.0	16	100	0	64	50	31	6	12	1.65
86446296--86446332	16	2.3	16	95	0	65	56	21	16	5	1.59
86446447--86446482	18	1.9	19	88	5	56	25	16	38	19	1.92
86446567--86446638	29	2.5	29	90	4	110	27	16	26	29	1.97
86446949--86446998	26	1.9	26	87	0	73	46	24	16	14	1.83
86456808--86456917	55	2.0	55	87	3	159	28	24	18	29	1.98
86465845--86465871	13	2.1	13	100	0	54	62	7	14	14	1.51
86468054--86468221	27	6.2	27	83	2	158	23	17	20	38	1.93
86468054--86468221	54	3.1	54	82	3	203	23	17	20	38	1.93
86478646--86478880	48	4.9	46	82	6	236	27	26	18	27	1.98
86478646--86478881	96	2.4	97	84	2	296	27	26	18	27	1.98
86479577--86479647	35	2.0	35	91	0	115	42	23	9	23	1.84
86481846--86482104	137	1.9	139	81	6	321	54	11	12	21	1.70
86485945--86486352	47	8.7	46	72	11	162	29	17	28	24	1.98
86487499--86487555	21	2.8	21	78	7	64	17	33	26	22	1.96
86490285--86490343	30	2.0	30	83	6	75	27	20	20	32	1.97
86492727--86492751	12	2.1	12	100	0	50	20	8	16	56	1.65
86498408--86498539	62	2.1	62	100	0	264	31	3	18	46	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86499098--86499264	42	3.9	42	74	10	160	26	15	25	32	1.96
86506651--86506772	36	3.4	36	79	14	126	22	20	23	33	1.97
86506651--86506752	36	2.9	35	84	11	127	22	21	23	32	1.98
86513751--86513815	31	2.1	31	91	5	105	27	21	23	27	1.99
86514844--86514881	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
86515111--86515281	93	1.8	93	89	2	272	30	28	19	21	1.97
86515106--86515278	46	3.7	47	78	10	194	31	27	19	21	1.97
86527792--86527836	19	2.4	19	85	7	56	33	2	0	64	1.06
86529730--86529779	22	2.4	21	81	15	59	28	4	0	68	1.08
86534289--86534345	26	2.2	26	84	6	71	28	0	10	61	1.29
86535244--86535347	52	2.0	52	96	0	190	37	10	10	41	1.74
86535405--86535572	70	2.4	70	94	2	293	39	13	12	33	1.83
86539931--86540006	39	1.9	39	100	0	152	36	13	11	38	1.81
86540226--86540286	26	2.3	27	94	2	106	44	6	21	27	1.77
86540855--86541027	87	2.0	87	89	0	265	39	12	8	39	1.73
86541115--86541235	32	3.6	32	67	16	84	52	5	4	38	1.45
86541106--86541239	68	2.0	69	89	1	207	50	6	4	38	1.49
86541115--86541258	68	2.1	69	84	1	182	52	5	3	38	1.42
86548095--86548132	20	2.0	20	89	5	60	47	31	0	21	1.51
86548102--86548138	20	1.9	19	89	10	58	45	29	0	24	1.53
86549139--86549171	13	2.4	14	90	5	50	66	3	0	30	1.06
86549180--86549212	6	5.5	6	96	0	57	63	0	3	33	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86567671--86568560	295	3.0	295	100	0	1780	26	20	16	36	1.94
86577212--86577497	47	6.1	47	96	0	500	28	30	9	31	1.88
86580847--86581043	40	4.9	40	89	0	286	25	24	22	26	2.00
86580860--86581122	40	6.6	40	83	4	255	24	25	23	26	2.00
86580847--86581122	80	3.5	80	83	4	290	25	25	22	26	2.00
86580847--86581122	120	2.3	121	80	5	283	25	25	22	26	2.00
86581428--86581506	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
86581488--86581591	43	2.4	43	98	0	199	25	36	16	22	1.94
86583618--86583824	47	4.4	47	91	0	324	28	30	8	32	1.87
86595707--86595750	23	1.9	23	81	9	54	38	27	0	34	1.57
86612414--86612468	28	1.9	29	88	3	85	18	45	20	16	1.86
86613672--86614039	48	7.7	48	81	1	389	24	29	19	26	1.98
86613672--86614039	144	2.6	144	86	3	492	24	29	19	26	1.98
86615690--86615940	87	2.9	86	96	1	466	24	19	33	22	1.97
86615690--86615940	130	1.9	129	96	0	466	24	19	33	22	1.97
86615690--86615940	43	5.8	43	97	0	466	24	19	33	22	1.97
86621998--86622187	9	20.6	9	72	11	107	37	1	13	47	1.52
86621998--86622160	71	2.3	69	84	4	202	38	1	12	47	1.50
86622034--86622218	96	2.0	90	86	9	259	38	2	11	47	1.53
86621974--86622187	114	1.9	114	85	5	299	38	1	13	46	1.51
86622034--86622218	87	2.1	87	84	7	234	38	2	11	47	1.53
86622292--86622339	15	3.3	15	82	8	64	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86622451--86622611	72	2.2	72	96	1	297	60	4	6	28	1.40
86622538--86623635	273	4.0	273	99	0	2142	39	12	12	35	1.81
86623896--86623924	15	1.9	15	100	0	58	48	20	6	24	1.74
86624125--86624493	183	2.0	183	97	0	693	42	14	15	27	1.86
86627420--86627468	15	3.5	15	73	21	61	28	0	53	18	1.45
86627419--86627471	26	2.0	26	100	0	106	30	0	49	20	1.50
86627749--86627818	28	2.5	27	79	9	77	38	28	1	31	1.66
86627783--86627826	21	2.1	21	86	0	61	34	31	2	31	1.70
86627793--86627838	21	2.2	21	84	3	58	41	28	2	28	1.68
86628047--86628080	7	4.9	7	96	0	59	32	52	0	14	1.42
86628186--86628405	41	5.4	41	88	0	316	22	25	18	33	1.97
86628460--86628485	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
86628749--86628791	22	2.0	22	86	9	61	25	6	16	51	1.69
86632458--86632542	29	2.9	29	81	6	93	30	14	18	36	1.91
86632475--86632545	29	2.4	29	88	4	99	32	12	19	35	1.90
86632829--86632883	19	2.9	19	72	5	58	38	0	0	61	0.96
86651869--86651911	11	4.0	11	84	6	61	20	46	4	27	1.71
86651868--86651910	21	2.0	21	90	4	68	20	46	2	30	1.63
86652449--86652537	18	4.9	18	81	2	99	31	21	13	33	1.92
86652447--86652537	36	2.5	36	85	3	121	30	20	14	34	1.93
86656583--86656625	11	4.0	11	84	6	61	20	46	4	27	1.71
86656582--86656624	21	2.0	21	90	4	68	20	46	2	30	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86659185--86659260	21	3.6	22	74	12	61	23	22	19	34	1.97
86668810--86668870	29	2.1	29	96	0	113	40	8	19	31	1.81
86672263--86672322	30	2.0	30	90	0	93	58	13	1	26	1.45
86678496--86678520	12	2.1	12	100	0	50	16	0	0	84	0.63
86680342--86680636	144	2.0	144	98	0	563	38	16	15	28	1.90
86682891--86682943	19	3.0	17	73	10	52	33	9	20	35	1.85
86682915--86682973	23	2.6	22	89	5	91	37	1	18	42	1.61
86687976--86688034	22	2.8	21	78	14	59	37	5	11	45	1.63
86687994--86688036	22	1.9	23	90	4	70	32	4	11	51	1.59
86691475--86691574	41	2.4	43	84	3	132	30	17	24	29	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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